В архиве имеются циркуляры Главного Тюремного Управления, касающиеся гигиены и санитарии в тюрьмах. Так, 2 мая 1880 года был подписан циркуляр, в котором обращалось внимание губернаторов на практику пересылки из тюрьмы в тюрьму тяжело больных арестантов, которые вследствие этого умирают, и на отделение заразных больных от здоровых в местах лишения свободы. В 1886 году на содержание и пользование больных арестантов в Иркутске было отпущено 34238 руб. 16 коп., Нижнеудинске — 16000 руб., Киренске — 2500 руб., Балаганске — 2100 руб. Однако выделенных средств было явно недостаточно. Санитарная часть в местах лишения свободы в Иркутской губернии, как и в империи в целом находилась в неудовлетворительном состоянии, что было связано с переполнением тюрем, плохим их устройством, низкокалорийным питанием и отсутствием правильной организации медицинской помощи. Поэтому не случайно, что Центральное управление местами лишения свободы сводило свои заботы о поддержании здоровья заключенных к распоряжениям и циркулярам, имевших форму советов и пожеланий.
Наряду с переполнением тюрем существовала еще более острая проблема, связанная с состоянием зданий и помещений, условиями содержания заключенных. В обзоре по Иркутской губернии за 1895 год генерал-губернатор указывает, что «тюремные замки: в Иркутске — каменный, в Нижнеудинске, Балаганске, Киренске — деревянные. Размеры их не соответствуют действительным потребностям, особенно в Иркутске, где осенью и весной, по причине разлива рек и ледохода, приходится задерживать несколько партий арестантов. От скученности же и тесноты в арестантских помещениях развиваются разные болезни, сопровождающиеся значительной смертностью». В информационных справках, по результатам инспектирования, отчетах губернского Попечительного о тюрьмах комитета специально выделяется эта проблема, как одна из наиболее злободневных, требующих незамедлительного решения. В отчете Иркутского генерал-губернатора за 1906–1907 годы указывалось, что «неудовлетворительное положение тюрем осложняется еще и тем, что большинство тюремных зданий пришло в совершенную ветхость и не пригодно для правильного содержания в них арестантов. Возбужденные Иркутским и Енисейским губернаторами ходатайства о постройках новых тюремных зданий, хотя и были одобрены Главным Тюремным Управлением, не получили окончательного разрешения, ввиду недостатка денежных средств».
Главное Тюремное Управление, признавая необходимость и настоятельную потребность в переустройстве, расширении и улучшении тюремных зданий во всех местностях России, обращало внимание правительства на отсутствие средств для проведения этой работы. Но выделяемые средства далеко не покрывали заявленных требований. Так, в инструкции за № 10977 от 1 апреля 1911 года Главное Тюремное Управление признало возможным отпустить по тюремной смете 1911 года 5000 рублей на удовлетворение расходов по ремонту тюремных зданий в Иркутской губернии. Однако по расчетам тюрем требовалось сумма в несколько раз превосходящая отпущенной сметы (всего на ремонт тюремных зданий Иркутской губернии требовалось 16648 руб. 66 коп.) В отчете Иркутского генерал-губернатора 1906–1907 годов указывается, что только «Александровская центральная и пересыльная тюрьмы поставлены удовлетворительно и, в общем, отвечают своему назначению». При этом обе тюрьмы расширяются на 1200 мест, развивается производительный труд, которым занято свыше 30 % общего числа заключенных.
Каторжные тюрьмы пользовались большим вниманием властей, что было обусловлено в первую очередь составом преступлений, требовавших более длительной изоляции от общества. В отчете иркутского генерал-губернатора Селиванова давался емкий анализ места и роли каторги в пенитенциарной системе, в результате чего он пришел к выводу о том, что «современное положение каторги, явившееся результатом ея почти четырехсотняго существования» не содержало «ни целесообразнаго наказания, ни исправления преступника». В этом он смог убедиться после личного ознакомления с Нерчинской каторгой. В связи с чем генерал-губернатор ходатайствовал и предлагал план «об устройстве каторжной колонии на острове Ольхон, самом значительном из островов на озере Байкал». Однако в отчете его преемника за 1910–1911 годы указывалось, что «расходы казны по содержанию и охране таких колоний, в частности Ольхонской, по естественным своим условиям невозможны для сколько-нибудь производительнаго применения сил таких подневольных колонистов».
Важным направлением деятельности тюремного отделения являлось наблюдение за этапными помещениями на главном пересыльном московском и прочих трактах Иркутской губернии. Из отчета иркутского губернского тюремного инспектора за 1897 год следует, что этапные помещения постоянно ремонтировались и снабжались «материалами отопления и освещения». Кроме того, отделение осуществляло распределение средств для ведения тюремного хозяйства. Весь кредит, находившийся в ведении тюремного отделения, составлял 350 рублей в год. Пристальное внимание к этапным помещениям обуславливалась тем, что «прием арестантских партий и формирование их к отправке, по одному разу в каждую неделю по трактам: московскому, якутскому, заангарскому и в две недели — по амурскому. Кроме того, формирование и отправление до 3‑х партий в летнее время, каждая до 300 человек, для отправления таковых из Александровской пересыльной тюрьмы сухопутно до с. Качугскаго, а оттуда сплавом по р. Лене в Киренский округ Иркутской губернии и Якутскую область; заготовление на следующих в партиях арестантов необходимых документов, снабжение их одеждой и обувью — также возложено на обязанность чинов Тюремного Отделения». Однако реальная картина была весьма далека от идеала.
