Протестанты поставили ряд проблем, прежде не привлекавших внимания немецких историков. Р. Рейнек, следуя за Меланхтоном в разделении «священной» и «политической» истории, одним из первых в Германии (1583 г.) выделяет в особую отрасль историю языков, наук и искусств, т. е. историю культуры. В. Кеккерман в начале XVII в. сделал попытку выяснить специфику исторического познания. Его скептические выводы, что история в отличие от наук о природе познает единичное, неспособна применять точные методы и устанавливать законы, были формой критики и гуманистов, и конфессиональных историков, отражали возросшее значение естествознания, которое начинает определять самое представление о научности.
В протестантской историографии существовала и кальвинистская ветвь. Развитию кальвинистской церкви и жизнеописанию Кальвина посвятил свои сочинения швейцарский реформатор и драматург Т. Беза (1519–1605), один из главных авторов этого направления. Значение местной католической историографии возросло в регионе лишь в первой половине XVII в., когда в Антверпене эрудиты из ордена иезуитов основали крупную серию изданий «Жития святых». Широко используя источники, они подчиняли свою работу апологетике католицизма.
Развитие философской мысли во второй половине XVI в. сковывалось жестким контролем церквей, возрождавших схоластические традиции. Не случайно ряд новых явлений в натурфилософии, антропологии, понимании исторического процесса осмыслен прежде всего противостоявшими всякой официальной догматике выразителями мистико-пантеистических идей.
Выдающийся швейцарский врач и алхимик Т. Парацельс (1493–1541} стремился связать натурфилософию и опытные знания. Одухотворяя природу, наделяя ее антропоморфными признаками, он подчеркивал единство мироздания, соответствие между макрокосмом и человеком. Характерной чертой учения Парацельса стал культ неутомимой творческой активности человека в постижении тайн природы, «света натуры», триединый принцип — «мочь, знать, уметь».
Философ и историк С. Франк (1489–1542) в борьбе против церковной догматики и обрядности опирался на спиритуалистическую идею о вечна действующем в истории и религиозно-нравственном мире человека Божьем духе, «внутреннем слове». На основе представлений о «Христе в нас» он рассматривал все религии и церкви как равноценные.
Традиции Парацельса и Франка сказались в творчестве В. Вейгелм (1533–1588), призывавшего «познать в себе мировое целое» и обращавшегося к Богу: «Ты во мне, я в Тебе». Его последователи рассматривали официальную церковь как чисто внешнее установление, не затрагивающее внутреннюю религиозность, противопоставляли «истину» своей секты ортодоксии, но не шли дальше пассивного сопротивления ей.
Мистико-пантеистическим характером отличалась и теософия Якоба Бёме (1575–1624), подвергавшегося преследованиям духовенства. Рассматривая проблему соотношения Бога и мира, он развивал в поэтических образах диалектическое учение о «самораскрытии» Бога в природе на основе «саморазделения». Это учение вело к представлениям о тождестве Бога и природы, вне которой ничего нет. Признавая, что Бог пребывает в каждом, кто живет свято, Бёме своей этической трактовкой христианства подрывал основы вероисповедных различий. Идеи Бёме, оказав влияние на развитие европейской философии, сказались на формировании диалектики Гегеля и Шеллинга.
Общественно-политическая мысль в регионе богата утопическими построениями. В отличие от Англии и Италии в немецких землях наиболее радикальные утопии развивались не на гуманистической основе, а в виде реформационных программ. Важнейшие из них связаны с периодом Крестьянской войны и последующим десятилетием, когда революционное решение общественных противоречий оказалось невозможным и усилилась роль оппозиционных утопических чаяний. При общей антифеодальной направленности они отличались значительным разнообразием. Один из вождей повстанцев — М. Гайсмайр требует установления народной власти в Тироле и рисует идеальный строй в пределах этой области, в то время как нюрнбергский книгопечатник Г. Гергот создает проект уничтожения частной собственности во всем «земном царстве». Ссылаясь на откровение Божие, он пророчит грядущее социальное и имущественное равенство людей, народное самоуправление, противопоставляет порядкам, существующим в Германии, идеал общества без дворянства, духовенства, монашества, где все должностные лица избираются народом, а система управления централизованна. Парацельс в начале 1530-х годов разрабатывает идею всеобщего уравнительного земельного передела и устранения всех властей, кроме императора, как общественного распорядителя «Божьей» землей.
Иной характер носят более поздние сочинения о наилучшем строе. Гуманист К. Штюблин в середине XVI в. создает консервативную утопию, где выдвигает идеал мудрого «согласия» в граде Евдемоне под эгидой правителей-философов. Здесь нет раздоров даже при существовании общественного неравенства. Видный деятель лютеранской церкви И. Андреэ в начале XVII в. описывает идеальный град всеобщего труда. Его Христи-анополь — «единая мастерская», где особое внимание уделяется развитию наук, искусств и основанного на Евангелии благочестия.
