Крепостная ограда Воскресенского Новоиерусалимского монастыря была сооружена в 1690 - 1697 годах по проекту выдающегося русского архитектора Якова Григорьевича Бухвостова. Ограда расположена по периметру мопастырского холма и представляет в плане неправильный многоугольник. Она состоит из крепостной стены, восьми башен, поставленных на ее изломах и над западными воротами, и восточных ворот с надвратной церковью. Общая протяженность ограды около километра, высота девять метров, толщина до трех метров.
Монастырская стена построена по всем правилам крепостного зодчества конца XVII века. С внутренней стороны она традиционно делится на две части. Нижняя расчленена полуциркульными, близкими к ордерным пропорциям нишами для бойниц подошвенного боя. Верхняя часть представляет собой боевой ход, огражденный балясным парапетом. Боевому ходу на всем протяжении соответствуют два ряда бойниц: щели, предназначенные для стрельбы вдаль, и машикули, позволяющие осматривать и оборонять основание крепости. Два равномерных ритмических ряда архитектурных членений - ниши для бойниц подошвенного боя и опоры, поддерживающие кровлю боевого хода, - архитектор сдвинул относительно друг друга, что еще более подчеркнуло два основных горизонтальных пояса крепостной стены.
Наружное архитектурное решение традиционно лаконично. До венчающей части стена выложена под едва заметным для глаза откосом. Венчающая часть составляет более чем одну треть от общей высоты. Переход к ней осуществляется с помощью уступа, которому по традиции соответствуют машикули. Ряды этих бойниц, расположенных в частом ритме, п горизонтальные тяги, выложенные уступчиками, составляют единый декоративный пояс, который охватывает стену на всем протяжении.
Стремясь связать монастырскую ограду в единый ансамбль с Воскресенским собором, архитектор умело использовал принцип силуэтного подобия, придав башням силуэт, близкий ротонде собора. В полукруглых выступах, 'примыкающих к основным объемам, расположены винтовые лестницы, которые соедипяют вторые и третьи ярусы башен. Предположительно в XVIII веке башни получили палестинские названия: Гефсиманская, Сионская, Давидов дом, Иноплеменничья, башня Варуха, Ефремова, Дамасская. Башня над западными воротами, частично перестроенная в середине XVIII столетия, в царствование императрицы Елизаветы Петровны, называется Елизаветинской.
По сложившейся в архитектуре второй половины XVII века традиции над центральными воротами монастыря, расположенными с востока, была построена церковь. Надвратная Входоиерусалимская церковь - тип многоярусного центричного храма «восьмерик на четверике», который получил широкое распространение в архитектуре конца XVII века. Ярусный храм, поставленный на проездные ворота и органично связанный с ними, - единственное в своем роде композиционное решение в архитектуре конца XVII века.
Надвратная церковь имеет строгий декор, выполненный из кирпича, который повторяет мотивы архитектурного декора крепостной стены. Полуколонны обрамляют проездные ворота и нижние ярусы восточных башен. На надвратной церкви расположен такой же декоративный пояс, как и на венчающей части крепостной стены.
Одно из наиболее удачных планировочных решений Я. Бухвостова - расположение надвратной церкви по отношению к Воскресенскому собору. Характерно, что известные рисунки и гравюры с видами собора, исполненные в XVIII - первой половине XIX века Дж. Кваренги, М. Ф. Казаковым и рядом других архитекторов, показывают его через арку проездных ворот надвратной церкви.
Принципы упорядоченности, регулярности, характерные для планировки монастырей в конце XVII столетия, прослеживаются и на примере Нового Иерусалима. Панорамы ансамбля были построены на основе четкой осевой симметрии и рассчитаны на далевое восприятие с исторически сложившихся точек зрения: с юга, от Звенигородской и Волоцкой дорог - главных магистралей того времени; с юго-востока, с высокого крутого берега реки Истры, от села Воскресенского (современная Истра); с северо-запада, от скита патриарха Никона.
В расположении всех служебных построек монастыря тоже чувствуется единый творческий замысел: они размещены таким образом, чтобы не нарушить чистоты ансамбля и не мешать восприятию Воскресенского собоpa. Надвратную церковь фланкируют прямоугольные корпуса служебных палат. Между Дамасской и Ефремовой башнями к стене примыкают Солодовые палаты. Справа от Елизаветинской башни находится Хлебный корпус. Все эти пристройки прямоугольные в плане, с крышей на один скат, которая подходит к ба-ляспому парапету крепостной стены. Лишь с севера расположены поставленные по одной линии два одноэтажных Братских корпуса, между которыми находятся Архимандричьи палаты.
