В том же году Николай Константинович защитил в университете диплом юриста на тему "Правовое положение художника в Древней Руси". Ему пригодились знания по истории родной страны, так упорно им приобретаемые, и Русская Правда, и летописи, и Стоглав, и Акты археологической комиссии. "В древней, самой древней Руси, — писал Н.К. Рерих, — много знаков культуры; наша древняя литература вовсе не так бедна, как ее хотели представить западники. Но надо подойти к ней без предубеждения, научно".
Первым картинам художника сопутствовали его многочисленные статьи "Иконный терем", "Искусство и археология", "На кургане", "По пути из Варяг в Греки" и др., публиковавшиеся в периодических изданиях. В них затрагивались важные темы охраны памятников истории и культуры, связи науки и искусства, огромной художественности ценности русской иконописи. Н.К. Рерих был в числе первых деятелей, понимающих значение иконы и призывавший к сохранению высоких образцов иконописи для потомков: "Помню, как мне приходилось представлять на благословение Иерархов и эскизы стенописи Святодуховской церкви в Талашкине под Смоленском, и иконостас Пермского монастыря, и мозаики для Шлиссельбурга, и роспись в Пскове. А иконы нашей иконописной мастерской, писанные как учащимися школы, так и инвалидами Великой войны, широко расходились по Руси и за границей, внося в жизнь истовые изображения Святых Ликов. Видимо мне, что из учащихся иконописной мастерской некоторые, проникнутые религиозными основами, приняли монашеский чин и подвизаются и ныне в монастырях. Еще не так давно имели мы трогательное письмо от одной нашей бывшей ученицы, сердечно благодарившей за наставление в иконописании, которое ей как монахине особенно пригодилось для украшения ее обители".
Вскоре после прихода Н.К. Рериха в Музей Общества поощрения художеств умирает Д.В. Григорович, на его место назначается М.П. Боткин, член совета Академии художеств, коллекционер, живописец, считавшийся консерватором в искусстве, родной брат известного врача лейб-медика Его Величества Сергея Петровича Боткина. По воспоминаниям Николая Константиновича, он "тогда писал против Боткина и критиковал его реставрацию Новгородской Софии. После этого мне казалось невозможным с Боткиным встретиться, а тем более сотрудничать. Но Балашев, бывший вице-председателем, был иного мнения. Со свойственной ему торопливостью он пригласил меня поехать вместе с ним к Боткину под предлогом осмотра известной боткинской коллекции. Прием превзошел всякие ожидания. Не только была показана коллекция самым предупредительным образом, но было заявлено о великом удовольствии встретиться в музее Общества, и таким образом все приняло совершенно неожиданные размеры. По поводу же моих статей о Софии было сказано, что Боткин читал их с огромным интересом. Конечно, еще много раз пришлось в деле столкнуться с академической рутиною Боткина. При выборах в академики именно Боткин произнес речь против меня, но когда избрание все же состоялось, то на другое утро Боткин уже был у меня, целовался и говорил, улыбаясь: "Ну и была битва, слава Богу, победили". Он не знал, что еще накануне вечером Щусев и Беренштам позвонили по телефону о положении дела. Так же точно Боткин был против моего назначения директором Школы, но когда и оно все же состоялось, он с улыбками и объятиями спешил оповестить о победе. Опасный был человек, но все-таки поблагодарю его за учебу, за вкоренившийся обычай быть на дозоре. И другие члены комитета занимались той же учебою. Так, например, после моего избрания секретарем Общества, председатель финансовой комиссии Сюзор пригласил меня вечером "потолковать о финансовых делах". Речь шла о большом бюджете и о разных цифрах, превышавших 200.000 рублей. Быстро Сюзор называл разные детальные цифры. Устно подводил итоги и делал всякие сложные сопоставления. Я также устно подавал реплики, и таким образом мы пробеседовали часа три. Затем совершенно неожиданно Сюзор попросил меня через два дня представить весь бюджет, включив в него все те многие детальные соображения, которые он называл. Я попросил его дать мне какие-либо записки по этому поводу, но он сказал, что записок он не имеет и даже не может повторить устно все им сказанное. При этом он добавил, улыбаясь: "Я удивлялся, видя, как вы надеетесь на свою память и ничего не записываете". Действительно, пришлось вызвать все силы памяти, чтобы не ударить лицом в грязь. Спасибо и за такую учебу…
Не буду таить, что Михаил Петрович Боткин в свое время доставил мне немало забот и хлопот. Шестнадцать лет потребовалось, прежде чем мы вполне сжились в работе, но и его вспоминаю всегда очень сердечно. В нем оставались черты воспоминаний Иванова и Гоголя. Сам он напоминал нам чем-то Ивана Грозного, а его страсть к собирательству примиряла с другими чертами характера. Во всяком случае, в конце концов, мы расстались с ним большими друзьями. Если Куинджи учил одним сторонам жизненной борьбы, то и М.П. Боткин, со своей стороны, вольно и невольно закалял волю и осмотрительность".
