Вокруг Воскресенского монастыря в конце 1650-х годов создаются слободы, в которых поселяются мастера, приглашенные Никоном. Принято считать, что строительные работы в монастыре возглавлял подмастерье каменных дел Аверкий Мокеев, который работал на всех постройках патриарха Никона. Основные работы по дереву выполняли мастера с Валдая. Создателями декоративного убранства собора и других сооружений стали художники, выехавшие из пограничных областей Украины и Белоруссии, получившие выучку в Речи Посполитой, а возможно, и в странах Западной Европы. Во взаимодействии мастеров разных специальностей, многообразного опыта, принесших в русскую культуру новые приемы технологии, новые мотивы, создавался неповторимый облик Нового Иерусалима.
Одновременно с возведением Воскресенского собора складывался комплекс деревянных и первых каменных построек. В 1660-е годы были проведены большие работы по сооружению деревянной ограды. Новое строение подробно описано в монастырской описи 1679 года: «Круг монастыря с трех сторон осыпной вал, невысок, мелким диким камнем, и с четвертую сторону от Истры реки самородная земля без валу, и по тому валу и самороду рублен город деревянный в две стены и скоблен, а по нем восмь башен с шатрами, внутри города кругом перила… Да с наружную сторону кругом города копан ров, а во рву по одну сторону с трех сторон к валу прислонен лес для осыпи, и землею осыпан, с наружную ж сторону кладено дерном».
Из восьми башен четыре стояли на углах ограды, четыре были проездными. Главным входом в монастырь был восточный, с внутренней стороны к нему примыкала караульня, под которой находилась тюрьма.
В юго-восточной части монастыря размещались деревянные палаты патриарха Никона, состоявшие из двух частей. Главный корпус стоял на подклете, имел каменный погреб и объединял «под одним шатром» приемные покои и различные хозяйственные помещения. Вокруг постройки шли «перила деревянные до городовой стены», включавшей второй комплекс сооружений: шесть жилых патриарших келий и домовую Трехсвятскую церковь над ними.
Палаты патриарха Никона были самой нарядной деревянной постройкой в монастыре. Множество больших и малых окон, двери, обитые лазоревым сукном, обходные галереи, переходы, лестницы с рундуками - все это создавало живописную «теремную» композицию. Поблизости находился пруд и каменная часовенка с шатровым завершением, внутри которой был колодец.
В западной части монастыря располагались два больших хозяйственных корпуса - каменный и деревянный. В первом размещались хлебная, поварня, квасоварня, капустный и квасной погреба. Во втором, прирубленном к городовой стене, - сушильня, ледники и амбары.
У северо-западного и северного прясел ограды стояли деревянные корпуса Казенной, Строительной и Приказной палат. Здесь находился административный и делопроизводительный центр управления вотчинным и строительным хозяйством патриарших монастырей. Неподалеку были палаты архимандрита и четыре братские кельи, позади которых размещалась кузница.
Строительство Воскресенского храма на первом этапе велось довольно медленно. К концу 1666 года он был только доведен до сводов. После церковного собора 1666 - 1667 годов, решившего дело патриарха Никона, возведение его прекратилось.
Конфликт между церковью и государством, углубившийся после удаления патриарха Никона в Новый Иерусалим, требовал своего разрешения. Церковный собор 1666 - 1667 годов, созванный правительством Алексея Михайловича, признал проведенную патриархом Никоном реформу, но осудил одновременно и его, и вождей старообрядчества. Бывший патриарх как простой монах был отправлен в ссылку в Ферапонтов монастырь. Церковный собор должен был определить и юридическое положение основанных Никоном монастырей. Новый Иерусалим начал создаваться как выражение грандиозной церковно-государственной программы, а церковный собор определил ему место рядовой подмосковной обители. Он закрепил за каждым из созданных патриархом Никоном монастырей владения, сложившиеся до 1658 года. Иверскому и Крестному монастырям были возвращены вотчины, которые на протяжении восьми лет использовались Воскресенским монастырем. После такого раздела бывшей огромной вотчины патриарха Никона у Воскресенского монастыря сохранилось хозяйство средних размеров, обеспечивающее жизнь братии монастыря, но не его строительство.
Новый период в жизни Воскресенского монастыря наступил в конце 1670-х годов, в правление царя Федора Алексеевича (1676 - 1682). Уже к 1678 году относятся первые его вклады в этот монастырь. Для обеспечения возобновленного строительства молодой царь приписывает к Новому Иерусалиму 20 монастырей (21-й был приписан в 1694 году), владеющих 1630 крестьянскими дворами. К этому периоду относятся и прямые земельные пожалования, очень скоро снова превратившие Воскресенский монастырь в крупного вотчинника.
