Оливер Кромвель, убежденный индепендент, проявил качества выдающегося организатора и военачальника. Чрезвычайная набожность и приверженность пуританским догмам уживалась в нем с бескрайним честолюбием, прирожденное благородство и прямота – с проявлениями коварства и способностью к политическому интриганству. Он возглавлял первоначально кавалерийский полк из пуритан своей округи, получивших из-за своих кирас и за доблесть в боях прозвище «железнобоких». Кромвель сам водил их в атаку с пением псалмов, с молитвенником в одной руке и мечом в другой. В каждой его роте имелись пуританские проповедники, поднимавшие моральный и боевой дух солдат. 2 июля 1644 г. в битве при Марстон-Муре, в окрестностях Йорка, роялисты потерпели первое крупное поражение от парламентской англо-шотландской армии под командованием графа Манчестера. Это спасло парламент от близившегося поражения и позволило перейти к более активным действиям, как того требовали индепенденты, которые находились в меньшинстве в парламенте и армии, но пользовались все возраставшим влиянием.
Разногласия между пресвитерианами и индепендентами давали роялистам шанс на исправление положения. К тому же в Шотландии в поддержку Карла I выступил маркиз Монтроз, лидер горных шотландцев. Против парламента был готов выступить и командующий расположенными в Ирландии войсками граф Ормонд. Но король не воспользовался этой возможностью. Битва при Незби, произошедшая 14 июня 1645 г., завершила перелом войск в гражданской войне. Армия парламента (около 14 тыс. человек) под командованием Т. Ферфакса разгромила войска Карла I (8 тыс. человек). Кавалерией правого фланга «круглоголовых» командовал О. Кромвель, под руководством которого с начала года проводилась реорганизация вооруженных сил парламента. Формировавшаяся на принципах добровольности «армия новой модели» стала прообразом регулярной английской армии. С этого времени традиционными для английских солдат становятся красные мундиры. Чтобы вытеснить графа Эссекса и других пресвитерианских генералов из армии, О. Кромвель добился принятия парламентом «билля о самоотречении», по которому членам парламента запрещалось занимать военные или гражданские должности. Для самого Кромвеля временно было сделано исключение. Тогда же главнокомандующим был назначен Т. Ферфакс, который, несмотря на свою молодость (ему было всего 33 года), показал себя опытным военачальником. Кромвель получил пост начальника кавалерии и заместителя командующего.
После поражения под Незби положение короля ухудшалось с каждым днем. Принц Руперт сдал Бристоль. Замки и крепости одна за другой переходили к парламентской армии. В мае 1646 г. Карл I тайно покинул Оксфорд и с небольшой свитой отправился в Шотландию. Как оказалось, это было очередным просчетом. Монтроз, потерпевший к этому времени поражение и бежавший в Норвегию, не мог оказать поддержки королю. Карл I оказался в положении пленника Эдинбургского правительства. Шотландские пресвитериане, не добившиеся от него гарантированных уступок, решили выдать короля англичанам за 400 тыс. фунтов (впрочем, формально деньги были выплачены за услуги шотландской армии). Используя удобный момент парламент попытался распустить армию, более чем на половину состоявшую из индепендентов. Армия быстро превращалась во влиятельную политическую силу, в том числе требовала ввода обещанной веротерпимости. Позиции же пресвитерианской партии оказались к этому времени ослаблены из-за смерти графа Эссекса, уволенного со службы, но сохранявшего свое влияние и популярность в армии. Войска взбунтовались и, захватив короля, двинулись на Лондон. Кромвель, бывший вдохновителем мятежа, от лица армии потребовал удаления 11 членов парламента. Недовольство в Лондоне было усмирено войсками Т. Ферфакса, который формально оставался главнокомандующим до 1650 г.
В создавшейся сумятице король бежал и попытался укрыться на острове Уайт, где опять оказался под контролем армии, но завел переговоры о восстановлении своей власти. Он пытался наладить отношения и с шотландцами, забеспокоившимися из-за перспектив усиления индепендентской партии в Англии, и с пресвитерианским парламентом и даже с Кромвелем, который получил предложение стать главнокомандующим, обещание ордена Подвязки и титула графа Эссекса. Но, узнав из перехваченного письма о двойной игре короля, Кромвель отбросил все сомнения и потребовал от парламента закона, запрещавшего всякие переговоры с королем. Кромвель произнес в парламенте, по своему обыкновению держась за рукоять шпаги: «Король человек умный и весьма даровитый, но он так лжив и коварен, что ему нельзя доверять». В то время как Карл I не мог решиться, с кем заключить соглашение: с шотландцами, предлагавшими теперь более умеренные условия, или с английским парламентом, боявшимся индепендентов больше, чем роялистов, Кромвель действовал решительно, быстро и успешно.
