Для того чтобы разрушить деградировавшую феодальную систему сипахов, государство должно было увеличить численность регулярной армии. Это относилось как к янычарам, так и к другим получавшим жалованье войскам, причисленным ко двору султана, которые включали таких «людей султана», как регулярные сипахи Порты. Для этого были нужны новые источники вербовки. Невольников христианского происхождения, которые были захвачены в бою или куплены, для этой цели было уже недостаточно. Впервые стало необходимым зачислять в большом количестве на военную службу подданных мусульманского происхождения, ранее не допускавшихся в ряды вооруженных сил, как и в гражданскую администрацию. Их вербовали не только в янычары, но и в другие виды войск регулярной армии, капыкулу.
Это означало «разжижение» войск: внедрение новых смешанных элементов, становившееся причиной изменений в их эксклюзивном характере, глубоко затронуло не только воинскую дисциплину, но и тот дух командной солидарности, который был основой османской армии.
Уже и янычарам во время все более частых случаев безделья в казармах разрешалось работать ремесленниками, пополняя свое жалованье доходом от продажи изготовленных ими изделий. Так, впервые занявшись коммерцией, воины стали сливаться с гражданским ремесленным населением Стамбула и других гарнизонных городов. Они, по существу, становились городскими жителями, утрачивая дисциплину и готовность воевать. Все это, наряду с тем, что начиная с правления Сулеймана янычарам было разрешено жениться, неизбежно вело к усилению среди них, как и среди управленческого и земельного классов, наследственного принципа. Отсюда оставался лишь один шаг до допуска их сыновей в корпус. Первоначально, поскольку это был корпус, сформированный из рабов, это приходилось делать в обход закона, так как было незаконным превращать в раба человека, рожденного мусульманином. Но при Селиме II была официально установлена определенная квота на их допуск. Наконец, при Мураде IV традиционный набор только рабов христианского происхождения, как в янычары, так и в ряды других служащих султана, был полностью упразднен и тем самым узаконен процесс, который уже стал свершившимся фактом.
Начиная с последней декады XVI века и далее они становились, как и их хозяева-султаны, слабее, все более несдержанными и категоричными в своих требованиях. В 1589 году янычары всерьез обеспокоили Мурада III, протестуя против нового снижения курса металлических денег, в которых они получали жалованье. Впервые в истории они штурмом проложили себе дорогу в Сераль, где проходило заседание дивана, и потребовали головы министров, ответственных за обесценивание денег.
Предпочтя не встречаться с мятежниками лично, султан отступил перед их превосходящими силами, санкционировав две казни. Еще дважды за последующие три года янычары успешно использовали свои преимущества, потребовав и добившись смещения подряд двух великих визирей. В 1593 году подняла восстание султанская охрана из регулярной кавалерии, сипахи Порты. На этот раз, повернув против них оружие, янычары сами восстановили порядок, причем власти проницательно воспользовались — как это будет и впредь — соперничеством между двумя родами войск. Позже другие подобные восстания войск султана сотрясали различные провинции империи. Вассальному княжеству Молдавии янычары достаточно дерзко навязали, в ответ на взятку, губернатора по своему усмотрению, который, однако, был вскоре смещен с должности за невыплату дани. Позже этот губернатор был ограблен и убит самими же янычарами в Стамбуле.
Начиная с 1596 года более серьезные беспорядки возникли в Анатолии, которая в тот момент была ввергнута в состояние полной анархии мятежными элементами, известными как джелали. Дворцовые войска были теперь размещены в Анатолии в значительном количестве. Параллельно возросло число секбан, нерегулярной пехоты и кавалерии, которых вооружили мушкетами, чтобы стать, под началом губернаторов, основной провинциальной армией. Однако в мирное время, не получая никакой оплаты и завидуя привилегиям регулярных имперских войск султана, секбаны становились источником постоянных беспорядков — банды безземельных, лишенных корней крестьян толпами скитались по сельским местностям как бандиты и грабители.
Джелали пополняли свои силы из этих солдат нерегулярных войск, безработных секбан; туркоманских, курдских и других азиатских племен; и, не в последнюю очередь, из лишившихся земельной собственности сипахов. Большая их группа вместе с другими солдатами нерегулярных войск, все дезертиры из армии в Европе, подверглась безжалостным наказаниям со стороны их командиров и была вынуждена бежать как фирары (беглецы) в Анатолию, выходцами из которой было большинство из них. Дополнительные силы вливались в ряды джелали из тех нерегулярных войск, направленных провинциальными властями на их подавление, которые нередко предпочитали присоединиться к мятежникам. Первоначально, в попытке взять все эти силы под контроль, правительство, сосредоточенное на подготовке кампании в Венгрии, назначило одного за другим двух командиров-вербовщиков, чтобы пополнить войска. Но те сами восстали вместе с мятежными войсками, вымогая у населения деньги и продовольствие на их содержание.
