Внешнеполитическая направленность церковной реформы находилась в русле усилившихся связей русской культуры с культурами Украины и Белоруссии. Еще до воссоединения Украины с Россией в Москву приезжали представители украинской интеллигенции, привозились книги, часть сочинений украинских авторов переиздавалась на Московском печатном дворе. Проведенная на Украине в 1630 - 1640-е годы киевским митрополитом Петром Могилой церковная реформа послужила ориентиром для подобного мероприятия в России. При подготовке реформы из Киева были приглашены питомцы Киево-Могилянской академии ученые монахи Епифаний Славинецкий и Арсений Сатановский. Вокруг них в Москве сложилась школа переводчиков и редакторов, которые не только занимались подготовкой изданий но-воисправленных церковных книг, но и впервые познакомили русского читателя с широким кругом западноевропейской научной литературы.
Во главе русской церкви в период проведения реформы стоял патриарх Никон (1605 - 1681). Его справедливо называют одной из самых ярких фигур русской истории XVII века. Выходец из нижегородского крестьянства, получивший обычное для того времени образование в монастырских стенах, Никон сделал блестящую карьеру и стал в 47 лет главою русской церкви. Проведя несколько лет на севере России, в частности в одном из скитов Соловецкого монастыря, Никон сумел во время представления царю произвести столь сильное впечатление на Алексея Михайловича, что был оставлен в Москве и вскоре назначен настоятелем находившегося под царским покровительством Новоспасского монастыря. В 1649 году Никон был возведен в сан новгородского митрополита, став вторым лицом в русской церковной иерархии. Во время восстания в Новгороде в 1650 году митрополит Никон подвергался угрозам и даже, если судить по его письмам царской семье, побоям со стороны восставших горожан. Поведение Никона во время новгородского восстания еще более возвысило его
в глазах царя, и в 1652 году он, согласно с желанием Алексея Михайловича, был избран патриархом. На следующий год он начал проведение церковной реформы.
Деятельность патриарха Никона не ограничивалась только руководством церковью. По сути, он был одним из влиятельнейших членов правительства Алексея Михайловича. Патриарх принимал активное участие во внешнеполитических делах: способствовал укреплению русско-украинских связей, боролся за выход России к Балтийскому морю. Во время отсутствия в Москве царя, отъезжавшего в войска в ходе русско-польской войны, патриарх фактически управлял государством. На какое-то время в России сложилось как бы единое правление царя и патриарха, о котором писали как о «премудрой двоице», подчеркивая перазделимость светской и церковной власти.
Подобную слитность интересов должно было подтвердить и грандиозное строительство патриарха Никона. Три монастыря, созданные Никоном, первоначально были задуманы в русле начавшейся церковной реформы и подчинены единой идеологической программе. Все они по своему замыслу и прежде всего по названиям имели четкую международную ориентацию. Иверский монастырь на Валдае (основан в 1653 году) был символическим повторением монастыря Ивер, знаменитого центра православия в Северной Греции, традиционно считавшегося представительством Грузии на Афоне. Создавая одноименный монастырь в России, патриарх Никон демонстрировал русско-грузинские связи, которые действительно оживились в XVII веке. На Белом море в 1656 году был основан Крестный монастырь, одноименный находящемуся в окрестностях Иерусалима. В Иверском и Крестном монастырях в кратчайшие сроки были построены соборы и другие каменные сооружения. Монастыри были снабжены книгами, утварью, а также привезенными с Афона и Востока иконами и другими святынями.
Иверский монастырь стал своего рода лабораторией, в которой вырабатывались новые для русской культуры приемы строительства и декоративного искусства. Белорусские монахи, которые населили этот монастырь, привезли с собой не только мастеров, снискавших славу патриаршему строительству, но и оборудование для типографии. Монастырь выпускал свою книжную продукцию (в том числе и сочинения патриарха Никона), что также было новшеством для России, имевшей до этого только одну типографию - Государев печатный двор в Москве.
Центральным пунктом строительной программы патриарха Никона стало создание под Москвой Воскресенского Новоиерусалимского монастыря, задуманного как подобие христианских святынь Палестины. Новый монастырь создавался Никоном в сотрудничестве со светской властью, и строительство его, по крайней мере на первом этапе, рассматривалось как дело общегосударственное. Это обстоятельство имело важное значение для всей последующей истории монастыря.
При изучении экономического положения Воскресенского Новоиерусалимского монастыря в XVII веке обращает на себя внимание тот факт, что основанный после Уложения 1649 года, запретившего церкви какие-либо земельные приращения, монастырь сразу стал крупным феодальным вотчинником. Для него были куплены земельные владения в разных уездах России. Практически на каждую покупку давалась жалованная подтвердительная грамота от имени царя Алексея Михайловича. Подобные закупки делались и при создании двух первых никоновских монастырей, что также подтверждает участие в их создании светской власти.
