И в 1706 году за все свои многие подвиги ратные и службу верную произведен был Нами в генерал-поручики. В том же году он вкупе со Светлейшим Князем Нашим Меншиковым воевал в Польше под городом Калиш противу шведского генерала Мардефельда, над коим во главе войск наших полную викторию одержал. А в 1708 году во время войны армии Нашей противу шведов во главе с их генералом графом Левенгауптом в баталии под Лесной командовал он левым крылом, и все шведы до единого побиты были.
В 1709 году участвовал он в баталии кровопролитнейшей под градом Полтавою, где Мы зело славнейшую викторию над шведами одержалии всю их шведскую армию наголову разбили. В баталии же той сам шведский король Карл XII участие принимал и позорным бегством едва себя от плена избавил. В сражении том сей Яков Вилимович зело храбро себя выказал и многие подвиги ратные совершил, за кои не токмо награждения воински получил, но Нами был возведен в достоинство Кавалера Ордена Апостола Андрея.
В 1710 году во время осады Нашим войском града Риги, он паки артиллерией Нашей вельми умело командовал, забрасывая сей град гренадами горящими, и подкопы под стены подводил.
И после был вкупе с другими послан по Нашим надобностям в город Данциг и дела там вел Наши. В 1711 году принимал он участие в походе противу турок в Валахии, где паки артиллерией Нашей командовал и во всех баталиях вместе с Нами пребывал и отменными подвигами вновь прославился за кои произведен был Нами в генералы-от-артиллерии.
В том же году вкупе с другими послан ехать он был в Данциг с поручением Нашим. А в 1712 году пребывал с армией Нашей в Померании и Голштинии, где Нашего, а также датского и саксонского артиллерией изрядно командовал, чем и заслужил многие награды.
В 1718 году, поелику большую ученость и опытность в делах показал, был он назначен Нами Президентом Коллегии Берг– и Мануфактур-, и с того же времени включен был в Наш Правительствующий Сенат для управления государством и решения дел гражданских в Сенате. И везде себя отлично показал, со тщанием и верностию паки службу свою исправлял.
В 1718 году изволили Мы назначить сего Якова Вилимовича Нашим Первым Полномочным Министром на Аландский Конгресс, где он со шведскими министрами в продолжение целого года и даже более, артикулы трактата мирного составлял и в негоциях сих премного потрудился и преуспел к пользе и интересу государства Нашего, не говоря уже о том, как зело много советов мудрых и добровременных Величеству Нашему Царскому подавал в разных оказиях, сам же о себе скромность изрядную сохраняя.
В признание же всех его изрядных подвигов и трудов неустанных, и служения верного и преданнейшего Нашему Величеству, и в воздаяние за все оные деяния ныне признали Мы за благо и повелеть соизволяем, из Милости Нашей и велия благоволения, возвести генерала Нашего Артиллерии Начальника, Кавалера и Президента в звание Графа Империи Нашей Российской, что и возвещаем, утверждаем и заповедуем в поминовение ему и всем его будущим наследникам, сыновьям и дочерям, и даруем сей настоящий Наш Царский Диплом, который Мы составили и подписываем ныне во имя Всемогущего Бога, от Него же все власти, почести и достоинства исходят, в том, что сей помянутый господин Яков Вилимович Брюс и все его потомки и законные наследники обоих полов, в знак милости Нашей изъявляемой, и властию Нашей Императорской, от Бога данной, да будут они отныне и впредь во всех пределах Империи Нашей именуемы и почитаемы яко Графы и титулом сиятельства, и для того Мы сей Наш Диплом вручаем и передаем сему Нашему Генералу от Артиллерии и всем потомкам его, дабы всех и каждого известить и уведомить дабы впредь они не токмо в пределах Империи Нашей Российской графами сиятельными именовались и почитались, но и в иных царствах и княжествах за оных почитаемы были, и почести, сану их приличные, везде обретали.
И герб его родовой тако умножив отныне впредь иметь позволяем, а именно: в золотом поле Крест Святого Андрея и слава пурпурные, и поверх шлема по рангу его, намет червонный с серебром, и бурелет тех же цветов. В нашлемник рука в латах держащая булаву. С правой стороны лев пурпурный щит поддерживает, а с левой единорог натурального цвета и девиз гербовый-FUIMUS, и к исконному его гербу добавление за всю его Нам верную и прилежную службу, как при взятии городов неприятельских, тако и в баталиях соучастие таковой герб преписываем и жалуем: щит новый на четыре части разделенный, в середине коего да будет его прежний щиток, как уже выше описано, а с первой и третьей части щита в лазоревом поле часть белой городской стены справа налево наискось положенной, над которой ядро огненное с тремя языками пламени натурального цвета за его верную и правильную нам службу в то время, когда он Нашим Первым Полномочным Министром на Аландском Конгрессе, а во второе и четвертое поле назначаем ему в белом поле с боков две дуги темно-зеленого цвета, одна напротив другой расположенные, между которыми черная голова орла с короной, и как в гербе его изображено над щитом кроме прежнего шлема еще два поставлены, а именно: справа имеющий корону баронскую, на коей часть городской стены, как в первом и третьем поле щита изображено, а слева шлем, имеющий корону графскую, на коей черная голова орла с короной, как во второй и четвертой части щита изображено, а также намет и щитодержатели, и девиз таковой, как и в прежнем его гербе.
