Счастье было на стороне Елизаветы и в Шотландии. Мария Стюарт все еще имела там сильную партию. С тех пор как снова начались военные действия между лэрдами, верными королеве, и лэрдами, верными королю, графа Леннокса постигла участь его предшественника Мюррея: он также был умерщвлен. Вследствие этого знатнейшие лэрды короля были арестованы и спаслись только благодаря случаю. На следующий день они избрали графа Mappa, состоявшего воспитателем при молодом короле, преемником графу Ленноксу.
Несмотря на занятие Дамбартона и поддержку королевы Елизаветы, партия короля не могла вполне подорвать партию королевы Марии Стюарт. Последняя заняла, кроме Эдинбурга, замки Нидри, Ливингстон и Блекнесс. Она победоносно сражалась как на севере, так и на востоке Шотландии.
Елизавета решила заставить эту партию добровольно сложить оружие и потому устроила между враждующими партиями перемирие, состоявшееся 20 июля 1572 года. За услуги, которые Елизавета оказала этим делу Иакова VI, она добилась выдачи графа Нортумберленда, который и был казнен в Йорке 25 августа.
Однако в тот момент, когда Елизавета воображала себя в полной безопасности, пришло известие о Варфоломеевской ночи в Париже. Вопль ужаса пронесся по всему королевству. Елизавета созвала свой тайный совет, чтобы обсудить предстоящие мероприятия. Много дней заставила она прождать аудиенции французского посланника Ла-Мотта Фенелона в Оксфорде, куда он прибыл, чтобы оправдать эту кровопролитную резню мнимым открытием заговора протестантов. Когда королева приняла его наконец, она сама, как и члены ее государственного совета, и знатнейшие дамы были облечены во все черное, а ее кабинет походил на погребальный склеп. Ла-Мот Фенелон прошел мимо безмолвной толпы присутствующих и приблизился к Елизавете. Она приняла его с необычайно строгим видом, снова высказала свое отвращение к подобному злодейству и решительно не поверила объяснениям Фенелона. Она отнеслась с удивлением и порицанием к поступку французского короля Карла IX, а на уверения, которые возобновил посланник от имени Карла IX, возразила, что сильно опасается, как бы те, которые склонили французского короля пожертвовать своими наследственными подданными, не заставили его пожертвовать потом иностранной королевой, как она.
Елизавета воображала, что ее предали, и ей казалось, что протестантству грозит большой заговор, к вспышке которого послужила сигналом резня в Париже. По этой причине она заключила союз с Германией, велела вербовать там солдат, укрепила Портсмут, Дувр и остров Уайт, снарядила десять больших кораблей для крейсирования в Ла-Манше, оказала поддержку протестантам во Франции, строже прежнего следила за католиками в своем королевстве и строила самые пагубные планы относительно королевы Марии Стюарт, на которую возлагались надежды католической партии как в Англии, так и в Шотландии.
После раскрытия заговора герцога Норфолка Елизавета формально заявила, что она не могла бы прожить спокойно ни единого часа, если бы Мария Стюарт снова вступила на престол, и что теперь она приняла твердое решение никогда больше не возвращать ей свободы. Протестантское духовенство доказывало, что смертная казнь шотландской королевы была бы справедлива; законоведы, со своей стороны, доказывали ее законность. Обе палаты парламента хотели предать Марию Стюарт суду; однако Елизавета воспротивилась этому. Чтобы избавить царственную пленницу от преследований подобного рода, парламент был распущен, и правительство удовольствовалось тем, что решило запугать шотландскую королеву подобием обвинения.
Ее подвергли допросу. Она отвечала осторожно, утверждая, что не питала никаких враждебных намерений против Елизаветы, когда задумала вступить в брак с Норфолком, а, посылая Ридольфи к папе Пию V и Филиппу II, имела в виду только освобождение Шотландии. Елизавета, которая нашла ее объяснения неудовлетворительными, не хотела затевать судебный процесс, но после кровопролития Варфоломеевской ночи стала все же помышлять о том, как бы избавиться от Марии. План, начертанный ею с этой целью при помощи Берлея и Лестера, должен был осуществиться в Шотландии, и его доверили одному из самых ловких агентов. В Шотландию отправился Генрих Киллегрю, зять Берлея, с двумя поручениями, одно из которых было явным, а другое тайным. Первое заключалось в том, чтобы привести к окончательному примирению враждующие политические партии, второе – чтобы уговориться с графом Мортоном относительно смерти Марии Стюарт.
Киллегрю должен был дать понять союзникам Елизаветы, что ради общей безопасности Мария Стюарт не может оставаться в живых, но что ее неудобно судить в Англии, а лучше отделаться от нее в Шотландии. С этой целью шотландцы должны были бы потребовать к себе пленную Марию, которая и будет выдана им Елизаветой.
Киллегрю встретил в Шотландии также крайнее волнение по поводу Варфоломеевской ночи. Престарелый Нокс, удалившийся в Сент-Эндрю, снова вернулся в Эдинбург. Хотя вследствие апоплексического удара у него отнялась половина тела, он все же приказал внести себя на кафедру и, будучи терзаем страданиями и разгорячен гневом, громил убийц его протестантских братьев во Франции. Нокс со своими учениками много способствовал тому, что давнишний союз Шотландии с Францией стал делаться все непопулярнее.
