Развивая взгляды о ведущей роли исторических условий в формировании современной фауны, Богданов выступил с критикой воззрений Н. А. Северцова на критерий характеристики зоогеографических областей. Северцов считал единственным и достаточным основанием для выделения зоогеографической области подробное систематическое описание населяющих ее видов и родов животных. Этот принцип он положил в основу своего доклада «О зоологических (преимущественно орнитологических) областях внетропических частей нашего материка», сделанного на заседании Русского географического общества в 1877 г. Богданов присутствовал на докладе Северцова и в прениях высказался отрицательно о принципе, лежащем в основе зоогеографического районирования, предложенного докладчиком. Он справедливо указывал, что родовые и особенно видовые подразделения в систематике очень субъективны, часто трактуются разными исследователями по-разному. Количество видов и их характеристика для одних и тех же групп животных в работах разных авторов могут различаться, иногда весьма значительно. Уже из-за этого обстоятельства одно систематическое описание не может дать полного представления о характере фауны данной области. Необходимо учитывать историю формирования фауны, так как только в процессе длительной совместной эволюции виды, ее составляющие, сплотились в единый комплекс тесно взаимосвязанных форм, что и дает право выделить их в самостоятельную зоогеографическую единицу. Недаром Богданов сравнивал зоогеографическую область с государством, а ее внутреннее устройство — с обществом. «Каждая фауна, каждое общество имеет свою историю, и об этой истории забывают»,— говорил он.
В своих фаунистических работах Богданов всегда старался обрисовать формирование фауны каждого выделяемого им зоогеографического района в целом, стремился найти в каждом отдельном случае особые причины и факторы, обусловившие своеобразие фаунистической группировки. Поэтому в основе его подразделений всегда лежат ведущие экологические факторы, определяющие черты той или иной области. Часто они совпадают с почвенным и климатическим районированием (зона тундр, лесов, степей, область чернозема и т. д.).
В разных работах Богданова границы выделяемых им зоогеографических областей заметно колеблются, иногда меняются их названия и определения. Не следует, однако, забывать, что его работы были началом отечественной зоогеографии и ему выпала нелегкая задача разбить территорию России на области с учетом особенностей эволюции фауны каждой из них. Его выводы в этом отношении следует расценивать как первую и очень приблизительную попытку такого деления.
В современной зоогеографии возникла целая иерархия территориальных подразделений, из которых область является самым крупным. Под нею подразумеваются обычно пространства, охватывающие значительные части земной поверхности, характеризующиеся сходными чертами развития органического мира. Для более мелких территориальных подразделений употребляются термины «район», «провинция». Однако все зоогеографическое районирование строится на основе анализа эволюционного развития фауны.
Непосредственно к фаунистическим работам примыкают исследования Богданова по отдельным группам животных. Таких работ у него немного. Из них отметим две: работу по систематике млекопитающих и доклад о домашней собаке.
Вторая половина девятнадцатого столетия характеризуется общим повышением интереса зоологов к вопросам систематики. В это время на основе теории Дарвина закладывался фундамент новой, филогенетической системы животных. Разработка принципов классификации имела очень большое значение.
Богданов высоко ценил роль систематических трудов в зоологии. «Многие в наше время с пренебрежением относятся к систематике, — писал он. — На ученого, занимающегося определением видов, изучением наружных признаков и т. д., эмбриолог, морфолог, анатом смотрит с сожалением, как на дилетанта с узенькими задачами. Но систематик вправе задать вопрос: что же изучают эмбриологи? Умеют ли морфологи и анатомы назвать объект своих исследований? И действительно, разве можно изучать строение и развитие форм, не установив хотя бы условного понятия о самих формах и их взаимном сходстве и различии? Но так как, к счастью для науки, дело не во взаимных взглядах на научный труд и его направление, то я и занимался предварительно систематическим пересмотром материала и определением видовых типов животных русской фауны. А затем уже постараюсь положить этот материал в основу исследований по зоологической географии России» (I, 83, стр. II).
Богданов сделал попытку сказать и свое собственное слово в систематике. В 1878 г. вышло в свет литографированное издание его очерка «Основы классификации млекопитающих». В нем автор анализировал принципы классификации, сложившиеся в зоологии к середине XIX столетия. По его мнению, в основу классификации должны быть положены признаки, наиболее характерные для класса и наименее зависящие от колебания внешних условий. Он считал, что такими свойствами у млекопитающих обладают нервная и половая системы органов, степень развития и структура которых действительно очень типичны для различных групп. Богданов попытался построить собственную классификацию млекопитающих с учетом строения нервной и половой систем и уровня развития появляющегося на свет детеныша. Всех Mammalia он расположил на семи ступенях, или эволюционных уровнях, характеризующих высоту их организации (на нижнем — однопроходные, на верхнем — человек). Не углубляясь в подробный разбор системы Богданова, отметим, что принцип ее имел свои положительные стороны, так как подчеркивал эволюционную основу классификации. Однако принцип ступеней, или уровней, имеет и серьезный недостаток, так как возможны затруднения при сравнении высоты организации отдельных групп животных. С этой точки зрения схема филогенетического дерева гораздо более лабильна и ближе отражает эволюционный процесс.
