По окончании академии им. Ф. Э. Дзержинского подполковник (12.7.1945) Захаров назначен в распоряжение начальника Генерального штаба ВС СССР. С 12.4.1950 г. он — старший офицер 3-го отдела, с 8.6.1950 г. — 10-го отдела, с 4.5.1953 г. — 7-го отдела организационного управления Главного оргуправления ГШ ВС СССР.
30.11.1954 г. полковник (23.5.1951) Захаров назначен заместителем командира (дублером) в/ч 57246. После окончания курсов в начале апреля 1955 г. Главное управление кадров МО предложило полковнику А. Г. Захарову должность начальника штаба формируемого НИИП-5. При беседе в ГУКе, как вспоминает Нестеренко, Захаров согласия на это назначение не дал. 22.4.1955 г. он был назначен начальником 1-го факультета Ростовского высшего артиллерийского инженерного училища (в/ч 86608).
Тем не менее 25.7.1958 г. полковник Захаров — начальник штаба НИИП-5 МО. На этой должности он проработал менее двух лет и 15.4.1960 г. был назначен начальником 27-го учебного артиллерийского полигона (условное наименование соединений межконтинентальных ракет) в Раздольном, близ Благовещенска (в/ч 43189). После трагедии на 41-й площадке НИИП-5 и ранения генерал-майора Герчика полковник Захаров был вызван на полигон и с 30.10.1960 г. вступил во временное исполнение должности начальника НИИП-5. До него, с 25 по 29.10.1960 г., на этой должности был начальник штаба полигона генерал-майор артиллерии Г. Е. Ефименко. После запуска Гагарина 12 апреля 1961 г. на центральной площади поселка Ленинский полковник Захаров принимал от Маршала Советского Союза К. С. Москаленко Боевое Знамя полигона (на основании указа от 1.2.1961 г.).
С 5.5.1961 г., одновременно с назначением генерал-майора Герчика на новую должность, полковник Захаров приказом министра обороны назначен начальником полигона. Заместителями Захарова являлись: генерал-майор Г. Е. Ефименко (полковник А. М. Войтенко), полковники Д. X. Чаплыгин, Н. В. Павельев (Т. С. Пахомов, М. И. Дружинин), В. А. Боков (М. Ф. Журавлев, А. П. Долинин, А. А. Курушин), А. П. Долинин, Ф. А. Горин, К. В. Свирин, С. Д. Иванов (Б. А. Ландо), А. Е. Иващенко, В. А. Мкртычан. На период командования полигоном Захарова (30.10.1960—12.3.1965) приходится значительное расширение полигона и выполняемых им задач. За это время построены и начали действовать многие сооружения: боевая стартовая станция на 31-й площадке со стартовой позицией для МБР Р-7А (изделия 8К74) и кислородным заводом, двумя МИКами и жилым городком (1960); 51-я площадка со стартовой позицией для испытаний малогабаритной МБР Р-9 (изделия 8К75) и однопунктным РУПом на 53-й площадке (1960); стартовый комплекс на 60-й площадке из трех шахтных стартовых позиций для испытаний изделий 8К64У и МИКа (1962); стартовый комплекс из трех наземных пусковых установок (ПУ) на 75-й площадке с МИКом и жилой площадкой (1962, 1963); шахтный стартовый комплекс из трех пусковых установок на 70-й площадке для испытаний изделий 8К75 (1962); стартовый комплекс на 67-й площадке из двух пусковых установок для испытаний МБР Р-36 — изделия 8К67 (1963); стартовый комплекс на 90-й площадке из двух наземных ПУ для испытаний МБР изделия 8К81 и МИКа (1963. 1964); ПУ на 41-й площадке для испытания новой ракеты 8К66. но использованный для запуска PH изделия 65С3, 11К65 (1963); стартовый комплекс 80-й площадки из трех шахтных ПУ для испытаний изделий 8К64. 8К67, 8К81 (1964, 1965). Заканчивалось строительство других стартовых и технических позиций для испытаний изделий 8К82, 8К84. Построили измерительный пункт № 3 (1963).
Для обеспечения работ на этих объектах формировались новые управления и части. 1.9.1961 г. на 31-й площадке был сформирован 100-й учебный центр (полковник М. П. Вишневский) для подготовки частей РВСН к несению боевого дежурства. 31.5.1962 г. сформировано 3-е управление — в/ч 63670 (инженер-полковник М. С. Культа) для испытании твердотопливной МБР 8К713 (расформировано 7.4.1964). 15.12.1962 г. сформировано 4-е управление (инженер-полковник В. И. Меньшиков) для испытаний универсальных ракет В. Н. Челомея. 7.4.1964 г. создано 3-е управление измерений и математической обработки — в/ч 68526 (инженер-полковник Ф. А. Горин).
1.6.1964 г. сформировано 5-е управление — в/ч 12420 (инженер-полковник В. А. Николаенок) для выполнения задач в интересах ПВО и ВМФ. В состав полигона прибывали новые ОИИЧ. 1.8.1961 г. в состав 2-го управления на 61-ю площадку из Козельска прибыл 627-й РП, переформированный в ОИИЧ-43 — в/ч 44150 (подполковник Н. А. Фридман). В октябре 1961 г. в состав 1-го управления на 71-й площадке из Татищево прибыл 676-й ракетный полк. 13.10.1962 г. на полигон из Татарска для испытаний изделий Челомея прибыл 311-й ракетный полк, переформированный в ОИИЧ 2.8.1963 г. (подполковник А. А. Заблоцкий). 1.5.1964 г. сформирована и вошла в состав 4-го управления ОИИЧ под командованием подполковника И. А. Пругло. В 1963 г сформирован ИП-3 (подполковник А. Г. Блинов).
