В 1636–1637 гг. русские мастера сделали дошедшие до нашего времени каменные надгробия, стоящие в соборе. В 1905 г. были проведены реставрационные работы, после чего все надгробия заключили в бронзовые остекленные футляры, на которых написали имена погребенных и даты их захоронения. В торжественные дни гробницы накрывались богатыми бархатными или парчовыми покровами, которые сейчас находятся в Оружейной палате. Особое место занимает рака с мощами святого царевича Димитрия – сына Ивана Грозного. Она установлена у юго-восточного столпа. Останки царевича Димитрия были перенесены из Углича в Архангельский собор в 1606 г., в период царствования Василия Шуйского. В 1638 г. над ракой установили резную белокаменную сень. В 1834 г. сень укрепили и покрасили, но резной орнамент при этом был поврежден и частично уничтожен. Во время реставрации собора в 1953 г. сень восстановили в первоначальном виде.
Собор был закрыт в 1918 г. В 1920-е гг. были проведены ремонтно-реставрационные работы, в частности разобрали поздние притворы. При сносе в 1929–1930 гг. собора Вознесенского монастыря усыпальницы цариц и великих княжон, их останки в белокаменных гробах были перенесены в подклет Архангельского собора. В 1953–1955 гг. проводилась реставрация собора, после чего он был открыт как музей. Во время реставрационных работ в 1963 г. были вскрыты и исследованы захоронения Ивана Грозного и его сыновей; по результатам этих исследований М.М. Герасимов создал пластическую реконструкцию внешнего облика грозного царя и его сына Федора Ивановича. С 1991 г. в соборе совершаются богослужения на престольный праздник, на Радоницу (вторник второй недели после Пасхи), а также по благословению патриарха. В остальное время он продолжает работать как музей.
Михаила, архангела, близ Кутузовской избы церковь (Кутузовский проезд, дом № 3).
В Филях 1 сентября 1812 г. на военном совете, собравшемся в крестьянской избе, М.И. Кутузов и его соратники решили сдать Москву неприятелю, чтобы спасти русскую армию. Памятник Отечественной войны 1812 г. – «Кутузовская изба» – сохранялся как историческая святыня. Это был маленький бревенчатый домик в три окошка на улицу, окруженный низеньким палисадником. В одной половине избы устроили небольшой музей, в другой половине жил сторож – отставной солдат. В 1868 г. изба сгорела, в 1887 г. ее восстановили. В советские годы музей разграбили, и в Кутузовской избе была устроена «лыжная станция Общества пролетарского туризма». Музей восстановили в 1938 г.
Возле Кутузовской избы в 1912 г., к столетию освобождения Москвы от французов и в память полководца М.И. Кутузова, была выстроена часовня в романо-византийском стиле. В 1920 г. в ней был освящен престол во имя архангела Михаила, и мемориальная часовня превратилась в церковь. В церкви был мраморный двухъярусный иконостас, сохранившийся до наших дней, новонаписанные иконы. В 1930 г. Михайловский храм возле Кутузовской избы закрыли и позже обезглавили. Была также разрушена колокольня. После передачи в 1993 г. храма Русской Православной Церкви начались восстановительные работы, и освящение Михайловского храма состоялось 20 ноября 1998 г. Роспись храма осуществили иконописцы православной стенописной артели при храме преподобного Симеона Столпника.
Михаила, архангела, в Нижних Лихоборах часовня (уничтожена).
Первое упоминание деревни Лихоборки, названной по одноименной речке, относится к 1711 г., а название Нижние Лихоборы сложилось уже в XIX веке, чтобы отличать ее от Верхних Лихобор. Исследователи доказали преемственность деревни Топорково и Нижних Лихобор. В 1719 г. в Лихоборке числился 21 двор (77 душ мужского пола). К моменту вхождения в состав Москвы в 1927 г. в деревне насчитывалось 64 крестьянских хозяйства и 382 жителя. В ходе массовой городской застройки 1950-х – 1960-х годов деревня была снесена. В Нижних Лихоборах в дореволюционные годы существовала часовня архангела Михаила, но ни дата ее постройки, ни упразднения неизвестны.
Михаила, архангела, в Овчинниках церковь (Средний Овчинниковский переулок, дом № 7).
В Замоскворечье, недалеко от Обводного канала, во дворе большого современного дома стоит один из интереснейших храмов. Район этот с древних времен назывался Овчинники, так как в XVII веке здесь находилась государева Овчинная слобода, обитатели которой поставляли шерсть и овчины для дворцовых нужд.
Каменный храм (вместо прежнего, деревянного) был возведен в первой половине XVII века и освящен в честь праздника Покрова Пресвятой Богородицы. Первоначально это был небольшой кубический храм (четверик) с трехчастным алтарем и небольшой трапезной. Четверик был перекрыт сомкнутым сводом, снаружи имел горку кокошников и три главы, стоящие на поперечной оси здания.
