Оборону 9-й заставы возглавил ее начальник лейтенант Андрей Кижеватов. Весь первый день пограничники отбивали, в том числе и в рукопашных схватках, атаки противника, который рвался через Тереспольские ворота к центру Цитадели. 23 июня, когда от здания заставы остались одни руины, Кижеватов, получивший ранение, со своими бойцами перешёл в подвалы находящейся рядом казармы 333-го стрелкового полка, где сражалась группа бойцов под командованием старшего лейтенанта Александра Потапова. Примерно 25 июня туда же перебежала и группа бойцов 132-го батальона конвойных войск НКВД. В течение недели Потапов и Кижеватов продолжали руководить обороной, отбивая многочисленные атаки немцев и австрийцев. Женщин и детей, укрывавшихся в подвалах казарм вместе с бойцами, на третий день войны пришлось отправить в плен. 29 июня, когда боеприпасы почти закончились, было решено прорываться, но не в сторону города, а в немецкий тыл через Западный остров, на котором тоже бились пограничники. Проскочив Тереспольские ворота и дамбу через Буг, бойцы попали под сильнейший минометный и пулеметный огонь противника. По воспоминаниям выживших, когда оказались на острове, у берега в кустарнике лежал на земле пограничник с ручным пулеметом в руках. Возле него с одной стороны была навалена куча пустых, отстрелянных гильз, а с другой — патроны и запасные диски для пулемета. Вокруг валялось множество убитых немцев. Вид у бойца был страшный — лицо стало землисто-серым, под глазами — черные круги. Оголодавший, обросший бородой, с красными, воспаленными глазами от бессонных ночей, он, видимо, уже много дней лежал здесь без пищи и без сна, отбивая атаки гитлеровцев. Бойцы стали тормошить его, предложили идти на прорыв с ними, но боец-пограничник поднял голову, посмотрел на них и глухим, ничего не выражающим голосом сказал: «Я отсюда никуда не уйду». Больше о его судьбе ничего не известно…
Этот прорыв окончился неудачей — большинство его участников погибли или попали в плен. Погиб и возглавлявший группу прорыва лейтенант Потапов. Начальник 9-й заставы лейтенант Кижеватов, прикрывая прорыв, остался в Цитадели и также погиб в бою. Осенью 1942 года немцы нашли недалеко от Бреста, в деревне Великорита Малоритского района, его семью и всех расстреляли: мать, жену и детей — 15-летнюю Нюру, 11-летнего Ваню и двухлетнюю Галю. В 1965 году Андрею Митрофановичу Кижеватову посмертно было присвоено звание Героя Советского Союза.
10 июля 1941 года из официального перечня частей, входящих в состав действующей армии, 132-й батальон был исключен как целиком погибший в боях. Но он продолжал сражаться! В советское время все знали надпись, сделанную на стене одного из казематов Брестской крепости: «Я умираю, но не сдаюсь! Прощай, Родина!» И дата — «20.VII.41 г.». Но мало кто знал, что она была сделана на стене казармы 132-го отдельного батальона конвойных войск НКВД СССР.
Участок границы, который охранял 90-й Владимир-Волынский погранотряд, преграждал стратегическое направление Варшава — Люблин — Луцк — Киев. 22 июня 1941 года ровно в четыре утра в неравный бой вступили все 16 застав, поднятые по тревоге. На участке 4-й комендатуры немцам удалось захватить мост, через который переправилось до 50 вражеских танков. Развернувшись в боевой порядок, они атаковали пограничников, которыми командовал комендант участка И.В. Бершадский. Никто из пограничников не знал, что первым же снарядом на его глазах были убиты жена и 11-летний сын… Когда танки подошли к зданию комендатуры, навстречу им выбежал фельдшер В.П. Карпенчук. О том, что произошло в следующий момент, рассказывается в документе, который хранится в Центральном музее пограничных войск: «Смоченный бензином пылающий халат он бросил на решетку моторного люка ближайшего танка, а сам, объятый пламенем, кинулся под танк. Раздуваемые ветром огненные языки поплыли по машине, двор озарился огромной вспышкой, раздался взрыв, и вверх взметнулся багровый столб дыма. Остальные танки, отстреливаясь, повернули назад и скрылись».
Широко известен подвиг 13-й заставы, начальником которой был Алексей Васильевич Лопатин. Застава располагалась в бывшей усадьбе польского магната в два этажа с массивными стенами до метра толщиной и хорошими подвальными помещениями. Заблаговременно были построены три деревоземляных блокгауза и стрелковые окопы, которые соединялись между собой ходами сообщения. Первым погиб заместитель начальника погранзаставы лейтенант Погорелов. Группа бойцов под его началом отбила мост через Западный Буг и полдня удерживала позицию. Но когда немцы окружили пограничников, выжить никому не удалось. Политрук Павел Гласов был убит на пятые сутки, когда заставу обстреляли прямой наводкой из орудий и сровняли с землей. Но личный состав продолжал держаться, уйдя в подвальные помещения и траншеи. Женщины как могли помогали своим мужчинам: подносили боеприпасы, снаряжали магазины, готовили пулеметные ленты, перевязывали раненых. На девятые сутки сложилась очень тяжелая ситуация: продовольствие кончилось, запасы воды иссякли. Ночью 29 июня Лопатин, используя замаскированные выходы, вывел тяжелораненых, женщин и детей. А затем вернулся с пограничниками в подвал полуразрушенного здания. В книге «История Великой Отечественной войны Советского Союза» сказано: «…Когда были разбиты все блокгаузы и дзоты в опорном пункте, пограничники перешли в подвальное помещение разрушенного здания заставы и оттуда продолжали вести огонь по врагу. 30 июня на заставе остались в живых только десять пограничников. Противник устроил подкоп и подорвал здание. При взрыве погибли все защитники заставы».
