17 июня вице-премьер Борис Алешин объявил о планах создания в течение двух лет объединенной самолетостроительной корпорации, в которую должны войти все разработчики и изготовители военных и гражданских самолетов. Сначала предполагалось создать частно-государственный консорциум с управляющей компанией, доля государства в которой составит от 25,5 % до 51 %. Затем должна быть образована корпоративная структура в виде холдинговой компании. В августе 2003 г. гендиректором концерна ПВО «Алмаз-Антей» был назначен еще один чекист — выходец из Санкт-Петербурга генерал-майор ФСБ Владислав Меньшиков. 29 сентября на заседании правительства Владимир Путин вновь раскритиковал послепродажное обслуживание военной техники, поставленной за рубеж. Вслед за этим глава КВТС Михаил Дмитриев объявил, что его комитет приостановит выдачу лицензий на самостоятельную поставку запчастей и проведение техобслуживания. В итоге такое право получили лишь 14 предприятий из 46 намеченных. 1 октября завершено юридическое оформление АХК «Сухой», 100 % акций которой принадлежат государству. Президентом компании назначен Михаил Погосян, занимавший до этого пост главного конструктора КБ Сухого. 4 ноября Михаил Касьянов освободил от должности гендиректора и генконструктора РСК МиГ Николая Никитина. Официально Никитину поставлены в вину серьезные финансовые проблемы корпорации и провал выполнения программы производства пассажирских самолетов Ту-334. 14 ноября на пост гендиректора-генконструктора РСК МиГ назначен заместитель гендиректора АХК «Сухой» Валерий Торянин. Смена руководства МиГа произошла накануне подписания компанией двух крупных контрактов на общую сумму более $1,5 млрд. 4 ноября 2003 г. В. Путин подписал указ о хозяйственном подчинении «Рособоронэкспорта» КВТС. Президент оставил за собой право назначать и снимать гендиректора предприятия. Этот указ похоронил планы руководства «Рособоронэкспорта» по акционированию предприятия.
24 февраля 2004 г. Владимир Путин отправил в отставку правительство Михаила Касьянова. Пал последний бастион ельцинской «семьи». В ходе реорганизации правительства были ликвидированы оборонные агентства по обычным вооружениям, по системам управления, по судостроению и по боеприпасам. Их функции переданы Федеральному агентству по промышленности (ФАП) при Министерстве промышленности и энергетики. Кроме того, в ведение ФАП из «Росавиакосмоса» передана авиастроительная отрасль. Сам «Росавиакосмос» преобразован в Федеральное космическое агентство. КВТС преобразован в Федеральную службу по военно-техническому сотрудничеству (ФСВТС) при Минобороны, а Госкомоборонзаказ — в Федеральную службу по оборонному заказу (ФСОЗ) при Минобороны РФ. 12 марта распоряжением нового премьер-министра Михаила Фрадкова бывший вице-премьер Борис Алешин назначен главой ФАП, а во главе Федерального космического агентства поставлен командующий космическими войсками РФ Анатолий Перминов. В тот же день РСК МиГ и нижегородский авиационный завод «Сокол» подписали меморандум о начале процедуры вхождения «Сокола» в состав МиГа. Для этого компания «Каскол» передала 38,38 % акций «Сокола» в управление менеджмента РСК МиГ. 25 марта корпорация «Иркут» первым из предприятий ВПК провела первичное размещение акций на российском фондовом рынке. Часть вырученных средств направлена на приобретение 75,46 % акций ОКБ имени Яковлева. 29 марта глава ФАП Борис Алешин внес в Минпромэнергетики проект создания холдинга «Вертолеты Миля», который должен объединить предприятия, разрабатывающие и изготавливающие вертолеты марки «Ми». Управляющей компанией холдинга должен стать «Оборонпром». 2 апреля Государственная дума РФ приняла в первом чтении поправки к закону «О государственном регулировании развития авиации». Поправки расширяют допустимую долю участия иностранного капитала в уставном капитале авиационных предприятий с 25 % до 49 %. 9 апреля Владимир Путин назначил Андрея Бельянинова директором ФСОЗ, освободив его от должности гендиректора «Рособоронэкспорта». Глава КВТС Михаил Дмитриев назначен главой ФСВТС. 28 апреля гендиректором «Рособоронэкспорта» назначен Сергей Чемезов.
