Ли находился в пешем или конном строю более тридцати шести часов без отдыха, трижды пересекал Педрегаль и участвовал в трех сражениях. Его начальники, в кои-то веки согласные друг с другом, присоединились к восхвалению его "мастерства... и личной смелости" (Смит), его "ценных услуг" (Твиггс), его "мастерства и рассудительности" (Шилдс). Скотт добавил, что Ли "отличался как искусным исполнением, так и наукой и смелостью". Он получил повышение в звании до подполковника. Ни один другой офицер во время Мексиканской войны не получал такой всеобщей похвалы и не завоевывал такого всеобщего восхищения. Легенда о Ли зародилась в Чурубуско и вознесла Ли на самую высокую ступень военной славы - хотя, конечно, не так, как он мог бы предсказать. Кроме того, близкие отношения с обычно неприступным главнокомандующим дали ему редкое понимание требований командования армией, необычное для офицера его ранга.
Несмотря на череду побед, Скотт не решался атаковать Мехико. За последние несколько дней сражения он потерял более 1000 человек, но даже несмотря на то, что один импульсивный американский кавалерийский офицер проскакал до ворот Сан-Антонио, самых южных из укрепленных ворот в городской стене (и потерял руку за свои мучения), Скотт не понимал, как он сможет взять и удержать город с населением почти в четверть миллиона человек со своими истощенными и измотанными силами. Скотт никогда не считал, что цель его кампании - взять и занять Мехико; скорее, цель заключалась в том, чтобы заставить мексиканцев подписать мирный договор, признав окончательную потерю почти трети своей национальной территории. Когда через несколько дней после поражения при Чурубуско они неожиданно попросили о перемирии, Скотт с радостью согласился, полагая, что это первый шаг к миру.
Генерал разместил свою штаб-квартиру в Такубайе, "приятной деревушке, где многочисленные богатые члены английской колонии в Мехико держали летние дома", а участники переговоров долго спорили над предложенным договором, пока через двенадцать дней не стало ясно, что не удастся найти формулу, которая удовлетворила бы президента Полка и мексиканское правительство. Военные действия возобновились 7 сентября. Многие солдаты (и будущие историки) критиковали Скотта за эту задержку, но они недооценили потери Скотта, а также тот факт, что он находился в 280 милях от своей базы, без надежных средств связи и снабжения, и, прежде всего, его веру в то, что его миссия заключалась в "завоевании мира". Ли, который, несомненно, как никто другой был близок к главнокомандующему, не стал с ним не соглашаться.
Своеобразная география Мехико создавала уникальную проблему для любого нападающего. В те времена сам город находился "на слегка возвышенной местности" и был окружен болотистыми полями. Единственные подступы к столице проходили по приподнятым, прямым и узким дамбам. Наступление по любому из них поставило бы войска в положение уток в тире, к тому же они подвергались бы перекрестному обстрелу со стороны укрепленных городских ворот. Американская армия была размещена таким образом, что наиболее удобный подход к городу осуществлялся по трем дамбам, идущим с юга на север. Два пути, подходившие к городу с юго-запада и запада, были еще более сложны тем, что над ними возвышался крутой холм высотой 220 футов менее чем в двух милях от штаба Скотта. Когда-то холм был священным местом для ацтеков, и на его вершине возвышался массивный "неоромантический" замок, превращенный в мексиканскую военную академию. Чапультепек, к которому вела зигзагообразная дорога, поднимающаяся по отвесной скале и окруженная у основания высокой каменной стеной, выглядел грозным препятствием, которое мексиканцы почти наверняка будут защищать с особым рвением из-за его символического значения.
Прежде чем Скотт решил, как лучше взять Мехико, он решил атаковать Молино-дель-Рей, крепкое каменное здание у основания Чапультепека, где, как ему сообщили, Санта-Анна отливал бронзовые пушки. Он хотел, чтобы дивизия Уорта предприняла ночную атаку на него, но после бурной сцены Ли удалось переубедить Скотта. Атака началась при свете дня 8 сентября, но результат оказался неутешительным. Ворт атаковал без достаточной артиллерийской подготовки, захватил здание, в котором не было никаких признаков пушечного литейного цеха, и был почти отброшен назад мексиканской контратакой, которая привела к почти 800 американским потерям в одном из самых тяжелых боев войны. Поскольку американцы сохранили здание, они могли заявить о победе, но она оказалась пирровой и стала предупреждением о том, что мексиканская армия, оказавшаяся буквально у ворот собственной столицы, все еще может сражаться с удивительной храбростью.
