3 декабря 1865 г. Петровская земледельческая и лесная академия открылась для всех желающих получить сельскохозяйственное образование. Домовая Петропавловская церковь графов Разумовских стала домовым храмом Петровской академии. Он вновь обрел важное практическое назначение. Первым настоятелем академического Петропавловского храма и преподавателем богословия в академии стал профессор о. Яков Головин. Своими усилиями отец Яков обустроил собственный деревянный дом с мезонином на Вязовой улице в Петровско-Разумовском, получивший обиходное название «дома священника». Его сын, Александр Яковлевич Головин, избравший тропу изящных искусств, стал впоследствии известным русским художником. В Третьяковской галерее есть картина «Грот в старом парке», созданная Головиным под впечатлениями детства. А в 1907 г. директором института стал профессор-почвовед В.Р. Вильямс – памятник ему и теперь стоит на месте Петропавловской церкви. Довольно мирная страница открылась и в истории Петровско-Разумовского парка. Москвичи обожали приезжать сюда «на природу», на народные гулянья с невинными увеселениями – кататься на лодках, отдыхать на траве с плетеной корзиночкой снеди у самовара. Здесь же с удовольствием селились дачники. И потому в 1886 г. сюда специально был проведен маленький рельсовый путь, соединивший Академию и дачников Петровско-Разумовского с городской сетью конной железной дороги. Однако конный трамвай не полюбился Академии: он был очень медленным, лошади вязли в грязи среди полей, холодные вагоны на открытом пространстве пронизывал ветер, и администрация настояла на «паровичке» – вагоне на паровой тяге. За проезд от Академии до Бутырской заставы платили 10 коп., но академия договорилась с руководством дороги о льготной плате для студентов и преподавателей. Кондуктором на этой «самой дачной линии» одно время был писатель К.Г. Паустовский, разжалованный из вагоновожатых за аварию. Он тоже оценил красоту природы Петровско-Разумовского, громаду его лип и кленов, лимонную бледность его осин...
В местном парке любили гулять А.Н. Островский, М. Ермолова, М. Пришвин, здесь впервые встретились русские «короли репортеров» В. Гиляровский и В. Дорошевич. Лев Толстой ходил сюда пешком из Хамовников – дочь директора Академии была женой старшего сына писателя, Сергея Львовича. Андрей Белый вдохновлялся в парке Петровско-Разумовского для романа «Петербург», вживаясь в былую память о Нечаеве и Иванове. А.П. Чехов любил ездить сюда не только на пикники, но и ловить бабочек, в то время как очарованные видом знаменитого писателя студенты периодически устраивали на него вылазки: Чехов сердился и уходил, бросая сачок. Художник И.И. Шишкин написал здесь картину «Пруд в старом парке», о котором сказано потом у Ходасевича: «Снег на дворике московском // Иль в Петровском-Разумовском // Пар над зеркалом пруда».
В 1911 г. настоятелем Петропавловского храма и преподавателем богословия в Московском сельскохозяйственном институте, то есть в бывшей Петровской академии, стал выдающийся пастырь, священномученик о. Иоанн Артоболевский. Родом из Пензы, из семьи священника, он окончил Московскую духовную академию, одно время занимался историей в Московском археологическом институте, посещал лекции В.О. Ключевского, а в 1905 г. принял священнический сан. Через несколько лет о. Иоанна избрали профессором и заведующим кафедрой богословия в Московском сельскохозяйственном институте – вопреки желанию министра просвещения, который не соглашался с его кандидатурой, считая его «либералом». О. Иоанну суждено было стать последним настоятелем этой церкви. После указа Совнаркома «об отделении церкви от государства и школы от церкви» кафедра богословия в Московском сельскохозяйственном институте была упразднена. Домовая церковь, согласно большевистскому декрету, была отделена от института и превратилась в обыкновенный приходской храм, в котором продолжал служение о. Иоанн, в 1919 г. возведенный в сан протоиерея. Первым разрушительным ударом Петропавловской церкви стало изъятие церковных ценностей – акция, подобно урагану пронесшаяся по апрельской Москве 1922 года. Тогда произошло примерно 1414 кровавых столкновений прихожан и представителей власти и красноармейцев, призванных подавлять сопротивление возмущенного народа. После изъятия ценностей московские власти откликнулись массовыми уголовными процессами по делам об изъятии церковных ценностей. По 231 возбужденному уголовному делу было привлечено 732 человека. Им инкриминировалось неповиновение власти, вооруженное сопротивление, хулиганство и т. п.
