Несмотря на завершение зимой 1903–1904 гг. всех работ по вводу в строй подводной лодки «Дельфин», Морское министерство отклонило просьбу Беклемишева, поддержанную ходатайством командующего флотом в Тихом океане Макарова, отправить его вместе с лодкой в Порт-Артур. Препятствием, как объяснялось в документах Морского технического комитета, была проблема с транспортировкой лодки через Байкал. Постройку шести лодок типа «Касатка» Балтийский завод завершил в оговоренный восьмимесячный срок. Последнюю из них («Налим») собрали 7 мая 1904 года. После ускоренной достройки, испытаний, включая торпедные стрельбы, лодки частично разбирали и устанавливали на транспортеры. По нарастанию объема сложности разборки лодки составили следующий ряд: лодки Холланда, «Дельфин», «Касатка», «Осетр».
Одновременно с размещением заказов встал вопрос о транспортировке лодок на Дальний Восток. Морской путь исключался: буксировку на столь длительное расстояние подводные лодки того времени не выдержали бы, а отправлять их на палубе большегрузных пароходов представлялось делом, весьма рискованным, из-за возможности нападения японского флота. Оставался единственный путь – Транссибирская магистраль. Но железная дорога принимала только те грузы, которые при установке на платформы вписывались в нормальные габариты, гарантирующие сохранность как самого груза, так и станционных зданий, мостов, туннелей и пр. В результате кропотливых расчетов пришли к выводу, что строящиеся подводные лодки по своим габаритам пригодны для перевозки, но необходимо уменьшить их массу до 100 тонн, чтобы сохранить в целости железнодорожное полотно.
Корабельный инженер Бубнов блестяще справился с несвойственной ему задачей – в кратчайший срок разработал специальный железнодорожный транспортер для перевозок лодок различных типов. Заказ для изготовления пяти транспортеров получил Путиловский завод, имевший опыт в строительстве подвижного железнодорожного состава. В октябре 1904 года транспортеры были готовы. 21 октября началась подготовка восьми лодок к отправке на Восток.
Каждый эшелон формировался из двух транспортеров с лодками и штабного вагона-«теплушки» для личного состава. Наиболее тяжелые механизмы – двигатели, аккумуляторные батареи, воздушные баллоны – отправлялись отдельно, обычными грузовыми эшелонами. В конце октября началась пробная прокатка транспортеров. Морское министерство торопило с отправкой: вот-вот могло прерваться паромное сообщение через Байкал, а обходная Кругобайкальская железная дорога была еще не готова. Кроме того, существовала опасность выхода японских войск на участок дороги, проходившей через Маньчжурию, что сделало бы доставку лодок во Владивосток вообще невозможной. 2 ноября 1904 года в путь двинулся первый эшелон № 633 с подводными лодками «Скат» и «Налим» под общим командованием командира «Ската» лейтенанта Тьедера. 4 ноября отправился второй эшелон № 634 с подводными лодками «Касатка», и «Фельдмаршал граф Шереметев».
Несмотря на все трудности первые эшелоны № 633 и 634 благополучно прибыли во Владивосток. Подводная лодка «Форель», отправленная из Петербурга в собранном виде, прибыла к месту назначения несколько раньше – 29 сентября. Сразу же по прибытии лодки снимали с транспортеров, которым предстоял обратный путь за оставшимися кораблями. Таким образом, до конца лета 1905 года во Владивосток доставили подводные лодки «Сом», «Дельфин», «Щука», «Осетр» и «Кефаль». Всего в связи с началом Русско-японской войны к концу лета 1905 года во Владивосток было транспортировано по железной дороге 13 подводных лодок. Лодки были построены различными фирмами: 5 – Лэка, типа «Осетр»; 2 – Холланда, типа «Сом»; 1 – Круппа, типа «Форель»; 1 – Балтийского завода, типа «Дельфин» и 4 – Балтийского завода, типа «Касатка».
Все лодки, прибывшие на Дальний Восток, организационно входили в отдельный отряд миноносцев, сформированный приказом от 1 января 1905 года, который, в свою очередь, подчинялся начальнику Владивостокского отряда крейсеров контр-адмиралу Иессену. Непосредственное руководство действиями отдельного отряда возложили на командира «Касатки» лейтенанта Плотто. Для обеспечения боевой деятельности подводных лодок выделялись транспорты «Эрика», «Шилка», «Ксения».
29 января на крейсере «Громобой» состоялось первое в мире совещание по вопросу боевого использования подводных лодок. Председательствовал начальник отряда крейсеров контр-адмирал Карл Петрович Иессен. Лейтенант Плотто доложил, что полностью готова к походам лодка «Сом», почти готов «Дельфин», остальные войдут в строй к марту. Совещание приняло два варианта использования лодок. По первому варианту две лодки на буксире парохода «Эрика» должны были идти в залив Святой Ольги, куда заранее должен подойти транспорт «Шилка». При необходимости во льду пробивается канал. Пополнив запасы, лодки на буксире миноносцев следуют к Сангарскому проливу. Там отряд разделяется: миноносцы идут к порту Отару, а лодки на рассвете атакуют порты Хакодате и Аомори. По второму варианту все боеготовые субмарины идут на буксире миноносцев к корейским берегам, пополняя запасы с приданного парохода. Базируясь на порт Шестакова, лодки должны были вести операции против судоходства в Корейском проливе. Первый план должен был приводиться в действие после получения торпед лодкой «Сом», второй – по готовности всех лодок.
