Постановлением Петроградского губернского исполкома от 4 апреля 1918 года Военный отдел Петроградского Совета ликвидировался, а его функции передавались Комиссариату по военным делам ПТК. В результате этих пертурбаций у сугубо гражданского органа власти — СК ПТК, появился контрразведывательный орган, боровшийся со шпионажем.
На этом чехарда в подчиненности органа контрразведки в Петрограде не закончились. 31 марта 1918 года по плану, одобренному СНК РСФСР, Высший военный совет приказом № 23 объявил о создании на европейской территории Республики 6 военных округов: Беломорского, Московского, Орловского, Приволжского, Приуральского, Ярославского. На их формирование направлялись сохранившийся личный состав и имущество старых ВО, а также воссоздавались фронтовые и армейские КРО.
В конце мая 1918 года при Оперативном управлении Наркомвоена был создан Отдел военного контроля (далее — ОВК), как центральный орган контрразведки по борьбе со шпионажем в армии. Основным его оперативным подразделением была Активная часть, которая вела агентурную работу и НН.
Однако логика Гражданской войны, осложненной иностранной интервенцией, оказала на органы военной контрразведки своё отрицательное влияние. Однако органы военного контроля, состоящие в основном из старых специалистов, были не в состоянии обеспечить выполнение возложенных на них задач по борьбе с внутренней контрреволюцией.
Поэтому в июле 1918 года при отделе ВЧК был создан военный подотдел, который уже в ноябре 1918 года реорганизуется в самостоятельный Военный отдел, занимающийся контрразведывательной работой в армии.
К осени 1918 года Отдел по борьбе с контрреволюцией ВЧК стал основной структурой в системе. Он включал военное отделение, занимающееся военной контрразведкой (заведующий В.П. Янушевский). Сотрудники контрреволюционного отдела вели следствие, проводили аресты и обыски, занимались НН и агентурной деятельностью.
Основную работу в отделах по борьбе с контрреволюцией и спекуляцией органов ВЧК на местах осуществляли следователи, их помощники и оперативные сотрудники, в свою очередь, делившиеся на старших — комиссаров и младших — разведчиков. Оперативные подразделения при ВЧК — стратегического уплотнения и контроля складов — своего следственного аппарата не имели и состояли только из комиссаров с большим штатом младших сотрудников — разведчиков и контролеров.
После образования 2 сентября 1918 года Революционного военного совета Республики (далее — РВСР) все службы контрразведки и подразделения НН были объединены в ОВК при Регистрационном управлении РВСР.
Поводом к ликвидации самостоятельной структуры военной контрразведки послужило вскрытое Вологодской губернской ЧК участие сотрудников Вологодского отделения Военного контроля в переброске в Архангельск в распоряжение союзного командования англо-французских экспедиционных войск бывших офицеров царской армии. О результатах расследования было доложено Председателю СНК В.И. Ленину.
По мнению авторов доклада (М.С. Кедрова и А.Х. Артузова) причины измены крылись в классовом составе сотрудников отдела военного контроля — бывших царских офицеров. Результатом доклада стало решение о проведении ревизии органов военной контрразведки и последующем их слиянии с фронтовыми и армейскими ЧК.
Данный процесс завершился к концу 1918 года, когда представители ВЧК и РВСР пришли к соглашению о слиянии ОВК и его подразделений на местах (включая службы НН) с Военным отделом ВЧК с передачей объединённого контрразведывательного органа в ведение ВЧК. В декабре в структуре ВЧК для производства обысков, арестов и НН был организован Оперативный отдел (далее — Оперод).
19 декабря 1918 года решением Бюро Центрального комитета Российской коммунистической партии (большевиков) (далее — ЦК РКП (б)) центральным органом по борьбе с контрреволюцией и шпионажем в Красной Армии и на Флоте стал Особый отдел (далее — ОО) при ВЧК, заменив собой Отдел военного контроля РВСР и Военный отдел ВЧК. По соглашению с РВСР начальником ОО при ВЧК был назначен М.С. Кедров.
Приказом № 1 по ОО при ВЧК предписывалось приступить к слиянию на фронте и в военных округах отделений военного контроля с военными отделениями губернских ЧК и организации ОО фронтов, армий и губерний.
Предполагалось в составе ОО фронта иметь организационно-инструкторский, административный, следственный и секретный отделы. В ОО армии отдел по борьбе с контрреволюцией и разведывательный отдел по борьбе с контрреволюцией в составе следующих отделений: секретное, разведки, оперативное и следственное.
3 февраля 1919 года приказом ВЧК № 20 было принято «Положение об ОО при ВЧК», которое 6 февраля 1919 года было утверждено Президиумом ВЦИК.
21 февраля 1919 года Всероссийский Центральный Исполнительный Комитет (далее — ВЦИК) принимает постановление «Об ОО при ВЧК», которым подтверждает, что борьба с контрреволюцией и шпионажем в армии и флоте возлагается на ОО при ВЧК и закрепляет его двойное подчинение руководству РВСР и ВЧК.
