Униатский митрополит Ипатий Потей энергично стремился к тому, чтобы все виленские православные храмы отобрать на унию и совсем изгнать из них православное богослужение. Но он встретил деятельное сопротивление со стороны Троицкого братства, которое отныне, вернее, называть Святодуховским; ибо из Троицкого монастыря оно перешло по соседству и устроилось при церкви Св. Духа; сюда же перевело и свою школу. Тут оно учредило свой собственный братский монастырь и имело своих особых священников, которые были посвящены большею частию львовским епископом Гедеоном и не признавали духовной власти Потея. Сей последний позвал их к королевскому суду и добился их банниции или изгнания; в то же время он пытался отнять у братства его имущества и закрыть его школу. Не находя защиты у местных властей, братчики стали обращаться с своими протестами к сеймикам, а чрез них и к генеральным сеймам и добивались права, чтобы их тяжбы были разбираемы не задворным (королевским) судом, а трибунальным. В числе этих братчиков находились еще некоторые значительные лица, например, князья Огинские и смоленский воевода Абрамович, которые, пользуясь правом патронатства, отстояли имущества братства и Святодуховскую церковь, основанную ими и их родственниками на привилегированной шляхетской земле.
В своей борьбе с православием Ипатий Потей с особою силою напирал на то измышление, по которому уния будто бы не составляла какого-либо нововведения, а существовала издавна, т. е. будто бы русская иерархия в великом княжестве Литовском всегда признавала над собою папскую власть. Такое измышление он даже пытался доказывать историческими документами. Так, в 1605 году униатский митрополит лично прибыл в Виленскую ратушу со старою славянскою рукописью в руках и показывал ее бурмистрам и райцам. Эта писанная уставом рукопись, по его словам, была найдена в Кревской церкви; она заключала описание Флорентийского собора и, кроме того, униженное послание киевского митрополита Мисаила к папе Сиксту IV, написанное в 1476 году. По просьбе Потея члены ратуши (большею частию католики и униаты) своими подписями засвидетельствовали древность и подлинность рукописи, которую он потом напечатал, но не церковно-славянским, а латино-польским шрифтом. Этот документ, в сущности, указывал только на некоторые прежние, и притом неудавшиеся попытки к унии; тем не менее Потей считал вопрос решенным и на том же основании устроил при Троицком монастыре свое униатское братство, утверждая, что оно-то и есть продолжение или наследник древнего, одаренного королевскими привилегиями и разными имуществами, а что Святодуховские братчики суть отступники от него, не имеющие никаких юридических оснований. Во главе этого униатского братства стало такое значительное лицо, как новгородский воевода Федор Скумин Тышкевич, известный отступник от православия. Однако попытки униатов отнять у Святодуховского братства дома и другое имущество, вместе с королевскими грамотами, не удались. Король хотя и ревностно помогал униатам, однако далеко не все мог сделать при своей ограниченной власти. К тому же разразившееся около того времени восстание Зебжидовского побудило его хотя бы временными уступками успокоить негодующее православное население. Генеральные сеймы, по интригам королевско-иезуитской партии, уже не один раз отлагали до будущей сессии свое решение по жалобам православных на чинимые им притеснения, имущественные и вероисповеданные. Но в 1607 году, под впечатлением названного восстания, сейм подтвердил старые права Православной церкви и верховную власть над нею константинопольского патриарха; причем поставил эти права под охрану суда Трибунального; а тяжбные дела о церковных и духовных имуществах предоставил ведать обычным местным судам и отменил введенные было смешанные суды (compositi judicii), которые состояли наполовину из светских, наполовину из католических духовных лиц и, конечно, действовали против православия в пользу унии.
В эту эпоху успехи унии замедлились. Православные вступили с нею в более активную борьбу и громко заявляли, что Ипатий Потей, как ослушник своего владыки константинопольского патриарха, отлученный от Церкви, не может быть епископом владимирским, а тем менее митрополитом киевским, и потому необходимо поставить настоящего, православного митрополита, чтобы Русская церковь не оставалась без своего законного архипастыря. Даже в среде униатского духовенства произошли некоторые отпадения и возвращение к православию. Особенно много хлопот Потею I сделали виленские архимандрит Сенчило и протопоп Жашковский.
Родом виленский мещанин Самуил Сенчило был монахом Супрасльского монастыря. Вместе с его настоятелем князем Масальским он противился введению унии, за что был изгнан патроном этого монастыря Иеронимом Ходквичем. Вскоре потом он раскаялся и был принят в Троицкий Виленский монастырь, где своим смирением снискал расположение Потея. Последний возвел Сенчила в сан архимандрита и поручил ему управление как монастырем, так и всеми его имуществами и землями; ибо, с согласия и с помощью короля, униатский митрополит добился того, что виленские бурмистры были устранены от всякого вмешательства в это управление (1605 г.). Около того же времени во главе белого виленского духовенства появился Варфоломей Жашковский. Родом галичанин, он состоял безженным священником в городе Ярославле, Перемышльской епархии. Уличенный в любовной связи, он был местным епископом отлучен священства; после разных скитаний принял унию и обратился к покровительству Потея. Как бойкого, красноречивого проповедника, Потей возвел его в достоинство протопопа Пречистенского собора и наместника своего над виленским белым духовенством, взяв с него письменное обязательство не изменять ему, митрополиту, и унии.
