Чтобы сохранить в тайне захоронение царской семьи, Юровский решил удалить оттуда всех крестьян и оцепить эту местность рабочими Ермакова на определенном расстоянии от места предполагаемого погребения, а оставшихся за ненадобностью отправить в город.
Своих людей во главе со Степаном Вагановым Ермаков направил в деревню Коптяки. Этот бывший матрос, хорошо знавший местных жителей, должен был объяснить им сложившуюся оперативную обстановку: мол, совсем рядом находятся войска чехов, поэтому могут быть жестокие бои, крестьяне должны сидеть дома и не выходить в лес и на дорогу. Задержанных в лесу будут строго допрашивать, а непослушных расстреливать.
Оставшиеся с Юровским Ермаков, Никулин и латыш Целмс развели костер и начали стаскивать с убитых одежду. Для того чтобы уничтожить косвенные улики их преступления, они решили ее сжечь. И тут расстрельщики поняли, почему царских дочерей не брали пули. Их защищали, словно кольчуги, объемные лифчики с двойными подкладками и корсеты, сплошь усеянные бриллиантами, алмазами и золотыми вещами. Ценности тут же выпороли, их набралось полпуда. Одежду сожгли. Позже в этих кострах люди находили еще много драгоценностей.
Убитых голыми побросали в шахту, но вода чуть-чуть прикрыла их тела. Тогда Юровский с товарищами попытался взорвать ее гранатами, но ничего из этого не получилось. Чекисты понимали, что место было провалено, так как крестьяне были свидетелями того, как строгие дяди в кожаных куртках, грозившие им наганами, тут что-то делали. Часа в два Юровский оставил Никулина и Целмса охранять шахту с телами, а сам взял ценности и уехал с Ермаковым в Екатеринбург посоветоваться с членами президиума Уральского совета, что делать дальше.
В Уральском совете первым он встретил Г.И. Сафарова, которому доложил о расстреле царской семьи и ее захоронении в шахте. Тот не придал этому никакого внимания, лишь махнул рукой: мол, дело сделано и хорошо.
Тогда Юровский начал разыскивать Ф.И. Голощекина. Товарищ Филипп согласился, что не дело оставлять тела в шахте, и, вызвав Ермакова, приказал ему ехать извлекать трупы. Юровскому посоветовал обратиться к председателю Екатеринбургского горисполкома С.Е. Чуцкаеву, хорошо знавшему местные окрестности, не подскажет ли он место для захоронения Романовых. Тот, подумав немного, ответил, что на Московском тракте имеются очень глубокие заброшенные шахты, где можно спрятать тысячи трупов.
Ермаков, прихватив еду для своих товарищей, не имевших ни крошки во рту уже почти целые сутки, поехал в урочище Четырех братьев, а Юровский, взяв с собой сотрудника Уральского областного ЧК Полушина, отправился на машине смотреть указанные Чуцкаевым шахты. По дороге машина сломалась, и они пешком добирались до места, которое им понравилось. Правда, рядом «жил какой-то народ», но чекисты решили временно их арестовать, отправить в город, а затем отпустить.
Машину шофер никак не мог отремонтировать, но тут показалась пара запряженных лошадей, в пролетке. Знавшие Юровского люди спешили на Верх-Исетский завод. Чекисты потребовали отдать им лошадей, но сидевшие в пролетке воспротивились. Юровский и Полушин схватились за маузеры, тогда заводской люд решил не связываться с грозными чекистами и отдал им лошадей, на которых они и приехали к своим товарищам. Тут у кого-то из них возникло предложение – сжечь тела убитых и дело с концом, но таких специалистов среди них не было. Только один Полушин сказал, что знает, как это делается, но для этого нужен бензин или керосин.
Идея эта пришлась по душе Юровскому, и он решил вернуться в Екатеринбург: за бензином, лопатами и серной кислотой.
Серной кислотой он решил изуродовать трупы, чтобы никто никогда их не узнал. Для перевозки всего этого груза нужна была машина, и Юровский отправился в гараж начальника военных перевозок, где ему предоставили легковую автомашину. Затем он направился к члену президиума Уральского совета комиссару снабжения П.Л. Войкову, который быстро организовал ему выдачу лопат, серной кислоты и бензина.
Заехав в Екатеринбургскую городскую тюрьму, Юровский под расписку товарища комиссара юстиции Уральской области получил десять подвод без кучеров, вместо них Павлом Медведевым были направлены люди из охраны дома Ипатьева. Погрузив всех на подводы, обоз тронулся в урочище Четырех братьев. Туда же Юровский направил грузовик, шофером которого являлся все тот же С.И. Моханов.
Сам Юровский вернулся к П.Л. Войкову и стал ждать «специалиста по сжиганию трупов» Полушина, с которым они договорились встретиться у комиссара снабжения. Прождали до 11 вечера, а он так и не явился. Потом узнали, что чекист поехал к нему верхом, но лошадь попалась норовистая и сбросила неумелого седока. Полушин при этом сильно повредил ногу.
Такая же участь позже постигла и самого Юровского. По-видимому, чекисты были плохими кавалеристами, они привыкли больше к машинам. Так вот, часов в 12 ночи Юровский, не дождавшись Полушина, взгромоздился на лошадь и в сопровождении охранника из дома Ипатьева поехали по дороге в деревню Коптяки. Проехав Верх-Исетский завод, лошадь Юровского в темноте чего-то испугалась, запнулась и рухнула на колени, затем повалилась на бок и придавила правую ногу седока. Юровский провалялся на земле больше часа, пока смог вновь влезть на нее.
