В 1975 году окончил университет и, получив диплом врача, работал в лечебных учреждениях столицы. По поручению партии занимался созданием первичных структур демократической организации молодежи Афганистана и зарекомендовал себя активным функционером. В июле 1977 года стал членом ЦК НДПА, некоторое время возглавлял Кабульский горком партии. С приходом к власти X. Амина был направлен послом ДРА в Тегеран, но вскоре за принадлежность к «парчамистскому» крылу решением Пленума ЦК его исключили из рядов партии, сняли со всех государственных постов. До декабря 1979 года жил в Югославии на положении политического эмигранта.
После того как Афганистан возглавил Б. Кармаль, в декабре 1979 года Наджибулла вернулся в Кабул. По решению ЦК НДПА в скором времени возглавил Службу государственной безопасности — ХАД, переименованную потом в Службу государственной информации — СГИ, а затем — МГБ. Ему было присвоено воинское звание генерал-лейтенанта. С июня 1981 года — член Политбюро ЦК НДПА, в ноябре 1985 года был избран секретарем ЦК, курировал работу госорганов с пуштунскими племенами, то есть один из важнейших участков государственной деятельности в стране. На XVIII Пленуме ЦК партии по инициативе и настоянию Москвы был избран Генеральным секретарем ЦК НДПА вместо Б. Кармаля. В октябре 1987 года стал Председателем высшего государственного органа — Ревсовета ДРА, а 30 ноября того же года в соответствии с Конституцией был избран депутатами парламента с одобрения Совета улемов (собрание видных и авторитетных мусульманских деятелей страны) президентом Афганистана.
При своих левых взглядах Наджибулла прежде всего был сыном своего народа, афганцем-пуштуном из большого и влиятельного племени. Как личность он сформировался под непосредственным влиянием мусульманской религии, национальных традиций, вековых и неизменных пуштунских обычаев и уклада жизни. Но при этом он был образованным современным политическим деятелем, с широким кругозором и обширными познаниями. Он рассказывал: «Каждый год я ездил на каникулы в Пешавар, где служил мой отец, и по пути обычно где-то за Джелалабадом устраивался привал. Все отдыхали. Женщины поднимались чуть выше в гору, а мужчины располагались у водопада в низине. Однажды я увидел, как какая-то женщина бежит вниз по тропинке и кричит кому-то из мужчин: «У тебя сын родился!». Все поспешили наверх. И вот я вижу, как та женщина, которая только что родила, минут через двадцать поднялась на ноги, завернула сына в шаль и вместе со всем караваном тронулась в путь. Я ощутил какой-то внутренний толчок, потрясение, меня била дрожь. Почему, думал я, афганская женщина должна рожать на земле, среди камней, как дикое животное? Тогда у меня, поверьте, и мысли не было ни о какой революции, мне просто было больно и стыдно, гнев душил меня. Ведь я любил свою землю и свой народ. Как же так? Что это? Почему он должен жить хуже всего рода человеческого?»
Эти впечатления и сам эпизод, видимо, глубоко запали в душу Наджибулле, и впоследствии он скажет: «Революция может быть только с народом, а не над народом. Афганская нация — исламская нация. Поэтому афганские революционеры обязаны не только учитывать принципы ислама, но и постоянно руководствоваться ими. Если вы идете к народу не по убеждению, а только по соображениям политическим, тактическим, успех ваш будет недолгим, народ быстро разберется, с кем вы — с ним или хотите просто добиться выгоды и власти за его счет». Объясняя мотивы, которыми он руководствовался в своей революционной деятельности, он говорил: «Некоторые думают, что мы ринулись в революцию за личной карьерой. А ведь иные из нас могли бы жить в достатке и при прежних режимах, да и высокими постами многие не были бы обижены. Но если в человеке преобладает человеческое, то он думает не только о своей тарелке, он смотрит на мир шире. И чужие боли воспринимает как свои». Этому нравственному выбору Наджибулла остался верен до последнего часа жизни.
Говоря о нем, нельзя обойти еще одну сторону его политической биографии: его судьба и становление личности оказались тесно связанными с КГБ СССР в целом и внешней разведкой в частности. Здесь нет преувеличения. С Наджибуллой неоднократно встречались, беседовали и уделяли ему постоянное внимание Ю.В. Андропов, В.А. Крючков, другие руководители КГБ. В Кабуле в бытность его начальником органов госбезопасности с ним практически ежедневно вели деловые беседы представители КГБ В.Н. Спольников, Б.Н. Воскобойников, Н.Е. Калягин, В.П. Зайцев, В.А. Ревин, их заместители, другие опытные разведчики, работавшие тогда в Афганистане. Причем встречи эти проходили как в официальной, так и в неформальной обстановке. Советники по линии внешней разведки, как правило, были не только работниками с большим опытом специальной службы, но и востоковедами, знавшими специфику Востока и Афганистана не понаслышке, а на практике. Они быстро устанавливали деловые и личные контакты с Наджибуллой, всегда имели темы для интересных бесед, знали, как лучше подойти к решению профессиональных задач.
