Мушкетный огонь "скирмишеров" Хукера * начался еще до рассвета. К шести часам утра корпус Хукера обрушился на левый фланг конфедератов, вынуждая Ли перебрасывать все больше и больше людей из центра и справа, чтобы предотвратить прорыв федералов. Готовность Ли идти на большой риск говорит о том, что он спокойно разделил свою правую часть, чтобы встретить кризис слева. Если бы Макклеллан предпринял атаку справа от Ли в то самое время, когда войска Хукера оттесняли Худа через Кукурузное поле к Данкер-Черч, вся позиция Ли под Шарпсбургом могла бы рухнуть, но, возможно, Ли уже чувствовал, что Макклеллан не полностью контролирует ход сражения. Многочисленные холмы и гряды, а также резкие изгибы и лесистые берега ручья разбивали местность вокруг Шарпсбурга на три отдельных поля боя. Ли, который скакал с одной стороны сражения на другую, пользуясь внутренними линиями, имел четкое представление обо всем сражении. Макклеллан, напротив, решил создать постоянный штаб в миле за ручьем Антиетам. В результате он позволил своему сражению распасться на три несогласованные части: одну слева от Ли утром, одну в центре около полудня и одну справа во второй половине дня. Если бы Макклеллан поскакал вперед и сумел провести хотя бы две из этих мощных атак одновременно, он, возможно, смог бы вытеснить Ли из Шарпсбурга и отступить за Потомак, но к полудню он позволил этой возможности ускользнуть.
Несмотря на это, рано утром произошел один из самых кровопролитных боев за всю войну: артиллерийский огонь и массированная стрельба из мушкетов срубили кукурузные стебли и деревья, а вместе с ними и ряд за рядом людей, которые лежали так аккуратно, словно их скосили косой. Даже "Боевой Джо" Хукер, большой любитель выпить и отъявленный ловелас, * едва ли поэтическая душа, который, по словам Гранта, был "опасным", а также "непокорным", описал эту сцену с глубоким чувством, о котором большинство людей и не подозревали: "Каждый стебель кукурузы в северной и большей части поля был срезан так близко, как только можно было сделать ножом, и убитые [конфедераты] лежали в рядах точно так же, как они стояли в своих рядах за несколько мгновений до этого". Это была бойня с обеих сторон, когда штурм за штурмом проходил по телам убитых и раненых под непрерывным артиллерийским огнем с близкого расстояния и непрекращающимся мушкетным огнем, и все это в туманной дымке, освещенной яркими вспышками выстрелов и разрывами снарядов. Люди стреляли до тех пор, пока их оружие не загрязнялось сгоревшим порохом или не кончались боеприпасы, а затем сражались штыком или использовали оружие в качестве дубинок. В некоторых полках потери достигали почти 70 процентов. Даже техасцы Худа в конце концов были отброшены назад, пока федералы продвигались к церкви Данкер. Около 7:30 утра, осматривая местность, Ли сообщили, что без подкреплений "день может быть потерян". Он ответил, мягко, но твердо: "Не волнуйтесь, полковник; идите и скажите генералу Худу, чтобы он держался на месте, подкрепления сейчас быстро прибывают между Шарпсбургом и бродом".
Невозмутимость Ли была одним из важнейших оружий Армии Северной Вирджинии: его вежливый вид и видимое отсутствие страха вблизи линии огня воодушевляли солдат и, несомненно, пристыдили многих солдат, испытывавших страх, заставив их вести себя мужественно. У него не было наполеоновского таланта к драматическому жесту; вместо этого войска поражала бесстрастность Ли: его спокойное мужество и уверенность в победе. Тем не менее, в течение дня был один момент, когда Ли все же позволил своему гневу вырваться наружу. Он по-прежнему был обеспокоен медлительностью войск, шедших из Харперс-Ферри к месту сражения, и был взбешен растущим числом отставших и дезертиров именно тогда, когда ему нужен был каждый человек. Скача вперед к Данкер-Черч, он столкнулся с конфедератом из войск Джексона, который возвращался с линии огня в свой лагерь, неся тушу украденной свиньи. Побледнев, Ли резко приказал "отправить этого человека к Джексону с приказом застрелить его в качестве предупреждения для армии и поскакал дальше". В итоге Джексон, знавший своих людей лучше, чем Ли, приказал не расстреливать солдата, а отправить его в самую горячую часть сражения. Солдат так отличился, что Джексон простил его. Верный помощник Ли полковник Лонг, обычно не склонный к шуткам в адрес Ли, заметил: "Можно сказать, что, хотя [солдат] потерял свою свинью, он "спас свой бекон"". Лонг также вспомнил, что это был один из двух случаев за всю войну, когда Ли действовал в "горячей страсти". Ли, отметил он с некоторой клинической отстраненностью, "не отличался вспыльчивостью, а, напротив, был человеком решительного характера и сильных страстей; однако он настолько полностью контролировал себя, что мало кто знал, чтобы он когда-либо отклонялся от привычного спокойного достоинства облика".
