НКВД № 00206 от 8 марта 1939 года было разделено на шесть главных управлений по видам войск — пограничных, по охране особо важных предприятий промышленности, по охране железнодорожных сооружений, конвойных войск, а также Главные управления военного снабжения и военного строительства. Оперативные части, специально подготовленные для преследования и блокирования бандформирований, вошли в состав пограничных войск, а 26 февраля 1941 года были выделены в самостоятельный род войск — оперативные войска НКВД СССР. 19 января 1942 года они были реорганизованы во внутренние войска НКВД СССР. Заместителями Берии по войскам на протяжении всей их истории с 1939 по 1953 год были два человека — это генерал-полковники Иван Иванович Масленников и Аркадий Николаевич Аполлонов.
Наиболее многочисленными были пограничные войска, насчитывавшие на 22 июня 1941 года 167 тыс. 582 человека. Они прекрасно знали, что происходит на сопредельных территориях из донесений своей разведки, и своевременно докладывали об этом по инстанции. Поэтому Берия повысил плотность охраны западного участка государственной границы от Баренцева до Чёрного моря, доведя ее численность до 100 тыс. человек. По его распоряжению пограничники получали полный боекомплект патронов и ручных гранат, на службу выходили в стальных касках, а в часы отдыха спали, не снимая верхней одежды и имея свое оружие рядом с кроватью. Командиры круглосуточно находились на заставах. С 15 по 20 июня 1941 года пограничники постоянно фиксировали подвоз боеприпасов со стороны немецких и румынских частей к границе, установку на огневые позиции артиллерии, шум многочисленных танковых моторов, работу офицерских рекогносцировочных групп, подвоз переправочных средств, отселение от границы местного гражданского населения. О какой внезапности здесь можно говорить? Ни для Берии, ни для Сталина ее не было — а вот почему дивизии Красной Армии находились в районах, удаленных от назначенных им рубежей развертывания на 8—20 километров — это уже вопрос к Наркомату обороны и Генеральному штабу, им проще было объяснить свои действия внезапностью. Пограничники же ожидали нападения, никакой паники, суеты и бесцельной стрельбы в их рядах не было. «Пограничные войска вступили в бой первыми, ни одна пограничная часть не отошла, — пишет Серго Берия. — На западной границе эти части сдерживали противника от 8 до 16 часов, на юге — до двух недель. Здесь не только мужество и героизм, но и уровень военной подготовки. И сам собой отпадает вопрос, зачем пограничникам на заставах артиллерия. Гаубиц, как пишут, там не было, а противотанковые орудия заставы имели. На этом перед войной настоял отец, прекрасно понимая, что с винтовкой наперевес на танк не пойдешь. А гаубичные полки были приданы погранотрядам. И это тоже сыграло свою положительную роль в первых боях. Армейская артиллерия, к сожалению, не сработала…» Газета «Правда» от 24 июня 1941 года писала: «Как львы дрались советские пограничники, принявшие на себя первый внезапный удар подлого врага. Бессмертной славой покрыли себя бойцы-чекисты… Они бились врукопашную, и только через мертвые их тела мог враг продвинуться на пядь вперед».
О том, что пограничники ожидали удара именно 22 июня — как и докладывала внешняя разведка НКВД, — свидетельствует тот факт, что начальник Главного Управления погранвойск НКВД СССР генерал-лейтенант Григорий Григорьевич Соколов в ночь с 21 на 22 июня 1941 года находился на участке 86-го Августовского погранотряда Белорусского пограничного округа. Вот выдержка из Справки о военных действиях 86-го погранотряда, составленной капитаном Аврамчуком Дмитрием Сергеевичем: «21 июня 1941 года утром я заступил дежурным по отряду. В 2 часа дня в отряд прибыли начальник Главного Управления погранвойск НКВД СССР генерал-лейтенант Соколов и начальник погранвойск Белорусского округа генерал-лейтенант Богданов. <…> В 4 часа по приказу генерала Соколова весь офицерский состав собрали в кабинете начальника отряда для совещания. С докладом выступил начальник штаба капитан Янчук. Он сказал, что за последнее время было переброшено на нашу сторону 3 диверсионные группы по 15–20 человек поляков и белорусов, которые показали, что немцы готовятся к войне и скоро нападут на нашу страну. Задержанные бандиты имеют задание с началом войны разрушать связь, поднимать панику среди населения, совершать диверсии, убийства советских работников и взрывать мосты. С наступлением темноты на германской стороне был слышен непрерывный шум моторов танков, тракторов, грохот колес конных повозок и даже разговор немцев. <…> В 6 часов вечера 21 июня 1941 года генералы Соколов, Богданов и начальник отряда майор Здорный на легковой машине “Эмка” выехали на границу… В 2 часа ночи я вышел из дежурной комнаты во двор штаба и заметил, что большие группы немецких самолетов летят в нашу сторону. С границы слышна артиллерийская стрельба. Я немедленно позвонил на квартиру капитану Янчуку. Он немедленно прибыл в штаб. Капитан Янчук дал мне указание позвонить во все подразделения и дать командирам приказание занять оборону и вести боевые действия, так как война уже началась. Семьи офицерского состава были эвакуированы на автомашинах в город Белосток. Там их посадили в товарные вагоны и отправили на восток. Примерно в 18 часов 22 июня в район с. Штабина прибыл начальник отряда майор Здорный и генералы Соколов и Богданов. Соколов дал указание начальнику отряда… вести боевые действия совместно с частями Красной Армии. Соколов и Богданов уехали в Белосток».