Редкое трехглавое завершение храма символизировало Святую Троицу. Несколько позднее, в 1665 г., с юга к четверику пристроили придел архангела Михаила, при этом трапезную расширили. С этого времени храм и стал именоваться по приделу. Около 1700 г. храм кардинально перестраивался. Во-первых, он получил каменную колокольню, соединенную с храмом, для чего трапезную удлинили к западу. В это же время изменения коснулись внешнего вида четверика: его перекрыли на четыре ската, надстроив стены. Нижний ряд кокошников остался на стене, под новым карнизом, а верхние ряды скрыла новая крыша. От трехглавия осталась лишь центральная глава. В это же время окна на апсидах получили существующее пышное оформление. В 1765–1770 гг. при ремонте в трапезной был выгорожен придел священномученика Харлампия. В 1820–1830 гг. фасад получил модное ампирное оформление.
В храме до начала 1930-х гг. сохранялся пятиярусный иконостас XVII века с поздними переделками. Основные иконы были написаны в XVII–XVIII веках. Самые известные и ценные из них были Собор всех святых 1642 г. работы царских изографов и Владимирская икона Божией Матери с Голгофским крестом на обороте – работы знаменитого московского иконописца Симона Ушакова 1652 г. Сейчас они хранятся в Третьяковской галерее, а для храма в 1990-е гг. были сделаны с них копии. Также в храме имелась икона Собор архангела Михаила с двадцатью шестью клеймами, которая сейчас хранится в Русском музее Санкт-Петербурга. Храм закрыли в начале 1930-х гг., с него сняли кресты, золотые покрытия глав, уничтожили придел священномученика Харлампия. В середине 1950-х гг. на углу Овчинниковской набережной и Садовнического проезда было выстроено здание, переданное Государственному комитету по внешним экономическим связям при Совете Министров СССР. Это огромное здание своими крыльями обхватило большую территорию, перекрыло Средний Овчинниковский переулок. Церковь оказалась в его дворе как в каменном мешке и была передана Госкомитету под архив. Храм реставрировали несколько раз в 1950-1970-е гг.
В Великую субботу 1998 г. храм был освящен, и на Пасху в нем состоялось богослужение. В 2000 г. храму были переданы палаты XVII века, стоящие рядом. В них разместился приходской дом с детской воскресной школой.
Михаила, архангела, в Спасо-Андрониковом монастыре церковь (Андроньевская площадь, дом № 10).
Спасо-Андроников монастырь был основан около 1360 г. по обету святителем Алексием, митрополитом Московским, на левом берегу реки Яузы, на ее изгибе при впадении ручья Золотой Рожок. Первым каменным зданием монастыря был Спасский собор, построенный в начале XV века. Вторым по времени постройки стало здание монастырской трапезной, выстроенной в 1504–1506 гг., когда монастырем управлял архимандрит Митрофан – духовник великого князя Ивана III. Трапезная строилась из кирпича, который брали из Калитников, где кирпичное производство завел в 1470-х гг. для строительства Успенского кремлевского собора Аристотель Фьораванти. Трапезная представляла собой одностолпную палату на высоком подклете, в котором находились служебные помещения. При трапезной должна была быть церковь, но о ней нет никаких сведений в монастырских документах. Трапезная – самое раннее кирпичное здание, построенное на территории Москвы вне Кремля, повторяющее по конструкции Грановитую палату. Ее восточный фасад, обращенный в сторону Спасского собора, создавал границы монастырской площади, расположенной между ней, собором и Святыми воротами.
В начале 1690-х гг. в монастыре началось новое большое строительство – возведение церкви при трапезной палате. Храм строился на средства царицы Евдокии Федоровны Лопухиной, супруги Петра I, как родовая усыпальница Лопухиных. К 1694 г. был возведен почти весь храм до кровли. Затем строительство надолго прервалось, и только в 1728–1739 гг. было завершено. Тогда возвели восьмигранный барабан с главкой. Здание построили в модных в то время формах московского барокко, оно было одним из первых в этом стиле. Церковь имела два яруса четвериков и ярус восьмерика, увенчанный барабаном с главкой. Фасады восьмерика завершались полукруглыми кокошниками, украшенными раковинами, что придавало всему зданию торжественный вид. Подклет занимала усыпальница, второй ярус – храм во имя архангела Михаила. В него можно было попасть из трапезной палаты и по двум большим лестницам, идущим по бокам здания, из которых сохранилась только северная. В третьем ярусе здания разместилась церковь во имя святителя Алексия, митрополита Московского, небесного покровителя царевича Алексея Петровича, сына Петра I и Евдокии Лопухиной. Вход в этот храм был устроен над сводом трапезной. Часто в документах весь храм называли Михайловско-Алексеевским. Третий ярус храма был небольшим, квадратным в плане и не имел отдельной алтарной части, так что иконостас был вынесен далеко в центр храма. Декор окон всех этажей был единый, такой же был сделан и на трапезной. Карнизы, выведенные по фасаду церкви, были продолжены по зданию трапезной.
В XVIII веке в подклете храма были похоронены родственники царицы Евдокии Федоровны Лопухиной: отец, дяди, двоюродные братья, племянники и другие (всего – триадцать захоронений). Последним похоронили в 1821 г. Н.А. Лопухина. В 1792 г. в подклете была освящена церковь иконы Божией Матери «Знамение». Этот храм был усыпальницей Лопухиных и одновременно теплым храмом при Михайловской и Алексеевской церквах. В 1819 г. при церкви архангела Михаила устроили придел Усекновения главы Иоанна Предтечи в том месте, где до этого был придел апостолов Петра и Павла. В церкви архангела Михаила в 1838 году в южной части алтаря освятили придел во имя святого Александра Команского.