4 февраля 1865 года Ли наконец-то был назначен "главнокомандующим" всех армий Конфедерации. Характерно, что он ответил, что "обязан только доброте его превосходительства президента" за "этот высокий и трудный пост", добавив, что еще более тревожно, что он "не получил никаких инструкций относительно моих обязанностей" и не знает, что президент Дэвис хочет, чтобы он взял на себя.
Ли официально объявил, что 9 февраля он "принял командование военными силами Конфедеративных Штатов", и сразу же обратил внимание на одну из своих главных проблем: он дал дезертирам и тем, кто отсутствовал без отпуска, двадцать дней на то, чтобы вернуться в свою часть или явиться к ближайшему офицеру, после чего они будут подвергнуты "наказанию, которое может быть назначено судом, и прошения о помиловании не будут приниматься к рассмотрению". Теоретически это означало помилование для тех, кто вернулся в армию, и смертную казнь для тех, кто этого не сделал, но на практике к этому времени ни суды Конфедерации, ни различные подразделения "ополчения", которым было поручено выслеживать и задерживать дезертиров, не справлялись с более чем 100 000 дезертиров. В некоторых случаях применялись тюремное заключение и казни, было как минимум одно линчевание, но падение боевого духа, нехватка припасов и ожидание поражения позволили большинству мужчин вернуться в сельскую жизнь, не донося на них соседям.
Каким бы непоколебимым ни выглядел Ли перед своими людьми, он не был жизнерадостным. Всего через десять дней после принятия назначения на пост главнокомандующего он написал Джону К. Брекинриджу, новому военному секретарю Конфедерации, что "может возникнуть необходимость оставить все наши города, и следует подготовиться к этой непредвиденной ситуации". Он также призвал сосредоточить "все наши армии" в Вирджинии, "поскольку по отдельности они, похоже, не в состоянии выступить против врага". Это была реалистичная, но неутешительная оценка - события на местах стремительно перечеркивали контроль правительства Конфедерации над тем, что осталось от нее. Ли уже подумывал о том, чтобы перебросить припасы и снаряжение из Ричмонда в Линчбург, где он мог бы удержать узел железных дорог Саутсайд и Дэнвилл, "чтобы сохранить связь с Севером и Югом, насколько это возможно, а также с Западом". О его душевном состоянии лучше всего можно судить по его письму от 21 февраля миссис Ли: "Если придется оставить нашу позицию, чтобы избежать окружения, что вы будете делать? Останетесь ли вы или покинете город?". К этому он добавил, зная, что Мэри Ли почти наверняка поступит именно так, как хочет: "Вы должны обдумать этот вопрос и принять решение".
Как раз в то время, когда Ли раздумывал, оставлять ли Петербург, его дочь Агнес, демонстрируя смелую независимость женщин Ли, решила принять давнее приглашение посетить город. Ее отец опасался, что она отложит визит на потом, но это не помешало ей отправиться на поезде в Петербург, который постоянно подвергался артиллерийским обстрелам, чтобы остановиться у своих друзей - семьи Мид. Она отметила, что жители Петербурга, казалось, не обращали внимания на разрывы пушечных снарядов на улицах. В первый же вечер военный оркестр "исполнил серенаду в доме Мидов" в честь присутствия одной из дочерей Ли, и "Агнес осыпала галантных музыкантов свежими розами". На следующий день Агнес отправилась на ферму, где находился штаб Ли, но обнаружила, что его отозвали из-за проливного дождя. На следующее утро он написал ей "поспешную [но любящую] записку".
Моя драгоценная малышка Агнес,
Мне так жаль, что я не пришел к вам вчера. Я мог бы убедить вас остаться со мной. Если бы вы остались или вышли сегодня в четыре часа утра, я мог бы увидеть вас своими усталыми сонными глазами. Теперь же я... не знаю, когда буду иметь удовольствие видеть вас.
Ли видел все признаки подготовки Гранта к атаке на линии Конфедерации и понимал, что в данный момент он мало что может сделать, чтобы остановить неизбежное. Тем не менее он был полон решимости сражаться дальше. Он предсказал, что Грант собирается "оттянуть на себя левый фланг с намерением охватить меня", именно это Грант и имел в виду, и убеждал своих офицеров в важности дисциплины. "Вид ровной, непрерывной линии более грозен для противника и делает его прицел менее точным, а огонь менее эффективным", - писал Ли, подчеркивая, что дисциплина имеет большее значение на поле боя, чем "численность или ресурсы". Однако он отметил, что его способность быстро перемещать армию сильно затруднена тем, что "кавалерия и артиллерия... все еще разбросаны из-за нехватки провианта, а наши поезда с провиантом и боеприпасами, которые должны быть с армией на случай внезапного движения, отсутствуют, собирая провиант и фураж". Еще более серьезной проблемой было то, что "состояние уныния, которое сейчас преобладает среди наших людей, плохо влияет на войска". Ли мало что мог с этим поделать. 24 февраля в длинном письме губернатору Северной Каролины Вэнсу он указал, что на войска "в значительной степени влияют письма... написанные их друзьями из дома", в которых они сообщают "своим друзьям в армии, что наше дело безнадежно, и что им лучше позаботиться о себе". Дезертиры обычно забирали с собой оружие, часто присоединялись к большим группам других вооруженных дезертиров, и во многих местах ополченцам было трудно их задержать. 9 марта, в ответ на ответ губернатора Вэнса, Ли согласился выделить два отряда войск с приказом "не брать пленных среди тех дезертиров, которые оказывают сопротивление с оружием в руках гражданским или военным властям". Ли все еще надеялся, что, сосредоточив все оставшиеся силы Конфедерации в Виргинии, он сможет провести там последнее сражение и победить Гранта, возможно, дав Конфедерации новую жизнь. На самом деле именно этого Грант боялся больше всего. Если затянувшуюся кампанию вокруг Петербурга и Ричмонда не завершить быстро, общественное мнение на Севере может обернуться против войны, которая, как многим казалось, затягивалась вечно.