Итак, Мы, Пресветлейший и Державнейщий Великий Государь Царь и Великий Князь Петр Алексеевич Самодержец Всероссийский Нашей Империи Российской и царств любезных Наших подданных, как духовных высших и низших орденов, так и мирских в Нашего Царского Величества Сенате заседающих, чьи статуты и ордена как военные, так и гражданские, и всем подданным Империи Нашей Российской приказываем, и мандат Наш собственный принимаем и утверждаем, также остальных Властителей, чужеземных князей и всех прочих Государей и Принцев, дружески просим, чтобы сего выше помянутого Нашей Российской Империи Графа, генерала от артиллерии, Кавалера и Президента Якова Вилимовича Брюса, а также всех его законных потомков мужеского и женского полу по нисходящей линии отныне и навеки за графов Российской Империи Нашей признавать, величать, писать и именовать, под страхом и наказанием Нашего Величества гнева и пеней в сто золотых чистого золота фунтов, из них в Нашу казну половина полагается, также и иноземных Государей просим поступать.
В свидетельство сей Нашей милости и возведения в степень достоинства высшую, печать сию Нашей Империи Российской прилагает с подписанием собственною Нашею Царскою рукою.
Дано в Нашем Царском граде Петербурге в год от Рождества Христова 1721 февраля 18 дня, а царствования Нашего в 39 год».
Когда 30 августа 1721 года Брюс подписал со Швецией Ништадтский мир, закреплявший все российские завоевания, царь пожаловал его поместьями с 723 дворами в Кексгольмском и Козельском уездах. Царь, который уже собирался было оставить шведам Выборг, но не успел сообщить об этом своим послам, очень обрадовался, что им удалось добиться мирного договора, не поступившись ничем. Он писал в связи с этим Брюсу и Остерману: ««Господа полномочные! я намерен был ехать к Выборгу для осматривания границ; но приезжая к Дубкам, получил от вас подписанный и размененный трактат, которая, нечаянная так скоро, ведомость нас всех зело обрадовала, и что сия трехвременная жестокая школа такий благий конец получила. Понеже трактат так вашими трудами сделан хотя б написав нам, и только бы для подписи послать господам шведам, более бы того учинить нечего, за что вам зело благодарствую, и что славное в свете дело ваше никогда забвению предатися не может, а особливо (поелику) николи наша Россия такого полезного мира не получала. Правда, долго ждали, да дождались: занеже все да будет Богу, всех благ виновнику, выну хвала».
Через 10 дней после праздника в честь Ништадтского мира, внимание царя к Брюсу выразилось особенно ярко на, в описании которой от 1 ноября, очевидец, голштинский камер-юнкер Берхгольц особо отмечал: «Император сидел недалеко от входных дверей, но так, что мог видеть танцевавших; около него сидели все вельможи, но его величество большею частию разговаривал с генерал-фельдцейхмейстером Брюсом, сидевшим подле него с левой стороны».
Влияниие Брюса проявилось, в частности, в процессе вице-канцлера Шафирова с обер-прокурором Скорняковым-Писаревым, дело которых рассматривалось на заседании сената 31 октября 1722 года, Брюс, вместе с Меншиковым и Головкиным, ушел из зала заседания, сказав, по словам донесения Меншикова царю: «когда в сенате обер-прокурор вор (так обозвал Скорнякова Шафиров), то как нам дела при том отправлять?». 8 января 1723 года Яков Вилимович, как сенатор, «обеим сторонам не подозрительный», был назначен первым членом комиссии Верховного Генерального Суда и в этом качестве вместе с Матвеевым и Мусиным-Пушкиным, задавал вопросы Меншикову, явившемуся ответчиком по делу Шафирова.
В результате следствия Шафиров был осужден на смертную казнь. Но во время исполнения приговора ему была объявлена замена смертной казни вечной ссылкой с лишением чинов и имущества.
7 мая 1724 года, при короновании Петром Великим Екатерины на престол императрицы, генерал-фельдцейхмейстер Брюс в свите царских регалий нес перед Государем императорскую корону. Его жена, Марфа Андреевна, вместе с княгиней Меншиковой, графиней Головкиной и княжной Трубецкой, поддерживала шлейф императрицы.
В последние дни января 1725 года тяжело заболел царь. Брюс не только присутствовал во дворце со всею знатью, но и принимал участие в «конгрессе» первейших чинов Империи, провозгласившем на рассвете 28 января императрицу Екатерину преемницей умершего императора, причем «в том же преждереченном конгрессе от всех прошен Генерал-Фельдцейхмейстер Сенатор и Кавалер граф Яков Брюс, дабы принял на себя труд о обустроении погребения императорского и принадлежащаго к тому, по обычаю прочих в Европе государств. И его превосходительство, получив себе в помощь господина генерала Бона и выбрав угодных к тому делу управителей и прочих помощников, тако ж и вся к тому нужная изготовив и мастеров разных художеств созвав, со всяким тщанием ему врученное дело производил и исполнил». После смерти Петра Брюс возглавлял траурную комиссию и руководил разработкой погребального церемониала. В память императора Яков Брюс создал рисунок к 1160 золотым (от 4 до 50 червонцев) и 10900 серебряным медалям. Этот рисунок был представлен в Сенате 24 февраля 1725 года и утвержден с некоторыми изменениями обратной стороны медали: вместо «лежащих на земле корон и прочего» решено «быть столику и на нем скипетр и держава».