Приоритет политических целей, раздел властных полномочий в государственном управлении присутствовали в полной мере в процессах перехода к территориальному принципу организации промышленности и строительства. Но вместе с тем реформа нарушала ранее отработанный механизм контроля за исполнением государственных стратегических решений. С её проведением значительно возрастала роль субъективных факторов в экономическом развитии, как на уровне общегосударственного управления, так и регионального. Реформирование также нарушало сложившиеся научно-производственные связи в структуре народнохозяйственного комплекса СССР. В результате замедлялись процессы научно-технического прогресса. Научно-проектные организации и промышленные предприятия оказывались разобщенными и не могли решать единые проблемы совершенствования производства.
В ряде отраслей сибирской промышленности реформы второй половины 1950-х – начала 1960-х гг. ощутимо замедлили ход научно-технического прогресса. В меньшей степени это коснулось предприятий военно-оборонного комплекса, которые в большинстве своём продолжали управляться и обеспечиваться всеми необходимыми ресурсами напрямую из Москвы. В процессе реформирования была практически полностью сохранена отработанная схема централизованного управления сибирскими военно-оборонными производствами, и она играла положительную роль в укреплении сибирского тыла.
Министерство среднего машиностроения СССР под руководством Е. П. Славского и в годы реформ продолжало осуществлять управление развитием ядерно-оружейным комплексом страны, иметь в своём подчинении не только крупнейшие производственные комбинаты различного плана, но и научно-исследовательские, проектно-конструкторские и строительные организации, которые в едином комплексе осуществляли добычу сырья, производство делящихся и радиоактивных материалов, необходимых для ядерных зарядов, а также их хранение, учет, техническое обслуживание, безопасную эксплуатацию при нахождении в войсках, надзор на всех этапах производства, хранения и эксплуатации ядерных зарядов и боеприпасов, демонтаж их в связи со снятием с вооружений и т. д.[324]. В целом реформирование управления военно-оборонной промышленностью не повлияло на снижение обороноспособности страны. Сибирский тыл и в условиях существования совнархозов выполнял своё предназначение.
В Сибири мало изменился и мобилизационный характер управления индустриальными новостройками. По отношению к ним была также сохранена ранее существующая главная властная вертикаль «от центра к региону». В Москве решались все проблемы крупного индустриального строительства в Сибири. На руководящие посты в сибирские СНХ были назначены крупные московские чиновники, которые по-прежнему были подотчетны центральным органам государственного управления. Так, председателем Кемеровского СНХ был направлен бывший министр угольной промышленности А. Н. Задемидко, в руководство Красноярским краевым СНХ был заслан целый десант в лице министра цветной металлургии СССР П. Ф. Ломако и его заместителей А. Д. Бизяева, В. П. Зеликсона, М. Д. Воробьевского[325].
Хотя надо отметить, что с образованием СНХ местные правящие партийные и советские элиты стали активнее продвигать крупные проекты социально-экономического развития своих регионов, связанные, как правило, с индустриальным строительством. Для Красноярского края, например, главными стратегическими проектами представлялись Норильск и строительство ГЭС на Ангаре и Енисее, на энергетической базе которых, по мнению руководства Красноярского крайкома КПСС и Красноярского СНХ, возможно создание крупных индустриальных комплексов в Восточной Сибири. В качестве первоочередного в планы семилетки (1958–1965 гг.) предлагалось создание нового металлургического центра с использованием высококачественных руд Ангаро-Питского железорудного бассейна.
Председатель Красноярского СНХ П. Ф. Ломако в своей докладной записке в правительство ссылался на расчеты о высокой экономичности развития металлургической промышленности в Красноярском крае. Он заявлял, что здесь значительные капитальные затраты на организацию производства быстро окупятся, так как в рудах содержится значительная доля железа. Использование концентратов из ангарских руд также более эффективно в Кузбассе или на других металлургических производствах в Западной Сибири по сравнению с местными рудами[326].
