В тот же день Юровский позвал начальника охраны дома особого назначения Павла Медведева, члена партии большевиков с 1917 года, бывшего рабочего Сысертского завода, и приказал ему собрать все 12 наганов, розданных им ранее самым близким своим людям. Пока Медведев выполнял это задание коменданта, сам он начал собирать к себе в комендатуру надежных людей, которым предстояло совершить эту страшную акцию.
Для этого он решил использовать 11 человек, преимущественно членов большевистской партии, то есть каждому находившемуся под арестом в доме Ипатьева лицу полагался свой индивидуальный палач. В расстрельную команду по уничтожению бывшего царя, его супруги и их детей, а также находившихся с ними слуг вошли сам комендант дома особого назначения, член коллегии Уральской областной ЧК Я.М. Юровский, помощник коменданта по дому особого назначения сотрудник ЧК Г.П. Никулин, военный комиссар Верх-Исетского совета П.З. Ермаков, который привлек к расстрелу своего друга сотрудника Уральской ЧК, члена партии большевиков с 1911 года М.А. Медведева (Кудрина), а также группа чекистов-латышей во главе с Яном Михайловичем Целмсом, из них известна только одна фамилия – Я.М. Свикке.
Вызванным лицам Юровский объяснил о цели их сбора. За исключением двух латышей, у которых нервы оказались не в порядке, собранные им люди согласились добровольно исполнить волю Уральского областного совета. Отказавшихся тут же заменили на других латышей.
Архивисты по указанию Л.П. Берии попытались восстановить хронику трагической ночи 16—17 июля 1918 года.
Рано утром 16 июля Юровский сообщил поваренку Лене Седневу, что к нему приехал его дядя из Ярославской губернии. Обрадовавшись, мальчик бросился в дом Попова, где у охранников он якобы и находился. Больше его в тот день никто не видел. Поваренка держали взаперти в какой-то комнате. Вечером 17 июля он был освобожден и его видели около дома Ипатьева, в который он пытался пройти, говоря, что его там ждет Алексей Николаевич, но сумрачная и злая охрана гнала его от дома, а один усатый дядька с винтовкой на плече тяжело вздохнул, погладил его непокорные мальчишечьи волосы и посоветовал бежать от этого проклятого места. Вскоре мальчика отправили на родину. В 1929 году Л.И. Седнев был арестован ярославскими чекистами и по обвинению в участии в контрреволюционном заговоре коллегией ОГПУ осужден к расстрелу.
Прошло еще только несколько часов, а цесаревич Алексей стал просить разыскать ему его товарища по играм. Доктор Боткин и кто-то из дочерей зашли к Юровскому и поинтересовались, где поваренок Леня, неизменный участник игр Алексея. Тот рассказал им придуманную Ф.И. Голощекиным легенду в отношении 14‑летнего Седнева, что он пообщается с приехавшим из Ярославской губернии дядей и скоро вернется. Боткин и великая княжна ушли успокоенными.
А Юровский этим же утром осмотрел все наганы, принесенные Павлом Медведевым, они были в целости и сохранности. Затем долго чертил на листе бумаги схему, кто кого должен был расстреливать. Запомнив все, он сжег бумагу и довольный собой пошел в апартаменты Романовых.
В них все было по-прежнему. Александра Федоровна в очках занята Библией, Николай II, улыбаясь временами, увлеченно читал Салтыкова-Щедрина. Дочери что-то чинили штопали и, смеясь, слушали рассказ Марии. Доктор Боткин играл с Алексеем в карты, в безик. Все так же, как и в предыдущие дни, они ничего не чувствовали, не подозревали, что осталось им жить всего несколько часов.
Вечером 16 июля в 23.00 Юровский собрал снова свою расстрельную команду, раздал каждому по нагану и предупредил, что время приближается. Затем они с Г.П. Никулиным долго инструктировали Павла Медведева, чтобы тот тщательно проверил с разводящим все караулы, как снаружи дома, так и внутри, держал с Юровским регулярную связь и наблюдал за всем происходящем на улице и в доме. В самый последний момент, когда все будет готово к расстрелу, Павел Медведев должен был предупредить часовых и остальную часть своей охраны, чтобы они, услышав выстрелы, не беспокоились и не выходили из комнат. О всех неординарных моментах он должен был регулярно докладывать Юровскому, а если что особенно будет беспокоить, дать знать ему через установленную связь.
Время приблизилось к 12 часам ночи, а машины все не было, ведь на ней надо было вывозить трупы. Не было и Ермакова с Медведевым (Кудриным) – это они отвечали за прибытие машины. Пришлось звонить по телефону. Они сообщили, что ремонтировали мотор, скоро выедут. Наконец, а было уже полвторого ночи, грузовик прибыл, с ним приехали Ермаков, Медведев (Кудрин) и еще какой-то чекист-латыш. За рулем машины сидел шофер Сергей Моханов.
Юровский пошел будить доктора Боткина, который спал в ближайшей от входа комнате. Удивившись, что его разбудили в такое позднее ночное время, доктор спросил:
– В чем дело, гражданин комендант?
