В 1888 г. в Париже небольшим тиражом вышла брошюра Тихомирова “Почему я перестал быть революционером”, которая окончательно подвела черту под его революционным прошлым. 12 сентября 1888 г. Тихомиров подал Александру III прошение с просьбой о помиловании. Тихомиров писал о своем нелегком пути от революционного радикализма к монархизму, о том, что своими глазами увидел, “как невероятно трудно восстановить или воссоздать государственную власть, однажды потрясенную и попавшую в руки честолюбцев”, о своем раскаянии; просил “отпустить… бесчисленные вины и позволить… возвратиться в отечество”. Посылая товарищу министра внутренних дел В. К. Плеве вместе с прошением о возвращении в Россию свою брошюру “Почему я перестал быть революционером”, Тихомиров признавался: “Если мы отбросим все наговоры и неточности, остается все-таки факт, что в течение многих лет я был одним из главных вожаков революционной партии и за эти годы, — сознаюсь откровенно, — сделал для ниспровержения существующего правительственного строя все, что только было в моих силах”. В брошюре Тихомиров писал о безнравственности революционного пути, противопоставляя ему путь эволюционный. Брошюра вызвала полемику не только в среде эмигрантов, но и в самой России. “Во всех местах теперь галдят о Тихомирове…” — сообщал в начале сентября 1888 г. Г. И. Успенский В. М. Соболевскому.
Со старой жизнью Тихомиров решительно порвал, но какова будет новая, еще не знал. В этот период ему нужен был надежный и влиятельный советчик. Таким человеком стала Ольга Алексеевна Новикова. Родившаяся в 1840 г. в семье известных славянофилов Киреевых, она была умной и незаурядной женщиной, сотрудничала в “Московских ведомостях” и “Русском обозрении”. Среди ее знакомых были Т. Карлейль, М. Нордау, М. Н. Катков, А. С. Суворин, К. Н. Леонтьев, К. П. Победоносцев и др. Помимо чисто дружеского интереса к Новиковой Тихомиров стремился, пользуясь ее связями в высших кругах, убедить власти в искренности своего раскаяния и заинтересовать их возможностью сотрудничества. Немаловажно и то, что она помогала Тихомирову деньгами. Отметим, что Новикова была одной из трех женщин (включая С. Л. Перовскую и Е. Д. Сергееву), сыгравших особую роль в судьбе Тихомирова.
Выдержки из писем Тихомирова к О. А. Новиковой хорошо показывают происходившие с ним мировоззренческие метаморфозы. 26 октября 1888 г. Тихомиров сообщает о том, что подал государю прошение о помиловании. “Быть или не быть в России — для меня вопрос жизни и смерти”. Характерно, что Тихомиров пытается идентифицировать себя с традиционалистскими течениями русской общественной мысли, определить свое место в новой идеологической системе. В том же письме он пишет: “У меня давно явилось убеждение в безусловной справедливости некоторых основ славянофильства. Точно так же напр[имер] Катков меня поражал своими глубокими суждениями, еще когда я был революционером”, — и продолжает, — “… я без сомнения близок к славянофильству, но все-таки не могу себя зачислить совершенно ни в какое отделение, есть вещи, на которые Аксаков не обращал внимания (тем более Хомяков) и которые очень важны…”. При этом к интеллигенции Тихомиров в письмах себя никогда не относит и часто критически отзывается об образованном классе России. Так, 28 октября 1888 г. он писал Новиковой: “…В России, я боюсь, большинство образованного класса именно одурачены собственным дурманом… — и делал вывод: — …нужно обрусить образованный класс…”.
16 ноября 1888 г. Тихомиров сообщает о своем визите в консульство, где ему объяснили форму подачи прошения на высочайшее имя. Он еще раз стремится оправдаться и пытается отделить себя от террористов: “…полиция уверена, что я главный организатор злодейства 1 марта 81 г. Я же на самом деле в это время уже давно не состоял в Управлении Народной Воли, о готовящемся преступлении знал в общих чертах…”. С одной стороны, Тихомиров делал ставку на правительственные круги, и не последнюю роль здесь играла связь О. А. Новиковой с этими кругами. С другой стороны, надеялся на помощь таких же “раскаявшихся революционеров”. 22 ноября 1888 г. Тихомиров уже строил планы на будущее: “…я даже попробую (если Бог даст и Государь позволит) поискать людей среди ссыльных и т. п. — лучших, умнейших, и мне все сдается, что это возможно”. В этом же письме он выделяет молодежь в качестве идеальной среды для распространения своих идей, отмечая, что большая ошибка славянофилов и “людей национальной интеллигенции” состояла в том, что они “пренебрегают молодежью”. Поскольку Тихомиров, не довольствуясь только прощением, претендовал еще и на роль идеолога, его положение было весьма двусмысленным. Признанные авторитеты консервативного лагеря с опаской отнеслись к новоявленному пророку. Е. Д. Тихомирова, поддерживавшая отношения с Новиковой, жаловалась ей по поводу нападок на мужа: “Есть много людей также, которые против него, говорят, что чистое дело требует чистых рук, чтобы очистить себя, он должен выдавать и должен быть наказан”.