Киллегрю воспользовался этим для своих целей; ему удалось убедить графа Мортона в необходимости казни Марии Стюарт; но регент Mappa не так легко поддался убеждениям.
В это же время Киллегрю при поддержке Нокса все более и более вооружал народ против католиков и имел многократные совещания с Марром и Мортоном о «великом деле». Оба графа согласились наконец устранить предмет несогласий, т. е. Марию Стюарт, и даже не позже четырех часов после ее выдачи. Условием этого они поставили следующее: чтобы Елизавета объявила себя защитницей молодого короля Иакова VI, чтобы права последнего не были умалены смертью матери, чтобы между обоими королевствами был заключен оборонительный союз, чтобы три тысячи человек из английского войска присутствовали при казни (это была военная сила, которая, соединившись с молодым королем, должна была взять приступом крепость Эдинбурга) и наконец, чтобы эта крепость была уступлена регенту, Англия же заплатила бы шотландскому войску недополученное им жалованье.
Елизавета, по своей скупости, нашла такие условия неприемлемыми. Она очень желала погубить Марию Стюарт, но не имела никакой охоты платить убийцам и выставлять себя зачинщицей и соучастницей этого злодейства.
Внезапная смерть регента графа Mappa, умершего 28 октября 1573 года в Стирлинге (как полагают, вследствие отравы), задержала эти постыдные переговоры; однако, несмотря на все, переговоры продолжались до 1574 года.
Берлей дал понять королеве, что от Марии Стюарт нужно избавиться в Англии. Елизавета не решилась последовать его совету. Она не велела умертвить Марию Стюарт, но склонила на свою сторону и совершенно подавила ее партию в Шотландии. Мортон был назначен регентом после умершего графа Mappa; в тот самый день, когда он принял бразды правления, скончался Нокс. Этот непреклонный деятель реформации, так много способствовавший своими поучениями религиозному и политическому перевороту в Шотландии, умер, хотя и больной телом, но крепкий духом, в возрасте 67 лет.
Партия королевы Марии после пятилетней бесплодной борьбы значительно обессилела. В ее руках оставалась теперь лишь крепость Эдинбург. Киркэльди ла Гранж и Летингтон держались в эдинбургской цитадели, где ожидали помощи, обещанной французским двором. Тогда как прочие приверженцы Марии Стюарт, с Гамильтонами и Гордонами во главе, пошли на соглашение, предложенное им Мортоном: эти двое храбрых защитников Эдинбурга, имея в своем распоряжении всего двести солдат, решили сопротивляться до конца. Они не хотели слышать о сдаче, полагаясь на неприступность своей твердыни и ожидаемую помощь французов.
Однако союзники не пришли им на выручку. Против крепости повели правильную осаду. За недостатком средств обороны она не могла оказать продолжительное сопротивление, и вскоре ее мужественные защитники принуждены были сдаться. Летингтон умер в тюрьме, а Киркэльди ла Гранж был повешен мстительным регентом Мортоном на Крестовой площади Эдинбурга.
С их смертью партия Марии Стюарт в Шотландии окончательно погибла. Королева страшно горевала, часто впадая в уныние. Однако суровость ее заточения несколько смягчили; да и сама она изменила теперь свое поведение и речи. Она старалась кроткими мерами добиваться свободы, которой ей не удалось достичь силой. Вооружась терпением, Мария, прежде высокомерная, красноречивая, беспокойная и смелая, превратилась в кроткую, почти смиренную женщину. Она избегала всего, что могло возбудить подозрительность Елизаветы, и ограничивалась в своих письмах к ней только тем, что относилось к управлению ее вдовьей частью во Франции. Вследствие сырости тюремных стен Марию постиг ревматизм, который мучил ее вместе с хронической болезнью печени. По ее просьбе, ей было разрешено пользоваться минеральными ваннами в Шеффилде.
Вместо того чтобы затевать заговоры в Англии, в Шотландии и на континенте, Мария Стюарт рассеивала скуку неволи, забавляясь птицами и собаками, или же занималась шитьем. Она поручала покупать для нее шелк, атлас, ленты для изящных дамских рукоделий, которые подносила потом, чрез посредство Ла-Мотта Фенелона, королеве Елизавете. При первом известии о том, что последняя благосклонно приняла ее подношения, Мария написала ей о том, как была обрадована такой милостью и как она готова во всем угождать и повиноваться Елизавете. Движимая этим желанием, она часто просила епископа глэзгоуского выписывать ей из Франции то одно, то другое, что можно было поднести в дар Елизавете, как-то: браслеты, зеркало или иные модные новинки. Она радовалась, что эти подарки всегда принимались благосклонно, и тотчас предлагала опять что-нибудь новое. Вот до чего дошла несчастная Мария Стюарт! Эта гордая и беспокойная королева мастерила в тюрьме украшения для той женщины, которая, вопреки международному праву и достоинству короны, лишила ее свободы.