Таким образом, придя к власти, В. Путин поменял всех ключевых госчиновников, контролирующих производство и экспорт военной продукции. Но главное в другом, как писал в газете «Коммерсант-Власть» ее корреспондент К. Лантратов: «Теперь государство хочет не только управлять, но и владеть предприятиями ВПК». С приходом Путина к власти государство практически полностью прекратило приватизацию оборонки. В августе 2001 года, например, в правительстве был утвержден список из почти 500 предприятий, подлежащих продаже в 2002 году. Такой распродажи госимущества в России после окончания ваучерной приватизации больше не было. Но среди этих предприятий было лишь 20 оборонных, да и те были подобраны весьма специфически. С молотка пошли второстепенные, малопривлекательные для инвесторов предприятия, в которых государству принадлежало менее 25 % акций, а также те, у которых доля госзаказа в общем объеме продукции составляла существенно меньше 30 %. Все это означало только одно: правительство больше не хочет видеть частный капитал в оборонной отрасли. Акционирование предприятий ВПК, конечно, отнюдь не прекратилось, просто государство почти всегда стало оставлять за собой 100 % акций. Во второе президентство Путина этот курс только укрепился: вместо приватизации фактически наступила национализация. Если у государства есть выбор, кому отдать экспортный заказ, оно всегда предпочитает предприятия, контролируемые государством. Частным предприятиям остается либо переквалифицироваться на гражданскую продукцию, либо погибнуть в неравной конкурентной борьбе. В таких условиях приватизированным оборонным предприятиям выгоднее вновь стать государственными. Так случилось, например, при формировании холдинга «Вертолеты Миля», в который включили всех разработчиков и производителей вертолетов марки «Ми». Управляющей компанией холдинга стало ЗАО «Объединенная промышленная корпорация «Оборонпром», которым в равных долях владеют две госкомпании — «Рособоронэкспорт» и Государственная инвестиционная корпорация. Владимир Путин окончательно сумел довершить отлучение «семьи» от денег «Росвооружения» и «Промэкспорта» только к концу своего второго президентского срока. Хотя даже после того, как он отправил в отставку Касьянова, позиции «семьи» и связанных с ней олигархов в «оборонке» были все еще сильными. Путину удалось добиться поставленной цели только после того, как контроль за системой военно-технического сотрудничества (ВТС) был выведен из сферы правительства и сосредоточен непосредственно в руках президента. Таким образом, поток ежегодных 5 млрд. долларов и выше, которые гарантированно давала торговля оружием и военной техникой на мировых рынках, был поставлен под контроль команды чекистов и «питерцев». Всю эту решительную реконструкцию ВТС провел тогдашний секретарь Совбеза Сергей Иванов, которому предстояло затем стать министром обороны.
Закулисное противоборство бывших чекистов с генералами-бизнесменами из Министерства обороны и коррумпированным чиновничеством за монопольный контроль над экспортом оружия закончилось 18 января 2007 г. В тот день Путин подписал указ о том, что внешнеторговую деятельность в отношении всей продукции военного назначения, предусмотренной Федеральным законом от 19 июля 1998 года «О военно-техническом сотрудничестве РФ с иностранными государствами», осуществляет ФГУП «Рособоронэкспорт». Так «Рособоронэкспорт» стал единственным поставщиком российского оружия и боевой техники за рубеж. (До этого право самостоятельного выхода на мировой оружейный рынок, кроме Рособоронэкспорта, имели Российская самолетостроительная корпорация «МИГ», Научно-производственное объединение машиностроения (г. Реутов, Московская область), Конструкторское бюро машиностроения (г. Коломна, Московская область) и Конструкторское бюро приборостроения (г. Тула). Еще 18 оборонных предприятий были заняты поставками на экспорт запчастей и сервисного обслуживания эксплуатирующихся за рубежом боевой техники и оружия.) Система эта была одной из самых непрозрачных в структуре российского бизнеса. И в этой «мутной воде» водились такие монстры коррупции и воровства, что можно только удивляться, как в нашей «оборонке» вообще что-то еще осталось.
В конце 2007 г. президент Путин подписал указ о создании специального агентства по закупкам оружия и военной техники для нужд Министерства обороны. На эту должность он назначил еще одного выходца из КГБ — генерала полиции (есть теперь в России и такой чин), бывшего руководителя Госнаркоконтроля, а в советском прошлом шефа ленинградского КГБ Черкесова. Осведомленные люди знали, что этот указ Путина, как и его указ о монополии «Рособоронэкспорта», в деле торговли оружием не в последнюю очередь был направлен против не чистых на руку дельцов в Министерстве обороны РФ. Они использовали гособоронзаказ, формально ориентированный на обслуживание внутренних запросов Минобороны, для экспорта военной продукции. Дело в том, что вскоре после развала СССР Министерство обороны наделило себя правом самостоятельной модернизации и правом поставок продукции военного назначения, минуя «Рособоронэкспорт». Генералы-бизнесмены бились за эту привилегию до конца. Главной их задачей было «выбить» бюджетные деньги для так называемой «модернизации и предпродажной подготовки». Зачем это понадобилось? Как действовал этот механизм на практике? На мировых рынках цены распродажи вооружения Министерством обороны наполовину, а по некоторым позициям и на 80 % были ниже цен мирового рынка. Например, по данным Счетной палаты, цена МиГ-29 на мировом рынке составляет $15 млн., а Минобороны продает самолет за $10 млн. Или другой пример — танк Т-64 на мировом рынке стоит $0,6 млн., а продается за $0,1 млн. Распродавать всегда есть что. Часть вооружений списывается, взамен теоретически должно быть куплено что-то новое, адекватно заменяющее списанное. Но вот с этим постоянно у генералов-бизнесменов была неувязка. По данным Министерства обороны, до 2005 года высвободилось: 150 атомных подводных лодок, 90 дизельных подводных лодок, 600 надводных кораблей, 2000 самолетов и вертолетов, 8000 танков, 1 000 000 автоматов, винто