Наконец Тихомиров узнает о положительной реакции государя на посланную ему брошюру “Почему я перестал быть революционером”. Его радость безмерна. 27 ноября 1888 г. он пишет Новиковой: “Если Государь и читал с одобрением брошюру, и милостиво отнесся к докладу — то, очевидно, остаётся только кричать — ура!” — и далее продолжает на такой же патетической ноте: “Я даже не представляю еще реально, ясно, что вдруг — я опять стану русским, не отверженцем и не отщепенцем. Это слишком большое счастье, чтобы его можно было представить после стольких лет скитаний — телом и душой!”. Следя за оценками своего поступка со стороны бывших друзей и врагов, Тихомиров резко отметает трактовку его действий как поступка психически неуравновешенной личности. В письме от 2 декабря 1888 г. он отмечал, что проникся революционными идеями не из-за каких-то психологических особенностей его личности, а потому что был охвачен этой “общественной заразой”, и отказался от этого пути опять-таки не из-за каких-то психологических особенностей, свойственных только ему, а потому что понял всю ложность революции “…с точки зрения Российской национальной психологии, и только тогда я в своих глазах стал преступником и признал своей обязанностью покаяться и совершенно изменить деятельность”. В этом же письме он опять рассуждал об ответственности интеллигенции. “Вообще — повторяю — общество должно понять свою долю вины и свою обязанность исправить ее. Только тогда Россия выздоровеет (т. е. Россия интеллигентная)”. Далее он продолжал: “Я уже несколько раз слышу… что я говорю вещи известные. Ах, боюсь, что это не достаточно известно! Неужто в России уже исчезло космополитическо-либеральное направление? Я что-то не слышал. Я что-то не видел дельных ответов Соловьеву, который проделал в наше время совершенно чаадаевскую штучку. Я не вижу, чтобы русская интеллигенция достаточно энергично поддерживала разные добрые национальные начинания. Я не вижу в нынешней литературе большой работы национальной мысли, не вижу ни Аксаковых, ни Данилевского, ни Каткова, ни даже хоть бы Аполлона Григорьева…”. И далее, объявляя борьбу радикалам, Тихомиров уже пророчит грядущие потрясения: “Прибавлю, между прочим, что не следует особенно успокаиваться на уничтожении револ[юционного] движения. Да, благодаря Богу и страшной ценой кровавого безумия, почти беспримерного в истории — оно ошеломлено. Но надолго ли? Если мы все, т. е. Россия образованная, будем энергично работать над выработкой своего национального мировоззрения, конечно можно верить, что старое безумие постепенно (?) замрет окончательно”. 11 декабря 1888 г. в 4 часа утра, вернувшись из посольства, Тихомиров пишет: “Самое главное: Государь меня простил — совершенно, лишь с отдачей под надзор на пять лет. У меня до сих пор голова не на месте. Да, Ольга Алексеевна — совершенно простил, и я теперь легальный человек, после 10 лет нелегальщины, русский подданный!”. Затем Новиковой посылается телеграмма с одним словом: “amnistic” (амнистия). Следующее письмо от 12 декабря написано на высокой эмоциональной ноте и полно благодарностей российскому императору. Далее переписка посвящена предстоящему приезду в Россию.
После прибытия в Россию, побыв недолго в Петербурге, Тихомиров был вынужден обосноваться в Новороссийске, надеясь, что правительство в скором времени убедится в его благонадежности и снимет с него надзор. При этом Тихомиров просто рассыпается в благодарностях Министерству внутренних дел: “Надеюсь, что поведение мое, во время этого надзора, докажет Министерству, что я — не только вообще человек благонамеренный, но и в частностях своего отношения к современным задачам и деятельности Правительства составляю элемент безвредный или до известной степени — конечно в пределах своих сил — полезный”. В Новороссийске Тихомиров проводит время в работе над статьями, читая церковные книги и общаясь с родными. Его особенно радовало то, что дочери, воспитанные матерью Тихомирова, ходили в церковь. Вскоре был крещен сын Тихомирова Саша, крестной матерью которого стала О. А. Новикова. Помимо обязательств перед своими близкими у Тихомирова были обязательства перед правительством. Он жаждет работать, хочет оправдать доверие властей, но не может развернуться в полную силу, находясь под надзором. 20 марта 1889 г. он сетует на обстоятельства в письме О. А. Новиковой: “На евреев и поляков конечно, действовать нравственно — почти невозможно. Но на русских — да. Только действовать нужно систематически, повторять, с разных концов, с разных точек зрения, и особенно мелкими вещами — легко читаемыми, брошюрами, статьями. А их почти нет”. Тихомиров досадует, что сам действовать не может, так как находится под надзором: “У меня от этого сердце кипит, но что делать? Кроме порчи крови все-таки нет других результатов. А действовать нужно!”. От бездействия он порой впадает в отчаяние. В сентябре 1889 г. Тихомиров писал в дневнике: “Я уже знаю, что сделать в общественном смысле мне ничего не удастся. Я уже понял, что Россия, при всей своей глупости, во мне все-таки не нуждается. Я понял, что мне нужно думать о себе, о своей душе, а затем исполнять текущие маленькие обязанности, которые еле-еле по силам мне, не мечтая о крупных”.