В начале сезона-2009/10 к руководству «Шальке» приступил Феликс Магат. Он не довольствовался лишь работой тренера, а менял структуру всего клуба и назначал на главные должности своих доверенных лиц. Тренера вратарей тоже сменили. Оливеру Реку пришлось покинуть пост, вместо него пришел 42-летний Бернд Дреер, который в течение семи лет – с 1996-го по 2003-й – был вторым номером после Оливера Кана в мюнхенской «Баварии». Позже он ещё какое-то время пребывал в резерве «Баварии»; свой последний матч в чемпионате Дреер сыграл в 40 лет, 6 месяцев и 17 дней, после он работал тренером вратарей при Зеппе Майере. Голкипер Дреер был также хорошим футболистом. Когда тренером в «Баварии» был Феликс Магат, в контрольных матчах Дреер иногда выступал в качестве нападающего. Влияние, которое Дреер оказал на Нойера, можно описать так: «Он сделал голкипера на одну руку длиннее».
В седьмом туре чемпионата на дортмундском стадионе «Сигнал Идуна Парк» «Шальке» выиграл у «Боруссии» 1:0. Как обычно, по окончании матча накопившееся напряжение нашло выход. Основной причиной волнений стала сцена после финального свистка. Прошёл слух, что в скоплении чёрно-жёлто-сине-белых игроков Мануэль Нойер атаковал дортмундского игрока Кевина Гросскройца. Гросскройц рассказывал: «Нойер намеренно напал на меня. Сначала он ударил меня головой, к счастью, не сильно. Потом в ход пошли локти. Он лжёт, когда всё опровергает! Он сделал это намеренно. Он это знает». Игроки «Боруссии» Нури Шахин и Марсель Шмельцер утверждали, что они видели нападение Нойера. Тренер «Боруссии» Юрген Клопп ничего такого не заметил, но принял рассказ своих игроков за чистую монету: «Мои игроки уверяют, что они видели, как Мануэль Нойер это сделал». Но Клопп просил проявить понимание и к предполагаемому виновнику: «Он ещё молодой парень, он может делать ошибки. Но он должен на них учиться».
На «Вестфаленштадионе» сошлись (или всё же нет) два игрока, которые отличались от остальных: они были не только футболистами, но одновременно и ярыми фанатами своих клубов с самого детства. Вот почему дерби между «Шальке» и «Боруссией» имело для Нойера и Гросскройца гораздо большее значение, чем для других игроков. Нойер когда-то стоял вместе с фанатами на северной трибуне «Паркштадиона», Гросскройц – на южной трибуне «Вестфаленштадиона». Социальное происхождение Гросскройца отличается от происхождения Нойера. Игрок «Боруссии» родился на севере, в пролетарской части Дортмунда. Его отец работал слесарем на шахте «Министер Штайн». До возрастной группы «С» (14–15 лет) Кевин Гросскройц играл в «Боруссии». Потом его настигла судьба, которая обошла Нойера в «Шальке»: его посчитали слишком хилым и отчислили из команды. Он перешёл в клуб «Рот-Вайсс Ален», но любовь к «Боруссии» не угасла. Даже когда он стал профессиональным игроком и играл во второй Бундеслиге, он не мог отказать себе в посещении матчей дортмундцев, не только домашних, но и выездных. Летом 2009 года «Боруссия» взяла 21-летнего футболиста назад. Ещё до начала сезона вернувшийся игрок позволил себе замечание: «Я ненавижу «Шальке», как чуму». Тогда Нойер ответил на это с привычной сухостью: «Я с ним не знаком, ничего не знаю о нём, ни разу не видел его на матчах Бундеслиги или на нашей арене. Сколько раз он играл в первой Бундеслиге?»
Даже после предполагаемого инцидента на стадионе «Сигнал Идуна Парк», обвинений Гросскройца и возмущений дортмундцев Нойер оставался спокоен. Когда «Шальке» и «Боруссия» начинали оскорблять друг друга, голкипер держался особняком. Однако позже в интервью радиостанции «WRD 2» он не скрывал того, что недолюбливает Гросскройца: «Вероятно, это был другой Мануэль Нойер. Я в упор не видел никакого Гросскройца. Надеюсь, зубы у него остались целы. Однако я никоим образом его не трогал».
Наконец, телевидение показало настоящую картину произошедшего. Видно, что Гросскройц в толпе празднующих «шалькеров» подкрался сзади к Нойеру, который лишь слегка откинул голову назад – очень даже далеко от «удара головой». К тому же он вообще не мог видеть Гросскройца. Контрольная комиссия Немецкого футбольного союза проверила инцидент и отказалась проводить официальное расследование. Нойер уже стал объектом ненависти в «Баварии», теперь такой же статус присуждён ему и в Дортмунде.