Постановлением устанавливалось, что органами, ведающими активной борьбой с контрреволюцией и шпионажем в армии и в тылу, являются фронтовые, армейские и ОО при губернских ЧК, непосредственно подчинённые ОО при ВЧК.
Фронтовые и армейские ОО вместе с тем непосредственно выполняют все задания РВСР, фронтов и армий, а ОО Губернских (территориальных) Чрезвычайных Комиссий (далее — ГубЧК) — местных военных комиссаров.
В структуре ОО при ВЧК был создан Оперативный (активный) отдел, на который возлагались функции организации контрразведывательной работы, пресечение деятельности контрреволюционных организаций в частях РККА, на предприятиях военного производства и в центральном аппарате Наркомата военно-морских сил РСФСР и РВСР.
К июлю 1919 года заведующий ОО при ВЧК М.С. Кедров создал конфликт с председателем РВСР и членом Политбюро ЦК РКП(б) Л.Д. Троцким, с одной стороны, и не приобрел поддержки у членов Коллегии и Президиума ВЧК — с другой. Учитывая это, 18 августа Организационное бюро ЦК РКП(б) приняло решение утвердить Председателя ВЧК Ф.Э. Дзержинского в должности начальника ОО при ВЧК.
2 декабря 1919 года приказом № 4 была утверждена новая организационная структура ОО при ВЧК. В его структуре появился Секретно-оперативный отдел (штат 86 сотрудников) в составе 5 отделений: регистрационное, оперативное, агентурное, следственное, информационное.
ОО при ВЧК подчинялись фронтовые, армейские и губернские (территориальные) ОО. ОО фронтов и армий имели в качестве органа управления коллегию из 3–5 человек. ОО фронта для проведения агентурного и наружного наблюдения имел в своем составе Активная часть. Структура ОО армии состоял из 2-х частей: общей и активной, которая делилась на агентурное, информационное и регистрационное отделения.
С 19 октября 1920 года при ОО армий создаются организационные части. Штат ОО армии состоял из 32 сотрудников, к ОО было прикомандировано воинское подразделение численностью 150–180 человек.
В период с 22 по 25 декабря 1919 года в Москве прошёл первый съезд Особых отделов. По результатам работы съезда были утверждены штаты ОО фронта и армии. Количество сотрудников в ОО армии увеличивалось до 60 человек и до 80 — во фронтовом аппарате.
Было принято решение о создании Особых отделений в дивизиях. 7 февраля 1920 года во все подчинённые органы была направлена «Инструкция ОО ВЧК по организации и работе дивизионных особых отделов».
Территориальные (губернские) ОО являлись отделами ГубЧК и обеспечивали функции военной контрразведки в воинских частях территориальных ВО. Их деятельность регулировалась «Инструкцией ОО при ВЧК по организации и работе ОО ГубЧК» от 3 февраля 1920 года.
Назначение начальника ОО осуществлялось коллегией ГубЧК, а за ОО при ВЧК осталось лишь утверждение данного решения. Коллегии ГубЧК предоставлялось право контроля всей деятельности ОО, а также расходования финансовых средств по гласным и секретным кредитам. В состав ОО ГубЧК входили активная (оперативная), следственная и регистрационные части.
В 1920 году Волынская ГубЧК издала «Необходимое руководство для Агентов Чрезвычайных Комиссий». Одним из разделов руководства стала «Инструкция наружного наблюдения» (см. п.2.2). Перед инструкцией в руководстве были изложены «Особые замечания к инструкции наблюдения», содержание которых привожу ниже:
«Внешнее наблюдение само по себе является ответственной и трудной задачей, которую разведчик должен исполнить честно, добросовестно не за страх, а за совесть, исполнять возложенные на него поручения с полным самоотвержением потому, что он слуга народа [курсив автора] и борется с его противниками.
Плох тот слуга, который не исполняет велений своего господина.
Разведчики должны быть революционерами и неуклонно помнить одно, что они борются со своими злейшими врагами, которых они не должны щадить.
Работа разведчиков зачастую протекает в ненормальных условиях, поэтому они должны быть выносливы, сильны духом и обладать железной волей, для того, чтобы преодолеть все трудности и лишения на своем трудном пути.
Разведчик должен преодолевать все заползающие в его душу мелочные, обывательские мысли, так как они разлагающе действуют на революционера.
Разведчик должен быть чистым человеком, несмотря на то, что ему приходится бывать всюду, где особенно видны все язвы современного общества, памятуя, что он служит великой народной идее.
К деньгам он должен быть расчетлив и экономен, помня, что нужно беречь каждую копейку, ибо это трудовые народные деньги.
В интересах дела иногда требуется введение того или иного разведчика в их организацию, такие разведчики должны быть тщательно конспиративны, они должны избегать поездок на аресты, обыски, опасаясь возможности их открытия.»
В условиях Гражданской войны органы военной контрразведки постепенно стали нести и решать военно-политические функции. Одной из задач перед ОО ставилось обеспечение постоянного надзора за политической благонадежностью воинских частей.