Юровский быстро заговорил, что в городе очень тревожно, шастают какие-то банды, может быть перестрелка, поэтому нужно всех разбудить и перевести с верхнего этажа вниз, в другое более безопасное место. При этом комендант подчеркнул, чтобы они ничего с собой не брали, так как все это, по-видимому, ненадолго. Доктор ушел в апартаменты Романовых. Собиралась царская семья и их слуги минут 40. Появились они сонные, кто с подушкой, кто с сумочками и другой разной мелочью.
Юровский приказал всем спуститься вниз. Не торопясь, гуськом они спустились в полуподвальный этаж и вошли в довольно объемную комнату, 24 квадратных метров, за которой располагалась большая кладовка, не имевшая выхода. Единственное окно имело глухие, хорошо сработанные, двойные рамы. С улицы оно было закрыто толстой железной решеткой. Комната уходила в глубь земли и закрывалась высоким забором.
Комендант попросил их встать вдоль каменной стенки, подальше от окна, так им всем будет безопаснее. Никто из них не был испуган, и все четко выполняли указания. Тут Александра Федоровна заметила, что в комнате нет даже стульев. Комендант дал кому-то команду, чтобы принесли стулья. На один в самый угол села бывшая императрица, а в центре посадили цесаревича Алексея. Юровский вышел и приказал спуститься вниз всей своей расстрельной команде и быть наготове к выполнению задания Уральского совета. Затем он приказал Медведеву выйти на улицу и прислушаться: будут ли слышны выстрелы? И вот Юровский встал напротив Николая II и заговорил:
– Гражданин Романов! Ваши царственные родственники, близкие вам люди как внутри страны, так и за рубежом уже не раз пытались вас освободить. Учитывая это, Совет депутатов рабочих Урала постановил вас расстрелять.
Александра Федоровна и все находившиеся в комнате узники начали креститься, а Николай II произнес только одно слово:
– Что?
Он повернулся к цесаревичу Алексею, пытаясь как бы прикрыть собой сына, и в это время раздался выстрел Юровского, сразившего последнего царя династии Романовых. Начались крики, визг и беспорядочная стрельба расстрельщиков. Некоторые из них стреляли через порог комнаты, не попадали в свои жертвы. Пули ударившись о каменную стенку со свистом и жужжанием отлетали рикошетом, кто-то из палачей был ранен в руку.
Громким матом Юровский приказал остановить стрельбу. Многие жертвы были живы, они стонали, а некоторые затаились. Комендант приказал добить их и стрелять, чтобы меньше было крови, в сердце. Выстрелами из наганов и штыком добили всех.
В это время Павел Медведев, получив команду от Юровского, приказал шоферу Моханову завести на полную мощность мотор грузовика, чтобы поменьше была слышна стрельба. Затем зашел в караульное помещение и объяснил часовым о причине начавшейся стрельбы, постоял, прислушиваясь, некоторое время на улице. И тут вдруг он увидел человека, который стоял прислонившись к дереву и смотрел на дом Ипатьева. Это был военный комиссар Урала Филипп Иванович Голощекин, по-видимому, он очень беспокоился, как его люди справятся с порученным заданием и все это время ходил возле дома, но в дом так и не вошел.
Медведев вернулся в дом, когда там все было кончено: стены были покрыты пятнами крови, а пол от нее даже скользил. Суетившийся Юровский отдавал команду, чтобы трупы выносили из комнаты и укладывали в грузовик. Но тут выяснилось, что нет носилок, в суматохе о них забыли. Кто-то предложил использовать вместо носилок оглобли от саней, натянув на них простыню. Так и сделали, а чтобы было поменьше крови, на оглобли пристроили еще солдатское сукно. Таким же сукном устлали пол кузова. Принимать трупы Юровский поручил Михаилу Медведеву (Кудрину).
Тут до Юровского дошло, что охрана мародерствует, присваивая себе царские ценности. Комендант, пригрозив расстрелом, приказал всем сдать награбленное и поручил своему заместителю Григорию Никулину сопровождать перенос тел. Сам Юровский собрал все находившиеся на виду ценности, в том числе и сданные охраной, и отправил их в комендатуру. Затем по указанию коменданта мыли, чистили и скоблили от крови полы, стены, двери и окно.
Наконец, а было уже начало четвертого ночи, грузовик «выполз» со двора дома Ипатьева и направился по дороге в направлении Верх-Исетского завода. С собой Юровский взял несколько человек из внутренней охраны.
Грузовик двигался по пути, указываемому Ермаковым, так как Юровский в этих местах не бывал и дорогу не знал. Недалеко от Верх-Исетского завода грузовик был встречен группой верховых и людьми, сидевшими в пролетках. Ермаков сообщил, что это его люди. Затем они переехали железную дорогу на Пермь, здесь грузовик был замечен сторожем переезда № 803. Доехали по дороге до горнозаводской железнодорожной линии. Переезд № 184 охранялся сторожем Я.И. Лобухиным в будке. В это время он спал, проснулся от шума грузовика и удивился этому, ведь здесь он никогда не видел автомобилей.
Машина поехала дальше, уже недалеко была и деревня Коптяки, здесь они сбились с пути и попали в топкие, болотистые места. Грузовик засосало, пришлось разгружать тела на пролетки. Уже светало, когда подъехали к урочищу Четырех братьев. Здесь была заброшенная шахта, где, по словам Ермакова, можно было захоронить царскую семью. Но рядом с этой шахтой сидели у костра крестьяне, ночевавшие на сенокосе.