Период совнархозов в Сибири породил немало местных инициатив, но они не противоречили общегосударственной стратегии хозяйственного развития региона, основывающейся на индустриализации и освоении богатых природных ресурсов. В 1958 г. в Канско-Ачинском бассейне планировалось на базе Итатского месторождения создать мощный угледобывающий разрез и тепловую электростанцию. В перспективе планировалось усилиями трёх административно-территориальных образований Сибири (Кемеровской и Иркутской областей, Красноярского края) создать крупный топливно-энергетический центр СССР с несколькими десятками угледобывающих предприятий открытого типа и ГРЭС, энергия которых по мощнейшим линиям электропередач должна будет поступать потребителям не только Сибири, но и Урала, Казахстана и Европейской части страны. Создание масштабного индустриального комплекса рассматривалось в нескольких вариантах, имеющих значение, как для перспективного развития всесоюзной, так и региональной экономики. Однако конкретные решения сдерживались из-за сложности научно-технических и организационных проблем создания крупнейшего в мире топливно-энергетического комплекса. Выявилась его экологическая несовместимость с жизнью в одном из самых населенных и благоприятных в природно-климатическом отношении районов Сибири. Создание топливно-энергетического комплекса с использованием месторождений угля Канско-Ачинского бассейна отодвигалось во времени. Кроме того, в 1960-е гг. мобилизационные цели хозяйственного развития стали концентрироваться вокруг месторождений нефти и газа на севере Западной Сибири[327].
В 1950–1960-е гг. региональные лидеры Сибири активно старались продвигать решение крупных экономических проблем на подведомственных территориях с целью определения перспектив, как их экономического, так и социального развития. Для подготовки проектных материалов привлекались научные и проектные учреждения, среди которых были как академические, так и отраслевые. В 1955–1958 гг. по инициативе региональных властей состоялось несколько экспедиций Западно-Сибирского и Восточно-Сибирского филиалов АН СССР и Государственного института по проектированию металлургических заводов (Гипромеза), посвященных выбору мест для строительства металлургических заводов в Сибири. Рассматривалось несколько вариантов размещения предприятий, как в Восточной, так и Западной Сибири. Практически решенным считался вопрос о строительстве металлургического комбината в 6 км от Тайшета, но в директивы семилетнего плана оно не было включено. Строительство металлургических предприятий в Сибири сосредоточилось вокруг производства алюминия. Увеличение производства черных металлов было получено в результате сооружение в Новокузнецке мощного Западно-Сибирского металлургического комбината, на который стали поставляться богатые железом концентраты ангаро-енисейских рудных месторождений.
Многочисленные инициативные проекты продвигались и претворялись в жизнь только в том случае, если они не противоречили главным стратегическим направлениям, определенным в экономической политике государства, особенно связанной с военно-оборонным комплексом СССР. С реализацией атомного проекта, развитием ракетно-космических исследований неизмеримо выросла роль науки. Работа над созданием ядерного оружия началась в знаменитых «шарашках», затем организовывались особо секретные лаборатории, НИИ и КБ, первое время находившиеся в основном в Москве и других крупных городах. Но с развитием атомных разработок, организацией производственных объектов научно-исследовательские и проектно-конструкторские работы стали производиться на местах. Уже в первые послевоенные годы в государственной стратегии СССР обозначился курс на создание крупных научно-производственных комплексов, базирующихся на собственных фундаментальных и прикладных исследованиях и конструкторских разработках. Наиболее активное участие в оборонных программах принимала академическая наука.
В Академии наук ведущие ученые занимались так называемой «атомной» или «ядерной» тематикой. Многие институты физико-математического и физико-технического профиля подверглись коренной перестройке, получили мощные стимулы развития различного характера, значительно увеличили численность своего научного и научно-технического персонала.
До середины 1950-х гг. рост научного потенциала был связан в основном со столичными центрами. В Москве и Ленинграде, в пределах Московской и Ленинградской областей находилось более трети всех научно-исследовательских институтов министерств и ведомств и две трети научных учреждений Академии наук СССР. На долю этих научно-исследовательских организаций приходилось более 60 % всех научных сотрудников отраслевых институтов и 85 % научных работников Академии наук.
В рамках реформирования управления экономикой, усиления региональной политики ряд столичных отраслевых институтов перебазировался в восточные районы. Наиболее крупным явлением стало усиление и организация региональных отделений Академии наук СССР. Самым значительным событием стало создание СО РАН и строительство научного центра около Новосибирска, завершившее создание мощного сибирского тыла, в котором сосредоточился огромный не только экономический и социально-демографический, но и научно-технический потенциал государства. В 1990 г. предприятия только военно-оборонного комплекса Сибири производили 14 % промышленной продукции региона и свыше 50 % сложной наукоемкой продукции машиностроительных заводов. Всего действовало около ста предприятий и научно-исследовательских учреждений ВПК, расположенных преимущественно в городах Новосибирск, Омск, Томск, Красноярск, на которых работало около 70 % всех трудящихся оборонных объектов Сибири