Сам монастырь в конце XVII века разворачивает активную приобретательскую деятельность. Поскольку прямые покупки земли были по-прежнему запрещены, приобретения делались в форме замаскированных обменов. Вероятно, власти разрешали подобные сделки, учитывая объем строительства, возобновившегося в монастыре.
К концу XVII века Воскресенский монастырь стал одним из крупнейших церковных вотчинников в России. Монастырю принадлежало около 4000 дворов. Организация монастырского хозяйства была довольно обычной. Крестьяне окрестных сел работали на монастырских пашнях, лугах и скотных дворах. Крестьяне дальних мест, как правило, находились на оброке, который к концу века постепенно приобрел денежный характер. Значительной повинностью крепостных крестьян были работы на строительстве монастырских каменных зданий. К концу XVII века относится множество крестьянских челобитных с описанием тягот, учащаются побеги из монастырских владений. К этому же периоду относятся и открытые выступления против монастырского гнета. Три года длились волнения в приписном Боровенском Успенском монастыре, где крестьяне оказывали полное неповиновение властям и присланным стрельцам. После того как крестьяне были «биты кнутом нещадно», волнения были подавлены. Известен и целый ряд выступлений работных людей на зырянских соляных промыслах.
В последние два десятилетия XVII века в монастыре заканчивалось создание всего ансамбля каменных зданий. В начале 1685 года в торжественной обстановке в присутствии царского двора был освящен Воскресенский собор. К этому событию приурочены были многие земельные и вещевые вклады в Новый Иерусалим членов царской семьи.
Завершив постройку грандиозного Воскресенского собора, монастырь приступает к сооружению большого корпуса Трапезных палат на старых, построенных еще при патриархе Никоне каменных службах, и теплой трапезной церкви Рождества Христова. Освящение церкви при Трапезных палатах в 1692 году превратилось в настоящий праздник поэзии, на котором читали свои стихи придворные и монастырские поэты.
Архитектурный ансамбль монастыря окончательно сложился после возведения в 1690 - 1697 годах при архимандрите Никаноре каменной крепостной ограды. Ее строительство было поручено одному из самых известных и плодовитых зодчих конца XVII века Якову Григорьевичу Бухвостову. В истории русской архитектуры он известен как создатель этапных памятников архитектуры, таких, как Успенский собор Рязанского кремля, храмы в Троице-Лыкове и Уборах под Москвой.
Монастырская ограда, построенная в традициях русского крепостного зодчества, никогда не предназначалась и не использовалась для боевых действий. Единственное сражение, произошедшее под стенами Нового Иерусалима в конце XVII века, не затронуло монастырь: это был разгром в 1698 году последнего в истории России стрелецкого восстания. На берегу Истры встретились в бою полки мятежных стрельцов, которые шли с северо-западной границы в Москву, и регулярные царские войска, снабженные артиллерией. Многие стрельцы были взяты в плен, 57 из них повешены под Воскресенским монастырем. Остальные участники восстания погибли при пытках и казнях, которые начались после возвращения Петра I из «Великого посольства» за границу осенью 1698 года.
Новый Иерусалим был не только крупнейшим строительным и ремесленно-художественным центром своего времени. Крупная монастырская библиотека, своеобразная школа поэзии, сложившаяся в монастыре, достижения в области музыки - все это создавало Воскресенскому монастырю славу культурного центра, имевшего влияние на всю духовную жизнь России второй половины XVII века.
Деятельность патриарха Никона оставила заметный след в истории русской культуры. Привлечение им разнообразных культурных сил для осуществления своих грандиозных целей определило своеобразный архитектурный, художественный и духовный облик Нового Иерусалима.
О духовной жизни монастыря можно судить прежде всего по его книжному собранию. Библиотека Нового Иерусалима возникла, как и сам монастырь, в очень короткие сроки. Вслед уехавшему из Москвы Никону были отправлены его личные вещи и книги, а также уникальный фонд греческих рукописей, привезенных из афонских монастырей, содержащих редкие тексты античных и раннехристианских авторов. В 1661 году патриарх Никон передал свою личную библиотеку в монастырь.
В монастырском собрании были представлены уникальные рукописи, такие, как знаменитый «Изборник Святослава 1073 года», «Юрьевское евангелие» начала XII века, несколько списков летописей, один из томов «Лицевого свода» XVI века, хронографы, родословные книги. Иностранных изданий было немного: книги по архитектуре, лексиконы, травники, географическая литература. Гораздо больше места занимала переводная литература: философские, филологические, исторические сочинения. В библиотеке монастыря были книги, созданные в среде украинских переводчиков, возглавляемых Епифанием Славинецким. Отношения между патриархом Никоном и украинскими монахами-переводчиками, которые сотрудничали с ним в ходе церковной реформы, не прерывались и после его удаления из Москвы. В Воскресенский монастырь регулярно присылались новые переводы.