Хотя Ли по-прежнему считал, что его работа заключается лишь в том, чтобы доставить войска в нужное место и предоставить решение вопросов генералам, Шарпсбург был даже в большей степени сражением Ли, чем Второй Манассас. Ли ввел армию в Мэриленд, отрядил Джексона взять Харперс-Ферри вопреки совету Лонгстрита и выбрал Шарпсбург местом сосредоточения своих сил и сражения с Макклелланом; он даже провел часть раннего утра, расставляя артиллерийские батареи там, где ему было нужно, - это было полной противоположностью "генеральскому бездействию". Возможно, уверенность Ли в своих силах росла, или он просто не осознавал, насколько жестко контролирует каждый аспект своих сражений, но и рассказ Лонга, и собственный отчет Ли о сражении в Ричмонде ясно показывают, что он был знаком с каждым подразделением своей армии и всеми командирами, и что он был не только вдохновителем сражения, но и человеком, ответственным за каждое решение. Лонг, находившийся рядом с Ли, также дает понять, как сильно рисковал Ли, бросая большую часть своих сил влево: "Конфедераты, продвинувшиеся примерно на милю, постепенно были отброшены на исходную позицию. Макклеллан теперь направил свою главную атаку на левый фланг Ли, надеясь оттеснить его назад, чтобы проникнуть между ним и рекой и взять позицию конфедератов в обратном направлении. . . . Все силы Конфедерации, за исключением дивизии Д. Р. Джонса, находившейся на крайнем правом фланге, были теперь задействованы".
Одну за другой Ли искусно вводил в бой части из центра и справа, опасно ослабляя линию Лонгстрита. Повсюду на поле ряд за рядом лежали убитые и раненые, демонстрируя ожесточенность боя. Один из артиллерийских командиров Конфедерации назвал это место "артиллерийским адом", а один из командиров Союза, участвовавший во многих крупных сражениях войны, заявил, что "Антиетамский поворот превзошел их все по явным признакам резни". С 9:30 утра до полудня дивизия Д. Х. Хилла столкнулась с дивизией генерал-майора Уильяма Френча на затопленной дороге, где левый фланг Ли встречался с его центром. Дорога служила коротким путем вокруг Шарпсбурга для местных фермеров и имела множество зигзагообразных поворотов, которые действовали как огневые отсеки и траверсы в окопах 1914-1918 годов и позволяли конфедератам обстреливать фланги федералов при каждой попытке штурма. Дорога несколько раз переходила из рук в руки, но в конце концов оказалась в руках союзников и стала известна как "Кровавый переулок", потому что кровь скапливалась в выщербинах на ее высохшей глиняной поверхности и буквально текла рекой. Три часа рукопашного боя в этом месте унесли более 5 000 жертв с обеих сторон.
Утро ознаменовалось одними из самых кровопролитных боев за всю войну, в которых на сравнительно небольшом участке пали тысячи людей, а десятки полевых офицеров и генералов с обеих сторон пали во главе с ними. Со стороны Союза был ранен сам генерал-майор Хукер и убит генерал-майор Мэнсфилд; со стороны Конфедерации был убит бригадный генерал Старк и еще три бригадных генерала были тяжело ранены, один из которых позже умер. В течение всего утра "грохот мушкетов и гром артиллерии возвещали о разгоревшемся смертельном конфликте". Эти оглушительные звуки битвы продолжались примерно до двенадцати часов, когда они начали стихать, а около часа прекратились". Макклеллан бросил четыре корпуса Союза, чтобы сломить левый фланг Конфедерации, и потерпел неудачу. Короткая, жуткая тишина, нарушаемая лишь криками раненых и умирающих, означала, что эти четыре корпуса "настолько разбиты потерями и усталостью, что не в состоянии возобновить бой", который к настоящему времени обошелся обеим сторонам более чем в 13 000 раненых за утро.
Резня в Кровавом переулке ознаменовала конец первой фазы сражения. Артиллерийский обстрел возобновился, Ли поскакал назад, к истощенному центру своей линии, где сел на "возвышенность", с которой открывался вид на все поле боя, чтобы поговорить с Лонгстритом, как обычно равнодушным к тому, что он полностью подвергся вражескому огню. Д. Х. Хилл, прискакавший на доклад к Ли и оставшийся верхом, несмотря на шутливое предупреждение Лонгстрита, был сброшен на землю, когда федеральное пушечное ядро оторвало обе передние ноги его лошади.
Низкие холмы и сельскохозяйственные угодья к северу от Шарпсбурга, где утром произошел бой, теперь удерживались федералами. Настала очередь Бернсайда атаковать, причем прямо по центру и справа от Ли. Но ни ему, ни Макклеллану не пришло в голову обследовать ручей Антиетам на предмет бродов, и с часу дня он посылал бригаду за бригадой через узкий каменный мост под градом огня конфедератов. После полудня один из командиров бригады наконец обнаружил брод Снавели, расположенный в полутора милях ниже по течению, а многие солдаты обнаружили, что они могут перейти ручей вброд, "не замочив пояса во многих местах", вместо того чтобы получить пулю на мосту. Но Бернсайду потребовалось два часа ожесточенных боев, чтобы переправить свои войска на западный берег ручья и сформировать их, дав Ли время перебросить часть своих людей с левого фланга, где атаки союзников стихли, в центр и вправо. К тому времени, когда атака Бернсайда достигла юго-восточного угла Шарпсбурга, Ли разыграл свою последнюю карту и отправил в бой дивизию А. П. Хилла, которая быстрым маршем двигалась от Харперс-Ферри. Неожиданная атака Хилла на левый фланг Бернсайда отбросила федералов к мосту, который они с такими тяжелыми потерями перешли днем ранее. Макклеллан, не желая рисковать своими резер