Весной 1522 года турецкий султан Сулейман Великолепный отправил на завоевание Родоса огромную армию. Эскадра из четырехсот кораблей со стотысячной армией во главе с визирем Мустафа – пашой подошла к острову. За ней двигались еще сто тысяч турок. Султан не стал штурмовать крепость. Несколько штурмов в августе и сентябре были отбиты. Осадная турецкая артиллерия постоянно обстреливала родосские укрепления. 4 сентября турки разрушили два бастиона и ворвались в крепость, но были выбиты рыцарями во главе с Великим Магистром. Еще три месяца иоанниты отбивались от двухсоттысячной турецкой армии во главе с султаном. 17 декабря 1522 года начался отчаянный трехдневный штурм почти разрушенной крепости. 20 декабря Родос согласился на почтенную капитуляцию, принятую Сулейманом Великолепным, за полгода осады потерявшим сто тысяч солдат:
«Рыцари пробудут на острове двенадцать дней, пока перенесут на свои корабли мощи Святых, священные сосуды из церкви святого Иоанна и все имущество. Орденские пушки рыцари установят на свои галеры. Жители, желающие покинуть Родос, могут уплыть с рыцарями. Остающиеся на острове жители должны быть освобождены от налогов на пять лет и им должна быть оставлена своя вера. За все это рыцари уступают Порте Родос и принадлежащие ему острова».
Перед отплытием рыцари взорвали все церкви.
На орденские корабли были погружены все реликвии, знамена и пушки. Двести лет иоанниты владели Родосом, своими подвигами обратив на себя внимание и удивление всего христианского мира.
1 января 1523 года оставшиеся в живых после осады сто восемьдесят родосских рыцарей и пять тысяч жителей острова на кораблях «Санта-Мария», «Санта-Катерина» и «Сен_Джовани» и тридцати других судах уплыли с Родоса. Импретатор Священной Римской империи германской нации Карл V, в это время воевавший с Францией, сказал о знаменитой рыцарской обороне: «Ни одна битва не была проиграна так достойно, как битва за Родос».
Два месяца в венецианском порту Кандии рыцари приводили свой флот в порядок. В мае 1523 года Орден приплыл в южно итальянский город Мессину, но высадиться там помешала чума. Рыцари через Неаполь приплыли в Ниццу. В октябре 1523 года новым главой Римской католической церкви стал Климент VII. Бывший родосский рыцарь и великий приор Капучи временно поселил иоаннитов в своей папской резиденции Витербо. Орденский флот стоял в Ницце. Рыцари-иоанниты получали много предложений от монархов и владетельных сеньоров о предоставлении им земли для новой штаб-квартиры, но Великий Магистр их не принимал, опасаясь попасть в зависимость от какой-либо верховной власти.
В 1525 году Великий Магистр иоаннитов Виллье де л’Илль-Адам посетил Париж, Лондон и Лиссабон. На аудиенции у императора Карла V в Мадриде он просил передать Ордену острова Минорку, Цитеру или Эльбу. Император, конфликтовавший с папой, не ответил, и Великий Магистр вернулся в Рим. Конфликт папы и императора завершился в 1529 году миром в Камбре. Через год Климент VII обратился к Карлу V с просьбой даровать Ордену иоаннитов постоянную резиденцию на острове Мальта. Группа островов Мальта, Гоццо и Комино площадью в триста квадратных километров занимала стратегическое положение в Средиземном море. Император пожелал, чтобы рыцари-иоанниты защищали его суда в Средиземном море от нападений турок и алжирских пиратов. Орден должен был помешать Турции открыть военные базы в ливийском Триполи.
24 марта 1530 года Карл V в Кастельфранко подписал грамоту, по которой острова Мальта, Гоццо и Комино, а также стратегический город на северном побережье Африки Триполи, в 1510 году захваченный Испанией, передавались Ордену иоаннитов в виде свободного дворянского лена – feudum perpetuum, nobile, liberum, francium. Жалованная грамота императора Карла V Ордену святого Иоанна Иерусалимского на владение островом Мальтой дошла до нашего времени:
«Божией милостью Мы, Карл V, император Римский, всегда августейший – благородным рыцарям Иоанна Иерусалимского наше благоволение и дружелюбие.
В поправление и восстановление монастыря, гостиницы и ордена святого Иоанна Иерусалимского, и чтобы почтеннейший Великий Магистр и возлюбленные Наши приоры, бальи, командоры и рыцари упомянутого ордена, по потере Родоса, выгнанные оттуда турецкой силой после страшной осады, и ныне странствуя многие годы, могли утвердить себе постоянное жилище и употреблять силы свои и оружие против вероломных врагов святой веры, из особенного Нашего благоволения к этому ордену, решили Мы добровольно дать им убежище, где бы они могли обрести себе постоянное пребывание и не были бы принуждены скитаться из одной страны в другую.