Патриарх Московский и всея Руси Тихон
Представители богоборческой власти вынесли изо всех приделов Петропавловского храма чуть более пуда драгоценностей, в том числе богослужебные сосуды. В августе того же года о. Иоанн был арестован по обвинению в «контрреволюционной агитации». Это было довольно стандартным обвинением, применявшимся к священнослужителям. Их проповеди могли быть всегда превратно истолкованы заинтересованными лицами, а возможность обратиться к пастве могла легко приравниваться к агитации «с использованием своего положения священнослужителя». О. Иоанн был также обвинен в организации кружка христианской молодежи при Петровской сельскохозяйственной академии, а также в распространении «провокационного» послания патриарха Тихона по поводу изъятия церковных ценностей. Оно гласило: «...Желая усилить возможную помощь вымирающему от голода населению Поволжья, Мы нашли возможным разрешить церковно-приходским Советам и общинам жертвовать на нужды голодающих драгоценные церковные украшения и предметы, не имеющие богослужебного употребления, о чем оповестили Православное население 6 (19) февраля с. г. особым воззванием, которое было разрешено Правительством к напечатанию и распространению среди населения. Но вслед за этим, после резких выпадов в правительственных газетах по отношению к духовным руководителям Церкви, 10 (3) февраля ВЦИК для оказания помощи голодающим постановил изъять из храмов все драгоценные церковные вещи, в том числе и священные сосуды, и прочие богослужебные церковные предметы. С точки зрения Церкви подобный акт является актом святотатства, и Мы священным Нашим долгом почли выяснить взгляд Церкви на этот акт, а также оповестить о сем верных духовных чад Наших. Мы допустили, ввиду чрезвычайно тяжелых обстоятельств, возможность пожертвования церковных предметов, не освященных и не имеющих богослужебного употребления. Мы призываем верующих чад Церкви и ныне к таковым пожертвованиям, лишь одного желая, чтобы эти пожертвования были откликом любящего сердца на нужды ближнего, лишь бы они действительно оказывали реальную помощь страждущим братьям нашим. Но Мы не можем одобрить изъятие из храмов, хотя бы и через добровольное пожертвование, священных предметов, употребление коих не для богослужебных целей воспрещается канонами Вселенской Церкви и карается Ею как святотатство – миряне отлучением от Нее, священнослужители – извержением из сана (Апостольское правило 73, Двухкратного Вселенского Собора, Правило 10)».
В 1934 г. церковь Петра и Павла начали преображать снаружи...
... а внутри открыли винный магазин
Допрошенный следователем ГПУ, о. Иоанн отвечал первому, что на собраниях христианской молодежи он, конечно, бывал, но «не руководительствовал», на воскресной службе в Петропавловском храме действительно читал послание патриарха Тихона, не комментируя его, и вообще не касался в проповедях политических тем, кроме слов о тяжелом положении страны и о голоде. Явной вины за всем этим не усматривалось, и следователь, возможно, объяснил священнику, что по совокупности своих «прегрешений» перед советской властью он может быть лишь выслан за границу. О. Иоанн сам написал заявление с просьбой отпустить его в Ригу. За это следователь решил выпустить его из-под стражи с обязательством уехать в семидневный срок. Однако пастыря отпустили всего на два дня: другой следователь ревтрибунала, усмотрев в предъявленном священнику обвинении недосмотр коллеги, приказал снова арестовать священника и отправить в Таганскую тюрьму, где тот пробыл до осени. В октябре 1922 г. было подготовлено обвинительное заключение, где протоиерею о. Иоанну вменялось в вину зачитывание с амвона послания патриарха Тихона. Священника приговорили к 3 годам заключения, но в январе 1923 г. постановлением ВЦИК он был освобожден. В 1924 г. отец Иоанн был награжден митрой и включен в состав членов Высшего церковного совета при святейшем патриархе Тихоне. Протоиерей Артоболевский даже вернулся в Петропавловский храм и служил в нем вплоть до его закрытия в 1927 г., а затем был назначен настоятелем Введенского храма в старинном московском уголке Черкизово. В январе 1933 года о. Иоанн был снова арестован вместе с другими пастырями по обвинению в беседах на религиозные темы и «антисоветской пропаганде». После трехлетней ссылки он вернулся в Москву, но в январе 1938 г. был опять арестован, на этот раз по поводу «академического дня». Этот повод имел отношение не к Петровской, а к Московской духовной академии, в которой учился отец Иоанн и которая была давно уже закрыта властями. Ее выпускники приходили на молитвенные собрания, вспоминая о своем пребывании в стенах «у Троицы». По все тому же характерному обвинению в «контрреволюционной агитации» о. Иоанна приговорили к смертной казни. Он был расстрелян 14 февраля 1938 г. и похоронен в общей могиле на полигоне в Бутово. На Соборе Русской Православной Церкви в августе 2000 г. протоиерей Артоболевский был канонизирован как священномученик. Сын последнего настоятеля Петропавловского храма Иван Иванович Артоболевский стал советским академиком, крупнейшим специалистом по теории машин и механизмов.
Церковь Петра и Павла окончательно закрыли в 1927 г. В ее здании открыли винный магазин, на стене которого, если судить по фотографии, тайно сделанной для зарубежного издания о разрушенных российских храмах, висел портрет Сталина. Через семь лет после закрытия храма он был снесен для «спрямления трамвайной линии», а на его месте поставили монумент первому советскому ректору академии В. Вильямсу. Академик И.Э. Грабарь считал эту церковь выдающимся архитектурным памятником, но даже он, признанный и обласканный советской властью художник, не стал рисковать утратой советских привилегий для защиты благолепного храма. В наши дни эта местность, как и само Петровское, приобрело (еще с советских времен) довольно унылый вид; оно хаотично застраивается убогими по стилю высотными домами для желающих стать москвичами. Иглы этих башен то тут, то там неуклюже выпирают из-за пока что зеленого Тимирязевского парка; по улицам, проходящим мимо храма, снуют грязные автомобили, порой образующие безнадежную «пробку», и ничто не напоминает о существовавшем здесь некогда домовом институтском храме. В отношении Петровского в наши дни как нельзя лучше подходит выражение: «Богом забытое место...» Впрочем, в меньшей степени эта «богозабытость» относится к знаменитому Петровскому парку, о котором упомянем отдельно.