Таким образом, в прибрежных частях страны имелось немало греков, которые поддерживали тесные и постоянные контакты с Западом.
Внутри материковой части Греции преобладали менее гибкие настроения. Османская администрация сохраняла жесткий контроль над населением, направляемый не на поддержание благосостояния и обеспечение безопасности, а на сбор налогов, нередко к выгоде коррумпированных пашей, эти налоги вводивших. Но прямое вымогательство турецких чиновников было в каком-то смысле меньшим из зол. Куда хуже был контроль греческих официальных классов — землевладельцев, принявших ислам ради сохранения своей собственности и власти, или чиновников из местной администрации, старейшин и старост, примасов и коджа-баши (старост) деревень и поселков. Их задачей, как агентов турецких чиновников, было обеспечение поступления налогов от соответствующих общин, и в качестве откупщиков они усвоили методы своих османских хозяев. Пользуясь привилегированным положением для поддержания законности и порядка и нередко злоупотребляя им, они часто были жестокими притеснителями своих христианских единоверцев.
По-своему угнетающим было и христианское духовенство, консервативное в своих воззрениях, которое, как часть общественной организации, пользовалось покровительством султана и обладало широкой властью над греческим населением. Отсюда преобладание — среди духовных лиц, землевладельцев и местных чиновников — шкурных интересов греков, которым было что терять, окажи они поддержку любому переходу от греческого культурного ренессанса к греческой политической революции с требованием независимости. Поэтому идея греческой нации, в отличие от греческой религии и языка, приобретала конкретные формы намного медленнее.
С течением времени этот процесс активизировался, стимулируя использование военной силы для достижения национальных целей, и его представителей среди греческого населения оказалось два. Первыми стали клефты, дикие, не признающие никаких законов банды, которые с давних пор скитались по горам, избегая подчинения туркам и живя за счет грабежей и насилия. Их традиционная профессия разбойников теперь воспринималась греками не как простая жажда наживы, а как почетное и законное средство борьбы против тирании турок. Тем самым они стали патриотическим центром борьбы за греческую национальную идею. Клефты действовали в отдельных горных районах материка — в Морее, Эпире и Румелии, помимо Крита и других островов, и возглавляли их влиятельные наследственные вожди, которым суждено было стать политическими лидерами предстоящей революции. Турки вооружили против них христианскую жандармерию, арматолов, которые на деле нередко принимали сторону клефтов.
У клефтов имелись аналоги на море среди не знающих страха островных и прибрежных пиратов, которые жили пиратством, так же как и их сухопутные собратья жили грабежом. Присущий тем и другим дух авантюризма черпал примеры и опыт из морских и сухопутных операций англичан, которые привели к захвату Ионических островов у Наполеона в 1814 году. Водружение на этих островах британского флага помогло стимулировать стремление к свободе, вызвав революцию на материковой части Греции.
Но для успеха восстания его необходимо спланировать и систематически координировать. Здесь важную роль сыграло сообщество греческих купцов с его широкими связями, как в Греции, так и за рубежом. Его организационным центром стала «Филики Этерия», или «Общество друзей», изначально — продукт неудачного восстания греков против турок при поддержке русских в 1770 году. Его основателем в конце XVIII века стал греческий национальный поэт Ригас Фереос. Валах, то есть румын по происхождению, он мечтал, более как поэт, нежели реалист, не только об освобождении Греции, но и о многонациональной балканской федерации автономных христианских государств, Византийской империи в миниатюре, официальным языком которой был бы греческий язык, а религией — греческая ортодоксия. Он искренне считал, что сербы, болгары, албанцы и румыны с готовностью обнажат мечи в христианском единстве за дело греческой свободы. Кара Георгий и лидеры первого христианского восстания против султана также были посвящены. Казнь Ригаса турками привела к упадку его «Этерии». Но в 1814 году она была возрождена, но не в Греции, а в России, тремя греческими купцами из Одессы. В самих Афинах прикрытием было греческое литературное общество. Оно распространяло свои идеи среди образованных греков, не вызывая подозрений турок.
Тем не менее деятельность общества была слишком смелой и стала общеизвестной по мере того, как оно начало открывать свои отделения и рассылать агентов по всей Европейской Турции и городам Малой Азии. Оно переросло в конспиративное общество свободных каменщиков с собственной изощренной иерархией, секретными знаками, таинственными ритуалами и торжественной клятвой верности. Его заговоры и интриги подстрекали к мятежным действиям жителей Балкан. Среди членов общества были русские офицеры, а его сторонники получали заверения русских консульских агентов, обещавших покровительство, что общество окажет им военную поддержку в случае восстания. Греки полностью полагались на подобные заверения.
Возглавить «Этерию» сначала было предложено графу Иоанну Каподистрии уроженцу Корфу, обладавшему большим влиянием и престижем на службе у царя в Санкт-Петербурге. Именно он от имени царя подписал соглашение об английском протекторате над Ионическими островами. Когда Каподистрия отказался от предложения, руководство обществом было возложено на Александра Ипсиланти, грека-фанариота, из семьи которого происходили господари Молдавии и Валахии. Более того, он был личным адъютантом царя, служившим с честью и достоинством в русской армии. В 1820 году общество назначило его «генералом уполномоченным высшей власти».