Такое большое расширение и реорганизация полигона требовали больших усилий от командования по контролю строительства и монтажа технических сооружений, коммуникаций и жилых городков, формированию и обучению испытательных управлений, частей и подразделений, материально-техническому обеспечению, воспитанию и поддержанию дисциплины. Много сил тратилось на формирование новых частей и подразделений. Особенно трудно обстояло обеспечение полигона нужными штатами. В те годы каждую штатную единицу приходилось отстаивать перед штатной комиссией, приезжавшей из Москвы. Это называлось выбиванием штатов. Задолго до приезда огромной комиссии на полигоне, в управлениях и частях проводилась тщательная подготовка. Составлялись трудозатраты, обоснование новых требований, оттачивалось каждое слово доклада, проводились репетиции докладов и ответов на вопросы. Огромная штатная комиссия из генералов и полковников оргмобуправления Генштаба первым делом искала лишних людей и сокращала их. Потом начинался разговор о расширении. Это были настоящие битвы, где все средства хороши. Иногда рассказывали истории штатных сражений, достойные Ильфа и Петрова. Например, рассказывали, как Александр Григорьевич Захаров пробивал штат автомобильного полка. Ему говорили: «На каком основании вы просите автомобильный полк? Во всей Советской Армии всего три автополка. Вам не положено». Александр Григорьевич выходил к доске и начинал чертить: «Вот это 10-я площадка, в 30 км 2-я, в 50 — 41-я и 31-я, еще дальше 60-я, на левом фланге 81-я. Надо возить людей, грузы и продовольствие. Без этого нельзя, понимаете?!» Комиссия дружно говорила: «Не понимаем!» Александр Григорьевич снова брался за мел: «Вот это 10-я площадка» — и повторял слово в слово первый доклад. И так было 5 раз подряд! Доведенная до изнеможения штатная комиссия сдалась. Так на полигоне появился автополк (подполковник А. Г. Блинов) — 4-й в Советской Армии! Таким же, видимо, способом появился на полигоне госпиталь — один из трех самых больших в Союзе! Чем только не приходится заниматься на полигоне!
Во время командования полигоном Захаровым запущено около 250 МБР и PH — изделия 8К71, 8К72, 8К72К. 8К74, 8К78, 8К64, 8К64У, 8К75, 8А92, 11А57, 11А59, 8К67, 8К81, 8К78М, 65С3, 11К65, 8К78М. Выведены в космос космические аппараты типа «Восток», «Венера», «Зенит», «Марс», «Луна», «Полет», «Электрон», «Зонд», «Стрела», «Метеор», «Восход».
Захаров в отличие от первых двух начальников полигона был в большей степени закрыт, меньше контактировал с личным составом да и с окружением не всегда ладил. Предпочитал кабинетные методы работы. Однажды, чтобы оградить себя и штаб от посетителей, Захаров приказал через центральный вход в штаб не пускать никого, кроме него самого и его заместителей. Для всех остальных, работающих в штабе, была открыта небольшая дверь в торце здания. А посторонним вход был практически запрещен, так как необходимо было заказывать разовый пропуск у того, к кому идешь, и оформлять через бюро пропусков. Это было воспринято как желание отгородиться забором от подчиненных и забот, с ними связанных, вызвало большое недовольство офицерского корпуса Байконура. В первые же дни появились едкие байки и анекдоты, а также разговоры: а для чего нам тогда вообще штаб, если он обслуживает сам себя? Но на протесты не обращали внимания. Помог случай. В штабе должно было состояться совещание с участием С. П. Королева. К назначенному часу Сергей Павлович подъехал к штабу, но солдат на входе его не пропустил, объяснив, что начальник полигона приказал никого не пускать, кроме себя и своих заместителей. Королев рассвирепел. Он сел в свою машину и уехал на 2-ю площадку. Оттуда позвонил Захарову и сказал, что ноги его не будет в штабе, и объявил, что совещание проводит на 2-й площадке через полчаса. Захарову пришлось срочно садиться в свою «Волгу» и мчаться на площадку. Как уж там он извинялся перед Королевым, не рассказывали. Но на завтра такой режим был отменен.
Однако следует отметить, что А. Г. Захаров глубоко вникал в вопросы испытаний ракетно-космической техники и высказывал свое мнение, не боясь косых взглядов и упреков главных конструкторов и руководителей высокого ранга. Когда руководство страны в конце 1964 г. решило закрыть ряд проектов конструкторского бюро В. Н. Челомея (УР-700, ЛK-11), Александр Григорьевич решительно выступил против такого предложения и вместе с академиком М. В. Келдышем смог доказать необходимость продолжения испытаний ракеты УР-500 («Протон»), которая на сегодня является самой надежной и экономичной ракетой в мире.
А. Г. Захаров избирался депутатом Верховного Совета Казахской ССР (3.3.1963), делегатом XI съезда КПК Казахстана, членом ЦК КПК (1961), делегатом XX съезда КПСС. Он — генерал-майор артиллерии с 9.5.1961 г. В марте 1965 г. Захаров назначен помощником ГК РВ по вузам. Кандидат технических наук (6.5.1966), доцент по кафедре боевого применения специального вооружения (12.7.1967). Генерал-лейтенанте 23.2.1967 г. В запасе с 2.6.1971 г. В настоящее время директор научно технического центра Академии естественных наук. Награды: орден Ленина (за запуск Ю. А. Гагарина, 17.6.1961), орден Суворова 3-й степени (11.2.1945), орден Красного Знамени (за боевые отличия, 29.5.1945), два ордена Трудового Красного Знамени (за отличие при испытании специальной техники 29.7.1960 г., и за успешное выполнение заданий по строительству специальных объектов в 1959–1965 гг., 29.7.1966), два ордена Отечественной войны 1-й степени (за боевые отлич