Немецкая команда подала протест, апелляционный комитет Международной федерации конного спорта признал, что во время старта Хой табло на стадионе было неисправно, и снял с команды штрафные очки. 19 августа французы, англичане и американцы подали протест в Спортивный арбитражный суд в Лозанне, который его удовлетворил, решив, что апелляционный комитет FEI не имел полномочий для отмены решения судей. В результате поменялся расклад и в личном первенстве: золотую медаль отдали англичанке Лесли Лоу, серебряную – американке Кимберли Северсон, бронзовую – англичанке Пиппе Фаннелл.
Словацкий спортсмен Михал Мартикан, занявший первое место в гребном слаломе на каноэ-одиночке с результатом 187,28 сек., был оштрафован на две секунды за касание веслом ворот. Это произошло сразу после окончания соревнований, однако информагентства успели назвать словака победителем. В итоге золотую медаль получил не он, а француз Тони Эстанже, финишировавший с результатом 189,16. Михал Мартикан же с результатом 189,28 переместился на второе место и получил серебряную медаль.
На соревнованиях по плаванию японец Косуке Китадзима завоевал золотую медаль на дистанции 100 м брассом. Вторым стал американец Брендон Хансен. После заплыва не участвовавший в нем американский пловец Аарон Пирсол обвинил японца в нарушении правил. Пирсол утверждал, что Китадзима во время выхода на поверхность помог себе ускориться, применив движение телом, как в баттерфляе, что запрещено в брассе. Этот маневр якобы дал японцу преимущество над соперниками в 0,2 сек. Никаких официальных протестов американцы не подавали, а судьи повода для пересмотра результатов не нашли. Косуке Китадзима не стал отвечать на обвинения, заявив, что не помнит, что происходило с ним во время заплыва. Через три дня он завоевал «золото» на дистанции 200 м брассом. Брендон Хансен вновь проиграл японцу, финишировав лишь третьим.
А на следующий после этого день отличился сам Аарон Пирсол. Американский пловец выиграл финальный заплыв на 200 м на спине с новым олимпийским рекордом – 1 мин. 54,95 сек., и… был дисквалифицирован судьями за техническую ошибку. Перед финишем арбитры заметили, что пловец, уже оторвавшийся от соперников, перевернулся со спины на бок, чтобы помахать болельщикам рукой, а это запрещено правилами. «Золото» присудили австрийцу Маркусу Рогану, «серебро» – румыну Развану Флоре, «бронзу» – британцу Джеймсу Годдарду. Американцы подали протест, который был удовлетворен. Аарон Пирсол вышел на церемонию награждения и получил золотую медаль. Подписавшие протокол о дисквалификации Пирсола арбитры Феликс Михайлов (Россия), Денис Кадон (Франция) и Суи Кут Вун (Сингапур) были отстранены от дальнейшей работы на Олимпиаде.
Представители сборной России по боксу подали официальный протест в Международную федерацию любительского бокса (AIBA). По информации российской стороны, распределение судей на бои происходило с нарушениями правил: нередко имело место назначение рефери, тогда как должна была проходить жеребьевка; если жеребьевка все-таки проходила, то судьи выбирались не «вслепую». В распоряжении журналистов российского телеканала «Спорт» оказалась любительская съемка, на которой видно, как организаторы турнира достают шары с надписью страны происхождения арбитра, затем кладут их обратно. Также на пленке запечатлено, как то же официальное лицо берет сразу два шара, затем раскладывает их по корзинам, на которых написаны названия континентов. Никакого ответа со стороны AIBA не последовало.
После такой, с позволения сказать, «жеребьевки» неудивительно, что зачастую бои на ринге вызывали не просто нарекания в адрес судей, а иной раз и искреннее возмущение действиями арбитров. В четвертьфинальном бою в весовой категории до 81 кг египетский боксер Ахмед Исмаил выиграл у грека Элиаса Павлидиса. Бой был остановлен рефери после того, как Исмаил провел удар в область левого глаза греческого боксера. В этот момент в счете лидировал Павлидис, и в ответ на решение судей присвоить победу египтянину греческие болельщики закидали ринг пластиковыми бутылками из-под воды. Олимпийский комитет Греции подал протест на результат боя, сопроводив его видеозаписью, на которой зафиксированы удары египетского боксера, нанесенные Павлидису с нарушением правил. Но Международная федерация любительского бокса протест отклонила, мотивировав это тем, что в означенных эпизодах присутствовал элемент случайности. Ну как с ними поспоришь? Толку-то никакого!
Гораздо реже подобные судейские ошибки встречаются в фехтовании, но в Афинах произошел такой случай. В финале командного первенства по фехтованию на рапирах среди мужчин со счетом 45:42 сборная Италии победила сборную Китая. На следующий же день стало известно, что венгерский арбитр Йожеф Хидаши, судивший матч, выведен из состава судей Игр и дисквалифицирован на два года. По мнению Международной федерации фехтования, судья совершил шесть результативных ошибок в пользу Италии. Но итог матча пересмотрен не был.