Но вскоре сам Потей изменил своему доверию к сим двум лицам и возвысил над ними своего нового любимца, Иосифа Волямина Рутского.
Этот Рутский, которому судьба готовила большую роль в истории унии, был происхождением из Московской Руси, сын воеводы Вельяминова, подобно Курбскому передавшегося неприятелям во время войны Ивана Грозного с Сигизмундом Августом (1568) и награжденного от короля поместьями; по одному из них, Руту (в Новгородском воеводстве), он получил название Рутского. В молодости своей Иосиф обнаружил охоту к учению и увлекался протестантизмом; но попал в руки иезуитов и отправился для довершения своего образования в Рим. Ввиду выдающихся способностей, иезуиты отклонили явный переход его в католичество; они рассчитали сделать из него ревностного, полезного для унии деятеля и не ошиблись. Потей желал преобразовать русские монастыри в духе католических орденов, по образцу греко-униатской конгрегации св. Василия в Риме. Когда Рутский воротился в отечество, иезрггы указали на него Потею как на человека вполне знакомого с устройством этой конгрегации. Потей сам постриг его в иноки (1606), поместил в Троицком монастыре и поручил ему ведение новооткрытою монастырскою школою вместе с надзором за послушниками и молодыми монахами.
Здесь, в Троицком монастыре, Рутский сошелся и подружился с другим будущим знаменитым деятелем унии, Иосафатом Кунцевичем. Последний был родом из Владимира Волынского, сын сапожника. Отец думал сделать из него торговца и поместил его на службу к одному вйленскому купцу. Но молодой Иван Кунцевич любил читать книги и стал посещать уроки иезуитской академии, чтобы пополнить свое скудное образование. Наконец, отдаваясь влечению к Церкви, он вступил в Троицкий монастырь и принял пострижение от самого Потея, который нарек его Иоасафом (1604). Руководители-иезуиты направили его, также, как и Рутского, не в католичество, а именно в унию, предуготовляя в нем ревностного ее подвижника. Кунцевич не владел такою ученостию и таким изворотливым умом, как его друг Рутский, но превосходил его своею дерзостию и пламенным красноречием, благодаря которому он так успешно потом совращал православных в унию, что получил от них прозвание «ду-шехвата».
Пребывая сам в своей Владимирской епархии, Потей назначил своего любимца Иосифа Рутского митрополичьим наместником в Виленской епархии (1608). Деятельность его, конечно, наиболее почувствовалась в самом городе Вильне и белым и черным духовенством, а в особенности Троицким монастырем, доходы которого митрополит отдавал в его распоряжение. Понятно, что такое назначение сильно задело интересы и самолюбие как троицкого архимандрита Сенчила, так и протопопа Жашковского. Они немедленно соединились для общей оппозиции и начали возбуждать Виленских священников к непризнанию власти нового наместника.
Со стороны виленского духовенства последовали протесты против его назначения, обращенные и в русское отделение лавицы (часть магистрата), и к самому Потею, и в Виленский гродский суд. В городе началось сильное волнение. Тщетно призывая Сенчила к своему суду, митрополит заочно приговорил его к лишению сана и отлучению от Церкви. В ответ на этот приговор протестующие вписались в православное Святодуховское братство и объявили, что более не признают Потея своим архипастырем; ибо он сам нарушил свою присягу: обязавшись не вводить никаких новых порядков, противных Восточной церкви, он, наоборот, стал постепенно подчинять ее духовным латинским властям, назначил своим наместником ксендза Рутского, который отказал в повиновении своему архимандриту, и т. д. Таким образом, большая часть виленского духовенства, принявшего унию, отказывалась от нее и возвращалась в православие.
По одному не совсем достоверному рассказу, чтобы удалить Рутского из Троицкого монастыря и очистить этот монастырь от униатов, духовенство втайне составило такой план: во время ночной службы с 5 на 6 декабря собраться православным братчикам в возможно большем числе; архимандрит Сенчило в полном облачении соборне, имея с собою Рутского, выйдет для великого славословия на средину церкви; тут он толкнет Рутского в толпу со словами: «Иди вон, еретик»; а толпа подхватит его и выпроводит за дверь. Но участники сего заговора будто бы вздумали привлечь на свою сторону Кунцевича и умоляли его оказать им свое содействие. Это обстоятельство погубило их план. Кунцевич предупредил иезуитов и своего друга. Разумеется, против заговорщиков были приняты все меры со стороны светских и духовных (католических) властей города; о чем усердно хлопотал присланный Потеем в Вильну его секретарь Моховский. Означенную ночь с субботы на воскресенье магистрат провел в заседании с готовою стражей под рукой; цехи воор