Гражданская война в малоизвестном королевстве Йемена на Красном море помешала дипломатии Кеннеди. Разозленный тем, что в 1961 году Сирия отказалась от Объединенной Арабской Республики, Насер направил танки, самолеты и семьдесят тысяч солдат на поддержку левых повстанцев, свергнувших йеменскую монархию. Опасаясь египетского влияния в соседнем государстве, Саудовская Аравия и Иордания поддержали консервативных арабских контрреволюционеров, что стало уменьшенной ближневосточной версией гражданской войны в Испании. Соединенные Штаты первоначально признали правительство, поддерживаемое Насером, но британцы выразили беспокойство по поводу своих интересов в близлежащем Адене. Когда Египет стал угрожать Саудовской Аравии, американские нефтяники направили в Вашингтон грозные предупреждения. Израиль протестовал против этих новых признаков агрессивности Насера. После того как в начале 1963 года сирийское и иракское правительства были свергнуты пронасеровскими силами, а Советский Союз направил в Египет современные танки и бомбардировщики, Кеннеди пошёл на попятную. Тщательно избегая полного разрыва с Насером, он пригрозил прекратить помощь Египту, открыто поддержал Иорданию, направив Шестой флот в восточное Средиземноморье, и приказал направить военно-морские и военновоздушные силы в Саудовскую Аравию. Интервенция Насера в Йемене подорвала подход Кеннеди к Египту, укрепила связи США с консервативными арабскими государствами и открыла путь к более тесным американо-израильским отношениям.[1787]
По иронии судьбы, учитывая первые попытки президента проявить беспристрастность, современный союз США с Израилем зародился именно при нём. Шаг в сторону Насера вызвал мощный отпор со стороны израильского лобби и его сторонников в Конгрессе, а также дипломатический блиц со стороны Тель-Авива, чтобы добиться от Вашингтона новейших вооружений и обязательств по обеспечению безопасности. Государственный департамент предсказуемо выступил против израильских просьб, и Кеннеди был настороже. Но Пентагон Макнамары был более влиятельным игроком в Вашингтоне Кеннеди, чем Госдепартамент Раска, и предупреждения о том, что увеличение советской помощи и продажа Западной Германией ракет Насеру нарушили баланс вооружений на Ближнем Востоке, привели президента в чувство. В августе 1962 года он согласился продать Израилю ракеты класса «земля-воздух» Hawk, что стало резким отходом от прежней политики США, запрещавшей продажу крупных систем вооружений, и в целом непризнанной вехой в особых отношениях Израиля и США.[1788] Все больше встревоженный перспективой распространения ядерного оружия в страны третьего мира, Кеннеди придавал первостепенное значение предотвращению перевода Израилем на производство оружия своего ядерного проекта в Димоне в пустыне Негев. Незадолго до своей смерти, в ответ на рост напряженности на Ближнем Востоке и в обмен на туманные — и, как оказалось, двусмысленные — заверения Израиля относительно Димоны, он пообещал оказать Израилю военную помощь, если тот станет жертвой агрессии, что стало гигантским шагом к союзу, которому он и его предшественники противились. Вместо того чтобы смириться с арабским национализмом и применить более сбалансированный подход в регионе, Кеннеди заложил основу для особых отношений между США и Израилем.[1789]
Кеннеди сделал Африку центральным элементом своего антиколониализма и впервые придал этому континенту большое значение во внешней политике США. В своих многочисленных выступлениях он пропагандировал независимость Африки. Чтобы обойти расизм, глубоко укоренившийся в правительстве США, и традиционную европейскую предвзятость Государственного департамента в отношениях с Африкой, он назначил бывшего губернатора Мичигана и борца за гражданские права Г. Меннена Уильямса помощником государственного секретаря по делам Африки и назначил послов, которые знали этот континент и сочувствовали его народу. Он приглашал африканских лидеров в Белый дом. Осознавая, что сегрегация в округе Колумбия и близлежащих штатах делает Вашингтон тяжелым местом для африканских дипломатов, он добивался десегрегации вдоль шоссе 40, главной артерии между Востоком и Западом. На его эволюционирующую позицию в пользу гражданских прав афроамериканцев по крайней мере отчасти повлияло желание показать лидерам стран третьего мира, что свобода США не зависит от цвета кожи.[1790] Он уделил особое внимание Кваме Нкруме из Ганы, одному из самых выдающихся африканских лидеров, согласившись финансировать строительство огромной плотины на реке Вольта. В отличие от Даллеса с Насером, он выполнил своё обязательство даже после того, как Нкрума выступил с антиамериканскими речами и обратился за помощью к Москве, хотя и добился обещания, что экспроприации американской собственности не будет.[1791]