Абсолютным чемпионом Олимпиады по гимнастике стал американец Пол Хэмм, набравший в многоборье 57,823 балла. Ставшие вторым и третьим корейцы Ким Да Еун и Янг Та Юнг получили соответственно 57,811 и 57,774 балла. Корейская делегация подала протест, посчитав оценки Янг Та Юнга за упражнения на брусьях заниженными. После просмотра видеозаписи соревнований представители Международной федерации гимнастики (FIG) пришли к выводу, что судьи ошибочно оценивали сложную комбинацию Янг Та Юнга на брусьях из расчета 9,9, а не из 10 баллов. Правильная оценка корейца на снаряде составляла, таким образом, 9,812, а общая сумма достигала 57,874 (на 0,051 больше итогового результата Пола Хэмма). Трое судей были отстранены от работы на Играх, но результат соревнований пересматривать не стали. Олимпийский комитет Южной Кореи подал протест в Спортивный арбитражный суд в Лозанне, но получил отказ, поскольку речь шла о судейском решении, а такие дела в компетенцию суда не входят.
Позже выяснилось, что один из отстраненных судей, представитель Колумбии Оскар Буитраго, последние три года проживает в родном для Пола Хэмма штате Огайо. Журнал «Международная гимнастика» на своем сайте сообщил, что колумбиец является членом организации «USA Gymnastics» – главной гимнастической организации США. Американцы нечестную игру со своей стороны отрицали. Президент FIG Бруно Гранди направил письмо лично Полу Хэмму с просьбой отдать золотую медаль корейскому сопернику, пообещав, что этот жест будет «воспринят во всем мире как демонстрация честной игры». Бруно Гранди сначала пытался передать послание американскому медалисту через Олимпийский комитет США, однако генеральный секретарь комитета Джим Шерр отказался это сделать, назвав действия Гранди «попыткой переложить ответственность за свои ошибки на мистера Хэмма». Сам же Пол Хэмм сказал, что вернет медаль, если соответствующее решение вынесет суд. Тогда Янг Та Юнг самостоятельно подал иск в Спортивный арбитраж с требованием вернуть ему афинское «золото». Арбитраж принял апелляцию корейца к рассмотрению, но многочасовое заседание не привело ни к чему: оказалось, что никаких механизмов для пересмотра результатов соревнований (даже если они ошибочные) не предусмотрено. В результате золотая медаль так и осталась у Пола Хэмма, который, как и обещал, никому ее не отдал – ведь суд в Лозанне не принял никакого решения.
Российские гимнастки, занявшие третье место в командных соревнованиях, утверждают, что судейство по отношению к ним было необъективным. По мнению самих спортсменок, судьи намеренно занижали им оценки. В составе команды выступали Светлана Хоркина, Анна Павлова, Елена Замолодчикова, Наталья Зиганшина и Людмила Ежова. Несмотря на прекрасное выступление сборной, команда набрала в общем зачете 113,235 балла. Первое место завоевали спортсменки Румынии (114,283), вторыми стали гимнастки США (113,584).
Как заявила после объявления результатов в интервью РИА «Новости» Елена Замолодчикова, «судейство по отношению к россиянкам было слишком придирчивым. В частности, это касается выступлений на бревне, брусьях и в вольных упражнениях». Ее подруга по команде Анна Павлова отметила, что «судьи стали нас придерживать в первых же упражнениях, например, после опорного прыжка, в котором мы традиционно сильны, они поставили нас на третье место, а догонять лидеров в такой ситуации очень тяжело».
С ее мнением согласилась и тренер сборной по спортивной гимнастке Наталья Павлова. По ее словам, судейство на турнире было «все-таки предвзятым, причем, начиная с первого снаряда». Как отметила тренер, «нас планировали поставить на 5–6 место. Они почему-то решили, что у нас нет сильных гимнасток, но мы доказали обратное, завоевав «бронзу», хотя, по большому счету, достойны были и медали более высокой пробы». Павлова добавила, что «если бы с нас не снимали по десятой балла на каждом упражнении, мы бы были вторыми, а если бы по две десятые – то первыми. Но все равно было видно, что наши соперницы занервничали – это касается и румынок, и китаянок, да и американок. В целом я считаю, наши девчонки заслуживали как минимум второго места».
В ходе выступления на своем коронном снаряде – брусьях – Светлана Хоркина сорвалась на элементе, названном в ее же честь, и заняла последнее, восьмое место. После соревнований российская гимнастка заявила, что упала по техническим причинам: выступавшая перед ней француженка Эмели Лепенек, выигравшая в итоге «золото», использовала так называемый жирный вид магнезии, так как выступает в кожаных накладках, а Хоркиной не удалось эту магнезию счистить. Кроме того, по мнению гимнастки, раньше положенного зажглась стартовая лампочка.
Российская делегация подала протест, но Международная федерация гимнастики его не приняла. Ранее Хоркина критиковала работу судей после выступления женской сборной России в командном первенстве: «Впереди еще не один комплект наград, и, откровенно говоря, меня очень разозлило отношение арбитров к нашей команде». Затем недовольство гимнастки вызвали оценки, выставленные судьями в многоборье (Хоркина стала второй, уступив 16-летней американке Карли Паттерсон): «Исход моей дуэли с Карли Паттерсон был предрешен еще до начала соревнований. Она же из США, а я – из России».