Нет сомнения в том, что все это вместе оказало заметное влияние на формирование Наджибуллы как руководителя органов безопасности, как политического и государственного деятеля, будущего президента Афганистана. Есть и еще один важный аспект в этом вопросе. С Наджибуллой довольно часто общались и обсуждали актуальные политические и международные проблемы первые лица советского руководства, ЦК КПСС, Министерства обороны, МИД, МВД, других ведомств СССР. В Москве его хорошо знали. В отличие от Б. Карма-ля, любителя ораторствовать, рассуждать и говорить на отвлеченные темы, Наджибулла был прежде всего человеком дела, это его качество много раз подтверждалось на практике, когда он возглавлял органы госбезопасности, да и впоследствии. Оно, думается, во многом определило выбор Кремля для продвижения его на высший государственный пост Афганистана. Лучшей кандидатуры тогда найти было просто невозможно.
Вклад советской стороны в строительство, становление, развитие и укрепление афганских органов безопасности, без преувеличения, очень велик и, главное, конструктивен. При прямом участии КГБ и под руководством Наджибуллы они превратились из карательных, какими были при Н.М. Тараки и X. Амине, в современную, квалифицированную и дееспособную спецслужбу, которой было по плечу решать насущные вопросы обеспечения безопасности государства в сложной обстановке, в условиях войны. Репрессивные ее функции в целом носили ограниченный характер, хотя, понятно, в годы войны без них также нельзя было обойтись. Число арестованных и осужденных при Наджибулле резко сократилось. За те годы, что он возглавлял органы безопасности, он стал настоящим профессионалом, не только руководил Службой со знанием дела, пользовался заслуженным авторитетом ее сотрудников, но и сам лично принимал участие в отдельных операциях, работал с агентурой.
На счету афганских органов безопасности того времени было немало успешно проведенных операций разведывательного и контрразведывателыюго характера, а также военно-диверсионных мероприятий. Противники режима были вынуждены с ними считаться. ХАД-СГИ-МГБ сумели создать обширный и работоспособный агентурный аппарат, в том числе в «исламских партиях» и боевых отрядах моджахедов, воевавших с кабульским правительством. В контакте с советниками КГБ Наджибулла лично занимался планированием и реализацией специальных операций, контролировал их ход и результаты. Сведения, добытые Службой, учитывались командованием Ограниченного контингента советских войск (ОКСВ) и афганской армии. Важным направлением деятельности Наджибуллы в тот период была его непосредственная работа с вождями многих пуштунских племен, обстановку и расстановку сил в зоне племен он знал хорошо и, можно сказать, детально. Участие органов безопасности в осуществлении политики национального примирения (ПНП) он считал обязательным и приоритетным. Много внимания он уделял формированию и подготовке боеспособной национальной гвардии, отрядов спецназа, службы охраны, лично занимался налаживанием политико-воспитательной работы в органах безопасности. Он сам и органы безопасности под его руководством немало сделали в борьбе с детской беспризорностью, оказывали реальную помощь подшефным детским домам.
Негативно настроенные к Наджибулле СМИ западных стран не раз пытались изобразить его жестоким тираном, даже называли его «палачом» из-за его работы в системе органов безопасности. Это не так. Деятельность афганских органов безопасности под его руководством даже близко нельзя поставить с тем массовым, кровавым и бессмысленным террором, который царил в стране при Тараки и особенно при X. Амине и осуществлялся их спецслужбами.
По своему характеру и личностным данным Наджибулла вовсе не отличался беспощадностью, хотя в нужные минуты мог проявить твердость, а иной раз и жестокость. Он был сыном своего народа, и как афганцу ему, несомненно, были свойственны и хитрость, и коварство, и лукавство. Но факт остается фактом: при нем гуманные дела и терпимость явно преобладали в работе ХАД-СГИ-МГБ над их карательными и репрессивными функциями. Нельзя не учитывать и афганские, в частности пуштунские, обычаи, традиции, устойчивые мерки, которыми они привыкли мерить людей. Они уверены, что начальник должен быть властным, твердым и авторитетным, а при необходимости — решительным и даже жестоким, иначе он не начальник. Если он многословен, если он не приказывает, а уговаривает, а еще хуже — упрашивает, то такой человек не может быть руководителем, не может заслуживать доверия, его будут считать слабым и никчемным начальником. Наджибулла, конечно, учитывал эти особенности афганцев, однако, как правило, не повышал голоса, распоряжения его были краткими и ясными. В глазах и его сторонников, и его противников Наджибулла был сильной личностью, с ним считались, его побаивались. Иметь дело с ним соглашались даже непримиримые противники кабульского режима. Известный полевой командир Ахмад Шах Масуд даже предлагал ему свою помощь, чтобы он не попал в руки наступавших в 1996 году на Кабул талибов. Важно отметить при характеристике Наджибуллы как руководителя тот факт, что он, несмотря на свою принадлежность к «парчамистскому» крылу НДПА, сумел остаться вне фракционной борьбы и внутрипартийных распрей. Пожалуй, он был одним из очень немногих «парчамистов», которого функционеры «халькистов», занимавшие руководящие посты в армии, МВД, других ведомствах, признавали и с которым были готовы сотрудничать.