18–20 февраля в Анатолии высадились хорошо вооруженные греческие войска. 23 февраля к Стамбулу подошла британская средиземноморская эскадра. Оккупационные власти готовились ввести в турецкой столице военное положение. 10 марта английские войска начали аресты в Стамбуле депутатов-националистов. Из Анкары срочно были эвакуированы английский и французский гарнизоны, чтобы кемалисты не могли захватить их в качестве заложников. После их эвакуации железнодорожное сообщение между Стамбулом и Анкарой было прервано. 16 марта 1920 года стамбульский телеграфист Хамди передал в Анкару на имя Мустафы Кемаля-паши срочную телеграмму: ночью началась оккупация Стамбула. В ночь с 15 на 16 марта 1920 года в Стамбуле высадилась британская морская пехота, захватившая правительственные здания, почту, телеграф, казармы и военные склады. В Стамбуле и его окрестностях было введено военное положение. 18 марта работа палаты депутатов была приостановлена. Ряд депутатов и политиков-националистов арстовали и сослали на Мальту.
Оккупация Стамбула, первоначально запланированная на 13 марта, была перенесена на 16 марта по просьбе французов и итальянцев, которые не успевали сосредоточить войска. Из вежливости Лондон соглашается на отсрочку, но его приказы британскому контингенту требовали: действуйте по собственному усмотрению, даже если «ваши коллеги не в состоянии действовать вместе с вами». Оккупация планировалась как в первую очередь английская. 16 марта в 10 утра 3 тысячи британских солдат занимают префектуру полиции, главный почтамт и военное министерство. За двадцать минут до этого об оккупации были официально предупреждены великий визирь и султан. Население Стамбула быстро поняло, что произошло, даже до появления афиш с заявлением англичан о том, что Стамбул останется турецким, но оккупанты не допустят беспорядков, а каждому турку, пойманному с оружием в руках, грозит немедленная смерть. Оккупация не встретила серьезного сопротивления. Были убиты пять турецких военных и один британский.
Рауф, герой Балканских войн, отказался бежать в Анатолию, что ему неоднократно предлагал Кемаль, заявив: «У меня есть моральный долг перед султаном». Рауф выступил в парламенте, заявив: «Я не хочу, чтобы парламент самораспустился; пусть его распустят!» Вместе с несколькими депутатами он отправился к султану. Но Мехмед VI не стал их слушать. Рауф потрясал Национальным пактом, а один из депутатов утверждал, что Анатолию враги захватить не могут, ибо она тверда как сталь. Султан парировал: «Они готовы на всё. Осторожней выражайтесь в парламенте… Завтра, если захотят, они будут в Анкаре». А обращаясь к Рауфу, он заявил: «Рауф-бей, нация – это стадо… А стадо нуждается в пастухе… Я – пастух». Разочаровавшись в пастухе, Рауф вернулся в парламент за несколько минут до прибытия туда англичан. Он потребовал, чтобы парламентская охрана оказала сопротивление, но она бездействовала, «чтобы избежать кровопролития». Хусейн Рауф и Кара Васыф вынуждены были сдаться англичанам. Депортированный на Мальту, Рауф вернулся в Турцию лишь в конце 1921 года, к последним решающим сражениям с греками. Кемаль критически оценил поведение Рауфа в мартовские дни 1920 года, посчитав, что Хусейн Рауф и Кара Васыф проявили недопустимую мягкотелость, позволив депортировать себя на Мальту.
Кемаль реагировал на оккупацию Стамбула немедленно, прежде чем со столицей было прервано телеграфное сообщение. Он выразил гневный протест военным комендантам и парламентам Англии, Франции и Италии. От националистов Кемаль потребовал уважать христиан, но приказал арестовать 20 французских и английских военнослужащих, оставшихся в Анатолии. Обращаясь ко всем, он объявил о начале войны за освобождение Стамбула и за национальную независимость, заявив в заключение: «Аллах на нашей стороне в этой священной войне за независимость страны».
В 10 часов утра Кемалю сообщили о начале оккупации Стамбула. Это его не удивило, так как он неоднократно предупреждал, что англичане обязательно введут войска в Стамбул, и за несколько дней до 16 марта осознал, что это неизбежно. При подготовке к оккупации Стамбула союзники стянули к столице войска, что не укрылось от информаторов Кемаля. Он поминутно следил за продвижением английских войск, непрерывно получая сообщения по телеграфу.
В 10 часов сообщалось: «Утром англичане неожиданно атаковали правительственные здания…»
Чуть позже Кемалю доложили: «Ваше превосходительство, английские моряки захватили телеграф в военном министерстве и перерезали провода…»
Последнее сообщение гласило: «Ваше превосходительство, только что стало известно, что через час это здание тоже будет захвачено…»
В коммюнике союзников о причинах официальной оккупации Стамбула, в частности, говорилось, что ее цель состоит в том, чтобы «положить конец постоянно вспыхивающим вооруженным восстаниям против войск Антанты и её союзников» и «обеспечить выполнение условий мира». Поэтому «державы Антанты вынуждены прибегнуть к временной оккупации Константинополя. Целью союзников является не разрушить, а, напротив, поднять престиж султана в местностях, находящихся под турецким управлением».