Как и на Ближнем Востоке, поддержка Кеннеди африканского национализма имела четко очерченные границы. В самом сложном, изменчивом и в конечном счете трагическом африканском вопросе — Конго — он придерживался особенно осторожного подхода. Жестоко эксплуатируемое Бельгией на протяжении почти столетия, Конго получило независимость в 1960 году без подготовки и в расчете на то, что бывшие колонизаторы сохранят доминирующее влияние. Вступив в должность как раз в тот момент, когда раздираемое междоусобицами Конго приобрело кризисные масштабы, Кеннеди отказался поддержать лидера националистов Лумумбу, красноречивого и харизматичного бывшего почтового работника и продавца пива, которого многие американцы считали прокоммунистически настроенным. Он не призвал к освобождению Лумумбы, когда тот был заключен в тюрьму соперниками, и не похвалил его после жестокого убийства. Президент выступил против отделения богатой полезными ископаемыми провинции Катанга и её лидера Мойсе Тшомбе, которого поддерживали европейцы и южноамериканские сегрегационисты, что было довольно смелым политическим поступком. Но он возложил ответственность за удержание Конго на Организацию Объединенных Наций и отказался предоставить американские войска для миротворческой миссии. Однако он приветствовал окончательную победу ООН. К недовольству некоторых южных конгрессменов, он отказал Тшомбе в визе в Соединенные Штаты.[1792]
Аналогичные ограничения действовали и в других странах Африки. Администрация выступила за независимость португальской колонии Анголы и предоставила ограниченную помощь прозападным фракциям среди повстанцев. Однако Португалия также получила военную помощь США через НАТО, а использование ею напалма, предоставленного американцами, для подавления восстания вызвало возмущение во всём мире. Когда позиция США в пользу независимости Анголы поставила под угрозу продление аренды важнейшей авиабазы на Азорских островах, администрация, разделенная серьёзными разногласиями, отступила.[1793] Аналогичным образом, хотя Соединенные Штаты на словах критиковали политику апартеида в Южной Африке, они отказались поддержать экономические санкции или эмбарго на поставки оружия. Южная Африка оставалась крупным источником стратегических полезных ископаемых. Её золото помогало стабилизировать мировую экономику. Её порты были важны для прохода с востока на запад, а Соединенные Штаты только что построили вблизи Претории жизненно важную станцию слежения за ракетами. Американские чиновники также опасались дестабилизировать ситуацию в Южной Африке, поскольку Африканский национальный конгресс (АНК) якобы контролировался коммунистами. ЦРУ, по-видимому, сыграло определенную роль в оказании помощи правительству ЮАР в поиске и аресте лидера АНК Нельсона Манделы. Столкнувшись с тем, что Госдепартамент назвал «неловким выбором между требованиями безопасности и основными политическими принципами», Соединенные Штаты сделали выбор в пользу первого.[1794]
Кеннеди уделил Латинской Америке больше внимания, чем любой другой послевоенный президент. Он намеренно стремился воссоздать дух политики добрых соседей Рузвельта. После прихода к власти Кастро он также пришёл к выводу, что Латинская Америка является «самым опасным регионом мира» и что для обеспечения собственной безопасности Соединенные Штаты должны бороться с бедностью и угнетением, которые казались благодатной почвой для коммунизма.[1795] Будучи президентом, он трижды посетил Латинскую Америку, собрав миллионную аудиторию во время триумфального выступления в Мехико в 1962 году. Он принимал глав государств и дипломатов стран полушария, в отличие от многих своих предшественников общаясь с ними как с равными и наслаждаясь их обществом. Он понимал, что Соединенные Штаты в прошлом совершали ошибки в полушарии, и отождествлял себя с латиноамериканским народом. Благодаря его сочувствию, его стилю и харизме, а также трагическим обстоятельствам его смерти, он до сих пор почитается в полушарии.[1796]
Ещё до залива Свиней Кеннеди продемонстрировал свою приверженность Латинской Америке. 13 марта 1961 года он с большой помпой объявил о создании Альянса за прогресс, программы помощи, подобной плану Маршалла, которую лидеры стран полушария искали с 1940-х годов. «Огромные совместные усилия, не имеющие аналогов по масштабам и благородству цели», — провозгласил он, — «чтобы удовлетворить основные потребности американского народа в домах, работе и земле, здоровье и школах».[1797] В августе администрация пообещала выделить 1 миллиард долларов на первый год и 20 миллиардов долларов на следующее десятилетие. Политическая демократия и фундаментальные реформы должны были сопровождать экономическое развитие. Альянс внушал большие надежды в полушарии и внутри страны. Как и Корпус мира, он казался воплощением идеализма внешней политики Нового фронтира.