Далее события развивались следующим образом. На участке 86-го погранотряда наступали две немецкие дивизии. Ожесточенный бой разгорелся на 1-й заставе, которой командовал старший лейтенант Сивачёв. Двенадцать часов держались герои, отражая натиск противника, поддерживаемого танками и артиллерией, и отступили только по приказу коменданта 1-й комендатуры, которой командовал капитан Кириченко. 3-я застава лейтенанта Усова весь день вела упорные бои с пехотным батальоном противника — то есть в условиях 10-кратного превосходства немцев, поддерживаемых к тому же танками и артиллерией. Когда у пограничников кончились патроны и гранаты, они перешли в рукопашную схватку, в которой лейтенант Усов пал смертью храбрых. И лишь после того, как разведка сообщила, что противник со стороны Августова далеко углубился в тыл по направлению к Гродно, оставшиеся в живых пограничники в ночь с 22 на 23 июня колонной в пешем порядке двинулись на восток по распоряжению начальника отряда майора Г.К. Здорного, который впоследствии писал в своих воспоминаниях: «В районе местечка Мир, что примерно в 80 километрах западнее Минска, к нам присоединился командующий 10-й армией генерал-майор К.Д. Голубев с небольшой группой своих штабных офицеров. Вскоре, вслед за Голубевым, к нам присоединился генерал-лейтенант Д.М. Карбышев и с ним один полковник из инженерных войск. В пути нашего следования генерал Карбышев по собственной инициативе выходил не раз на разведку. Последний раз, уйдя в разведку после недельного пребывания в нашей группе, Карбышев не возвратился и, как потом стало известно, он попал в плен к фашистам. Дальнейшая его судьба всем вам известна. Вся наша группа вышла к линии фронта 19 июля 1941 года в районе города Рогачёв — в полосе начавшейся контратаки 63-го стрелкового корпуса под командованием генерала Л.Г. Петровского из состава 21-й армии. Вышедший с нами рядовой, сержантский состав и младшие офицеры распоряжением командования 21-й армии были включены в состав корпуса Петровского».
Упорное сопротивление вторгшийся агрессор встретил и на других участках советской границы. Начальник 106-го Таурагского погранотряда подполковник Л.А. Головкин поднял отряд по тревоге в 2 часа ночи и отдал приказ личному составу занять оборонительные сооружения. 4-я погранзастава, которой командовал лейтенант А.А. Богун, охраняла участок границы, где проходило шоссе Тильзит — Таураге. Размещалась застава на бывшем хуторе в двух деревянных домах. После пяти безуспешных атак к заставе приблизились три немецких танка и стали расстреливать ее в упор. Трое бойцов со связками гранат в руках поползли к вражеским машинам, а спустя некоторое время раздались взрывы. Танки были подбиты. Лишь после налета авиации враг начал просачиваться на территорию заставы. Оставшиеся в живых пограничники стояли насмерть. Застава вела бой в полном окружении, от снарядов и бомб загорелись постройки и склады. Из горящего дома выбежала с ребенком жена лейтенанта Антона Богуна. Она бежала и падала, бежала и падала, а ребенок был, видимо, ранен: на белой рубашонке ярко алело пятно… Антон видел это, что-то кричал ей, махал рукой, пока она не спрыгнула в окоп. Вскоре немцы начали новую атаку. Впереди двигались танки. Им удалось ворваться в окопы пограничников на правом фланге. Немцы схватили раненых солдат и жену Антона Богуна, прижимавшую к груди ребенка, и поволокли куда-то. Антон с пистолетом в руке отбивался от наседавших немцев. Когда закончились патроны, он предпочел смерть плену…
Кровопролитные бои развернулись в районе Бреста, где на протяжении 182 километров по реке Буг охрану границы нес 17-й Брестский Краснознаменный погранотряд под командованием майора А.П. Кузнецова. В самой Брестской крепости дислоцировались 3-я комендатура, 9-я погранзастава, резервная застава и окружная школа шоферов погранвойск НКВД СССР. В числе защитников крепости были и подразделения 132-го отдельного батальона 42-й отдельной бригады конвойных войск НКВД СССР. 90 % личного состава батальона являлись членами ВКП(б) и ВЛКСМ. Все военнослужащие были славянских национальностей, что, несомненно, отличало батальон от частей Красной Армии.
Утром 22 июня мощный взрыв потряс здание казармы 132-го батальона. Один из первых снарядов взорвался на кухне. Еще не понимая, в чем дело, люди стали приходить в себя и, разобрав оружие, бросились к бойницам и окнам, из которых было видно немцев на штурмовых моторных лодках, движущихся по реке Буг. Выбив прикладами рамы, чекисты открыли огонь по вражескому десанту. Внезапно начался пулеметный и автоматный обстрел окон казармы, выходивших во внутреннюю часть Цитадели. Раздался истошный крик: «Немцы в казарме!» Ошалевшие бойцы ринулись вниз по лестнице. Они камнем свалились на поднимавшихся австрийских егерей и сцепившись с ними кубарем покатились вниз. И те не выдержали, побежали…