В протесте, в тот же день отправленном Кемалем из Анкары и озаглавленном «Всем государствам и народам союзных и нейтральных государств», резко осуждался захват интервентами Стамбула. В этом воззвании Представительного комитета к армии, местным властям и общественности содержался призыв защищать право населения на жизнь и независимость, на своё счастливое будущее.
После ареста Рауфа и Васыфа депутаты собрались снова 18 марта. По предложению Ризы Нура депутаты решили больше не заседать. Заседания были отложены на неопределенное время, а Риза Hyp заявил, что вследствие чрезвычайных обстоятельств «мы вверяем нашу судьбу истории».
На следующий день, 19 марта, Кемаль созвал парламент в Анкаре. Он подготовил обращение о необходимости созыва Национального учредительного собрания в Анкаре. Но после трехдневной переписки по телеграфу с соратниками Кемаль понял, что многие депутаты еще не дозрели до Учредительного собрания. Кемаль готов идти на риск, но при этом остается трезвым политиком. Созвав парламентариев в Анкаре, он только объяснил, как будут выбирать депутатов, призванных заменить тех членов меджлиса, кто не сможет прибыть в Анкару. В Анкару, однако, смогли добраться большинство депутатов разогнанного в Стамбуле парламента, включая председателя палаты депутатов Джелаледдина Арифа-бея. Многие из них считали, что они и есть законная власть. Ариф-бей, например, считал, что новый меджлис станет только продолжением стамбульского парламента, и потому он должен остаться его председателем. Прибыл в Анкару и бывший военный министр Февзи-паша (Чакмак). Но 19 марта 1920 года Кемаль создал Великое национальное собрание в Анкаре, которое стало новым турецким парламентом.
25 марта 1920 года правительство Салиха-паши подало в отставку, новое султанское правительство 5 апреля опять сформировал Дамад Ферид-паша, который опирался на роялистские организации «Свобода и согласие», «Общество друзей Англии», общество офицеров «Нигяхбан», «Лигу возрождения ислама» и «Комитет спасения халифата». Никакими вооруженными силами султанское правительство не располагало и даже не пыталось их формировать, не получив на это санкции союзников. Последние не без оснований опасались, что любые турецкие вооруженные формирования, даже под султанским или халифатским флагом, могут перейти на сторону кемалистов. Поэтому султанское правительство сосредоточилось на призывах к курдскому и черкесскому населению восстать против националистов. Впрочем, черкесы и курды восставали и без султанских призывов, поскольку не желали становиться турками, к чему их принуждали кемалисты.
Военный суд в Стамбуле заочно приговорил Мустафу Кемаля-пашу к смертной казни. Таким образом, началось открытое противостояние между Анкарой и Стамбулом. Кемаль теперь даже формально перестал признавать власть султана. 10 апреля шейхуль-ислам Дюр-Ризаде Абдуллах обнародовал фетву, в которой националистические силы были объявлены безбожниками и содержался призыв к «истинным мусульманам» убивать их. Фактически Ферид-паша попытался начать гражданскую войну против националистов. После того как верховный глава турецкого ислама, шейх-уль-ислам, призвал всех правоверных мусульман бороться против Кемаля и националистов, были созданы специальные трибуналы для суда над лидерами националистов. Али Фуад, Исмет, Бекир Сами, Кара Васыф, Халиде Эдип и ее муж доктор Аднан, Альфред Рюстем, а также «бывший инспектор 9-й армии, подавший в отставку, Мустафа Кемаль-эфенди из Салоник, сын Али Рыза-эфенди», равно как и многие другие, были приговорены к смертной казни. Кемаль, узнав эту новость, заметил, что «эти приговоры не радуют», но «не имеют никакого политического значения». Он привлек 153 анатолийских муфтия, которые столь же убедительно и с теми же цитатами из Корана, что и шейх-уль-ислам, обосновали справедливость национально-освободительной борьбы. Муфтий Анкары Рифат-эфенди огласил свою фетву, в которой объявлялось, что халиф оказался в плену у неверных, и мусульмане обязаны спасти его. Фетва, выпущенная Дюр-Ризаде Абдуллахом под давлением враждебных государств, не имеет законной силы. Рифата-эфенди поддержали сотни муфтиев и других исламских авторитетов по всей стране. Так Кемаль заручился столь необходимой ему поддержкой мусульманского духовенства, которое имело значительное влияние на кресьянское по преимуществу население Турции. Великий визирь был объявлен предателем родины. Султан 11 апреля окончательно распустил палату представителей и учредил специальный военный трибунал. Все правительственные учреждения в Стамбуле, а также типографии, редакции газет и журналов были поставлены под контроль оккупационных властей. Полицейские функции в столице осуществляли союзная полиция и жандармерия.
В ответ на ликвидацию султанского парламента союзниками Представительный комитет принял историческое решение – созвать в Анкаре новый парламент (меджлис), включив в него представителей парламента, разогнанного в Стамбуле.