Приближался день победы над фашистской Германией. Однако руководство литовских националистов ожидало скорого начала новой войны — между СССР и недавними союзниками по антигитлеровской коалиции. В оперативном приказе Верховного штаба ЛЛА № 5 от 4 апреля 1945 г. утверждалось: «В случае войны с англо-саксами и государствами Западной Европы, Советы после первых же ударов будут вынуждены отступать из оккупированных стран. Литовский народ в этот момент должен будет вступить в решающий бой с ослабевшим большевизмом». Были намечены главные задачи ЛЛА:
«1. Уничтожать находящиеся в Литве и отступающие с фронта части Красной Армии, НКВД, НКГБ, не давая им возможности убивать и вывозить население и уничтожать имущество.
2. Охранять торговые, промышленные и сельскохозяйственные предприятия и имеющиеся в них запасы.
3. Организовать административную власть в стране до создания постоянного правительства» (док. № 94).
По неполным данным НКВД-НКГБ, к началу июня 1945 г. в Литве действовало 142 вооруженные группы с общим количеством участников 6246 человек, в том числе 11 групп численностью 1198 человек — польских националистов. НКВД СССР наметил в течение июня-июля месяцев провести в Литве чекистско-войсковые операции, для чего на укомплектование органов НКВД-НКГБ Литовской ССР было направлено свыше 800 оперативных работников из других областей СССР и придано 11 полков пограничных и внутренних войск НКВД. Одновременно Л.П. Берия просил И.В. Сталина разрешить выселить до 1000 семей активных участников националистических формирований и обязать ЦК КП(б) и Совет Народных Комиссаров Литовской ССР усилить работу по переселению поляков в Польшу (док. № 97). 16 июня 1945 г. Л.П. Берия подписал распоряжения НКВД СССР № 328 «О переселении в Коми АССР, Молотовскую и Свердловскую области из Литовской ССР членов семей главарей и активных участников банд». Всего в 1945 г. было выселено 6320 человек.
В ходе развернувшихся чекистско-войсковых операций с 1 по 25 июня было ликвидировано 64 вооруженных формирования националистов, при этом убито 898 человек, захвачено живыми 958. Численность войск НКВД в Литве была доведена до 14 полков. Заметим, что, как и в Белоруссии, оперативные группы НКВД нередко использовали чужое обличье, так, в Паневежском уезде оперативная группа действовала под видом банды «власовцев» (док. № 100).
К пятой годовщине установления советской власти в Литве и вхождения ее в состав СССР ЦК КП(б) Литвы принял решение послать Сталину письмо с подписями населения Литовской ССР. Однако эта инициатива не имела успеха. Так, в Ремигольской волости Паневежского уезда из 8000 взрослого населения письмо подписали 250 человек, в Швенченском сельсовете Кретанаевской волости из 100 человек, присутствовавших на собрании, письмо подписал только председатель сельсовета и т. д. Оперативным секторам было дано указание арестовывать лиц, срывающих обсуждение и подписание письма на имя Сталина (док. № 102).
Об упорстве сопротивления националистов и их жестокости к соотечественникам, выбравшим другой образ жизни, говорит, например, доклад НКВД от 11 августа 1945 г. В нем сообщается, что в ходе операций в июле были рассеяны два отряда ЛЛА, возглавляемых Ионасом Домбраускасом и Казисом Раманаускасом. При этом 92 человека убито, 24 арестовано и 81 легализовалось. Остальные участники этих отрядов (а, по данным НКВД, они насчитывали 320 человек) разбежались и прятались по лесам и хуторам. После ухода войск НКВД на операцию в другой район националисты опять объединились и по указанию своих предводителей, в порядке мести за вывоз своих семей, совершили террористические акты над местными крестьянами. Было убито 48 человек из 31 семьи (2 русские, 2 польские и остальные литовские). В числе убитых 11 стариков в возрасте от 60 до 70 лет, 7 детей в возрасте от 7 до 14 лет и 6 девушек в возрасте от 17 до 20 лет. Все пострадавшие являлись крестьянами-бедняками, получившими кулацкую землю, никто из погибших в советских партийных или других органах и учреждениях не работал (док. № 107).
Следует отметить, что ЛЛА была не единственной организацией литовских националистов. Существовали и ВКОЛ — «Высший комитет освобождения Литвы» (VLIK — Vyriausiasis Lietuvos islaisvinimo Komitetas), созданный в ноябре 1943 г., и «Союз литовских партизан», и «Комитет защиты Литвы», и другие организации. Новый «Верховный комитет освобождения Литвы» националисты попытались создать в сентябре 1945 г. на базе Сувалкийского окружного штаба националистической организации «Таурас». Он был ликвидирован в октябре 1945 г., но успел создать 6 окружных комитетов и 6 подчиненных им военно-повстанческих штабов.
В целях усиления борьбы с националистами в Литовской ССР к концу 1945 г. было дополнительно организовано 97 волостных отделений НКВД и милиции и 116 волостных оперативных пунктов НКГБ. Для укомплектования кадрами действующих и вновь организуемых волостных отделений и оперативных пунктов в Литву было направлено 980 человек оперативных работников НКВД-НКГБ. Кроме того, для оказания помощи НКВД-НКГБ Литовской ССР в связи с предстоящими выборами в Верховный Совет СССР было командировано на 3 месяца 400 оперативных работников НКГБ. Что же касается войсковых частей, то было выделено дополнительно два полка внутренних войск НКВД, и к 5 декабря численность войск НКВД в Литве была доведена до 10000 человек. Наряду с ними в операциях по ликвидации националистического подполья участвовали 11000 бойцов истребительных батальонов.