Надежды Ли так и не оправдались. События не позволяли ему сосредоточить необходимое количество войск, прокормить их и снабдить боеприпасами. 17 марта он написал военному секретарю Брекинриджу, что больше не может "поддерживать даже наши небольшие силы кавалерии вокруг Ричмонда" из-за нехватки фуража. 27 марта он писал с ноткой горечи, учитывая, как долго он призывал правительство сформировать вооруженные отряды чернокожих: "Я ждал получения приказа от военного министерства о создании и организации цветных войск, прежде чем предпринимать какие-либо действия в этом вопросе. Насколько я понимаю, приказ был опубликован в газетах, но я его не видел. Тем временем мне сообщили, что в Петербурге можно получить некоторое количество рекрутов, если найти подходящих людей, которые заставят их записаться в армию".
В 4 часа утра 2 апреля Грант начал свое долгожданное наступление, "атаковав весь петербургский фронт" 125 000 человек против длинной, далеко растянутой линии Ли, насчитывающей не более 33 000 полуголодных бойцов. Независимо от того, могла ли миссис Ли и ее дочери Мэри Кэстис и Милдред видеть и слышать предварительную бомбардировку, от которой ранним утром небо над Петербургом окрасилось в красный цвет, Ли видел ее и знал, что она предвещает, и он "послал офицера, освобожденного от наказания, чтобы забрать Агнес из дома Мидов и отвезти ее на железнодорожную станцию". Отец предупредил ее, что она может оказаться в ловушке в городе, и в последнюю минуту организовал ее спасение, несомненно, с глубоким вздохом облегчения, что она оказалась на борту последнего поезда из Петербурга. Затем он перешел к написанию письма военному министру Брекинриджу. "Я не вижу перспектив сделать больше, чем удержать нашу позицию здесь до ночи. Я не уверен, что смогу это сделать; если смогу, то отступлю сегодня вечером к северу от Аппоматтокса. . . . Таким образом, наш единственный шанс сконцентрировать силы - сделать это у Дэнвильской железной дороги, что я и постараюсь сделать немедленно. Я советую сделать все приготовления, чтобы покинуть Ричмонд сегодня вечером".
В воскресенье, 2 апреля, миссис Ли и ее дочери посетили службу причастия в церкви Святого Павла, где увидели, как пономарь прошел к алтарю и почтительно наклонился, чтобы шепнуть президенту Дэвису. Дэвис поднялся со своей скамьи, за ним один за другим последовали "другие важные военные и правительственные деятели". Линия Ли под Петербургом была прорвана, и Ричмонд был потерян. К тому времени, когда миссис Ли вышла из церкви после службы, уже выстроились повозки, чтобы вывезти архивы и то, что осталось от золотых слитков правительства Конфедерации. К полудню она и ее дочери наблюдали за тем, как по городу распространяется паника. Члены правительства Конфедерации теперь были беглецами, разыскиваемыми людьми, бежавшими в никуда. "Все жители Ричмонда, богатые и бедные, высокородные и низкого происхождения, казалось, спешили покинуть город. Повозки и кареты, заваленные мебелью и бочками, толкали нескончаемый поток тяжело нагруженных пешеходов, стремящихся убраться куда-нибудь подальше, спасаясь от страшных янки. Через открытые створки семья прислушивалась к звукам бегства, топоту ног, скрипу колес повозок, плачу детей и вою испуганных лошадей, когда "мрачный ужас распространял свою дикую заразу"".
К середине дня город охватили грабежи и пьянство, а к вечеру по всему Ричмонду вспыхнули пожары на табачных складах, "подожженных по недоразумению". Вскоре город сотрясли огромные взрывы, когда оставшиеся боеприпасы и военно-морские склады были подорваны либо пьяными мародерами, либо отступающими войсками. Ричмонд был разрушен не мстительными войсками Союза, а брошен на растерзание собственными жителями. Перед самым рассветом в городе взорвался последний оставшийся пороховой магазин, и пламя двинулось на восток к Франклин-стрит, поглощая почти все на своем пути. По иронии судьбы 2 апреля было идеальным весенним днем, в воздухе витал аромат распускающихся деревьев и цветов; но когда 3 апреля взошло солнце, оно тускло осветило сквозь клубы едкого дыма и горящих обломков, наполнивших воздух, лишь остовы тлеющих зданий и обугленные, почерневшие деревья. Общественные и частные здания Ричмонда выбрасывали вверх потоки пепла, обгоревшей бумаги, сломанной мебели и резных деревянных панелей - все, что осталось от столетия процветания и благородной жизни. Миссис Ли наблюдала за происходящим из окна через лорнет, "одетая", как рассказывает ее биограф Мэри П. Куллинг, "в свое самое красивое платье, лучший чепец, вуаль и перчатки". Она, вероятно, не