18 декабря 1957 года Алексей Лопатин посмертно был удостоен звания Героя Советского Союза. На окраине старинного украинского села Скоморохи на мраморной доске выбиты слова: «Вечная память начальнику пограничной заставы Алексею Лопатину и политруку Павлу Гласову, которые героически погибли в борьбе за свободу и независимость Советской Отчизны против немецко-фашистских захватчиков».
Участок границы по реке Сан охранял 92-й Перемышльский пограничный отряд. Командовал им подполковник Яков Иосифович Тарутин. Лишь получив приказ отойти, отряд оставил Перемышль и сосредоточился в селе Ниженковичи. Заслушав доклад подполковника Тарутина, командир 8-го стрелкового корпуса генерал-лейтенант М.Г. Снегов принял решение отбить Перемышль. Контратака началась в 9 часов утра 23 июня. «Гитлеровцы отчаянно сопротивлялись, — говорится в очерке по истории войск Западного пограничного округа. — Из окон четырехэтажного дома, как из амбразур, били пулеметы. Сметая на пути вражеские группы, пограничники приближались к дому. В здание ворвался комсомолец Щербицкий. На него набросились два гитлеровца. Пограничник сразил их автоматной очередью. В одной из комнат второго этажа оказался пулеметный расчет. Щербицкий ударом приклада свалил одного немца, второго выбросил в окно. В это время старшина Мальков, очищая подвалы, уничтожил гранатами засевших там гитлеровцев. Группа лейтенанта Сидорова окружила немцев в ресторане, в котором те уже отмечали победу, и уничтожила их».
Разгром гитлеровцев в Перемышле и его освобождение показали, что немецких захватчиков можно бить, и час Победы близок. Сводный батальон пограничников и две роты 99-й стрелковой дивизии, отражая атаки противника, удерживали город до вечера 27 июня. В боях на границе на участке 92-го Перемышльского отряда противник потерял убитыми и ранеными около пяти тысяч солдат и офицеров.
Границу с Румынией, проходившую по рекам Прут и Дунай, охраняли войска Молдавского пограничного округа во главе с генерал-майором Никольским. В состав округа входили 23-й Липканский, 24-й Бельцкий, 2-й Каларашский, 25-й Кагульский и 79-й Измаильский погранотряды, а морское побережье охраняли подразделения 26-го погранотряда. 22 июня 1941 года в 4 утра из Фэлчиу в Румынии по 5-й заставе Кагульского погранотряда был открыт шквальный артиллерийский огонь. Одновременно застава подверглась бомбардировке с воздуха. В 6.40 на заставу прибыла поддержка из штаба пограничной комендатуры — одно стрелковое отделение во главе со старшим лейтенантом Константиновым, два отделения с 4-й заставы и одно отделение резервной заставы. Общее руководство боевыми действиями возглавил Константинов. В течение первого дня войны на 5-й заставе отразили 11 яростных атак противника. Затем Константинов разделил пограничников на пять групп и в ночь на 23 июня концентрированным ударом выбил захватчиков с нашей территории. А 24 июня две группы пограничников под командованием Константинова и начальника 5-й заставы лейтенанта Тужлова взорвали мосты через Прут. Указом Президиума Верховного Совета СССР старшему лейтенанту Александру Константинову, младшему лейтенанту Ивану Бузыцкову и младшему сержанту Василию Михалькову было присвоено звание Героев Советского Союза — случай уникальный, за что застава получила название «заставы трёх героев».
Начальником 79-го погранотряда был Савва Игнатьевич Грачёв, обладавший внушительным ростом и большой силой, кавалер ордена Красного Знамени. За его плечами была Гражданская война, борьба с басмачами. Будучи опытным чекистом, он с первого дня войны вел активную разведку, изыскивая возможность ударить по врагу. Еще 22 июня подполковник Грачёв организовал заброску группы пограничников во вражеский тыл. К 18 часам разведчики вернулись, доставив на нашу сторону семь солдат и одного сержанта противника. На основе полученных сведений штаб отряда совместно с подразделениями 51-й стрелковой дивизии разработал план высадки десанта на остров Раздельный. 23 июня бойцы штурмового отряда под командой капитана Бодрунова, воспользовавшись туманом, скрытно подошли на пограничных кораблях к острову и смелой штыковой атакой уничтожили вражеский гарнизон. Были захвачены трофеи, в том числе два тяжелых орудия. Десанты были повторены 24 и 25 июня. Используя достигнутый успех, Военный совет и командующий 9-й армией генерал-полковник Яков Тимофеевич Черевиченко решили осуществить крупную десантную операцию с захватом румынского города Килия-Веке. Там располагались артиллерийские батареи, которые препятствовали действиям советских кораблей на Дунае. На рассвете 26 июня сводный отряд в составе подразделений 79-го погранотряда и 23-го стрелкового полка 51-й стрелковой дивизии на пограничных судах под командованием капитан-лейтенанта И.К. Кубышкина при поддержке береговой артиллерии устремился к румынскому берегу. Румыны ожесточённо сопротивлялись, но к 10 часам утра десант захватил плацдарм шириной до 4 км и глубиной до 3 км, разгромив румынский пехотный батальон, пограничную заставу и ликвидировав артиллерийский дивизион. В течение 27 июня враг почти беспрерывно атаковал наш десант, но советские бойцы, поддерживаемые артиллерией пограничных кораблей, успешно отражал эти атаки. Это позволило командованию вывести советские военные, транспортные и пассажирские корабли и суда, находившиеся на Дунае. В ночь на 28 июня по приказу командующего армией советский десант был успешно возвращён на свой берег.