В округах Иркутской губернии имелось еще 30 арестантских помещений для подследственных, которые находились при волостных и инородческих управах. Как правило, это были неприспособленные помещения — амбары, сараи и т. д. Об их состоянии мы не находим необходимых сведений, хотя, если исходить из финансового положения управ, можно предположить, что они мало соответствовали своему назначению.
Тюремный быт и состояние здоровья арестантов — одна из наиболее острых проблем, решение которой требовало принятия неотложных мер. При этом наиболее важным условием обеспечения сохранения здоровья заключенных являлась организация их питания. Этот вопрос в течение долгого времени решался исключительно местными тюремными властями, что обуславливалось общей политикой правительства, проводившего жесткую линию по экономии расходов на содержание заключенных. Достаточно отметить, что в 80‑х годах XIX века, после начала реализации тюремной реформы, бюджетные ассигнование на продовольствие по тюремному ведомству были уменьшены на 11 процентов, а сумма, запрошенная на изготовление одежды — на 12 процентов. Общий порядок снабжения продовольствием арестантов был установлен в 1886 году министром внутренних дел из расчета по 10 копеек на арестанта. В целом на продовольствие арестантов в 1886 году было отпущено: для находившихся в Иркутском тюремном замке 23905 рублей, в Нижнеудинском — 23000 рублей, в Киренском — 4000 рублей и Балаганском — 4500 рублей. Более поздними Уставами о содержащихся под стражей 1908 года, а в мае 1912 года циркуляром Главного Тюремного Управления были определены новые суточные нормы питания на человека. Расходы по пищевому довольствию арестантов относились на счет казенных ассигнований. Устанавливалась единообразная пищевая табель для арестантов с учетом содержания белков, жиров и углеводов. Местной администрации разрешалось разнообразить рацион арестантов, но в пределах сумм, предусмотренных «пищевою табелью». Питание арестантов, находившихся на работах, производилось усиленное. Причем, усиленный паек выдавался не только в рабочие, но и в воскресные и праздничные дни при условии, что таковых не более одного в неделю. Если их было более одного в неделю, то пища отпускалась в размере обыкновенного пайка, установленного для ссыльнокаторжных. При усиленном пайке горячая пища отпускалась два раза в день (обед и ужин), а при обыкновенном — один раз (обед). Кроме того, два раза в день арестанты получали чай.
Одеждой и бельем ссыльнокаторжные снабжались согласно установленной табели. Для находившихся на работах приобреталась специальная готовая одежда или же она производилась в тюремных мастерских с отнесением на счет заработной платы арестантов. При этом никак не учитывались условия работы. И потому казенная одежда и особенно обувь не выдерживали установленных сроков.
Особенно сложные для пенитенциарных органов времена наступили с началом века, когда в местах заключения все чаще стали «проявляться побеги и обнаруживаться упадок режима и дисциплины». В своих докладных тюремные чиновники писали: такое положение дел «в значительной мере обуславливается переживаемою в отечестве смутою». Тюремные учреждения в стране оказались «недостаточно приспособленными к современным потребностям, оказываются переполненными до крайних пределов, причем среди содержащихся под стражей состоит большое число весьма серьезных преступников».
Весной 1902 года в Александровскую пересыльную тюрьму прибыла очередная партия политических ссыльных. В мае они подняли в тюрьме восстание и захватили на несколько дней власть. Подробности этого бунта достаточно подробно описаны в литературе. Так, Н. Быкова указывает, что прибывшие в сибирскую глушь политссыльные являлись представителями самых разных оппозиционных и революционных групп, и что в подавляющем большинстве это были студенты и даже гимназисты — более 40 человек. Однако главным звеном была небольшая группа, человек десять-двенадцать, старых революционеров-партийцев, интеллигентов и рабочих. В их числе Ф. Дзержинский (высланный уже второй раз), Б. Бреслав, А. Мечникова, М. Урицкий.
Этой же весной тюремная администрация лишила политических заключенных ряда льгот: были ограничены прогулки на воздухе во внутреннем дворе, запрещалось чтение книг, газет, курение табака, выход за тюремную ограду с надзирателями для покупки продуктов. В довершение ко всему камеру (барак) стали закрывать раньше положенного часа. Поэтому Ф. Дзержинский и еще пятеро политссыльных направили на имя прокурора Иркутской судебной палаты заявление с рядом требований, главным из которых — скорейшее объявление мест назначения политическим заключенным. Но эти требования выполнены не были.