Новая эпоха Петровско-Разумовского началась в 1860 г., когда усадьба была выкуплена казной для создания в ней высшего сельскохозяйственного учебного заведения. В 1865 г. в селе была основана Петровская земледельческая и лесная академия. Храм преобразовали в домовый, и частично его перевели на содержание академии. Фактически же Петропавловская церковь продолжала оставаться приходской, обслуживая не только преподавателей, студентов и служащих академии, но и жителей окрестных деревень Выселки, Федоровка, Лихоборы, рабочих фабрики Иокиш.
Храм в Петровско-Разумовском являлся выдающимся архитектурным памятником нарышкинского барокко. В основе здания лежал четверик, разделенный декоративно на два яруса. Над четвериком располагался восьмерик. Окна украшали затейливые белокаменные и кирпичные декоративные наличники. Отдельно стоящей колокольни не было, семь колоколов находилось в звоннице на третьем ярусе под барабаном. По отзывам искусствоведов, храм «представляет из себя редкий памятник архитектурного искусства XVII века, вошедший во все книги по истории русской архитектуры, как типовой образчик барочного (нарышкинского) стиля наравне с храмом в селе Филях».
Высокий восьмиярусный главный иконостас конца XVII – первой половины XVIII века имел 49 икон. Местный ряд и Царские врата начала XVIII века были украшены резными колоннами, декоративными листьями и кистями винограда. Другие ярусы иконостаса были изукрашены в елизаветинское время. Значительную историко-художественную ценность представлял цельный ампирный иконостас придела Казанской иконы Божией Матери начала XIX века, в котором справа от Царских врат помещалась храмовая Казанская икона Божией Матери XVIII века. В алтаре главного храма сохранялись многие замечательные по древности и красоте священные предметы: потиры XVII века, 1815 и 1816 годов, крест 1817 г., дарохранительницы 1778 и 1806 годов, Евангелие 1688 г., Апостол 1684 г. с вкладной записью царя Петра I. На престоле лежал антиминс, освященный епископом Августином в 1812 г. В храме имелось паникадило XVII века, на звоннице находились три колокола того же времени, один из которых (1697 г.) – вклад Анны Леонтьевны Нарышкиной на поминовение души почившего супруга.
В 1890-е гг. церковь капитально отремонтировали усердием церковного старосты московского купца Н.Г. Григорова. Одновременно отреставрировали и вызолотили оба исторических иконостаса, стены и алтарь вновь покрыли священной живописью и орнаментами. Старые ветхие клиросы заменили новыми, у боковых стен соорудили два киота, в которые поместили икону Божией Матери «Всех скорбящих Радость» и иконы святых, имена которых носила царственная семья Нарышкиных. Снаружи стены украсили написанными на цинке иконами. Торжество освящения возобновленной церкви состоялось в январе 1896 г., сопровождаемое пением хора Петровского сельскохозяйственного института (впоследствии – академия), для которого храм был приходским. В апреле того же года освятили Казанский придел.
С 1911 г. настоятелем храма был протоиерей Иоанн Алексеевич Артоболевский (1872–1938), который вместе с тем заведовал кафедрой богословия в Петровской сельскохозяйственной академии. Отец Иоанн Артоболевский был активным участником церковной жизни 1910– 1920-х гг., в 1917–1918 гг. он являлся делегатом Московского Поместного Собора. После закрытия храма отец Иоанн был переведен во Введенскую церковь в селе Черкизово. В 1920-е гг. его дважды арестовывали, вновь арестовали в 1937 г. и расстреляли. В 2000 г. отец Иоанн Артоболевский причислен к лику священномучеников. Его сын – известный ученый, математик и механик И.И. Артоболевский.
После Октябрьской революции 1917 г., когда приступили к ликвидации домовых церквей, при Петропавловском храме образовалась большая община из студентов и служащих Петровской академии, жителей близлежащих деревень, рабочих железнодорожной станции. Несмотря на это, древний храм закрыли и опечатали 5 мая 1925 г. Богатое церковное имущество – два престола, серебряные сосуды, Евангелия, три серебряных креста, около двухсот икон, множество облачений и покровов, семнадцать серебряных лампад, около четырехсот богослужебных книг – передали в Благовещенскую церковь в Петровском парке. П.Д. Барановский, обследовавший Петропавловский храм в январе 1927 г., увидел в не отапливаемом помещении иконостас, наполовину зашитый тесом. В 1931 г. уникальный памятник церковного зодчества уничтожили. В 1947 г. на его месте установили памятник почвоведу В.Р. Вильямсу.
Петра и Павла, апостолов, при Петрониколаевской богадельне церковь (2-й Кожевнический переулок, дом № 10; уничтожена).
Основателями богадельни и церкви при ней были известные благотворители братья Петр и Николай Гордиановичи Куманины. Богадельня размещалась в специально выстроенном для нее в 1868 г. здании в Кожевниках. На верхнем этаже устроили Петропавловский храм с главой, выходящей на крышу. Здесь находился одноярусный резной иконостас из дуба, в котором помещались девять икон. Храмовая икона апостолов Петра и Павла имела серебряную вызолоченную ризу. Многие иконы были пожертвованы братьями Куманиными и их родственниками.