Такого вероломного, двуличного администратора, каким был М.П. Боткин коллеги откровенно не любили. Соответствующие воспоминания оставил, например, художник Игорь Грабарь: "Боткину доставляло физическое наслаждение вливать ложку дегтя во все бочки с медом, стоявшие на его дороге и почему-либо ему мешавшие. Не было такого хорошего и большого художественного предприятия, которого он не стремился бы сорвать. Делал он это столь мастерски, что его участие в очередной "пакости" не легко было установить: о нем больше догадывались".
В 1899 году секретарь Общества поощрения художеств Николай Петрович Собко, историк русского искусства и библиограф, предложил руководству Общества назначить Н.К. Рериха своим помощником и тем самым оградить молодого сотрудника от непрерывных нападок М.П. Боткина.
Как и ранее, Николай Константинович работал сразу по нескольким направлениям одновременно. Кроме службы в Музее Общества поощрения художеств он продолжал принимать заметное участие во многих начинаниях Русского археологического общества. Испытывая интерес к Востоку, он посещал заседания славянского отделения и восточного отдела. Этот отдел возглавлял с 1885 года Виктор Романович Розен — известный русский востоковед-арабист, академик Петербургской Академии наук, почетный член Императорского Православного Палестинского общества.
На заседаниях востоковедов состоялось знакомство Н.К. Рериха с известным египтологом Б. А. Тураевым, о котором сохранились самые теплые воспоминания: "Как и многим ученым, Тураеву жилось нелегко, но эти трудности тонули в океане научного энтузиазма. Именно энтузиазм познавания удержал Тураева на высокой бесспорной стезе исследователя".
Николай Константинович в летние месяцы проводил археологические изыскания. Многолетние наблюдения, накопленные за время археологических работ, легли в основу курса лекций "Художественная техника в применении к археологии", прочитанных им в качестве внештатного преподавателя в Археологическом институте. В самой первой лекции Н.К. Рерихом были затронуты вопросы об отношении искусства к археологии. Им приводились примеры из творчества Леонардо да Винчи, Микеланджело, мнения Л.Н. Толстого и Джона Рескина, подкрепляющие его заключения об органической связи науки и искусства. Среди основных выводов он указывал на ответственность художника перед обществом: "При современном реальном направлении искусства значение археологии для исторического изображения растет с каждой минутой. Для того чтобы историческая картина производила впечатление, необходимо, чтобы она переносила зрителя в минувшую эпоху; для этого же художнику нельзя выдумывать и фантазировать, надеясь на неподготовленность зрителей, а в самом деле надо изучать древнюю жизнь, как только возможно проникаться ею, пропитываться насквозь".
Летом 1899 года Николай Константинович в качестве преподавателя Императорского археологического института получил в Императорской археологической комиссии разрешение на проведение раскопок в Новгородской, Псковской и Тверской губерниях. Так он оказался в имении князя Павла Арсеньевича Путятина в городе Бологое Новгородской губернии. Князь Путятин, русский антрополог и этнограф, состоявший в браке с Е.В. Голенищевой-Кутузовой, в первом браке Митусовой, общественный деятель, коллекционер и археолог, автор более сорока трудов по антропологии, археологии, астрономии, востоковедению, искусству, неизменно содействовал проведению археологических раскопок на территории своих имений. Николай Константинович, командированный к Путятину, появился в его имении, когда князя не было в Бологом. Родственники Павла Арсеньевича, уже наслышанные об успехах молодого художника, пригласили Н.К. Рериха задержаться до возвращения хозяина. Трехдневная задержка в Бологом подарила Николаю Константиновичу неожиданную встречу с Еленой Ивановной Шапошниковой. Сохранились воспоминания Елены Ивановны о той памятной встрече с Н. Рерихом, изменившей судьбу их обоих, связав впоследствии узами счастливого брака:
"Сначала через окно прямо на балкон шагнула пыльная нога, или, вернее, пыльный сапог. Я подошла к окну, а Николай Константинович спрашивает:
— Здесь живет князь Путятин?
Я пошла в комнату своей тетки и говорю:
— Тетя, не то курьер, не то арендатор к тебе приехал.
Она велела мне обратиться к лакею, чтобы он провел его к ее мужу. Вечером за чаем выяснилось, что это археолог какой-то и его еще никто не видел. Узнав об этом, тетя сказала:
— Археолог, какое-то старье, положить его спать у князя в кабинет.
На другой день за завтраком гостя увидели, он оказался молоденьким, хорошеньким, и решили ему дать комнату для приезжих".
Имеется и эмоциональное дополнение к этим записям, воспоминания подруги Елены Ивановны той поры — Н.В. Шишкиной:
"Лето ее мать и она всегда проводили в имении князя Павла Арсеньевича Путятина, у ее тетки, станция Бологое Новгородской губернии, на берегу прекрасного озера двадцати двух километров в окружности. Сам князь П.А. Путятин был археолог, член "Общества археологов" в Петербурге. Новгоро