Наиболее способный из этих двух командиров, Кара-Языджи, собрал вокруг себя повстанческий отряд джелали в несколько десятков тысяч человек, в основном из недовольных элементов в Анатолии. Объединенные в большие группы, они вынуждали города платить дань и в результате стали доминирующей силой в ряде провинций Центральной Анатолии. Джелали, оттесненные правительственными силами в Юго-Восточную Анатолию, оказали сильное сопротивление в крепости Урфа. После смерти Кара-Языджи восстание распространилось по всей Анатолии под руководством его брата Дели-Хасана, или Хасана Бешеного, который присвоил себе титул шаха и, после разгрома губернаторов ряда провинций, хвастался: «Я сбросил в этих странах османскую власть, и теперь мне принадлежит безраздельное господство».
В последовавшем массовом исходе крестьян, ставшем известным как Великое бегство, крестьяне, уходившие массами от людей Хасана Бешеного, рассеивались на больших территориях, бросая собственные деревни и укрываясь в крепостях. Более зажиточные анатолийцы бежали в Стамбул, Румелию и даже в Крым. В конце концов Дели-Хасан был принужден центральным правительством сложить оружие и в качестве компенсации был назначен губернатором Боснии. Это позволило ему использовать свои неуправляемые войска в Европе. В ходе нового вторжения полуобнаженных длинноволосых азиатских «варваров» была опустошена Румелия, причем убивали как мусульман, так и христиан. Но в 1603 году «варвары» были наконец истреблены на берегах Дуная войсками венгров.
Восстание в Анатолии продолжалось, пока правительства тщетно пытались вновь утвердить свою власть. Большая часть ее территории стала разоренной пустыней с заброшенной, необрабатываемой землей, что вызвало вспышки голода. Последовавший отказ крестьян от земли привел к ее присвоению военными лидерами и другими лицами. Они создавали крупные частные поместья, которые чаще превращали в ранчо, выращивая крупный рогатый скот и, следовательно, радикально меняя традиционную аграрную ориентацию землепользования во всей Анатолии.
Восстания джелали препятствовали всем усилиям османского правительства сформировать имперскую армию для возобновления войны против Персии. В 1603 году шах Аббас, активно восстанавливавший боеспособность персидских армий, воспользовался моментом, чтобы начать наступление. В ходе его он быстро вернул Тебриз, бывшую столицу своего отца, Эривань и взял османскую крепость Карс. За пять лет шах вновь занял различные провинции, отданные туркам его предшественником, и фактически разрушил ненадежную структуру османского правления на Кавказе, которая подтвердила свой временный характер. Легко отражая контрнаступления, шах смог в 1612 году навязать мирное соглашение, по которому турки уступили большую часть территории, приобретенной ими по мирному договору 1590 года.
К этому времени на трон взошел очередной незначительный султан, уже четвертый после смерти Сулеймана. Это был Ахмед I, четырнадцатилетний внук Мурада III и сын Мехмеда III. Мурад заранее получил предупреждение о смерти во сне одного своего фаворита, за которым последовал спазм желудка. Перенесенный в беседку на берегу Босфора, Мурад лежал, наблюдая за проплывавшими за окнами кораблями. Его музыканты наигрывали меланхоличную мелодию, под которую он шептал слова: «Приди и присмотри за мной сегодня, о Смерть». Две египетские галеры произвели салют, от которого разбилось стекло купола беседки. Осколки рассыпались вокруг, заставив султана заплакать. «В другое время, — жаловался он, — залпы целого флота не разбили бы это стекло, а теперь оно раскололось… Эта беседка есть беседка моей жизни». Перенесенный обратно во дворец, султан на следующий день скончался.
Первым деянием его сына, наследовавшего ему под именем Мехмеда III, было удушение немыми слугами его девятнадцати братьев — крупнейшее братоубийство в османской истории. Затем он устроил торжественное государственное погребение, захоронив братьев с почестями рядом с отцом, в гробах, украшенных тюрбанами и плюмажем. Тем временем шесть беременных рабынь, их фавориток из гарема, были зашиты в мешки и брошены в Босфор, чтобы не смогли дать жизнь претендентам на трон. Позже Мехмед предал смерти своего собственного сына и преемника Махмуда, несмотря на молодость, умного и энергичного человека, который просил доверить ему командование армиями, сражавшимися с мятежниками в Анатолии, тем самым возбудив завистливую подозрительность отца. Мать Мехмеда и фавориты были брошены в тюрьму и позже разделили ту же участь. Когда сам Мехмед вскоре после этого скончался, на надгробии было высечено изречение: «Всемогущий Аллах сказал: все обращается в прах, кроме здравого смысла, и они вернулись к тебе».
Мехмед III был последним наследником престола, которому довелось служить провинциальным губернатором и, как следствие, приобрести опыт ведения государственных дел при жизни своего отца. С тех пор из-за опасения восстаний все принцы крови постоянно содержались в Серале, отрезанные от мира, в здании, известном как «Клетка», и не имели подобного опыта. Мехмед находился целиком под влиянием своей матери, венецианской фаворитки отца, султанши Валиде Баффо. Министры Мехмеда стремились, чтобы, следуя примеру предшественников, султан лично возглавил свои армии в войне против Венгрии, которая уже много лет тянулась с переменным успехом. Говорили, что его присутствие могло возродить боевой дух солдат после потери Грана и других османских городов. Но султанша возразила против этого плана, боясь отпускать султана из Стамбула и, следовательно, из сферы своего влияния. Она предпочитала отвлекать сына, тщательно подбирая ему наложниц.