В 1918 г. в здании богадельни открыли общежитие. Церковь закрыли, а ее имущество поделили между Воскресенским храмом села Карпово Дмитровского уезда и храмом села Лобанове Бронницкого уезда Московской губернии. В 1930-е гг. здание бывшей богадельни надстроили третьим, а во второй половине 1960-х годов четвертым этажами.
Петра и Павла, апостолов, в Хамовнических казармах, при Несвижском полку церковь (Комсомольский проспект, дом № 20; уничтожена).
Хамовнические казармы были выстроены в 1807–1809 годах архитектором М.М. Казаковым, сыном знаменитого зодчего. В начале XX века здесь размещались три полка, имевших собственные домовые храмы: Перновский (Петропавловский храм), Сумский (Георгиевский храм) и Несвижский (Петропавловский храм). Последний был устроен в среднем из трех корпусов казарм, в выступе его западного крыла. На противоположном его выступе находилась церковь Перновского полка. Храм Несвижского полка считался одним из самых благоукрашенных среди полковых церквей Московского военного округа. В нем находился вызолоченный двухъярусный иконостас, по стенам размещались киоты с иконами в дорогих ризах. Стены были расписаны священными изображениями и орнаментами. В ризнице хранилось более двадцати полных священнических облачений. В 1887 г. по правую сторону Петропавловского храма устроили придел святителя Николая в память совершеннолетия цесаревича Николая Александровича. Церковь ликвидировали вскоре после Октябрьской революции 1917 г. Ныне в помещении храма Несвижского полка устроен спортивный зал военно-дирижерского факультета Московской консерватории.
Петра и Павла, апостолов, в Хамовнических казармах, при Перновском полку церковь (Комсомольский проспект, дом № 20; уничтожена).
Храм был освящен в 1863 г. В 1899 г. устроен также придел святителя Николая и мученицы царицы Александры. Ликвидирован в 1920 г. Церковное помещение используется под солдатский клуб. Над местом, где находился храм, сохранилась небольшая башенка-звонница.
Петра и Павла, апостолов, на Якиманке церковь (уничтожена).
Церковь была сооружены стрельцами в 1649–1651 гг. В 1713 г. обветшавший храм начали перестраивать, и этот процесс растянулся на два с лишним десятилетия вследствие запрета Петром I каменного строительства в Москве. Окончательный облик Петропавловская церковь приобрела в 1851–1852 гг., когда по проекту архитектора П.П. Буренина соорудили шатровую колокольню с часами в русском стиле и обширную трапезную. Несмотря на значительные переделки, храм сохранил древнерусский облик. В нем было устроено три придела: перед алтарем – мучеников Кирика и Улиты, с правой стороны трапезной – святителя Николая и с левой стороны – преподобного Алексия, человека Божия. Главный иконостас, украшенный резными деревянными колонками и полуколонками, имел три яруса: придельные иконостасы – по одному ярусу. За правым клиросом в южных входных дверях была устроена деревянная сень, под которой находился деревянный ковчег с иконами и частицами мощей архангела Рафаила, святителя Иоанна Златоуста и мученицы Акилины. В конце XIX в. храм обновили внутри. В 1892 г. соорудили новый двухъярусный, орехового дерева иконостас в приделе мучеников Кирика и Улиты. Прекрасные иконы, помещенные в этот иконостас, написал академик живописи В.В. Шокорев. Придел снабдили и новой церковной утварью. В церкви сохранялось много старинных святынь. Выделялся серебряный вызолоченный крест с чернью 1769 г. Как историческая святыня в иконостасе Алексиевского придела хранился образ Трех Святителей (Василия Великого, Григория Богослова и Иоанна Златоуста), поврежденный в 1812 г. французами (пуля попала в сердце Григория Богослова). Трапезную снаружи украшали семнадцать священных изображений. В колокольне с тринадцатью колоколами на восточной стороне был помещен образ на металле Боголюбской иконы Божией Матери, на западной – образ Спаса Нерукотворного.
В феврале 1924 г. Петропавловский храм, несмотря на протесты общины прихожан, передали обновленческому духовенству, возглавляемому епископом Антонином (Грановским), а в 1926 г. закрыли. Храм, приспособленный под склад, был перестроен в 1930-е гг. В 1970-е гг. он окончательно потерял церковные очертания, перестроенный под торговое представительство ГДР (улица Большая Якиманка, дом № 31).
Петра и Павла, апостолов, в Ясеневе, на подворье Свято-Введенской Оптиной пустыни церковь (Новоясеневский проспект, дом № 42).
Село Ясенево, известное с XIV в., вплоть до XVII в. находилось во владении московских государей. В 1688 г. село было пожаловано тестю Петра I Федору Авраамовичу Лопухину. Лопухины владели Ясеневым вплоть до 1790 г. Первую деревянную церковь в селе Ясенево построил в 1626 г. патриарх Филарат. Ее освятили во имя мучениц Веры, Надежды и Любови и матери их Софии. Сохранившееся до наших дней церковное здание выстроили в стиле барокко в 1737 г. и освятили во имя апостолов Петра и Павла, в память императора Петра II, родственника владельцев села. В 1832 г. был возведен придел мученицы Варвары, который тридцать лет спустя разобрали. В 1863 г. к храму пристроили колокольню и обширную трапезную, в которой освятили приделы преподобного Сергия Радонежского и мученицы Параскевы Пятницы.