В конце 1943 года Кернкросс перешел на работу в СИС. Переход из службы радиоперехвата и дешифрования на работу в аппарат СИС был связан с резким ухудшением зрения. Кернкросс с детства не видел левым глазом. Напряженная работа в Блетчли-Парке отрицательно сказалась и на состоянии правого глаза. Зрение начало ухудшаться. Резидентура принимала меры к тому, чтобы помочь ему с лечением, однако результаты были мало обнадеживающими. Врачи советовали сменить характер работы.
После перехода на работу в центральный аппарат СИС источника назначили в Пятое, а затем в Первое управление. В Пятом управлении он занимался обслуживанием в контрразведывательном плане СССР и Балкан. Конкретными обязанностями Кернкросса были: анализ и изучение перехваченных телеграмм немецкой разведки о ее деятельности в СССР и на Балканах, а также всех агентурных материалов по этим регионам, изучение кадрового состава и агентуры немецких резидентур на Балканах, изучение методов работы немецкой разведки. В Первом управлении в его обязанности входил анализ политической информации.
Характеризуя новый участок работы Кернкросса, резидент писал в Центр, что источник получает все перехваты немецкой разведки, которые после использования должны им лично сжигаться. Часть этих телеграмм он действительно сжигает (никаких актов не составляется), а остальные передает нам. Во время своих дежурств по отделению (один-два раза в неделю) источник просматривает бумаги, поступающие в адрес других работников отделения (дипломатические перехваты, выемки из диппочты, еженедельные сводки агентурных материалов, телеграммы резидентур и проч.) и регулярно передает нам их содержание.
В одно из таких дежурств Кернкросс обнаружил в шкафу у своего шефа список английской агентуры на Балканах. Список был скопирован и отправлен в Москву.
Большой интерес представляла информация, изложенная в спецсообщении СИС от 28 октября 1944 года. В этом документе речь шла о полученной агентурным путем секретной инструкции Гиммлера о создании на территории Германии и некоторых оккупированных стран подпольной армии на случай оккупации союзными войсками этих территорий.
Подпольная армия, согласно инструкции, должна была состоять из трех звеньев: разведывательных групп, групп по организации саботажа, групп обеспечения безопасности. Группы разведки должны были комплектоваться из преданных нацистских офицеров, хорошо подготовленных радиоэкспертов, офицеров полевых радиослужб частей СС, из служащих районных администраций и других категорий.
Группы по организации саботажа формировались из инженеров саперных частей. Каждый член этих групп должен был пройти курсы химии и взрывчатых веществ в так называемых «академиях». Группы контрразведки должны были управляться и организовываться только офицерами служб безопасности. В этих группах предполагалось использовать и женщин.
В качестве офицеров связи планировалось подготовить специальных курьеров подполья. В их обязанности должно было входить назначение новых руководителей групп вместо выбывших из строя по различным причинам.
Группы подпольной армии планировалось формировать по принципу пятерок, и подчиняться они должны были непосредственно главному штабу подпольной армии. Согласно инструкции, подпольная армия должна была иметь секретные оружейные склады для хранения стрелкового оружия, взрывчатки, различных химикалий и других средств саботажа. Намечалось также создать госпитали, химические лаборатории, лаборатории для изготовления фальшивых документов, денег, продовольственных карточек, организовать радио-и телеграфную связь.
Кандидатам для работы в подпольной армии из числа офицеров СД, СС, полицейских органов, специальных армейских частей предлагалось сменить фамилии и документы. Часть этих людей для зашифровки должны были направить в концлагеря и тюрьмы.
В главный штаб подпольной армии, помимо Гиммлера, были включены Борман, Кальтенбруннер и несколько высших офицеров СД и СС.
Кернкросс работал в СИС до конца войны, затем уволился и возвратился на работу в министерство финансов.
За его вклад в борьбу советского народа против фашистских захватчиков Кернкроссу неоднократно объявлялись благодарности руководства внешней разведки. В ответ на это в октябре 1944 года он писал: «Я восхищен, что наши друзья сочли мою помощь заслуживающей внимания, и я горжусь тем, что я кое-что внес в дело победы, которая привела почти к полному очищению советской земли от захватчиков».
В марте 1945 года Кернкроссу была установлена пожизненная пенсия в сумме 1000 фунтов стерлингов в год. Однако от получения этой пенсии он отказался, мотивируя это достаточной материальной обеспеченностью.
Из министерства финансов Кернкросс был переведен в министерство снабжения. Непосредственно на участке, где теперь работал агент, не было материалов, представлявших интерес для Центра, и встречи с ним проводились лишь эпизодически.
На одной из таких встреч 23 октября 1951 года Кернкросс сообщил, что в начале сентября его допрашивал представитель контрразведки, который интересовался, какие отношения он поддерживал с Маклином (один из источников «кембриджской пятерки»), а также о его принадлежности к компартии.
