Усиливавшиеся раздоры в габсбургском лагере искусно разжигала французская дипломатия. Католические правители Франции, которая после смерти Генриха IV вновь оказалась охваченной внутренними конфликтами, видели в немецких и чешских протестантах естественных союзников бунтующих французских гугенотов. Кардиналу Ришелье, являвшемуся фактически неограниченным правителем Франции (1624–1642), удалось упразднить политическую организацию гугенотов, что позволило ему сделать расширяющееся участие Франции – сперва косвенное, а затем и прямое – в Тридцатилетней войне одним из главных факторов ее внешней политики. Предвестником грядущей новой схватки Франции с Габсбургами за преобладание в Европе явились военные действия между ней и Испанией в Северной Италии в 20-х гг. XVII в. Поводом для столкновения стала борьба за «мантуанское наследство». При активном участии Франции Дания вступила в антигабсбургскую коалицию с Голландией и Англией. Ришелье приложил немало стараний для заключения Любекского мирного договора и уходу имперских войск с Ютландского полуострова. В Германии агенты Ришелье вели секретные переговоры с противниками Габсбургов в Католической лиге – Максимилиану Баварскому давалось понять, что Франция готова оказать дому Виттельсбахов поддержку в достижении им высокого положения в империи. Одновременно Ришелье поддерживал субсидиями протестантских князей. Возможность утверждения Габсбургов на берегах Южной Балтики и Северного моря, казавшаяся уже вполне реальной, грозила кардинальным изменением всей политической системы Европы. Это положило конец колебаниям Ришелье между интересами католической церкви и «государственным интересом»: лютеранская Швеция стала ежегодно ссужаться крупными суммами для войны с императором Фридрихом II. Впрочем, Ришелье стремился не допустить ни окончательной победы Швеции, направляя ее политику в нужном для Франции русле, ни победы немецких протестантов.
Шведский король Густав II Адольф, борясь за господство в балтийском регионе, строил агрессивные планы в отношении Дании, России, Речи Посполитой. Столбовской мир (1617) закрепил за Швецией русское побережье Финского залива и часть Карелии. По Альтмаркскому перемирию (1629) Швеция удержала завоеванную у Речи Посполитой территорию в Восточной Прибалтике. Таким образом, вся материковая часть Эстонии и латышские земли до реки Даугавы, включая ее устье вместе с Ригой, стали шведскими провинциями (Эстляндия и Лифляндия). Шведами были захвачены также Гданьск и Пиллау – морской порт Кенигсберга. Альмаркское перемирие позволило шведской короне начать военные действия уже на немецкой территории. В июле 1630 г. честолюбивый и способный полководец Густав Адольф высадил 13-тысячную армию в устье Одера (Померания) и, планируя объединить немецких протестантов на почве борьбы против «реституционного указа», начал переговоры с лютеранскими князьями – курфюрстами саксонским и бранденбургским. Позже он заключил союз с кальвинистскими городами Юго-Западной Германии. Вступление Швеции в войну означало окончательное перерастание конфликтов регионального характера в европейскую войну на территории Германии.
Ядро небольшой, но однородно-национальной шведской армии, закаленной в сражениях с Польшей, состояло из лично свободных крестьян – держателей государственных земель, обязанных нести военную службу. От наемных войск Габсбургов и Католической лиги шведскую армию отличали не только высокие моральные качества, но и лучшая профессиональная подготовка, маневренность, более широкое применение огнестрельного оружия и полевой артиллерии. Густав Адольф не допускал никаких притеснений местного населения, в то время как солдаты императорской армии вели себя в Германии, как в завоеванной стране. Так, во время штурма перешедшего на сторону шведов Магдебурга имперцы подвергли его диким грабежам и полному разрушению, перебив почти 30 тыс. горожан, не щадя женщин и детей.
7 сентября 1631 г. при деревне Брейтенфельд под Лейпцигом Густав Адольф наголову разбил силы Тилли, который был назначен имперским главнокомандующим. Направив своих союзников саксонцев в Чехию с целью создать угрозу наследственным землям австрийских Габсбургов и, вместе с тем, предотвратить использование ими ресурсов земель Чешской короны для создания новой армии, сам Густав Адольф двинулся к Рейну в земли Лиги. Города, тяжело пострадавшие от Контрреформации, открывали ему ворота. Когда король повернул на Баварию, Тилли, соединившись с баварским курфюрстом Максимилианом, преградил шведам путь на реке Лех, притоке Дуная. Тилли лично возглавил атаку, но был смертельно ранен. В мае 1632 г. Густав Адольф, мечтая уже об имперской короне, вступил в Мюнхен. Господство шведского короля в соседних с Францией областях вызвало серьезные опасения Ришелье, по приказу которого французские части стали занимать пограничные немецкие крепости. Находящемуся в полном смятении Фердинанду II ничего не оставалось как обратиться к Валленштейну. Потребовав для себя неограниченные полномочия, Валленштейн принял главное командование, собрал новую армию и вторгся в Саксонию, начав методично опустошать ее земли. Шведский король поспешил на помощь саксонскому курфюрсту Иоганну Георгу. Утром 16 ноября 1632 г. в самом начале кровопролитного сражения у Люцена (близ Лейпцига) Густав Адольф был убит. Принявший на себя командование герцог Бернгард Веймарский до наступления темноты пытался сокрушить имперцев. Понеся серьезный урон, армия Валленштейна отошла в Чехию.