На завершающем этапе возведения крепостной ограды Я. Г. Бухвостов редко бывал в монастыре, так как одновременно вел строительство Успенского собора в Рязани и церкви Спаса Нерукотворного в селе Уборы под Москвой. Подряд на строительство надвратной церкви он передал Филиппу Ивановичу Попуге и Емельяну и Леонтию Михайловым. Но в целом гармоничный облик ансамбля был определен Бухвостовым. С внешней стороны ограда воспринимается как обрамление собора, а с внутренней, с боевого хода, задуманного как гульбище, открывается великолепный обзор его.
Немецко-фашистские захватчики разрушили верхние ярусы башен и надвратную церковь, от которой после взрыва сохранились только проездные ворота и полукружие южного притвора. Сама крепостная стена практически не пострадала. В 1960 - 1970-е годы под руководством архитекторов-реставраторов А. М. Климанова, Л. К. Россова, Г. А. Ларионова, В. П. Гришина, Б. Л. Малхасова проведена реставрация верхних ярусов башен и надвратной церкви.
В 300 метрах к северо-западу от бывшего монастыря на берегу Истры находится интереснейший памятник архитектуры XVII века - «отходная пустынька», или скит патриарха Никона. «Да за монастырем церковь на островку, что именуется пустыня, в которой моливился в Великий пост бывший Никон патриарх…» - сообщает монастырская опись 1679 года. Остров был образован искусственньши протоками, отведенными от Истры. Следы этих протоков сохранились сейчас в виде оврагов, окружающих этот памятник.
Скит представляет собой миниатюрную постройку, цельно и гармонично объединяющую в себе культовые, жилые и хозяйственные помещения. Свой почти полностью дошедший до нас облик скит патриарха Никона приобрел не сразу. В процессе создания - с конца 1650-х годов до 1662 года - изменились и замысел, и система архитектурного убранства. Сначала это было двухэтажное небольшое сооружение с крыльцом. С востока к нему примыкала маленькая четырехстолпная церковь с полукруглым выступом алтаря - апсидой. Первые два этажа скита не разделены карнизом и отличаются только характером оформления расположенных рядами окон. Окна помещений нижнего этажа не имеют наличников. Окна второго этажа наряднее. Очевидно, скит начали строить тогда, когда изразцовое производство в Воскресенском монастыре еще не было налажено, поэтому оконные наличники второго яруса, типичные для русской архитектуры того времени, выполнены из кирпича.
Решительно меняется декор верхних двух этажей памятника, строительство которых велось, очевидно, в начале 1660-х годов. Тогда первый этаж окончательно стал хозяйственным. Проемы между столбами храма были заложены, престол упразднен. На втором этаже в небольших кельях размещались келейники патриарха Никона. Третий этаж - это церковь Богоявления с трапезной, келья патриарха и приемная с небольшой прихожей. На плоской кровле кубического, слегка вытянутого вверх объема здания разместился четвертый этаж - восьмигранная церковь Петра и Павла, маленькая колоколенка и крошечная келья с каменным сиденьем, в которой можно поместиться лишь сидя и согнувшись. Наличники окон двух верхних этажей изразцовые. Изразцами выложены карнизы и порталы внутри и снаружи. На гранях Петропавловской церкви - керамические херувимы, аналогичные херувимам Воскресенского собора. Керамический декор скита сходен с убранством собора составом изразцов и общей схемой их расположения, однако здесь не использованы ордерные формы.
В окончательном варианте скит приобрел снаружи вид небольшого четырехъярусного одноглавого храма с плоской кровлей. Задуманный первоначально как уединенное жилье, скит в конечном итоге превратился в многозначное сооружение, и в первую очередь в символ столпничества - наиболее сурового вида христианского отшельничества.
Архитектурный образ этого памятника многообразен. С юга и с севера это довольно нарядная постройка, напоминающая и жилые палаты XVII века, и древние храмы Новгорода с их гладкими стенами, лестничными башнями и асимметричными завершениями. С востока узкий столпообразный объем со стройным выступом апсиды, завершенный восьмигранной главой - церковью, ярко демонстрирует устремленность к небу. С запада выступает лестничная пристройка, несущая келью, которая предназначалась для уединенных молитв.
Украшением интерьеров служили ныне утраченные изразцовые печи и керамические полы.
В 1975 году под руководством архитектора Г. В. Алферовой (1912 - 1984) началась реставрация скита. Были проведены археологические раскопки, в результате которых обнаружены остатки крыльца с западной стороны и большое количество керамики.
До начала исследовательских работ скит принимали за трехъярусное сооружение с подвалом. Однако оказалось, что нижний хозяйственный этаж в XIX веке был засыпан слоем земли до верха окон. Земля была снята, и открылись первоначальные дверные и оконные проемы.
Под слоем поздних побелок обнаружены остатки розового цемяночного раствора. Это позволило восстановить первоначальный цвет здания.
В 1983 году на фасадах скита начата реставрация керамических поясов: Утраченный северный карниз над третьим ярусом сделан полностью, на остальных фасадах восстановлены недостающие изразцы. В результате исследовательских работ появилась возможность реконструировать интерьеры памятника.