Кернкросс был уже подготовлен оперработником на случай такого допроса. После побега в Советский Союз двух источников «кембриджской пятерки» Маклина и Берджесса, работавших в МИД Англии, которым грозил арест, контрразведка начала проверку всех их связей по институту и работе в МИД. Не исключалась возможность проверки Кернкросса, поэтому он и был сориентирован, как вести себя в случае допроса.
Кернкросс ответил представителю контрразведки, что с Маклином он просто здоровался, когда работал в МИД, а свое членство в партии он не скрывал, но после института никакой связи с ней не поддерживал.
Контрразведчик был удовлетворен ответом Кернкросса, и больше к нему никто не обращался. На работе он продолжал вести тот же участок, что и раньше, и никаких подозрительных моментов не отмечал.
Несмотря на то, что источник считал, что у контрразведки нет против него улик и его положение прочное, резидентура приняла решение по соображениям безопасности временно прекратить с ним связь. Была достигнута договоренность: с помощью соответствующих сигналов он будет ежемесячно сообщать о своем положении. Контрольная встреча была назначена на 23 января 1952 года.
На случай осложнения обстановки вокруг Кернкросса в Центре был разработан специальный план оперативных мероприятий, который предусматривал рекомендации источнику по выезду из Англии, обеспечение его другими документами, выделение необходимых средств для проживания за границей, а также условия связи на другие страны.
После октябрьской встречи никаких сигналов от Кернкросса не поступало. На контрольную встречу он также не вышел. Связь с ним удалось установить лишь в первой декаде марта 1952 года. Во время встречи источник рассказал, что был подвергнут второму допросу со стороны контрразведки. Особенно ее интересовал вопрос его контакта с компартией. После этого допроса Кернкросса снова перевели в министерство финансов на участок работы, куда секретные материалы не поступали. Сам он пришел к выводу, что начатое контрразведкой расследование будет продолжаться. На предложение в случае обострения обстановки выехать в СССР он реагировал отрицательно, заметив, что у контрразведки нет оснований для его ареста.
Учитывая, что обстановка вокруг источника осложнилась, оперработник договорился об очередной встрече только через три месяца, обусловив одновременно выход на явку по условиям экстренной встречи. Однако Кернкросс ни в назначенный день, ни на следующую встречу не явился.
Резидентура организовала наблюдение за местами, где он мог появиться, с тем чтобы определить, в каком положении он находится и нет ли за ним наружного наблюдения. В случае, если ситуация окажется спокойной, планировалось войти с ним в контакт и назначить встречу в городе. Однако положительных результатов наблюдение не дало. Кернкросс нигде не появлялся.
Все попытки резидентуры установить, что произошло с Кернкроссом, не увенчались успехом. В этой связи было принято решение попросить Филби (источник из «кембриджской пятерки». — Прим. авт.) осторожно навести справки об этом человеке. Филби сообщил, что при обыске квартиры Гая Берджесса (источник из «кембриджской пятерки», бежавший в СССР) среди других вещей контрразведка обнаружила написанный от руки меморандум, содержавший разведывательную информацию. По почерку расследование привело к Кернкроссу. На него пало серьезное подозрение, однако он сумел доказать, что это был просто меморандум одного правительственного служащего другому и никакого отношения к какому-либо иностранному государству не имел.
Серьезных оснований для ареста у контрразведки не было, однако с работы из министерства финансов его уволили. О местонахождении Кернкросса Филби не знал.
Обстоятельства в дальнейшем сложились так, что встретиться нашим работникам с этим замечательным человеком уже больше не пришлось.
Контрразведка подвергла Кернкросса еще нескольким допросам. Ему, как и Бланту, был предложен иммунитет от судебного преследования, при условии, что он расскажет о своей разведывательной деятельности. Это было уже после 1964 года. МИ-5 к этому времени располагала значительным количеством сведений и представляла, какую информацию Кернкросс мог передавать в Москву. Кроме того, агент понимал, что его признание в данный момент уже никому не может повредить.
Судя по тем сведениям, которые появились в английской и зарубежной печати, Кернкросс рассказал о работе на советскую разведку во время войны и таким путем получил иммунитет от судебного преследования.
После того как контрразведка закончила разбирательство, ему разрешили выехать за границу. Работал он преподавателем в Канаде. В 1967 году прибыл в Италию и вел там работу по линии ООН. В 1970 году перебрался во Францию и жил в Провансе.
В 1981 году премьер-министр Великобритании Тэтчер, отвечая на вопросы в парламенте, публично признала, что Кернкросс был советским разведчиком. Она также информировала, что в настоящее время он возвратился в Англию вместе с женой, поселился на западе страны и приступил к написанию мемуаров.