К Ермакову они приехали поздней ночью, он с товарищами был занят подъемом тел из шахты. Здесь Юровскому пришла мысль захоронить несколько трупов прямо на дороге. Он приказал копать для этого яму: грунт был тяжелый, глинистый, но яма к рассвету была готова. Тут к Юровскому подошел один из копавших и заявил, что к Ермакову приходил какой-то его знакомый и видел эту яму. Ермаков пытался убедить, что приходивший не мог ее видеть, однако ему доказали, что и это место провалено. Яму засыпали.
Стали ждать вечера, погрузив трупы на подводы, поехали назад, переехали горнозаводскую железнодорожную ветку, в районе переезда № 184, где в укрытии чуть в стороне ждал грузовик С.И. Моханова. Трупы перегрузили в грузовик и тронулись по основной дороге. Проехав несколько десятков метров, вновь застряли. Сняли трупы и провозились еще пару часов, вытаскивая машину.
Но вскоре на месте просохшего ручья вновь застряли, да так, что вылезали чуть ли не до полуночи. С большим трудом удалось вытянуть машину, чтобы ехать дальше.
И тут Юровский принял решение хоронить трупы здесь на дороге в этой яме, откуда только что вытащили грузовик. Он послал нескольких человек к железнодорожному переезду № 184 за хранившимися там шпалами, чтобы спрятать под ними место захоронения. Одновременно шпалы, по его мнению, будут указывать, что они укладывались только для перевозки грузовой машины. Пока рыли новую большую могилу, рядом развели большой костер и сожгли тела Алексея Николаевича и Марии Николаевны, их останки сложили в выкопанную яму, заровняли землей, а золой нового костра прикрыли все улики. Затем Юровский и его подельники облили серной кислотой остальные девять тел, уложили их в яму, потом еще раз облили их кислотой и зарыли. Уложив на яму шпалы, утрамбовали, после чего пустили пустой грузовик, который укатал неровности, и подбросили для видимости сучьев и несколько бревен-кругляков. Грузовик и по ним поездил. Это место находилось в 18 верстах от Екатеринбурга, на 9‑й версте железной дороги между деревней Коптяки и Верх-Исетским заводом.
Юровский предупредил всех о важности совершенного ими дела, попросил забыть это место и никогда, ни с кем не разговаривать на эту тему. Когда они уже собирались уезжать в Екатеринбург, в помощь Юровскому прибыла направленная Ф.И. Голощекиным группа сотрудников Уральской областной ЧК во главе с В.М. Гориным и И.И. Родзинским. В захоронении им участвовать не пришлось. Оцепление данного района вскоре было Юровским снято, и утром 19 июля 1918 года он был уже в Екатеринбурге.
Колчаковские следователи почти два года разыскивали место захоронения царской семьи. Они перерыли сотни метров земли, исследовали многие шахты, но, как писал в своих воспоминаниях Ю.М. Юровский, хранившихся долгое время под грифом «строго секретно» в Свердловском партархиве КПСС, «они не догадались заглянуть под шпалы». А ведь следователь А.В. Колчака Н.А. Соколов в своей книге «Убийство царской семьи», изданной в 1923 году в Берлине, изобразил на фотографии это место, о котором писал: «Мостик, набросанный большевиками на коптяковской дороге, где застрял грузовой автомобиль, доставивший трупы царской семьи к руднику» (вскрыли этот мостик в 1991 году).
Утром 17 июля 1918 года А.Е. Белобородов, встретившись с редактором газеты «Уральский рабочий» В.А. Воробьевым, передал ему официальное сообщение президиума Уральского областного совета о расстреле Николая Романова. При этом он предупредил редактора, чтобы от публикации тот пока воздержался, так как необходимо согласовать текст с Центром.
Вот этот текст:
«В виду приближения к красной столице Урала Екатеринбургу и в виду возможности того, что коронованному палачу удастся избежать народного суда (раскрыт заговор белогвардейцев с целью похищения бывшего царя и его семьи) Президиум Уральского Областного совета, исполняя волю революции, постановил:
(отсутствует часть текста) расстрелять бывшего царя Николая Романова, виновного в бесчисленных кровавых насилиях над русским народом.
В ночь с 16 на 17 июля приговор этот приведен в исполнение. Семья Романова, содержащаяся вместе с ним, эвакуирована из Екатеринбурга в интересах обеспечения общественного спокойствия.
Президиум Областного совета».
Телеграфная линия была занята, и Москву не давали. Наконец, утром 18 июля 1918 года на прямом проводе оказался Я.М. Свердлов. На телеграф поехали А.В. Белобородов, редактор «Уральского рабочего» В.А. Воробьев и «еще кто-то из членов президиума областного совета». Об этом В.А. Воробьев в журнале «Прожектор» 15 июля 1928 года писал: «Помню, товарищам моим было очень не по себе, когда они подошли к аппарату: бывший царь был расстрелян постановлением президиума областного совета и было неизвестно, как на это «самоуправство» будет реагировать центральная власть, Я.М. Свердлов и сам Ильич.