21 апреля 1826 года одним из первых своих рескриптов на имя министра внутренних дел новый император России Николай I подтвердил запрещение деятельности масонских лож. А в начале 1826 года Николай Павлович пишет начальнику Главного штаба Дибичу: "По всему делу видно, что в Одессе должно быть гнездо заговорщиков". Почему центр, по мнению императора, находился в Одессе, остается загадкой…
В 1826 году в Одессе, как и во всей империи, прошла новая компания "поиска масонов", причем в своем масонстве признались и давали показания о своем участии в масонских ложах: Ж. Лоран и М. Калинеский, Г. Виард, Ж. Лоран, А. Пиллер… Но масоны продолжали работать в Ришельевском лицее — Дудрович проработал в нем до 1837 года, Виард и Пиллер — до преобразования лицея в Новороссийский университет. В то же время в 1822–1828 годах некоторые профессора — масоны самостоятельно покинули Ришельевский лицей или были уволены из лицея.
С 1828 года установился особо строгий полицейский надзор за деятельностью "тайных масонов". Полиция проводила многочисленные обыски, реквизицию масонских книг, бумаг и реманента, предупредительные задержания отдельных масонов. Из библиотеки Ришельевского лицея изымались и уничтожались "подозрительные книги". В ответ на это в масонских ложах империи было упразднено ведение протоколов заседаний, отменено всякого рода письменное делопроизводство и запись членов. Единственны ми документами, сохраняемыми в письменном виде, был устав, регламент русских лож и масонская Конституция. Эти документы тщательно хранились в тайниках и вынимались из них только для прочтения новому члену после его принятия в ложу.
Большинство масонских братьев навсегда позабыло дорогу в ложи и со страхом вспоминало "грехи молодости". Но часть масонов, до 25 % состава лож, ушло в глубокое подполье, отдельные масонские мастера проводили инициации считанных новичков и никоим образом не распространяли информацию о масонстве. Только немногие, из числа "просветлённых" и наиболее преданных ордену братьев высоких степеней в глубокой тайне продолжали свою деятельность. Запрещение масонства, в некоторой степени, было полезным для масонского движение, которое уже к началу 20-х годов XIX века стремилось избавиться от случайных людей в ложах, оградить ложи от заговорчества и экстремизма декабристов, поднять планку нравственности и христианских ценностей. Не помог ли сам император масонам, таким образом, "очиститься", ведь у масонских лож того времени не было реального механизма "чистки" лож. "Подполье" предохранило масонские организации от вырождения и отточило масонскую конспирацию и систему масонской взаимопомощи.
Запрещение тайных обществ больно ударило, прежде всего, по официальным масонским структурам, но на тайные работы масонов — "шотландцев" высших степеней, розенкрейцеров и мартинистов оно повлияло мало. Небольшие группы масонов — мартинистов в 10–15 "братьев" — продолжали существовать в Москве, Петербурге (возможно в Киеве) беспрерывно.
Столичные розенкрейцеры объединились вокруг тайной ложи "Теоретического градуса", во главе с Сергеем Степановичем Ланским (Великий мастер Провинциальной ложи и будущий министр внутренних дел во время подготовки Великой реформы). В своей речи на открытии ложи "Теоретического градуса" Ланской говорил о "тайных начальниках" и "невидимом капитуле", от имени которых он руководит ложей. И хотя в 1828 году, хранившиеся в ложе масонские рукописи были изъяты полицией, через месяц собрания ложи "Теоретического градуса" были возобновлены. "Капитул Феникс", объединявший масонов высоких градусов в Российской империи, несмотря на запреты, продолжал собираться до 1830 года в столице. В конце 1820-х годов, на короткое время, возобновилась тайная деятельность Великой ложи "Астреи". Тайную масонскую ложу в Москве до начала 1860-х годов возглавлял Сергей Павлович Фонвизин. В Москве до 1863 года (а возможно и до 1900 года или беспрерывно до 1918 года) проходили заседания "Теоретического градуса" масонов — розненкрейцеров.
Последнее ритуальное посвящение в ложе относится к 1850 году. И хотя некоторые исследователи подчёркивают, что "масонские встречи продолжались по 1899-й год", последним официальным масонским актом в России стал акт закрытия работ "Теоретического градуса" в 1863 году.
Из провинциальных масонских лож, действующих после запрета 1826 года до середины 1830-х известны тайные масонские ложи в Вологде, Симбирске, Иркутске, Саратове, Одессе.
Князь И. В. Долгоруков отмечал, что масонство тогда превратилось "…в общество взаимного вспомоществования и поддержки взаимной; богатые люди щедро помогали бедным. Люди влиятельные, сильные, имеющие связи, усердно покровительствовали своим собратьям" (примеры судеб Шевченко и Айвазовского). А масон Пржецловский, в своих мемуарах, пишет, что масонство составляло "…едва ли не единственную стихию движения в прозябательной жизни того времени; было едва ли не единственным центром сближения между личностями даже одинакового общественного положения". Масон С. Д. Нечаев (будущий обер-прокурор Святейшего Синода) в своих заявлениях пошел еще дальше. Он писал: "Невидимые министры, управляющие миром, прозорливее и дальновиднее обыкновенных вельмож, которые приписывают своему благоразумию сохранение общественного порядка. Есть и невидимая полиция, с которой мирская полиция есть один сколок, весьма несовершенный и часто карикатурный".
