Вернувшись из Швейцарии, Яковлев активно включился в подпольную работу, организуя по уфимскому образцу боевые дружины в разных городах Урала. Принимает участие в конфискациях боевиков в Уфе и Златоусте, проходивших под руководством Э.С. Кадомцева. По заданию заграничного бюро уральской боевой организации он долго и тщательно готовится к операции по захвату денег, необходимых для организации за границей партийной школы для подготовки уральских боевиков. Организацией ее занимался И.С. Кадомцев, оставшийся специально для этого за границей. В августе 1909 года на станции Миасс Самаро-Златоустовской железной дороги эта операция под его руководством осуществилась. Было экспроприировано 85 тысяч рублей почтовых денег.
Это была одна из последних экспроприаций уральских боевиков. Царской охранке удалось схватить одного из молодых ее членов Василия Терентьева, который выдал почти всех. Яковлев жандармерией был установлен на жительстве в Самаре. На вокзале с одним из своих друзей Василием Гузаковым он был окружен полицией, но через двор местной больницы, отстреливаясь, сумел бежать и скрыться. Василия Гузакова полиция схватила, и по суду он был повешен.
Осенью 1909 года, согласно решению боевого бюро уральской боевой организации, Яковлев выехал в Италию, на Капри, где вместе с Кадомцевым вел переговоры с Максимом Горьким, Луначарским, Богдановым и другими русскими эмигрантами об организации партийной школы. Переговоры закончились успешно, и в городе Болонья (Южная Италия) такая школа была создана, в ней обучался около четырех месяцев и сам Яковлев. В школе преподавали Богданов, Луначарский, Покровский, Коллонтай, Маслов, Троцкий, Петров, Менжинский и другие видные русские марксисты.
После выпуска весь состав школы выехал в Париж, где слушатели должны были прослушать курс лекций В.И. Ленина, но Владимир Ильич оказался болен, и они вскоре разъехались на подпольную работу по уральским городам. Яковлеву появляться на Урале было опасно, он стоял на учете в 3‑м отделении Департамента полиции МВД России, Уфимском, Оренбургском и ряде других губернских жандармских управлений как опасный государственный преступник, поэтому его направили на нелегальную работу в Киев.
По дороге на Украину Яковлев заметил в Петербурге за собой слежку полиции, но сумел скрыться и в начале 1911 года благополучно добрался до Киева, где имел явку к брату Луначарского, Николаю. В редакции «Киевской мысли», где у него была явка, он встретился с Николаем Луначарским и другими украинскими большевиками, которые посоветовали ему уехать из Киева, так как в столице Украины ждали приезда царя Николая II, поэтому оставаться в нем ему было очень рискованно.
Под фамилией Крылова он возвратился в Петербург, где случайно встретил слушателя Болонской школы Арсения, оказавшегося агентом царской охранки. Яковлев рассказал ему о конспиративной квартире на станции Мустомяки (Финляндия), где скрывался уже несколько месяцев. И он в который уже раз был почти в руках жандармов, но и на этот раз сумел бежать. Когда жандармы вошли на дачу и стали производить обыск в двух комнатах, он выпрыгнул из окна третьей комнаты и, несмотря на интенсивную яростную стрельбу жандармов, скрылся. Какое-то время Яковлев скрывался в лесу, а затем убежище ему предоставил на своей даче писатель Леонид Андреев, у которого он прожил целый месяц.
В России наступили тяжелые дни для революционеров. Резко усилились репрессии со стороны карательных органов, поэтому пробираться Яковлеву в глубь России было смерти подобно, он тут же попал бы в руки охранки. Ведь руководителю уральских боевиков наверняка грозила «вешалка». Ему, загнанному в капкан, помогли финские коммунисты, которые предложили бежать в Швецию. Он согласился. Его спрятали в трюме парохода и нелегально перевезли в Стокгольм.
Осенью 1911 года судьба занесла его в бельгийский город Льеж, откуда он вскоре переехал в Брюссель, где этот энергичный и предприимчивый, необыкновенно смелый, с несколько авантюристическими наклонностями человек нашел свою спокойную временную пристань. Здесь получил специальность шофера и стал высококлассным электриком, о чем имел соответствующий сертификат от «Всеобщей электрической компании», в которой проработал около пяти лет. Усердно занимаясь самообразованием, освоил французский и немецкий языки. Состоя с некоторыми уральскими товарищами в социал-демократической группе «Вперед», изучал марксизм, политическую экономию, философию.
Как свидетельствуют материалы Департамента полиции МВД России, в апреле 1914 года через агентуру К.А. Мячин был установлен на жительстве за границей, в Брюсселе. Среди заграничных партийных был известен под кличкой Николай. Департаменту полиции была широко известна как настоящая, так и подпольная его жизнь. Вот приметы К.А. Мячина, которые имелись в 3 отделении Департамента полиции: «26‑ти лет, выше среднего роста, без бороды и усов, коренастого телосложения, слегка суженные, стального цвета глаза, под глазами морщины, придающие лицу старческий вид. Цвет волос темно-русый. Когда в 1911 г. он ездил в Россию, то волосы у него были выкрашены в рыжий цвет. Одет в черную круглую мягкую шляпу, серое мягкое пальто с широкими карманами, округленными снаружи, движения порывистые, но уверенные».