Для нового строительства патриарх Никон начал приобретать земли по реке Истре - левому притоку Москвы-реки. Это территория древнего Сурожского стана, упоминаемого в письменных источниках с начала XIV века. Позднее населенными местами по Истре владели роды Пушкиных, Голохвастовых, Пожарских, Черкасских. В середине XVII века, к моменту земельных приобретений патриарха Никона для нового монастыря, среди владельцев земель по реке Истре мы находим Троице-Сергиев и Иосифо-Волоколамский монастыри, стольника Р. Ф. Бобарыкина и других, более мелких вотчинников.
Новый Иерусалим был основан в 1656 году на землях села Воскресенского (другое название - Сафатово), В центре обширной территории, на холме, получившем название Сион, был заложен мужской монастырь. Его окрестности в соответствии с замыслом тоже получили палестинские названия: холм к востоку от монастыря назвали Елеоном, основанный Никоном небольшой девичий монастырь - Вифанией; па севере находились холм Фавор, село Микулино, переименованное в Преоб-раженское, и деревня Капернаум, бывшая Зиновьева пустошь. Река Истра была переименована в Иордан. Таким образом, под Москвой появился новый церковный центр с топографической номенклатурой, знакомой тогда каждому русскому человеку по евангельским текстам.
Создатели Новоиерусалимекого архитектурно-ландшафтного комплекса использовали документальные материалы топографии Палестины и христианских сооружений. Основным письменным источником была рукопись под названием «Проскинитарий» («Поклонение») Арсения Суханова, дважды посетившего Палестину в 1653 - 1655 годах. Им были описаны многие христианские достопримечательности. Особенно тщательно, с обмерами, Суханов изучил центральную постройку палестинских «святых мест» - храм Гроба Господня в Иерусалиме, Среди других источников следует назвать чертеж Иерусалима «со всеми святыми местами» и деревянную модель храма Гроба Господня, привезенные в Россию иерусалимским патриархом Паиси-ем в 1649 году. Кипарисовая, украшенная перламутром модель представляет собой обычный сувенир, но дает довольно точное представление о структуре палестинского храма. Вероятно, в распоряжении патриарха Никона и его зодчих имелись и гравюры с планами и разрезами этой постройки, опубликованыо в 1626 году во Флоренции.
Для осуществления замысла была произведена необходимая перепланировка местности: очищен от леса берег Истры, подсыпан и укреплен монастырский холм. В короткий срок на нем была построена деревянная церковь. Центральная часть холма предназначалась для каменного Воскресенского собора. Освящение деревянной Воскресенской церкви состоялось в октябре 1657 года в присутствии Алексея Михайловича, который впервые официально назвал вновь созданный монастырь Новым Иерусалимом.
В 1657 году на Елеонском холме была возведена каменная Елеонская часовня, ныне не существующая.
Строительство Воскресенского собора началось в апреле 1658 года и длилось без перерыва до конца 1666 года. Первый период строительства монастыря был тесно связан с судьбой самого патриарха Никона. Двойственные отношения церкви и государства, стремление царя подчинить церковь государственной власти неминуемо должны были привести к открытому конфликту. Попытки патриарха Никона оживить и провести в жизнь теорию о преобладании «священства» над «царством», претензии церкви на активное и даже преобладающее влияние в государстве рано или поздно должны были натолкнуться на противодействие самодержавной власти. Ситуация усугублялась личными политическими амбициями патриарха Никона. Летом 1658 года «премудрая двоица» распалась, и Никон был вынужден оставить Москву и уехать в Новый Иерусалим, В качестве опального патриарха он прожил здесь более восьми лет.
Никону были отданы в личное управление три основанные им монастыря. Документы этого времени постоянно подчеркивают нераздельность владений Иверского, Крестного и Воскресенского монастырей. Эта огромная вотчина включала в себя рыбные ловли на Кольском полуострове, соляные варницы в Старой Руссе и Усолье Камском, два подворья в Москве, земельные владения в северных и центральных уездах, в которых насчитывалось около 6000 дворов крепостных крестьян. Общая система хозяйства давала возможность равномерного распределения продуктов и предельной концентрации сил и средств для строительства. Основные доходы хозяйства поглощало сооружение каменного Воскресенского собора.
Для этого строительства требовалось огромное количество как квалифицированных мастеров, так и подсобной рабочей силы. Крестьяне монастырей, подчиненных Никону, заготавливали лес, камень, глину, жгли известь, делали кирпичи. Ежегодно в Воскресенский монастырь из дальних вотчии присылалось определенное количество работников. Строительные работы отрывали крестьянина от собственного хозяйства, челобитные того времени заполнены жалобами на их разорительность. Работы на строительстве были наиболее тяжелым видом крепостных повинностей. Несмотря на некоторые льготы, которые давались крестьянам монастырей патриарха Никона, размер и тяжесть работ, особенно строительных, постоянно возрастали, приводя многие крестьянские хозяйства к разорению. Старообрядческий автор этого времени писал, что Никон «простых крестьяп тяжкими труды умучил, созидаючи горкой свой Иерусалим».