Ради этого силой и властью настоящей грамоты Нашей, с Нашего ведома и с Нашей воли данной, по зрелом рассуждении и по собственному Нашему побуждению, уступали Мы и добровольно даровали за себя и за Своих преемников и наследников Королевств Наших, на вечные времена упомянутому честнейшему Великому Магистру этого ордена и упомянутому ордену святого Иоанна Иерусалимского в ленное, благородное, вольное и свободное владение город Триполи и острова Мальту и Гоццо с замками, городами и со всеми землями, со всеми правами собственности, господства и владычества, с отправлением верховного суда, с правом жизни и смерти над жителями мужского и женского пола, ныне там живущим, или которые впредь проживать там будут, на вечные времена, какого бы чина, звания и состояния они не были, со всеми прочими привилегиями, доходами, правами и вольностями.
С условием однако же, чтобы они и впредь признавали эти владения за ленные короны Нашей Сицилийской, и преемников Наших в этом Королевстве, сколько их будет, не обязуясь ни к какой-либо повинности, кроме присылки в день Всех Святых сокола представлять ежегодно вице-королю Сицилийскому, в знак признания их этих островов за Наши ленные. После этого они будут свободны от всякой Нам службы военной и другой, которой ленные владельцы повинны главным владетелям.
Все Великие Магистры обязаны давать от своего имени и от имени всего ордена присягу в том, что они не допустят в упомянутых городах, замках, городах и островах какой-либо вред, ущерб или оскорбление Нас, Наших владений, королевств и государств, как на море, так и на суше. Более того, они должны подавать помощь против всех, кто бы причинил им вред.
Этим повелеваем и силой власти Нашей приказываем всяким людям обоего пола, какого бы звания и состояния они не были, ныне в упомянутых городах, островах, землях и замках обитающим, или впредь обитать имеющим, признавать Великого Магистра и орден святого Иоанна Иерусалимского за полновластных своих государей, за законных властителей, и поэтому оказывать им всякое повиновение, которым верные подданы обязаны своему государю».
25 апреля 1530 года Жалованную грамоту императора Карла V утвердил римский папа. Верховная власть иоаннитов на Мальте была признана всеми христианскими государствами, которые установили с Орденом иоаннитов дипломатические отношения.
26 октября на Мальту прибыл Великий Магистр Филипп Виллье да л’Илль-Адам с Советом и главными командорами. Единственным укрепление Мальты был небольшой замок Святого Ангела, вокруг которого находилось рыбацкое селение. Командоры и рыцари разместились в рыбацких хижинах и шалашах. Через несколько дней Великий Магистр принял во владение Мальту. Столичный город Бирга, откуда орденские рыцари должны были защищать южное побережье Франции и Италии от постоянных набегов турок и пиратов, имел в диаметре менее километра.
Орден иоаннитов стал именовать себя сувереном Мальты. Рыцари Мальтийского ордена святого Иоанна Иерусалимского разделялись на восемь языков, или наций – Прованс, Овернь, Франция, Италия, Арагон с Каталонией и Наваррой, Кастилия с Португалией, Германия и Англия (позднее Бавария). Отдельный язык или нацию составляли рыцари одного государства, командоры, рыцари Большого Креста. Они образовывали великое приорство в этом государстве. Каждое приорство разделялось на судебные округа бальяжи, состоявшие из командорств. В каждом приорстве была своя казна, деньги в которую собирались в сборных пунктах, располагавшихся на торговых путях, и направлялись в резиденцию Ордена на Мальту.
Высшим органом Ордена являлся Священный Капитул, созывавшийся Великим Магистром во всех важных случаях. Непосредственное управление мальтийскими рыцарями осуществлял Совет Ордена, состоявший из Великого Магистра, епископа Мальты, приора церкви святого Иоанна, восьми представителей языков и провинциальных приоров. Совет ведал приемом в Орден новых членов, установлением пенсий, назначением на должности, рассматривал отчеты командоров, руководил внешней и внутренней политикой Ордена. Великий Магистр на Мальте имел титул «Преимущественное Величество» и являлся правящим государем. Во всех делах Ордена ему принадлежал решающий голос. Только он назначал рыцарей на все орденские должности.
После смерти Великого Магистра Совет и Священный Капитул собирался в церкви святого Иоанна, месте избрания нового гроссмейстера. На время избрания храм запирали. Все делегаты писали имя своего кандидата на листах и опускали их в особый ящик. Великий Магистр избирался большинством голосов.
Так же, в церкви, обычно принимали в члены Ордена простых рыцарей. Одетый в длинную одежду без пояса кандидат становился перед алтарем на колени и просил о принятии в Орден иоаннитов, мальтийских рыцарей. Ему давали в руки белую восковую горящую свечу, которая означала любовь к Богу и ближнему. Во имя Отца и Сына и Святого Духа кандидат принимал позолоченный меч для защиты католической веры, отражения и усмирения неприятелей, прощения покорившихся, и предоставления себя самого, в случае необходимости, за веру на смерть. Его опоясывали шарфом в знак хранения целомудрия и, вынув из ножен меч, трижды ударяли плашмя по плечу кандидата, напоминая о тех подвигах, которые он должен совершить во имя Господа. Сам вступающий получал меч и трижды вскидывал его вверх, во имя Пресвятой Троицы, вызывая на бой врагов христианской веры. Потом он вкладывал меч в ножны, что подтверждало то, что кандидат чужд всех пороков. Два рыцаря над