Богатством красок отличались политические идеи и учения, возникшие в Нидерландах и близлежащих областях Германии в атмосфере революции в Нидерландах и ее победы. Д. Корнхерт (1522–1590), участник борьбы против испанского гнета и видный государственный деятель, был последователем Эразма и популяризатором античного наследия. Он стал одним из главных в Нидерландах поборников веротерпимости — крупного завоевания эпохи. К принципу веротерпимости подводили широкое понимание гуманистами христианства, идеи ранней Реформации, требовавшей свободы совести и слова в обстановке засилья католической церкви, опыт радикальных течений и сект Реформации, отстаивавших право на существование в условиях господства протестантских государственных церквей. Республика Соединенных провинций стала единственной страной региона, где идея веротерпимости утвердилась, а временами получала и официальное признание, хотя до ее реального осуществления было еще далеко.
Острота противоречий эпохи обусловила особую напряженность и размах идейной борьбы. Ф. Марникс ван Синт Алдегонде (1540–1598), сподвижник Вильгельма Оранского, завоевал славу кальвинистского мастера полемики. Его антикатолическая сатира «Улей святой римской церкви» получила европейскую известность, а сложенная им песня во славу Вильгельма стала сначала «песней гёзов», а позже — национальным гимном Нидерландов.
Всеобщее внимание к политическим вопросам стимулировало расцвет литературы, обсуждавшей сущность государственных интересов. Ю. Липспй (1547–1606), видный нидерландский филолог и историк, протестант, перешедший в католичество, в своей работе «Политика» утверждал идеал моральных добродетелей государя, но затем, ссылаясь на реальную практику и исторический опыт, предлагал уже иные правила государственной мудрости, родственные макиавеллизму. От понимания «государственных интересов» у Липсия разительно отличается концепция северогерманского кальвиниста И. Алтузия (1557–1638). Предвосхищая ряд позднейших идей Руссо, он развивал теорию естественного права и суверенитета народа: перед ним ответственны правители, он волен их свергать или казнить за несоблюдение народных интересов.
Значительное воздействие на европейскую юридическую и политическую мысль оказал Гуго Гроций (1583–1645), выразитель складывавшейся буржуазной идеологии, рационалистически обосновавший свое учение о естественном праве и происхождении государства в результате общественного договора. Он выступил против притязаний крупнейших морских держав на господство на море, отстаивая свободу мореплавания. В книге «О праве войны и мира» (1625 г.) он выступил за решение спорных вопросов межгосударственной жизни мирным путем, с помощью юридических соглашений, став одним из основоположников международного права. В исторических сочинениях Гроций осветил войну Нидерландов против Испании, утверждая принципы свободы совести и слова, независимого национального развития. В его трудах осуществился синтез ряда достижений передовой европейской культуры того времени.
XVI–XVII века ознаменовались коренными переменами в развитии естествознания и математических наук. Крупный вклад в этот процесс внесли ученые Германии, Нидерландов и Швейцарии. Особенно велики были их достижения в астрономии и физике. Революционные идеи Коперника, отвергнутые Лютером и другими богословами, протестантами и католиками, как противоречащие Библии, были подхвачены И. Кеплером (1571–1630), развившим теорию гелиоцентризма. Используя отличавшиеся точностью наблюдения датского астронома Тихо Браге за движением планет, Кеплер открыл три закона их обращения вокруг Солнца. Он опубликовал два первых закона в работе «Новая астрономия», а третий — в труде «Гармония мира» и издал новые, более точные таблицы движения планет. Научные закономерности были представлены математическими формулами и расчетами, верность которых подтвердили наблюдения астрономов. Эта проверка правильности теории гелиоцентризма сыграла большую роль в освобождении от антропоморфных и субъективных представлений о природе. Став одним из создателей новой астрономии наряду с Коперником и Галилеем, Кеплер существенно продвинул также развитие оптики и кристаллографии.
В отличие от астрономии и физики прогресс в иных областях знаний о природе шел главным образом за счет накопления, описания и систематизации новых фактов. Ряд крупных открытий в фармакологии сделал Парацельс. Георг Агрикола (1494–1555) прославился трудами по горному делу и минералогии: он подвел итог современному уровню знания, дав новые импульсы практике. Уроженец Фландрии Г. Меркатор (1512–1594) составил наиболее достоверные карты европейских стран, а также карту мира в новой проекции, особенно важной для навигационных измерений. Это стало началом нового этапа в развитии картографии. Немецкие ученые Э. Корд, О. Брунфельс, И. Бок обогатил