Решив начать свое восстание на севере, Ипсиланти, скорее проявляя авантюризм, чем руководствуясь доводами рассудка, повел сборное войско через Прут — теперь бывший границей между Российской и Турецкой империями — в Молдавию и Валахию. Не скупившийся на громкие заявления и артистичный в выражениях чувств, он тем не менее не обладал практическим опытом и знанием людей. Ипсиланти искренне рассчитывал на дух единства между румынскими и греческими христианами, которого на самом деле не существовало. Приветливо встреченный господарем Молдавии, «уполномоченный высшей власти» практически не получил поддержки для дела эллинов в Валахии, где местный повстанец просветил его, сказав: «Греция принадлежит грекам, а Румыния — румынам». Царь отрекся от него и уволил из армии. Вселенский патриарх отлучил его от церкви. Турки направили к Бухаресту армию, которая смела его «святой батальон», а сам Ипсиланти укрылся на территории Австрии, где император заключил его в тюрьму. Таким, по иронии судьбы, был конец правления в дунайских княжествах греков-фанариотов, который стал рождением румынской независимости с правлением господарей, выбираемых из румынских бояр.
В это же время родилась и независимость Греции, достигнутая посредством серии скоординированных восстаний, охвативших значительную часть территории страны. Эти восстания были подняты при посредстве «Этерии» с направлением в Грецию фанариотов и других лидеров, включая брата Ипсиланти — Дмитрия, который должен был руководить восстанием в Пелопоннесе. Множество людей, вдохновленных идеей независимости, отправились туда по собственной воле, устанавливая контакты с руководителями повстанцев прямо на местах. Восстание началось с прокламации митрополита Патраса (Патр) 25 марта 1821 года.
Для восстания это время было удачным. Султан Махмуд, диван которого, казалось, ничего не ведал о возможности такого опасного поворота событий в Греции, выбрал этот момент, чтобы заняться окончательным подчинением своего номинального вассала в Эпире Али-паши, мятежного Льва из Янины. Али с помощью своей албанской армии настолько укрепил свою власть и расширил владения, что, в сущности, мог претендовать на роль независимого монарха, и, между прочим, был признан в качестве такового Наполеоном. В 1819 году он с триумфом овладел важным портом на Адриатике — Паргой. В следующем году Исмаил, тоже албанец и личный враг Али, сбежал от него под защиту Стамбула, где султан сделал его одним из своих камергеров. Али послал вдогонку двоих наемных убийц, которые были арестованы при попытке застрелить Исмаила. Это дало султану Махмуду давно ожидаемый повод раз и навсегда сокрушить своего врага. Султан официально объявил Али мятежником и человеком вне закона, пожаловал его пашалык Исмаилу, его несостоявшейся жертве, и под его командованием немедленно начал войну против Али. Поскольку Али, теперь уже «загнанный лев», упорно держался на протяжении почти двух лет, султан вызвал своего проверенного и беспощадного военачальника в Морее Киршид-пашу и его войско, чтобы завершить кампанию. Они в конце концов нанесли поражение и уничтожили старого мятежника, который укрылся в своей расположенной на озерном острове крепости. Его голова вместе с головами троих сыновей и внука была отправлена султану в Стамбул.
В результате крепости в Морее остались сравнительно незащищенными, и греческие повстанцы сумели внезапно атаковать и сломить сопротивление большинства оставшихся в них гарнизонов. Действуя согласованно с ними на море, греческие пираты с их смертоносными, маневренными брандерами обеспечили контроль над всеми ключевыми портами побережья. Это ограничило возможности снабжения и переброски турецких подкреплений, оставив для них только наземные коммуникации, пролегавшие по гористой, удерживаемой партизанами местности. Из островов повстанцы удерживали Спеце, расположившись на котором богатая вдова-гречанка организовала блокаду залива Нафплиона лично и за свой собственный счет, а также Псару и, со временем, Гидру, благодаря капитану судна, который поднял людей против их собственных греческих примасов.
По всему полуострову популярная песня восставших «В Морее не должно остаться ни одного турка» спровоцировала массовые кровожадные нападения на мусульман. Восстание перекинулось через Коринфский залив, где «неверные» горожане Ливадии были жестоко убиты. Крестьяне преодолели наскоро возведенную стену, чтобы захватить Афины, в то время незначительный провинциальный городок с десятью тысячами жителей, который был личной собственностью султана. Но афинский Акрополь, дополнительно укрепленный после осады венецианцами, держался еще больше года. На западе восстание вспыхнуло в Месолонгионе. На севере огонь восстания разгорелся среди «отрогов Пелиона» и на трехпалом македонском полуострове Халкидики, причем на горе Афон обитатели монастырей с готовностью вооружились ради и религиозного и национального дела. На Крите, острове с преобладающим мусульманским населением, отряд критских янычар, фанатичных мусульман греческого происхождения, совершил ряд зверств в отношении христиан. Они зашли настолько далеко, что убили митрополита Кандии и пять епископов на алтаре кафедрального собора города. Это спровоцировало возмездие — восстание воинственных горцев-сфакийцев, которые смогли на некоторое время блокировать порт Ханья.