Политическое дистанцирование от России дополняется религиозным. Еще в 1991 г. Митрополит Киевский и всея Украины Филарет (Денисенко) провозгласил курс на церковный сепаратизм, на автокефалию УПЦ от Московского Патриархата. В Московском Патриархате не уверены, что власти Украины остановят насилие в отношении православных, в частности, попытки захватов храмов канонической Украинской православной церкви (Московского Патриархата), осуществляемые на юге и востоке страны.
Проблема сепаратизма на Украине имеет еще и «восточное измерение». Идея отхода Восточной Украины к более стабильной и зажиточной России давно витает в умах некоторых политиков по обе стороны границы.
Национализм, имеющий многочисленные антироссийские проявления, для правящих кругов страны является средством закрепления прозападного и проамериканского курса. В свою очередь, для США независимая от России Украина является фактором стратегической значимости вследствие того, что она представляет собой важнейшего партнера Вашингтона среди стран СНГ.
В военно-политической области американским интересам не может не отвечать вытеснение с Черного моря российского флота. Севастопольский суд потребовал от МО РФ передать украинской стороне 18 из 22 объектов навигационно-гидрографического обеспечения, находящегося в Крыму. Кроме того, в суде Севастополя продолжается рассмотрение иска Генпрокуратуры к МО РФ о передаче еще 82 объектов навигационно-гидрографического обеспечения. Украинские власти хотели бы осуществить приватизацию объектов ЧФ задолго до 2017 г. ввиду стремления стать членом НАТО. Пока же, согласно официальной позиции украинского МИДа, Киев не намерен продлевать после 2017 г. срок пребывания ЧФ на своей территории.
Украина уже изменила порядок использования военно-морских полигонов на Черном море. В российско-украинских соглашениях 1997 г. говорилось о том, что ВМС Украины и России должны совместно проводить военно-морские маневры, стрельбы и другие боевые упражнения. Теперь сбор-походы проходят порознь. России выделены такие сектора, которые непригодны для ведения стрельб.
Таким образом, ряд сепаратистских тенденций на Украине, помимо естественных этнических, экономических и демографических причин, связаны со стремлением определенных политических сил в этой республике и за ее пределами не допустить создания союза славянских государств, а также укрепления роли России в постсоветском пространстве. Вследствие разнообразных обстоятельств представители украинской интеллектуальной элиты, которые участвуют в формулировании национальных интересов своей страны, утверждают, что «отношения Украины и России весьма трудно представить как стратегическое партнерство или стратегический союз», а с другой стороны, «с Турцией у Украины совпадают интересы по многим важным позициям».
Сепаратизм в Республике Молдова проявил себя с особой силой после распада СССР вследствие резко отрицательной реакции местных политиков и населения Приднестровья на желание тогдашнего молдавского правительства включить страну в состав Румынии.
Начало острого конфликта в Приднестровье было связано с массовыми беспорядками, которые явились реакцией на принятый в Кишиневе закон о государственном языке, ущемлявший представителей национальных меньшинств — прежде всего украинцев, которых в Молдове насчитывалось 14 %, и русских— 13 %. Весной-летом 1992 г. конфронтация между руководством Молдовы и Приднестровья вылилась в настоящую войну. Кульминацией ее явились широкомасштабные боевые действия в районе Дубоссар, Бендер и Тирасполя. Вооруженное противостояние привело к многочисленным жертвам и большим разрушениям в ряде населенных пунктов страны. Итогом этого вооруженного конфликта стало образование Приднестровской Молдавской Республики (ПМР), которая расположена по левобережью Днестра в границах бывшей Молдавской ССР. Приднестровская республика создавалась под флагом интернационализма, полиэтничности и была призвана защитить православно-славянскую цивилизацию. Основные этнические группы — молдаване (около 30 %), украинцы и русские (в общей сложности около 60 %). В ПМР живут 80 тыс. граждан России. Относительно потенциала Молдовы Приднестровье составляет по территории 12 %, по численности населения— 17 %, а по объему валовой продукции промышленности — 35 %. На территории ПМР действуют такие крупные предприятия, как Тираспольский завод литейных машин, завод авторефрижераторов, завод «Молдавкабель», заводы «Электромаш», «Электроаппарат» и другие. Почти 90 % продукции ПМР идет в Россию и другие страны СНГ. На территории ПМР действуют около 100 почти независимых от экономики Молдовы предприятий. В течение длительного времени длится переговорный процесс между руководителями Приднестровья и Республики Молдова, однако эффект от них незначительный.
Кишинев выступает за предоставление Приднестровью широких прав автономии в составе Молдовы. Эта позиция не находит поддержки у руководителей и большинства населения Приднестровья, которые не могут забыть кровавые бесчинства своих противников. В настоящее время обе стороны располагают примерно равными по численности вооруженными силами — 7 тыс. человек у ПРМ и 8 тыс. у Молдовы.