Вторая гражданская война оказалась быстротечной. Армия Кромвеля подавила восстание роялистов в Уэльсе, Кенте, Эссексе и других местностях, разбила вдвое превосходящую ее по численности шотландскую армию. Карл I вновь был захвачен в плен. Узнав о тайных переговорах парламента с королем, рассвирепевшие индепенденты двинулись на Лондон. По приказу Кромвеля 6 декабря 1648 г. полковник Т. Прайд ворвался во главе своих солдат в зал заседаний палаты общин и арестовал 47 членов из пресвитерианской партии, 96 просто прогнали. «Очищенный» таким образом парламент, получивший название «охвостья» (Rump Parliament), начал судебный процесс над королем, который был приговорен к смерти как «тиран, предатель, убийца и враг общественного строя» и казнен 30 января 1649 г.
После казни Карла I власть в Англии перешла к армии. Парламент отменил королевские прерогативы, провозгласил республику (commonwealth), упразднил верхнюю палату как учреждение «ненужное и вредное» и назначил для управления страной Государственный совет из 40 человек под председательством юриста Дж. Бредшоу, ведшего процесс короля. Членами Государственного совета были О. Кромвель, знаменитый индепендентский публицист и выдающийся поэт Дж. Мильтон, адмирал Р. Блейк. И др. После «прайдовой чистки» заседания парламента посещали не более 50–60 человек, из которых 31 одновременно были и членами Государственного совета. Таким образом осуществлялась лишь видимость разделения властей. На деле при решении всех вопросов главную роль играл контролировавший армию Кромвель, а индепендентская республика оказалась военной диктатурой.
Укрепляя свою диктатуру, О. Кромвель прежде всего решительно избавился от растущего влияния в армии левеллеров (уравнителей), представителей радикального демократического направления, которое до 1647 г. примыкало к индепендентам и получило свое название за требование уравнения в политических правах всех граждан, независимо от размера собственности, отмены некоторых налогов и «тирании властей». Левеллеры были выразителями недовольства народных низов социально-политическими результатами революции. Один из лидеров левеллеров, знаменитый публицист Джон Лильберн назвал власть индепендентов «новыми цепями Англии». Весной 1649 г. индепендентам при помощи верных войск пришлось подавлять открытые мятежи в полках, начавшиеся под воздействием левеллеровской агитации. После их разгрома в течение почти целого года центральные графства лихорадило движение так называемых диггеров (копателей), или «истинных левеллеров», выразителей чаяний огромной массы обезземеленных бедняков и держателей копигольда. Одним из их лидеров был разорившийся мелкий арендатор Джерард Уинстэнли, обосновавший в многочисленных памфлетах крестьянско-плебейскую программу революции, отрицавшую институт частной собственности на землю. Хотя действия диггеров носили мирный характер, и они пытались обрабатывать под пашню лишь неиспользовавшиеся пустоши, крупные землевладельцы увидели в плебейском движении серьезную угрозу своим правам. Диггеры подвергались всяческим преследованиям и репрессиям.
После восстановления порядка в армии О. Кромвель, получив от парламента чин лорда-наместника, отправился в Ирландию для подавления восстания роялистов. Инициаторы восстания призвали на свою сторону Карла II, старшего сына казненного короля, но уже вскоре мятеж перерос в открытое избиение англичан. Кромвель подавил его с особенной жестокостью. Огромное количество людей было отправлено в Америку на каторгу, население острова сократилось почти на треть. Из Ирландии Кромвель поспешил на усмирение шотландцев, которые провозгласили Карла II королем в июне 1650 г. Разбив шотландскую армию, Кромвель занял Эдинбург, а год спустя, 3 сентября 1651 г., разгромил в битве при Ворчестере армию самого Карла II, который едва спасся бегством во Францию. Шотландия была присоединена к республике как завоеванная страна, лишена своего представительного собрания и принуждена посылать депутатов в английский парламент. Такой же статус получила и Ирландия.
Несмотря на успехи армии Кромвеля, внешнеполитическое положение республики оставалось очень сложным. Чрезвычайно обострились отношения с генеральными штатами Нидерландов. В Гааге английский посол был убит кавалерами-эмигрантами, которые во множестве находили там прибежище и поддержку. Разгневанный парламент издал 9 октября 1651 г. Навигационный акт, который запрещал привозить в Англию товары иначе, чем на ее собственных судах или судах ее колоний. Этот акт угрожал торговому могуществу Республики Соединенных провинций. Голландцы отправили военный флот под предводительством своих знаменитых адмиралов Тромпа и Рюйтера в Ла-Манш, и в мае 1652 г. между обеими республиками началась война. Обновленный за годы революции английский флот под командованием адмирала Блейка, одержал блестящую победу при Лагосе в феврале 1653 г.
Воспользовавшись благоприятной ситуацией, Кромвель решился на разгон «охвостья» Долгого парламента, который мешал всевластию армейского командования. 20 апреля 1653 г. он явился с солдатами в зал заседаний и разогнал депутатов «во славу Божию». Вслед за этим был распущен Государственный совет, и созван новый состав парламента – из надежных индепендентов, так называемых «святых». От него Кромвель принял титул лорда-протектора страны с неограниченными полномочиями, поистине королевской властью. Новой конституцией страны стал документ, озаглавленный «Орудие управления» («Instrument of Government»).