Крупным по объему был фонд печатных книг, которые необходимы были прежде всего для каждодневных богослужений и чтения. «Четья» литература представлена была самыми разнообразными сборниками и житиями святых. Тесная связь монастыря с украинской, белорусской и польской культурой отразилась в том, что библиотека Нового Иерусалима стала к концу XVII века первой в России по содержанию в ней книг, изданных типографиями Киева, Вильнюса, Кракова, Острога, Львова, Кутеинского (под Оршей) и Иверского монастырей. Эти издания не только обеспечивали литературное общение разных культур; их оформление часто служило источником для создания декоративных элементов, выполняемых Воскресенскими мастерами в самой разнообразной технике - резьбе, литье, керамике.
Библиотека монастыря значительно пополнялась как за счет активных покупок, так и за счет вкладов. К концу XVII века в собрании Нового Иерусалима было не менее 600 книг с очень значительным для монастырской библиотеки процентным содержанием светской литературы.
Интересными по составу были и личные библиотеки ученых монахов, по которым можно четко проследить характер занятий их владельцев. Собрания двух крупнейших поэтов Нового Иерусалима - архимандритов Германа и Никанора - были составлены из пособий по стихосложению, в том числе польских и латинских, нотной и исторической литературы, то есть книг, необходимых для профессиональных занятий.
Своеобразная поэтическая школа Нового Иерусалима складывается еще в первый период его существования, вероятно под влиянием Епифаиия Славинецкого. К концу 1670-х годов она имеет уже признанный авторитет, с которым считаются крупнейшие придворные поэты Симеон Полоцкий и Карион Истомин. Практическим выражением этого признания является тот факт, что по желанию Федора Алексеевича архимандритом Воскресенского монастыря в 1681 году становится Герман. В 1686 году архимандритом монастыря стал Никанор.
В своем творчестве новоиерусалимские поэты опирались на синтез музыки и слова. В монастыре осваивается новый жанр - кант - своеобразное духовное песнопение, возникшее на основе польско-украинской традиции. Архимандриты Герман и Никанор были каждый в свое время уставщиками, то есть руководителями хора. С новоиерусалимскими поэтами был связан крупнейший теоретик музыки и композитор этого времени Николай Дилецкий. Возможно, именно по заказу монастыря он создал известный Воскресенский канон. С музыкальной школой Нового Иерусалима связано появление первых в России певчих рукописей с линейной нотацией, которая только к концу века, да и то не полностью, вытеснила старую крюковую систему нотного письма, существовавшую в России.
Новоиерусалимские поэты творили не только в области гимнографии. Как и многие другие поэты XVII века, они обращались к форме акростиха. Их стихи довольно близки к придворной поэзии своего времени, они написаны «на случай»: смерть патриарха Никона, освящение собора и т. д. Три памятника новоиерусалимской школы поэзии сохранились на белокаменных плитах Воскресенского собора. Один из них - стихотворная летопись строительства Новоиерусалимского монастыря, созданная Никанором (авторство устанавливается по акростиху).
В этой же литературной среде было создано крупное прозаическое произведение конца XVII века - «Житие патриарха Никона». После смерти бывшего патриарха, умершего во время возвращения из ссылки и похороненного в Новом Иерусалиме, его жизнь и деятельность стали объектом пристального внимания публицистов разных направлений. Официальная версия старалась затушевать причины конфликта между царем и патриархом. Старообрядческая легенда о Никоне, используя ряд действительных фактов, к этому времени обросла множеством полемических преувеличений и открытых вымыслов.
Поэтому после торжественных похорон патриарха Никона в августе 1681 года в одном из приделов Воскресенского собора перед его учениками встала задача создать свой вариант историографической легенды об основателе Нового Иерусалима. «Житие» было написано дьяком Иоанном Шушериным, вероятно в сотрудничестве с литераторами монастыря. Возможно, именно к этому времени относится и создание огромного парадного портрета патриарха Никона с клиром (монахами, составлявшими его ближайшее окружение).
В начале XVIII века положение Воскресенского монастыря, как и всех церковных учреждений в России, существенно изменилось. Одновременно с отменой патриаршества и учреждением Синода была серьезно ограничена экономическая самостоятельность церкви. В 1700-е годы правительство Петра предприняло попытку секуляризации церковных земель. В наиболее крупных монастырях, в том числе и в Новом Иерусалиме, были ограничены штаты монахов, определен строгий «оклад» на их содержание, а остальные доходы с монастырских владений стали поступать в государственную казну. В результате этой реформы Воскресенский монастырь потерял 3/4 своих прежних доходов. Кроме того, всю первую четверть XVIII века монастырь облагался и многочисленными государственными сборами. Архив монастыря сохранил множество указов о поставках лошадей и фуража в армию, о посылке плотников и других работников из числа монастырских крестьян на строительство Санкт-Петербурга, Ладожского канала, верфей в Воронеже. К этому времени в самом монастыре строительство было завершено, и только небольшая часть средств тратилась на текущий ремонт.