В Одессе тайная масонская ложа (возможно под тем же названием "Понт Евксинский") собирались во второй половине 20-х годов и начале 30-х годов XIX века в доме князя Барятинского, который находился тогда на самой окраине города — в Барятинском переулке. Дом Барятинского стоял на береговом обрыве над морем, на крутой известняковой скале изрытой катакомбами, где масоны хранили свои ритуальные вещи. Современники упоминают о тайных встречах масонов в этом доме. Полиция Одессы, стремясь раскрыть "масонский заговор", не раз устраивала обыски и "облавы" во время масонских "работ". Но масоны славились своей неуловимостью. Дома, где собирались ложи, были связаны с системой катакомб и подземных ходов, и масонам всегда удавалось вовремя скрыться от полиции. "Облавы" ничего не давали. Масоны, предупрежденные об облавах, "уходили сквозь землю" — через потайные подземные ходы в катакомбы.
Возможно, в усадьбах местных греков около Александровского парка — Маврокордато, Карузо, Ралли (участок современных домов №№ 5, 7, 9, по Канатной улице и по левой стороне переулка Барятинский, на будущей улице Маразлиевской) собиралась и ушедшая в глубокое подполье "Анотолийская ложа", в которую входили одесситы греческого, сербского и румынского происхождения. До какого времени существовала эта ложа, мы не знаем, но в 1823–1824 годах, уже после запрещения масонства, она продолжала "работы", а в 60-е — 80-е годы XIX столетия сведения о ее работах в Одессе вновь "всплывают". Она была подчинена зарубежному масонскому центру (греческому? румынскому? итальянскому?). В нее входили, в основном, греческие купцы и общественные деятели: Ралли, Маразли, Зорифи, Маврокордато, Родоканаки, Карузо, Трооки.
На другой окраине города, там, где заканчивалась Молдаванка и начинается Водяная балка, существовал второй тайный масонский центр — тут находилась дача Ришелье, хутор Гогеля и хутор Телесницкого, которые служили прибежищем масонам. Недалеко от этих "центров", на Банковской, был возведен роскошный дом — дача князей Разумовских (иногда этот дом именуется дворцом). До 1835 года по Одессе распространялись слухи, что на даче Разумовских тайно собираются масоны.
Властям казалось, или они просто делали вид (прежде всего генерал — губернатор Воронцов), что масоны свернули свою деятельность в Одессе. В действительности, одесские масоны разделились на несколько небольших тайных лож, куда входило по 15–25 человек, в члены которых новых кандидатов выбирали годами.
О "братьях", собиравшихся в масонских ложах Одессы во второй половине 20-х, в 30-е годы XIX столетия, и хорошо умели конспирировать свою деятельность, нет никакой информации. Можем только догадываться, что масонством тогда "занимались": братья Разумовские, князь Барятинский и Иван Васильевич Сабанеев (генерал от инфантерии — член "военных лож" русской армии), Павел Яковлевич Марини (управляющий делами канцелярии Воронцова, внебрачный сын неаполитанского посланника в Константинополе графа Людольфа), Викентий Леонтьевич Шемиот (помещик Херсонской губернии, бывший действительный статский советник, в начале 20-х гг. XIX в. — Екатеринославский гражданский губернатор) и др.
В 30-е годы XIX века Одессу несколько раз посещал известный поэт и наставник наследника престола Александра Николаевича, Василий Андреевич Жуковский, который так же был масоном высших степеней.
В 1837 году российской полиции были предоставлены широкие права в борьбе с масонами в Российской империи. Значит, было с чем бороться… Но в Одессе полиция оказалась бессильной…
В середине 30-х годов XIX века М. Л. Магницкий передает императору доносы — "записки" против масонов, они, по его мнению, еще плетут нити заговора в империи: "Обличение всемирного заговора против алтарей и тронов публичными событиями и юридическими актами" и "О водворении иллюминатства под разными видами в России". Магницкий впервые соединил масонство с еврейским заговором, связав масонов и евреев (отсюда идет обвинение "жидомасон"), центром заговора против русского трона Магницкий определил Лондон. Необходимо заметить, что в русские ложи (вплоть до начала XX века) евреев не принимали, за исключением одного случая в ложе "Понт Евксинский".
Любопытное описание масонских лож той поры можно найти в нашумевшем романе А. Ф. Писемского "Масоны" (С — Пб. 1880). Писемский уверен, что масоны в 30-х годах XIX столетия в империи были, хотя в большинстве исторических трудов утверждается, что с 1822 по 1906 годы "настоящих" масонов в Российской империи не существовало. В романе Писемского показан российский губернский город, в котором многие представители элиты — тайные масоны, и масонская деятельность не прекращается, несмотря на указы императоров.