10 ноября 2009 года немецкая футбольная общественность была потрясена ужасающей новостью: 32-летний Роберт Энке решил покончить жизнь самоубийством и бросился под поезд. После чемпионата Европы-2008 и ухода из сборной Йенса Леманна голкипер «Ганновера» был самым вероятным претендентом на роль следующего вратаря сборной. Энке уже какое-то время считался первым номером, хоть официально ещё и не был назначен. И Оливер Кан тоже считал, что Энке к началу сезона-2009/10 был лучшим вариантом: «Наши вратари очень хорошие, но нет того единственного, который бы был настоящим первым номером. Мануэль Нойер и Рене Адлер ещё слишком молоды. Им понадобится ещё год или два, чтобы подняться на нужный уровень. Ещё есть Роберт Энке и Тим Визе. Роберт показал солидный результат на международных соревнованиях, выступил без ошибок. А у Тима больше опыта, прежде всего международного. Если он будет больше тренироваться принимать навесные передачи с фланга и улучшит свою игру мячом, у него есть очень хорошие предпосылки к тому, чтобы стать первым номером. На данный момент Роберт находится на шаг впереди. Однако, с моей точки зрения, ещё слишком рано говорить, кто будет первым номером». Речь Кана звучала так, будто он и Леманн ушли, оставив после себя большую проблему с вратарями. Будто Германия поедет на чемпионат мира-2010 с хорошим вратарём, но уже не с таким «титаном», как он.
У Роберта Энке было три недостатка. Во-первых, играя в «Ганновере», он не мог выступать на международной арене. Во-вторых, он не был так уверен в себе и стрессоустойчив, как Мануэль Нойер. Третий и самый большой недостаток долгое время утаивался от общественности: всеми любимый голкипер страдал от депрессии. Психологическое давление, которое оказывала на него борьба за место первого номера сборной Германии, лишь усугубила ситуацию. До того как совершить самоубийство, Энке участвовал в пяти из 11 матчей национальной сборной в сезоне-2008/09. Если бы не депрессия, он играл бы чаще. Но Энке пришлось отказаться от участия в квалификационных играх против Азербайджана, России и Финляндии. Официальное объяснение звучало так: «Бактериальная инфекция». На самом деле ему приходилось бороться с приступами депрессии. Некоторые люди считают, что при такой болезни нужно было отговорить Энке от профессиональной карьеры футболиста. А он к тому же играл на такой позиции, где нервное напряжение достигает небывалой силы.
Через три дня после трогательного прощания с Робертом Энке молодёжная сборная играла против Кот-д’Ивуара. Нойер был вызван на игру, которая должна состояться в его родном городе, на стадионе «Фельтинс-Артена» в Гельзенкирхене. Перед началом матча была объявлена минута молчания в память о Роберте Энке. Капитан команды Михаэль Баллак символически положил футболку Энке с первым номером на свободное место на скамейке запасных.
Первые 45 минут матча в воротах Германии стоял Тим Визе. Игра в поле – не его сильная сторона. Казалось, что Визе ни своими футбольными навыками, ни характером не соответствовал представлениям Лёва о первом номере. К концу первого тайма сборная Германии вела в счёте благодаря пенальти, который реализовал Лукас Подольски (1:0).
Во втором тайме Нойер встал в ворота. Он провел всего 12 минут на поле до того, как отдать мяч ивуарийскому футболисту Эбуэ; последовал удар, и соперник сравнял счёт. Газета Zeit online назвала этот эпизод «полуавтоголом», а Spiegel online объявила Нойера «неудачником». И он уже ничего не мог исправить, когда на 85-й минуте Думбия забил мяч в ворота немцев и вывел свою команду вперёд – 2:1. В компенсированное время Лукасу Подольски всё же удалось сравнять счёт. В следующей игре против сборной Аргентины, которая состоялась в марте, в воротах Германии был уже Рене Адлер.
Победив в 27-м туре Бундеслиги «Байер» (2:0), «Шальке» вместе с Нойером занял верхнюю строчку в турнирной таблице. Ещё в этот день голкипер отметил свой 24-й день рождения. Магат считал, что титул чемпиона уже не за горами: «Если мы победим «Баварию», у нас будет шанс». Нойер нажал на тормоза: «В 2007 году мы уже узнали, как легко можно потерять голову. Тогда нам пришлось проглотить горькую пилюлю. Поэтому стоит прекратить эту эйфорию».
На следующий день у себя на поле «Шальке» проиграл «Баварии» самую важную игру – 1:2. Но окончательно всё решилось в предпоследнем туре, когда «горняки» продули на своём поле бременскому «Вердеру» (0:2). Так что команде опять достался лишь титул вице-чемпиона. А это ведь гораздо больше, чем то, на что можно было рассчитывать перед началом сезона. Нойер – единственный игрок в команде, который провёл каждую минуту Бундеслиги на поле.
Мануэль впервые получил вратарскую награду «Безупречная игра», которую спортивный канал «Sport 1» и журнал Schöner Wohnen начиная с сезона-2007/08 вручают лучшим голкиперам первой и второй Бундеслиг. На принятие решения влияют количество сухих игр, время в минутах, за которое в ворота не было забито ни одного мяча, и среднее число мячей, забитых команде, относительно числа сыгранных матчей. Первым победителем в сезоне-2007/08 стал Франк Рост. Нойер также получил эту награду, которая выполнена в виде вратарской перчатки, в сезонах-2011/12, 2012/13, 2013/14 и 2014/15. В последнем из них он установил и новый рекорд – 20 сухих матчей.
В марте 2010 года всё выглядело так, будто решение по поводу первого номера сборной Германии на чемпионате мира-2010 уже принято: тренеры определили в основной состав, едущий в Южную Африку, Рене Адлера. Но игрок «Байера» был вынужден отказаться от поездки на турнир из-за повреждения ребра. Таким образом, из первоначального квартета Адлер, Визе, Нойер, Энке кандидатами на место в основном составе остались лишь Визе и Нойер.