В 1740-е годы экономическое положение Воскресенского Новоиерусалимского монастыря значительно улучшилось. Благодаря вниманию к монастырю императрицы Елизаветы Петровны (1741 - 1761), землевладение его в эти годы не только восстановилось, но даже возросло. Новый Иерусалим снова стал одним из крупнейших землевладельцев России. В этот период проводятся широкомасштабные, крупнейшие после XVII века строительные работы по Воскресенскому собору, пересоздавшие его архитектурный облик. Талантливым организатором и руководителем этих работ стал настоятель монастыря Амвросий (А. С. Зертис-Камеиский).
Строительные работы 1740 - 1750-х годов тяжелым бременем легли на плечи монастырских крестьян. Количество работ не было регламентировано, что справедливо воспринималось крестьянами как произвол монастырских властей. В вотчинах Воскресенского монастыря начались волнения. Несколько лет продолжалось открытое выступление против гнета в приписной Тихоновой Воскресенской пустыни Карачевского уезда Орловской губернии.
После смерти Елизаветы Петровны государство снова обратилось к политике секуляризации церковных земель. С 1762 года по указу Петра III все монастырские крестьяне в России переводились в разряд государственных. Крестьяне Воскресенского монастыря разделили между собой монастырские земли, скот, сено и оставленные на посев семена. Но Екатерина II, придя к власти, остановила начатую секуляризацию. По ее указу часть крестьян Воскресенского монастыря должна была платить рублевый оброк, остальные определялись для работ в монастырь. Крестьяне ближайших к монастырю сел отказывались повиноваться, монастырские поля остались незасеянными, с лугов крестьяне косили сено для своего хозяйства. Попытка настоятеля монастыря Амвросия взять под караул одного из руководителей вышедших из повиновения крестьян Алексея Максимова закончилась тем, что на обоз архимандрита было совершено вооруженное нападение, и арестованный Максимов был освобожден. Воинская команда, прибывшая в Новый Иерусалим, занялась розыском и наказанием восставших. Более 200 человек были «биты плетьми нещадно», с них были взяты подписки о послушании монастырским властям.
Через два года Екатерина II завершила секуляризацию церковных земель. Манифестом от 26 февраля 1764 года все монастырские крестьяне были объявлены экономическими и переданы в ведение Коллегии экономии. Воскресенский монастырь потерял все свои огромные владения в 26 уездах десяти губерний России, в которых числилось 13 935 душ мужского пола (по некоторым данным - 16 287 душ). Монастырю было оставлено 30 десятин земли (до реформы было 22 000 десятин) и подворья в Москве. На содержание монастыря была назначена «штатная сумма», составившая около 30 процентов прежних доходов. Новому Иерусалиму были определены штаты монастыря I класса: 33 монаха, 30 послушников, 35 служителей. Указами Синода строго регламентировалась вся хозяйственная деятельность. В этих условиях монастырские власти начинают изыскивать другие источники поступления денег. Сдается в аренду монастырское подворье в Москве, часть доходов и пожертвований помещается в банк под проценты. Путем привлечения все большего числа богомольцев увеличиваются церковные сборы. К 1913 году капитал монастыря составил 600 000 рублей.
В XIX - начале XX века Новый Иерусалим - один из самых популярных в России центров религиозного паломничества. Число посетителей возросло после проведения Николаевской, а затем Виндавской (Рижской) железных дорог и достигло к 1913 году 35 000 человек в год. Монастырь разворачивает активную пропаганду своей истории. Брошюры с описанием «русских палестин», жития патриарха Никона, литографии с видами монастыря печатаются в московских типографиях и продаются в монастырской лавке. Там же богомольцам предлагаются иконы, свечи, кресты и другие предметы культа. Монастырь строит странноприимный дом для бедных паломников и гостиницы для более обеспеченных.
В этот последний период своей истории Воскресенский монастырь продолжает пользоваться усиленным вниманием со стороны императорской фамилии, о чем свидетельствует целый ряд богатых вкладов членов царского дома и придворных в его ризницу.
К XIX веку относится начало научного изучения истории Нового Иерусалима. Но еще ранее внимание ученых привлекли наиболее ценные рукописи из библиотеки Воскресенского монастыря, из той ее части, которая поступила в XVIII веке в Синодальную библиотеку и другие хранилища. Так были обнаружены и опубликованы Воскресенская и Никоновская летописи, «Житие патриарха Никона». В конце XVIII века несколько рукописей были посланы для изучения известному археографу А. И. Мусину-Пушкину. В 1817 году Воскресенский монастырь посетили два крупнейших исследователя древней славянской книжности К. Ф. Калайдович и П. М. Строев. В числе их находок в монастырском книгохранилище был знаменитый «Изборник Святослава 1073 года» - вторая по древности русская датированная рукопись. «Изборник» позднее был передан в Синодальную библиотеку. Его изучение продолжается и поныне (факсимильное издание этой рукописи выпущено издательством «Книга» в 1983 году).