Молино дель Рей как ничто другое подчеркнуло ценность дара Ли к кропотливой разведке и тщательной расстановке артиллерии перед атакой. Теперь эти способности были использованы для поиска наилучшего способа нападения на Мехико с юга. В сопровождении двух других инженерных офицеров ему удалось подойти "на расстояние мили с четвертью от города" и понаблюдать за тем, что мексиканцы делают для улучшения обороны. Ли был впечатлен и стал нехарактерно осторожным в отношении возможности штурма Чапультепека, но он был убежден, что город может быть взят хорошо скоординированными атаками с юга. Он провел 9, 10 и 11 сентября в непрерывной разведке, почти без отдыха, ища лучшие места для размещения артиллерии; но на "военном совете" в ночь на 11 сентября Скотт окончательно решил атаковать Чапультепек, убедившись, что хорошо проведенный артиллерийский обстрел может выбить мексиканских защитников из крепости, и что после захвата Чапультепека, с вершины которого открывается вид на западную стену города, Мехико будет открыт для продолжительной атаки. С размещенной на нем американской артиллерией холм будет доминировать над двумя западными подходами к городу, который находился всего в миле от него. Хотя все присутствовавшие офицеры, кроме Борегара (и, в конечном счете, Твиггса), поддержали Ли, выступив против атаки, это показатель уважения, которое они испытывали к Скотту, что они мгновенно согласились с его решением. И здесь Ли кое-чему научился: генерал-командующий всегда должен прислушиваться к мнению старших командиров, но если он принял решение, его нужно слушаться. Как и генерал Скотт, на чей пример он опирался, Ли умел вызывать уважение и даже благоговение у тех, кто с ним не соглашался. Но, как и в случае с предпочтением Ли хороших манер перед прямыми приказами, иногда за это приходилось расплачиваться, как это случилось со Скоттом при Молино-дель-Рей и будет с самим Ли при Геттисберге.
Какими бы ни были его сомнения, Ли в течение следующих сорока восьми часов с головой погрузился в подготовку к атаке на Чапультепек, доводя себя до изнеможения. Под руководством лейтенанта Джорджа Б. Макклеллана он разместил четыре батареи тяжелой артиллерии, работая так быстро, что первые две батареи смогли открыть огонь утром 12 сентября, менее чем через двадцать четыре часа после получения Ли приказа. Огромный труд и опасность были связаны с доставкой 8-дюймовых гаубиц и 16- и 24-фунтовых орудий по мягкой, болотистой местности и установкой их на платформы, которые были вырыты киркой и лопатой, чтобы принять их, и все это на виду у противника и под постоянным вражеским огнем. Как только орудия были установлены, Ли отправился вперед, чтобы более тщательно изучить подступы к Чапультепеку. Он был настолько поглощен своей задачей, что генералу Скотту пришлось послать офицера, чтобы вернуть его в свой штаб в Такубайе. Там Ли застал Скотта в ярости. Он не получил никаких сообщений о том, как бомбардировка повлияла на мексиканцев, удерживающих Чапультепек. Скотт был полон решимости атаковать этим вечером и приказал одной дивизии идти на запад через густую кипарисовую рощу у подножия Чапультепека, а другой - атаковать с юга, прямо по крутой дороге, прорубленной в скале. Добровольцы были сформированы в два "штурмовых отряда", оснащенных лестницами, чтобы возглавить штурм. Ли, как старшему из присутствующих инженерных офицеров и тому, кто ближе всех подошел к Чапультепеку, пришлось уговаривать генерала Скотта отказаться от ночной атаки. Затем Ли было приказано проинструктировать командиров, которые должны были провести атаку - есть вероятность, что Скотт был слишком нервно напряжен, чтобы сделать это самостоятельно, - и в течение ночи войска заняли свои позиции к западу и югу от Чапультепека, а другие устроили "показную демонстрацию" перед южными воротами, чтобы обратить внимание Санта-Анны в неправильном направлении.
Ли провел ночь, осматривая батареи и следя за тем, чтобы повреждения, нанесенные ответным огнем мексиканцев, были быстро устранены. К этому времени он уже сорок восемь часов не спал, но ему было приказано направлять дивизию генерала Пиллоу в ее атаке на западный склон Чапультепека. Он отправился с передовыми отрядами, как только прекратилась бомбардировка, в восемь часов утра 13 сентября, подвергаясь артиллерийскому обстрелу, мушкетному огню и - новинка для того времени - зарытым минам, большинство из которых, к счастью, не сработали. Он наблюдал за тем, как поднимались лестницы, и штурмующие были отброшены назад с большими потерями. Он перегруппировал войска, и вторая попытка оказалась успешной. Ли сам взобрался по крутому склону на террасы на вершине в сопровождении лейтенанта Джеймса Лонгстрита, который будет командовать его корпусом справа в роковой третий день Геттисбергской битвы, и лейтенанта Джорджа Э. Пикетта, чья дивизия предпримет атаку на Кладбищенский хребет - последний акт в этой великой героической трагедии. В какой-то момент штурма Ли был "легко ранен", но ему удалось помочь раненому генералу Пиллоу спастись, а затем подняться на вершину, чтобы увидеть поднятие американского флага. Сама "крепость" оказалась не такой грозной, как опасались. Она была построена как дворец и не давала особой защиты укрывшимся в ней мексиканским солдатам. Огромное здание захватывали комната за комнатой, многие американские солдаты "бесчинствовали, грабили и охотились на беззащитных мексиканцев в отместку за зверства в Молино-дель-Рей", но, зная все, что мы знаем о Ли, мы можем б