В древних очагах производящего хозяйства наоборот возникло много ярких новшеств. Кроме керамической посуды здесь появились глинобитные жилища, мелкая пластика из глины, орудия земледелия — зернотерки, вкладышевые орудия. Среди фаунистических остатков значительную долю составляют кости доместицированных животных, хотя охота и рыболовство сохраняют важное значение. Перечисленные изменения имели скачкообразный характер, что позволяет сравнивать их с явлениями, получившими название «неолитической революции».
В остальных регионах Юга прогрессивные изменения проявлялись более медленно, первые следы земледелия и скотоводства возникли под воздействием соседних культур, новшества внедрялись плавно, не меняя основ жизни и хозяйственной деятельности людей. Такую картину представляют поселения буго-днестровской культуры, где изменения в кремневом инвентаре незначительны по сравнению с мезолитом, глинобитные строения неизвестны, как и глиняная пластика, жилища были небольшими и наземными. Другие культуры степной зоны долго сохраняли традиции предшествующих периодов.
В лесной зоне Восточной Европы, в Сибири и на Дальнем Востоке на протяжении неолита завершалось освоение человеком самых отдаленных территорий, начатое в мезолитическое время, когда отдельные коллективы охотников-собирателей уже достигали окраин ойкумены, включая тундру и Заполярье. Естественным образом, человек в высоких широтах в большей степени зависел от природного окружения — климата, уровня среднегодовых температур, характера растительного покрова, объема полезной биомассы и ее доступности. В этой связи особое значение приобретали адаптивные способности неолитических охотников-собирателей, умение приспособиться к существованию в северных пределах лесной зоны и тундрах. Освоение последних в эпоху неолита оказалось особенно активным и отмечено рядом памятников. Плотность заселения регионов была разной. На водоразделах больших рек, в горных и максимально холодных районах неолитические памятники редки, зато на территориях с хорошо развитой озерно-речной системой люди селились охотно, поселения и стоянки располагались здесь группами.
В начале неолита (V тыс. до н. э.) в лесной зоне Восточной Европы сложилось несколько основных культур — верхневолжская, нарвская, позднее сперрингс. На южных окраинах, в лесостепи, — сред не донская, ранний неолит Десны, в Поволжье волго-камская. Последние испытывали влияние южных степных культур, что особенно заметно в орнаментации керамики. Об истоках ранних неолитических культур существуют разные мнения. Чаще всего их связывают с местным мезолитическим населением этих же территорий, кроме тех случаев, когда выясняется, что люди впервые пришли на ранее пустовавшие земли. Появление керамики объясняют заимствованием самой идеи керамического производства у южных соседей. Другая точка зрения сводится к тому, что в мезолите уже были известны плетеные емкости, которые послужили образцом для изготовления емкостей из глины. Полагают, что отсюда берет начало орнаментация в виде плетенки, например, в культуре сперрингс.
В неолите Восточной Прибалтики возникли две основные культуры — нарвская, в основе которой видят мезолитическую культуру кунда, и неманская. Нарвская культура распространялась до Приладожья, где заметны ее контакты с населением культур ямочно-гребенчатой керамики. Ряд поселений нарвской культуры связан с торфяниками — Сарнате, соответствующие слои Звидзе, группа Швянтойи, где сохранились остатки наземных жилищ, хозяйственные объекты, изделия из дерева и бересты — весла, копья, сети, грузила, керамика и орудия из кремня, изделия из янтаря и глины. Известны погребения, позволяющие определить антропологический тип населения. По мнению Р.Я. Денисовой для нарвской культуры характерны долихокранный европеоидный и мезокранный метисный типы, что подтверждает контакты в пограничье двух больших группировок населения — нарвской и культур ямочно-гребенчатой керамики.
В Центре Русской равнины в начале неолита (V тыс. до н. э.) существовала своеобразная верхневолжская культура. В IV тыс. до н. э. здесь же формируется большая группировка родственных культур или племен, как их принято обозначать. Для них характерна керамика с ямочно-гребенчатой орнаментацией, кремневые орудия из отщепов с двусторонней обработкой, формы которых совершенствуются настолько, что сохраняются до энеолита и эпохи бронзы. Поселения обычно большие, культурные слои интенсивно окрашены и насыщены артефактами. Все свидетельствует об оседлой жизни населения и существовании организованных в социальном отношении коллективов. Основными хозяйственными занятиями были охота и рыболовство, последнее имело особо важное значение и развитые формы, что способствовало обеспечению жителей пищевыми запасами в течение круглого года. Несомненно существовали различные формы собирательства. Жилища были наземными или слегка углубленными, с вертикальными стенами, хозяйственными пристройками, очагами внутри и рядом. На окраине поселений находят могильники и отдельные погребения, иногда встречаются погребения в жилищах, видимо, оставленных.