Интересна также попытка Богданова нарисовать прообраз первичного млекопитающего. Он утверждал, что предок млекопитающих имел пятипалые конечности с когтями, длинный хвост, короткую шею, мелкие конические зубы без деления на группы и был плотоядным животным.
Возникновение млекопитающих Богданов относил к эпохе, предшествовавшей триасу, и считал, что корни Mammalia следует искать в момент выхода позвоночных на сушу. Ни один из известных классов наземных позвоночных, по его мнению, не мог дать начало млекопитающим. Он производил их непосредственно от рыб.
В 1879 г. в Петербурге состоялся Шестой съезд русских естествоиспытателей и врачей. На нем Богданов выступил с докладом «О значении собаки в истории человечества», построенном на материале, полученном при изучении эпохи свайных построек в Швейцарии, который дал возможность осветить историю приручения собаки человеком. В выступлении Богданова есть ряд преувеличений, ряд спорных моментов, выяснение которых и по сей день является задачей исследователей. Так, например, Богданов считал, что приручение собак имело решающее значение для развития человеческой культуры. Только благодаря собаке, по его мнению, человек мог перейти от собирательства к охоте, затем к приручению других животных, выйти из лесов и расселиться в степях, горах и пустынях, даже проникнуть на дальний север. «Собака вывела человека в люди, — говорил он, — и эпоха приручения предка собаки может считаться одним из важнейших моментов в истории человечества. Это была заря новой жизни, нового порядка вещей, когда человек становился хозяином земли» (I, 77, стр. 283).
Несомненно Богданов сильно преувеличил роль собаки в жизни первобытного человека. Известно, что основой успешной охоты первобытных людей были согласованные действия человеческого коллектива. Это давало возможность побеждать даже крупных животных — таких, как мамонты. Известно также, что решающим фактором, обеспечивающим возможность широкого расселения первобытных народов в разных климатических и природных зонах, было покорение огня, сделавшее человека менее зависимым от климатических условий. Собака же в хозяйстве человека играла только подсобную роль, хотя эта роль и была очень значительной.
Доклад Богданова вызвал живой интерес и надолго сохранился в памяти слушателей. Через 37 лет о нем вспоминал Иван Петрович Павлов, начав вышеприведенной цитатой из него свое сообщение в Философском обществе Петрограда в 1916 г. о роли собак в исследованиях по развитию высшей нервной деятельности. И. П. Павлов лично был знаком с М. Н. Богдановым с конца 70-х годов по совместной деятельности в обществе естествоиспытателей. Горячее участие, которое принял Богданов в судьбе брата И. П. Павлова, Петра Петровича (см. - стр. 75), сблизило Модеста Николаевича с Иваном Петровичем. Великий физиолог высоко ценил Богданова как выдающегося зоолога и прекрасного человека.
Фаунистические исследования в черноземной полосе России направили мысль Богданова на вопрос об образовании этой своеобразной почвенной структуры. Происхождению чернозема он посвятил специальную работу и неоднократно возвращался к этому вопросу в своих зоологических трудах. Статья Богданова «О черноземе, его практическом и научном значении» опубликована в «Трудах Вольного экономического общества» в 1877 г. Он считал, что чернозем является продуктом перегнивания остатков степной и лесной флоры.
В этом отношении Богданов расходился с Докучаевым, который создал теорию об образовании чернозема за счет чисто степной, травянистой растительности. В. В. Докучаев вступил в спор с Богдановым и опубликовал критический разбор его статьи. Однако все доказательства Докучаева, хотя они были весьма вески, не смогли переубедить Модеста Николаевича, который остался при своем мнении, хотя это мнение приходится признать ошибочным.
Много времени отдал Богданов составлению биографического очерка о профессоре К. Ф. Кесслере, скончавшемся в марте 1881 г. Желая достойно отметить память своего старшего товарища и предшественника по кафедре, основателя и руководителя Петербургского общества естествоиспытателей, крупного ученого и организатора русской науки, Богданов кропотливо и тщательно собирал биографические данные. Много материала он получил от товарищей и друзей Кесслера по Петербургскому университету. Побывал он и в Киеве, где прошли первые десятилетия научной и педагогической деятельности покойного. К биографии Богданов приложил тщательно составленный список работ Кесслера. Написанный им очерк дал яркое представление о личности ученого и о всех сторонах его деятельн