Подготовка масштабных операций наступательного характера была смелым и решительным шагом, но не соответствовала уровню подготовки экипажей и техническому состоянию подводных лодок того времени. По этим причинам оба плана так и не были притворены в жизнь. Никто реально не представлял, на что способны подводные лодки и как они должны были действовать. Командир «Сома» лейтенант князь Трубецкой писал, что, по существу, лодками никто не руководил, а инициативу командиров подавляли.
Командующий флотом вице-адмирал Скрыдлов не скрывал, что является противником использования подводных лодок. Тех же взглядов придерживался и сменивший его вице-адмирал Бирилев. Скрыдлов, посетив одну из лодок, на сообщение, что работы еще не закончены, отчеканил: «Предлагаю вам завтра же выйти в море, а больше никаких объяснений от вас принимать не желаю». 9 февраля 1905 года японский отряд в составе крейсера и большого числа миноносцев показался в районе Владивостока. Комендант крепости приказал всем лодкам немедленно выйти в море и атаковать неприятеля. В этом еще раз сказалось непонимание возможностей подводных лодок того времени, которые к тому же были без торпед.
Все приходилось делать впервые, даже придумывать команды для управления лодкой. В основном их разработали командир «Ската» лейтенант Тьедер и командир «Щуки» лейтенант Ризнич. Многие из них сохранились до настоящего времени. Подводники сами создавали себе запасы горючего на разных островах до залива Посьета, принимая на борт дополнительные канистры с бензином. Жили они на транспорте «Шилка» в тяжелых условиях. В отчете о действиях лодок об этом говорилось так: «Команды лодок были помещены отвратительно скверно… Люди, уставшие на лодке, не имели угла, где бы отдохнуть, постоянно перемещались с одного корабля на другой, часто не получая горячей пищи». Зато на подводников щедро изливался адмиральский гнев, чаще всего без повода. Адмирал Бирилев, посетив лодку «Скат», только что вернувшуюся с моря, дотронулся до смазанного маслом двигателя рукой, обтянутой белоснежной перчаткой, и испачкал ее. Через два часа появился приказ следующего содержания: «Сего числа, посетив отряд миноносцев, нашел его в отвратительном состоянии. Всюду грязь и мерзость. Считая во всем ответственным отрядного механика в злом попустительстве и преступном небрежении, предлагаю ему в трехдневный срок оставить крепость, так как в крепости на осадном положении преступникам не место». Представление адмирала о подводном плавании прекрасно характеризует следующий случай: на требования начальника отряда подводных лодок о выделении 24 французских свечей зажигания к двигателю недрогнувшая адмиральская рука начертала: «Достаточно двух фунтов казенных стеариновых».
Но даже в таких труднейших условиях отряд подводных лодок выполнял свои задачи. 14 февраля «Дельфин» вышел в море на испытания вместе с «Сомом». 21 февраля выполнен боевой выход на поиски неприятеля. 13–16 марта «Дельфин» выходил к острову Аскольд. Девятого апреля «Касатка» совершила семидневный поход к берегам Кореи. В конце апреля русское командование получило агентурные сведения о готовящемся походе японских крейсеров к бухте Преображения. 29 апреля туда срочно направились лодки «Дельфин», «Касатка» и «Сом». Две первые шли вместе, а третья немного отставала и двигалась самостоятельно. В 70 милях от Владивостока, у мыса Поворотного, сигнальщик с «Сома» заметил сначала один, а затем и второй японский миноносец. Князь Трубецкой приказал погружаться, на что требовалось около пяти минут. Миноносцы обнаружили лодку и, открыв огонь, пошли на сближение. Лодка ушла на глубину 12 метров. Трубецкой начал маневрировать для выхода в атаку, видя в перископ, что миноносцы начинают отходить к югу. Подвсплыв в позиционное положение и приготовив торпеды, «Сом» продолжил атаку. Внезапно на море опустился туман, а когда он рассеялся, миноносцы были уже далеко, уходя из опасного района. Так была сорвана одна из японских операций. Это боевое столкновение хотя и не принесло победы, однако сыграло свою роль: японцы убедились, что русские подводные лодки выходят далеко в море.
Событие, произошедшее южнее острова Русского, заслуживает особого внимания и оценки. В этот день подводная лодка русского флота первый раз имела столкновение с реальным противником. Впервые русский офицер-подводник – командир «Сома» лейтенант князь Трубецкой видел в перископ не учебный щит-цель, а корабли врага. Впервые в истории России встретились новые противники – надводные корабли и подводная лодка, начав в тот далекий день противостояние, неоконченное и по настоящее время.
Подводники постепенно приобретали бесценный опыт, совершая все более смелые походы. Восьмого мая «Скат» погрузился и лежал на грунте в течение 5 часов. «Сом» провел в море 8 суток, из них под водой 16 часов, но подряд не более полутора. С учетом технического состояния и качества постройки лодок командиру того же «Ската» Тьедеру, провожая его в боевой поход, в устной форме посоветовали «без нужды не погружаться».