В соответствии с решениями Стамбульского саммита Россия должна осуществить вывод своих войск из Приднестровья до конца 2003 г. Позиция России сводится к тому, что вывод ее войск должен быть синхронизирован с процессом разрешения приднестровского конфликта.
Руководство ПРМ против вывода российских войск из Приднестровья в отсутствии правовых гарантий рецидива вооруженного противостояния. Права более 700 тыс. человек не могут быть «непризнанными» только потому, что живут в «непризнанной» республике. В международных документах, посвященных соблюдению прав человека, говорится о том, что эти права не зависят от статуса региона или страны.
Молдавские политики призывают применить экономические и другие санкции, чтобы заставить Тирасполь быть более сговорчивым. Если ОБСЕ пойдет по такому пути, то займет такие же позиции, как и НАТО в Косово, то есть выступит в поддержку только одной стороны, что в конечном итоге не может привести к урегулированию конфликта.
НАТО, Евросоюз, а также Украина намерены активно включиться в урегулирование конфликта в Приднестровье, используя не только военно-политические, но и экономические средства. К экономическому сотрудничеству с Приднестровьем привлекаются многие страны Европы. Кишинев приветствует это сотрудничество, поскольку считает, что тираспольский режим во многом держится на штыках российских миротворцев.
В силу сложившихся исторических обстоятельств Приднестровье является узлом острых противоречий, который США намерены как можно скорее разрубить. С геополитической точки зрения уход российских войск из Приднестровья окончательно замкнет цепочку военной опеки США над Россией по всему периметру ее границ (Молдавия, Украина, Центральная Азия, Закавказье), а также необратимо разрушит баланс сил во всем Причерноморье.
Неурегулированность внутриполитических проблем, дополненная экономическими трудностями, подталкивает отдельных политических деятелей Республики Молдова нагнетать обстановку по созданию великой Румынии. Вывод российских войск с территории республики, которого активно добиваются и страны НАТО, и власти Молдовы, может привести к появлению в республике сил альянса.
Наличие острых проблем в Закавказье связано прежде всего с военным противостоянием между Азербайджаном и Арменией из-за Нагорного Карабаха. В многонациональном Азербайджане еще с советских времен были свои этнические проблемы, но лишь одна из них вылилась в полномасштабную войну с армянским населением Нагорного Карабаха (НК) и Арменией.
По статистике армяне составляли 70–75 % населения Нагорного Карабаха, где проживали 150–160 тыс. человек. В январе 1992 г. была принята Декларация о государственной независимости Нагорно-Карабахской республики (НКР), уже имевшей все атрибуты независимого государства. Азербайджан, несколько месяцев до этого упразднивший НКАО Азербайджанской ССР, начал полномасштабные военные действия против молодой республики. В результате военного противостояния погибли примерно 50 000 человек с обеих сторон, вынужденными переселенцами стали 250 тыс. азербайджанцев из Армении и 400 тыс. армян из Азербайджана. Кроме анклава Нагорного Карабаха, было захвачено еще шесть районов Азербайджана, что привело к появлению 800 тыс. беженцев в своей стране.
В результате боевых действий обозначилась четкая линия противостояния, и в мае 1994 г., к моменту подписания Бишкекского протокола о перемирии, под контролем карабахской стороны оказались вся территория бывшей НКАО и часть азербайджанской территории. Иначе говоря, была прорвана блокада НКР и восстановлена прямая связь с Арменией. С другой стороны, Азербайджан занял весь Шаумяновский район, часть Мардокертского и Мартунийского районов Нагорного Карабаха. Таким образом, развитие карабахского конфликта привело к возникновению блока проблем, связанных со статусом Нагорного Карабаха, оккупированными обеими сторонами территориями, а также наличием большого количества беженцев.
Минская группа ОБСЕ по Нагорному Карабаху включилась в процесс урегулирования карабахского конфликта в 1993 г. и способствовала переходу его в стадию поиска политического урегулирования. По мнению Баку, ОБСЕ потакает Еревану, а компромиссы, которых добивается эта организация, не отвечают национальным интересам Азербайджана.
В последние годы Минская группа ОБСЕ все активнее выдвигала тезис в пользу развертывания экономического сотрудничества Армении и Азербайджана. Очевидно, на этом пути Запад видит не только возможность устранения напряженности в регионе и разворачивания своих инвестиционных программ, но и снижения военно-политического влияния России в регионе. Однако такие предложения постоянно отвергались Азербайджаном, который считал невозможным какое-либо сотрудничество со страной, оккупирующей его территории, до разрешения конфликта.