Несмотря на заслуги генерала перед новой властью, его семья неоднократно подвергается репрессиям со стороны революционных агрессивно настроенных масс. В начале 1793 года Груши отправляет своим родителям охранную грамоту, в которой подтверждается, что он служит в республиканской армии, не эмигрировал, поэтому имущество его семьи охраняется революционными законами и конфискации не подлежит.
В сентябре 1793 года вышел указ Конвента об изгнании из армии всех офицеров дворянского происхождения. Подобные меры вызывали недоумение и недовольство у выходцев из высшего общества. Обиженные недоверием, многие из них сами покидали армию. А генерал Груши, напротив, пытался отстоять свое право служить в армии в том чине, который ему дала революция. Но, несмотря на все приложенные усилия, 8 октября указом военного министра Бушота Груши был отстранен от должности.
Его не могли оставить на этом посту не только из-за родовитости, а еще и потому, что, как упоминалось выше, он был родственником жирондиста Кондорсе. Получив отставку, Груши отправился в одно из поместий, принадлежавших родителям его жены, в департаменте Кальвадос. Таким образом, болезненная недоверчивость и мнительность Робеспьера сделали свое дело, вызвав у многих лиц «неблагонадежного происхождения» неприятие, а то и озлобление против революционного движения и его вождей. Генерал Груши, верой и правдой служивший делу революции, впал в опалу и был изгнан из армии со строжайшим запретом приближаться к фронтовой полосе, границам и Парижу на расстояние ближе, чем на 80 километров.
В 1794 году по доносу арестовали его 80-летнего старика отца и отправили в тюрьму. Для его спасения Эммануэль написал письмо Мерлену де Тионвилю, одному из влиятельных депутатов Конвента с просьбой о заступничестве, но это не помогло. Он также просил вернуть его в армию в любом звании, хотя бы даже и рядовым. На это Эммануэль возлагал определенные надежды, так как после свержения в конце июля якобинской диктатуры многие прежние решения отменялись и, в частности, бывшие дворяне тоже стали возвращаться в армию. И со всем упорством и максимализмом молодости Груши повторно начинает службу в рядах национальной гвардии уже рядовым солдатом. Он не имеет права на ошибку. Каждый промах может стоить жизни, и ему приходится воевать не за страх, а за совесть. Верность Республике представителям благородного сословия приходилось доказывать собственной кровью. Словно в награду за все тяготы и несправедливости 11 июня 1795 года Груши восстановили в чине генерала дивизии. Он становится первым начальником Западной армии.
После Вандейского периода в конце 1796 года Директория назначила Груши помощником командующего армии, высадившейся на берегах Ирландии. Но ему не удалось закрепиться там. Один из исследователей отмечает: «После семи лет, прошедших между падением Бастилии и началом наполеоновских завоеваний в Северной Италии, один (и только один) из будущих маршалов на пятьдесят ярдов приблизился к цели, о которой все они будут мечтать в их более зрелые годы: о том, чтобы нанести страшный удар в сердце Англии, этого смертельного врага Франции. Когда в начале XIX века Наполеон заявил о своем намерении высадиться в Англии, лондонские карикатуристы представляли эту идею как выдуманную им самим. На самом деле это не так. Вторжение в Англию на протяжении многих веков оставалось так и не сбывшейся мечтой всех ее континентальных соперников. Во времена юности Наполеона было сделано несколько неудачных попыток высадки десанта, но дважды десант был все-таки высажен. При большем везении и лучшем руководстве операцией хотя бы в одном из двух этих случаев успех мог быть достигнут. Первой из этих экспедиций – попыткой вторжения в заливе Бантри-Бей, предпринятой в декабре 1796 года, – командовал Эммануэль Груши».
Правда, нельзя не отметить тот факт, что командующим операцией он оказался лишь волею случая. Десантом на побережье Ирландии, то есть высадкой 6 тысяч солдат с 17 кораблей с целью поднять восстание на острове, был назначен командовать генерал Гош, один из самых известных и влиятельных республиканских генералов. Однако морской шторм расстроил планы и рассеял французский флот. Только небольшая группа кораблей, с которой находился Груши, сумела подобраться к заливу Бантри у юго-западного побережья Ирландии. Груши, будучи начальником штаба и заместителем командующего, был вынужден принять на себя командование и, соответственно, полную ответственность за все свои решения и дальнейшую судьбу кампании ввиду отсутствия командующего.
Британский историк Рональд Делдерфилд пишет:
«Груши, исповедовавший республиканские принципы, делал очень успешную карьеру. Теперь он имел высокий ранг; вместе с тем он не был человеком, любившим нести ответственность. Впрочем, сам по себе этот факт не объясняет ни его служебные промахи, ни незаслуженную репутацию головотяпа… Он был храбрый «трудяга», прирожденный пессимист, вечно испытывающий тревогу. Вместе с тем он обладал достаточной бодростью духа и совестливостью, чтобы обратиться к поискам широких плеч, на которые он смог был переложить свои заботы. Он многое делал наобум, ориентируясь на свои представления о том, как нужно поступать в данный момент; увязнув же в трясине обстоятельств, что случалось с ним почти всегда, он всегда ссылался на скрупулезное следование букве приказа. Он был очень надежен в арьергардных боях, но почти не справлялся с задачами, требующими импровизации».