По мере того как открывались великодержавные планы Густава Адольфа, в протестантской Германии усиливалось недружелюбие по отношению к Швеции. Его смерть привела к развалу антигабсбургского блока. Двойственная политика «союзников» Густава Адольфа, проявившаяся уже во время кампании 1631 г., теперь сменилась желанием поскорее помириться с Габсбургами, если те откажутся от Контрреформации за пределами своих наследственных владений. Продолжал плести интриги Ришелье. Пытаясь изолировать австрийский дом, он по-прежнему предлагал помощь и дружбу обеим борющимся лагерям в Германии. Разгромленная шведами Католическая лига попала в полную зависимость Фердинанда П. Однако венский двор пугало непомерно возросшее значение Валленштейна. Ведя переговоры с саксонцами, шведами, представителями чешских эмигрантов, французами, генералиссимус далеко не всегда сообщал императору об их ходе и своих замыслах, что внушало Фердинанду II самые мрачные подозрения. В начале 1634 г. Валленштейн был отстранен от командования и вскоре убит офицерами-заговорщиками, считавшими его государственным изменником. Имперские войска возглавил наследник престола эрцгерцог Фердинанд, который развернул решительное наступление против шведских полководцев, ссорившихся друг с другом и со своими немецкими союзниками. Характер шведских вооруженных сил, разбросанных по всей Германии, к этому времени сильно изменился: потеряв значительную часть своего первоначального состава, они пополнялись за счет наемников, которые нередко переходили из одного войска в другое, уже не обращая внимания на их религиозные знамена. Шведы теперь грабили и мародерствовали так же, как и все остальные войска. Развязка наступила 6 сентября 1634 г. в битве при Нердлингене, когда армия императора совместно с армией испанского короля (она направлялась из Италии в Нидерланды, а по пути должна была помочь католикам Германии) разгромила войска шведского фельдмаршала Г. Горна и герцога Веймарского. Сам Горн попал в плен, а герцог Веймарский вскоре после нердлингенской катастрофы со своей армией перешел на французскую службу.
В мае 1635 г. в Праге был подписан мир между императором Фердинандом II и саксонским курфюрстом Иоганном Георгом. Проведение «реституционного указа» в Саксонии откладывалось на долгий срок, причем это положение могло быть распространено на все протестантские княжества в случае заключения ими с императором соответствующих договоров. Подавляющее число князей и городов присоединились к Пражскому миру. Положение Габсбургов в Империи заметно укрепилось.
После Нердлингенской битвы и Пражского мира только открытое вступление Франции в войну могло предотвратить ее исход в пользу габсбургского блока. В феврале 1635 г. Ришелье возобновил союзный договор с Голландией, а затем и со Швецией. К новой антигабсбургской коалиции присоединились итальянские государства Венеция, Савойя и Мантуя, а также Трансильванское княжество. Французская армия начала военные действия против испанских и австрийских Габсбургов в Нидерландах, северо-итальянских землях, Пиренеях, но главным театром военных действий продолжала оставаться Германия. Определяющим фактором в войне стало франко-шведское военное сотрудничество, которое наладилось к концу 1630-х гг.
2 ноября 1642 г. шведский фельдмаршал Л. Торстенсон разбил имперскую армию при Брейтенфильде, после чего шведы заняли всю Саксонию и проникли в земли Чешской короны. Французские войска овладели Эльзасом. Действуя согласованно с силами Республики Соединенных провинций, французы одержали ряд побед над испанцами в Южных Нидерландах, нанесли им тяжелый удар в битве при Рокруа 19 мая 1643 г., а спустя три года захватили Дюнкерк в Па-де-Кале – базу испанских каперов, разбитых еще в 1639 г. на море голландцами. Весной 1645 г., когда державы уже вели переговоры о мире, Торстенсон вновь появился в Чехии и разгромил баварско-имперские силы под Янковом (6 марта). Со шведами должны были соединиться силы Трансильвании, которая, будучи вассалом Порты, с ее разрешения активно участвовала в Тридцатилетней войне. Преемник Габора Бетлена князь Дьердя I Ракоци направился в Моравию с хорошо подготовленным войском. Однако на это раз Порта, не без оснований опасавшаяся усиления Трансильванского княжества и его объединения с Венгрией в случае поражения австрийских Габсбургов, принудила Ракоци свернуть поход. Летом 1646 г. французскому маршалу Тюренну удалось в результате искусно проведенного похода прийти с Рейна и соединиться с Торстенсоном. Над Прагой и Веной вновь нависла угроза их захвата. Императору Фридриху III (1637–1657) становилась все яснее, что война проиграна.