Националисты активно противодействовали подготовке к выборам в Верховный (Совет СССР. 15 декабря 1945 г. в Шауляйском уезде ими был расстрелян член Окружной избирательной комиссии Ю. Митузас 16 декабря в Лаздияйском уезде убит председатель участковой избирательной комиссии В. Левулис. 17 декабря в Рокишском уезде националисты убили председателя участковой избирательной комиссии М. Гикялиса и сожгли его дом и имущество. «Союз литовских партизан» распространял печатную газечгу «Лайсвес Варпас» («Колокол свободы»), в которой призывал бойкотировать выборы.
В директиве командующего округом «великой борьбы» И. Мисюнаса (псевдоним «Зеленый черт») от 18 января 1946 г. говорилось: «С началом голосования 10 февраля 1946 г. начать уничтожение избирательных участков. Если будет затруднено полное уничтожение, организовать обстрел с нескольких направлений… Первых участников голосования задерживать, вылавливать, допрашивать и выяснять, как они голосовали. Всех, кто голосовал по собственному желанию, расстрелять на месте, как предателей народа» (док. № 120).
Для противодействия националистам все избирательные участки в Литве были взяты под вооруженную охрану. В сельской местности 580 участков охранялись войсками НКВД, 370 — войсками Красной Армии и 800 участков — истребительными батальонами и вооруженными группами содействия под руководством офицерского и сержантского состава войск НКВД. В городах избирательные участки охранялись силами милиции. Общая численность войск НКВД в Литве, предназначенных для борьбы с формированиями националистов, была увеличена до 13000 человек, еще 8000 человек охраняли границу, железные дороги, линии правительственной связи и несли конвойную службу. В итоге выборы прошли в целом спокойно, только в Гуделисской волости Мариямпольского уезда националисты обстреляли членов избирательного участка, обходивших избирателей с подвижной урной, ранив двух человек.
С целью разложения национального подполья и склонения к явке с повинной его участников 15 февраля 1946 г. был издан приказ народного комиссара внутренних дел Литовской ССР И.М. Барташунаса, который в количестве 160 тысяч экземпляров был разослан по всем уездам и областям республики. Его довели до местного населения путем проведения собраний по деревням, расклеивания в местах массовых скоплений граждан и даже индивидуального вручения семьям и родственникам участников национальных формирований. В ряде уездов приказ был зачитан в костелах ксендзами. В приказе говорилось, что «разгромлены почти все банды и подпольные антисоветские буржуазно-националистические организации», хотя «кое-где еще имеются остатки литовско-немецких националистов». Для их ликвидации нарком внутренних дел Литовской ССР приказывал «принять решительные меры», добровольно являющихся националистов, в том числе и главарей, никаким репрессиям не подвергать, а после их явки с повинной и сдачи оружия — отпускать по месту жительства и выдавать паспорта.
«Участникам банд, которым бандитские главари запрещают добровольно являться в органы советской власти, приказываю убивать таких главарей и организованно являться с оружием в органы НКВД. За убийство бандитских главарей и рядовых бандитов, препятствующих явке с повинной, никто к ответственности привлекаться не будет. Семьи бандитов и участников буржуазно-националистических организаций, не явившихся с повинной, — арестовывать и высылать… Лиц, не сдавших оружие и не заявивших об имеющихся у них бункерах и укрытиях, арестовывать и судить, как бандитов… Всех тех, кто знал о местонахождении бункеров и укрытий и не заявил об этом органам НКВД, — арестовывать и судить, как бандитских пособников» — говорилось в приказе.
В марте 1946 г. в Вильнюсе был ликвидирован Национальный совет Литвы, одновременно именовавший себя Верховным комитетом вооруженных сил Литвы. Он был создан в декабре 1945 г. и ставил перед собой задачу объединить все националистические организации и формирования для борьбы против советской власти (док. № 121).
27 мая состоялся съезд командиров националистических формирований. Съезд выпустил декларацию, призывавшую литовское население поддерживать националистов. 2 июня прошло совещание руководителей двух округов, формирования которых оперировали на территории юго-западных уездов Литвы. Согласно другому докладу МВД, объединенный штаб партизан Южной Литвы был создан на совещании 22 апреля, руководителем штаба назначен полковник бывшей литовской армии Виткус. 2 июля Виткус был обнаружен и убит (док № 122). Недолго просуществовало и созданное в июне 1946 г. для руководства движением сопротивления на территории всей Литвы «Объединенное демократическое движение сопротивления», БДПС (BDPS — Bendras Demokratino Pasipriesinimo Sajudis). Почти сразу о его создании стало известно МГБ, советским спецслужбам удалось внедрить в руководящие структуры БДПС своих агентов, начались аресты руководителей и активистов (Зубкова Е.Ю. «Лесные братья» в Прибалтике: война после войны // Отечественная история. — 2007. - № 2. — С. 87).