По мнению большинства исследователей, вся группировка культур ямочно-гребенчатой керамики принадлежала древнейшему финно-угорскому населению, которое позднее увеличило свой ареал, двигаясь по бассейнам крупных рек и образуя новые культуры, в том числе на европейском Севере, на протяжении IV — начале III тыс. до н. э. На этой основе возникла яркая культура гребенчато-ямочной керамики (или прибалтийская) охватившая значительные территории Приладожья, Южной Карелии, северо-восток Прибалтики, Южную Финляндию. На ее поселениях находят остатки круглых и овальных наземных жилищ, погребения, керамику и орудия с двусторонней обработкой, янтарные украшения, демонстрирующие усиление обменных связей с группами населения, достигшими янтарной зоны Прибалтики. Заметен расцвет искусства — широко представлена мелкая пластика, рисунки на керамической посуде, характерны глиняные фигурки, в том числе знаменитые эмбрионовидные.
В это же время, в III тыс. до н. э., в Центре Русской равнины возникают очаги культуры, получившей название волосовской и отнесенной к энеолиту (Д.А. Крайнов). Несмотря на это, весь облик культуры и состав инвентаря более характерны для каменного века. Истоки волосовской культуры и ее развитие являются предметом острых дискуссий. Одни полагают, что она сложилась на Средней Волге, откуда распространилась до Балтики, другие видят ее исходной территорией верховья Волги, Валдай и сопредельные территории. Важно отметить, что волосовская культура впитала достижения предшествующих ей неолитических культур Русской равнины, а возможно, включила их население.
На западных склонах Урала и в Приуралье в свое время О.Н. Бадером была намечена особая историко-культурная область. Сейчас здесь выделяют две основные культуры — камскую, тяготеющую к лесной зоне, и волго-камскую, подверженную сильному влиянию степных неолитических культур. Спорным является вопрос о группе поселений в низовьях р. Белой, которые Г.Н. Матюшин выделяет в ранненеолитическую прибельскую культуру, а другие считают всего лишь вариантом камской.
Население волго-камской культуры занимало Среднее Поволжье и низовья р. Камы. Стоянки расположены небольшими группами, имеют бедные культурные слои, характерно преобладание кремневых орудий над керамикой, инвентарь пластинчатый. Орнаментация посуды определяется как накольчатая. По последнему признаку ее сопоставляют с посудой днепро-донецкой общности и, особенно, среднедонской культуры степной зоны, предполагая активные контакты населения в среднем неолите. Происхождение волго-камской культуры объясняют по разному. Ее выводят с юга, из степной зоны, или из мезолита этой же территории, что кажется наиболее правильным. Существует и предположение о генетической связи с верхневолжской культурой.
В изучении камской и волго-камской культур наиболее слабым местом остается хронология, не имеющая объективных оснований. Предлагаемые обычно даты — V–IV тыс. до н. э. — ни на чем не основаны, кроме аналогий в степных культурах, тоже, как правило, недостаточно обеспеченных независимыми датами.
Восточное Зауралье и Западная Сибирь представляют огромные территории, включающие лесную зону и тундры на севере, сильно обводненные и заболоченные. Археологические исследования проводились здесь неравномерно в силу объективных обстоятельств. Вероятно, и в древности освоение таежных лесов и тундр не было сплошным. В связи с этим неолит этих территорий рассматривается по географическим регионам — Южное Зауралье, Среднее Зауралье, Нижнее Притоболье, Кондинская низменность, Нижнее Приобье, Сургутское Приобье, Верхнее Приобье, Среднее Прииртышье.
Неолитическое население занималось здесь охотой на северного оленя в тундре или промышляло лесных копытных и других животных в лесной зоне. Обычно охота сочеталась с рыболовством, а в позднем неолите хозяйственная деятельность больше опиралась на рыболовство, что способствовало оседлости населения. Известны постоянные поселения с насыщенным культурным слоем, временные промысловые стоянки, а также редкие погребения и могильники.
В Южном Зауралье в свое время была выделена особая ташбулатовская культура, соседствующая с востока с упомянутой выше прибельской. Она получила характеристику по нескольким поселениям, которые некоторые исследователи считают недостаточно четко стратифицированными. Тем не менее, ташбулатовская культура имеет ряд характерных особенностей — керамику, орнаментированную в прочерчено-накольчатой манере, каменный инвентарь с преобладанием пластинчатых форм, а сырьем здесь служила в основном уральская яшма, хотя применялись и другие горные породы. Выделяются два хронологических этапа культуры, различающиеся по керамике и каменным изделиям. В Суртанды VII найдены кости доместицированных лошади и крупного рогатого скота, но основными занятиями населения были охота и рыболовство. Предполагается, что неолитическая культура складывается в Южном Зауралье уже в VI тыс. до н. э. на основе местного мезолитического населения.