Вдали от родины они много говорили о ее будущем, грядущем социализме. В многочисленных спорах с товарищами Яковлев не раз повторял, что социализм в отсталой во всех отношениях России построить в настоящее время невозможно. Только развитие техники и путей сообщения, концентрация капитала и т.д. может привести человечество к социализму, доказывал своим оппонентам руководитель уральских боевиков.
Первая мировая война Яковлева застала в гостеприимной Бельгии, где он оказался на оккупированной немцами территории. Здесь встретил известие о Февральской революции в России и стал готовиться к возвращению на родину. В апреле 1917 года немецкие оккупационные власти разрешили ему в составе группы из 30 человек выехать в Россию. Группу возглавляли бывший член Государственной Думы Татаринов, Крыленко – брат будущего наркомюста, и некто Романов. Ехали они в отдельном вагоне через Берлин, Стокгольм и Торнео (Финляндия).
Впоследствии Яковлев почему-то не любил говорить об этом периоде своей жизни. Однажды один из близких его друзей, побратим по уральским делам, Владимир Ильич Алексеев, поведал ему о ходившей сплетне, что он один из тех «дипломатических большевиков», засланных Германией в Россию в запломбированном вагоне, как их не раз представляла белая пресса. Василий Васильевич лишь только нахмурился и сердито махнул рукой: мол, надоело все, и не стал защищать себя от измышлений «желтой» прессы.
В Петрограде Яковлева включили в состав большевистского Военно-революционного комитета и направили в Финляндию для выполнения возможности переброски оттуда оружия в столицу. Он выяснил, что вывоз оружия из Финляндии невозможен, о чем и доложил Я.М. Свердлову.
В июне 1917 года уехал в Уфу и поступил на работу электромонтером на Симский завод, где вскоре был избран председателем заводского совета. В Екатеринбурге участвовал в работе съезда уральских Советов. Осенью 1917 года делегирован от Симского округа вместе с большевиком Данилой Сулимовым на Всероссийский съезд Советов в Петроград.
Во время Октябрьских событий Яковлев участвовал в захвате Зимнего дворца и Центральной телефонной станции, куда был послан комиссаром. В декабре принимал участие в организации ВЧК.
8/21 декабря 1917 года участвовал в историческом заседании ВЧК, на котором под председательством Ф.Э. Дзержинского был заслушан вопрос о выборах президиума комиссии. Было постановлено: «Избрать президиум из 5 лиц: председатель комиссии и президиума т. Дзержинский, товарищами председателя – Жиделев и Яковлев и двух секретарей Ксенофонтова и Петерса». Ему за подписью председателя комиссии Ф. Дзержинского было выдано удостоверение, в котором говорилось: «Предъявитель сего Яковлев Василий Васильевич, товарищ Председателя Всероссийской Чрезвычайной Комиссии по борьбе с контрреволюцией и саботажем».
Однако с Ф.Э. Дзержинским он проработал всего два месяца.
Долгие годы нелегальной работы и постоянная кочевая жизнь сказались на его здоровье. Он заболел и попросил у М.И. Калинина отпустить его на работу на Урал. По предложению Свердлова Яковлева назначили военным комиссаром Урала, и он уехал в Екатеринбург. Однако по прибытии на место оказалось, что на Урале уже есть военный комиссар Ф.И. Голощекин, который на эту должность был назначен местными партийными и советскими органами.
С руководством Уральского совета, которое ранее яростно выступало против выдвижения кандидатуры Яковлева в депутаты Учредительного собрания от Урала, хотя его горячо поддерживали рабочие, начались трения. Он разругался с ними, а после того как наркомвоен Подвойский аннулировал мандат о его назначении военным комиссаром Урала, уехал в Уфу и занялся созданием регулярных военных сил, которые назывались «Боевыми организациями народного вооружения», куда входили многие уральские боевики.
К началу 1918 года экономика и финансовое положение Уфимской губернии оказались на грани катастрофы. Чтобы как-то поправить финансовые дела, на промышленные и иные предприятия под видом налога накладывались произвольные контрибуции. За неуплату, за малейшую задолженность финансовые комиссии бросали людей в тюрьмы, которые вскоре оказались переполненными. Но ожидаемого должниками улучшения не наступило. Рабочие, не получая по несколько месяцев зарплату, роптали. Заводы и фабрики останавливались.
В поисках выхода из создавшегося тяжелого экономического положения Уфимский совет и местный СНК предложил направить в Петроград эшелон реквизированного хлеба, которого в Уфимской губернии, к счастью, еще хватало. За этот хлеб местные власти решили просить у Совета народных комиссаров деньги и оружие, которого так не хватало новым вооруженным формированиям для борьбы с мятежными отрядами атамана Дутова.
По предложению председателя Уфимского совета Эльцена и председателя СНК Свидерского во главе этой экспедиции поставили В.В. Яковлева. Набрав в свою команду знакомых ему 50 уральских боевиков, отбиваясь по пути от разных банд, он через восемь дней пригнал эшелон из 40 вагонов с хлебом в голодающий Петроград. Находившийся еще в Петрограде сам председатель ВЦИК Я.М. Свердлов трогательно поблагодарил Яковлева и его людей за доставленный в целости и сохранности такой щедрый подарок из Уфы. В этот же день он попросил товарища Антона (один из псевдонимов Яковлева), когда тот завершит все