К сожалению, в 1815 году аналогичная ситуация повторится с пугающей точностью. Адмирал Буве, под чьим командованием находились французские корабли, ставшие на якорь в заливе Бантри, предвидел катастрофу, произошедшую таки впоследствии. Он находил эту затею рискованной, без шансов на удачу, к тому же ожидалось серьезное ненастье и шторм. Адмирал объявил, что не намерен рисковать своим флотом в течение того времени, какое понадобится Груши для высадки. Делдерфилд так описывает этот случай: «Человек, подобный темпераментному Мюрату или импульсивному Ланну разразился бы хохотом и отодвинул бы адмирала локтем и приказал бы начать высадку, но Груши был слишком большим формалистом, чтобы вести себя подобным образом. После шумной ссоры с адмиралом он заперся у себя в каюте и принялся строчить длинный и подробный рапорт. Когда он поставил последнюю точку над «i», корабли уже были во Франции. Расстроенный Гош, прочтя этот рапорт, обругал Груши «жалким писакой». И далее Делдерфилд делает вывод: «Наполеону же еще придется в предстоящие годы оценивать способности Груши в более резких выражениях. История согласилась с ними обоими».
Груши был обескуражен и подавлен неудачей, он жаждал реабилитации и просил разрешения предпринять еще одну попытку, но в его просьбе ему было отказано. Уже много лет спустя, когда он был вынужден как-то раз заговорить в Париже на языке ирландских националистов, он резко высказался по этому поводу: «Мне бы надо было схватить Буве за шиворот и выбросить его за борт!» После фиаско в заливе Бантри Эммануэль Груши был направлен в Италию, где ему пришлось воевать против союзной армии Суворова. В схватке при Нови 15 августа 1799 года французская армия потерпела сокрушительное поражение. Генерал Груши сражался храбро и отчаянно, получил во время битвы 14 ранений, у него был разрублен череп. Но в итоге был все-таки взят в плен. Великий князь Константин милостиво прислал ему своего личного хирурга, который решил, что трепанацию разрубленного черепа проводить не требуется. В противном случае все могло закончиться трагически…
Пройдет долгих восемь лет, но Эммануил не забудет благородства, проявленного великим князем, и, будучи в Тильзите, отправит Константину письмо, исполненное искренней признательности за проявленное великодушие и милосердие, в конечном итоге спасшие ему жизнь. После обмена пленными Груши служил в армии генерала Моро, действующей в Германии, и принимал участие в знаменитой битве 2–3 декабря 1800 года у местечка Гогенлинден неподалеку от Мюнхена, где Рейнско-Гельветическая армия под командованием генерала Жана Виктора Моро наголову разбила австрийцев эрцгерцога Иоанна и генерала барона Пауля Края, тем самым открыв себе прямой путь на Вену и поставив победную точку во второй австро-французской войне, закончившейся в феврале 1801 года подписанием Люневилльского мира и развалом второй антифранцузской коалиции. В этой битве, помимо Груши, отличился еще один будущий маршал – Мишель Ней, а также генералы Ришпанс и Декан. Сражение началось с атаки австрийской стороны, направившей основной удар в центр французской армии. Гренье, Ней и Груши легко отразили этот удар, в то время как оба крыла французской армии все более охватывали противника, блуждающего по незнакомым им лесным дорогам и тропинкам. Когда обходные маневры закончились, Ней и Груши, ограничивавшиеся до тех пор обороной, внезапно перешли в наступление. Моро предписал им прорвать австрийскую боевую линию и соединиться с генералом Ришпансом, который как раз в это время ударил на австрийцев с тыла. Маневр этот был выполнен как нельзя более успешно. К трем часам пополудни французы одержали блистательную победу на всех фронтах…
Под началом самого Наполеона
Перед началом боевых действий в 1806 году Груши, в качестве командира второй драгунской дивизии, был впервые лично представлен императору Наполеону Бонапарту. Первый раз ему представилась возможность отличиться перед лицом императора, что было очень важно для его дальнейшей карьеры. До этого случая Эммануэль Груши неоднократно принимал участие в значительных сражениях, внося заметную лепту в победу, но не попадался на глаза императору и потому не получил особых наград. Подобными соображениями генерал откровенно делился со своим отцом в письме. Груши был не совсем доволен своими достижениями на службе, что вполне можно понять: он уже более десяти лет командовал пехотными и кавалерийскими дивизиями, однако никак не мог войти в когорту избранных генералов, руководящих значительно более крупными воинскими соединениями.