На рубеже XV–XVI вв. священнослужители, получившие образование в Западной Европе, — епископы И. Линде, И. Оргас, И. Кювель распространяют в Эстонии идеи гуманизма в том виде, как они были представлены в Северной Германии и Нидерландах «Братьями общей жизни». Были предприняты и попытки создания высшей школы.
Дополнительный толчок развитию письменности на национальных языках дали реформационные движения. Сразу после победы Реформации в Эстонии и Латвии многие католические приходские и городские школы стали лютеранскими. Обучением так называемых «бедных школьников» (преимущественно эстонцев) в лютеранской городской школе Таллинна во второй половине XVI в. впервые в истории эстонского народа было положено начало формированию национальной интеллигенции. Несколько позже отдельные кальвинистские школы появились в Белоруссии, Литве, на Украине.
В 1525 г. в Германии была напечатана лютеранская месса, содержавшая не только нижненемецкий, но также латышский и эстонский тексты. Книга была конфискована в Любеке и не дошла до Прибалтики. В 1535 г. в Виттенберге опубликовали «Катехизис» с нижненемецким и эстонским текстом, в 1537 г. в Риге была составлена рукописная «Подручная книга церкви Якова» с латышскими богословскими материалами. И позднее лютеранские пасторы, распространяя свое вероучение, публиковали религиозные книги на литовском, латышском, эстонском языках. Первой печатной литовской книгой стало лютеранское издание «Простые слова катехизиса», составленное М. Мажвидасом и напечатанное в Кенигсберге в 1547 г. В Белоруссии, в г. Несвиже, в 1562 г. выдающийся писатель и реформационный деятель С. Будный издал белорусский «Катехизис», призывая белорусов и украинцев пользоваться в письменности родным языком. Реформационные идеи звучат в так называемых Няговских поучениях, близких по языку к закарпатским украинским диалектам. Вполне вероятно, что с протестантами был связан и видный белорусский просветитель Василь Тепинский, издавший Евангелие с параллельным текстом на церковно-славянском и белорусском языках.
Книгопечатание играло важную роль в укреплении культурных связей восточнославянских народов между собой и с народами Западной Европы, Балкан. Особенно значительными здесь были заслуги русского первопечатника Ивана Федорова. В 1569 г. он вместе с белорусом Петром Мстиславцем издал в западнобелорусском городке Заблудове Евангелие учительное — сборник поучений, переведенных в XIV в. с греческого на древнеславянский язык. В 1574 г. Иван Федоров издает во Львове первые на Украине печатные книги—«Апостол» и «Букварь», печатает в Остроге знаменитую Библию — подлинный шедевр типографского мастерства. Иван Федоров был не просто мастером книгопечатания, но также и талантливым литератором и художником. Подобно Скорине, он считал себя просветителем, «сеятелем семей духовных». Всем книгам Федорова свойственны тщательная подготовка текста, замечательное художественное оформление. Благодаря этому они стали образцом для украинских и белорусских книгопечатников.
Последняя четверть XVI — начало XVII в. — время невиданного ранее обострения идеологической борьбы и связанного с этим подъема культурной жизни Украины, Белоруссии, Литвы. Обстановка здесь становилась все более противоречивой. Оживлялись контакты со странами ренессансной культуры, распространялись гуманистические идеи, реформационные течения. В то же время решительное наступление начинают контрреформационные силы, опекаемые государственными властями и влиятельными феодалами. Разные общественно-политические группировки, стремясь к пропаганде своих взглядов, уделяют особое внимание школьному делу и книгопечатанию. Ряд школ организуют протестанты, в первую очередь кальвинисты. В противовес им иезуиты в 1570 г. создают крупный коллегиум в Вильнюсе, впоследствии — коллегиумы в Луцке, Львове, Виннице, Ужгороде (Украина), Полоцке, Гродно (Белоруссия), Кражяй (Литва) и других городах. В 1578 г. Вильнюсский коллегиум был преобразован в академию, т. е. университет.
В том же году или несколько ранее был основан на Украине православный Острожский коллегиум, который современники нередко именовали академией. Здесь преподавали древнеславянский, греческий и латинский языки, «свободные искусства», музыку. При коллегиуме действовали типографии, литературно-научный кружок, куда входили выдающиеся публицисты и филологи — Герасим Смотрицкий, Демьян Наливайко, Василий Суражский.
Острая идеологическая борьба между силами Реформации и Контрреформации, вдохновителем которой стал орден иезуитов, развернулась и в Эстонии, разделенной в последней четверти XVI — первой четверти XVII в. между католической Польшей и лютеранской Швецией. Эта борьба отразилась и в сфере образования. Иезуиты создали в Тарту свою коллегию и при ней первую на территории Эстонии гимназию, основали семинарию переводчиков, издавали религиозную литературу на эстонском языке. В 1585 г. в Вильнюсе был отпечатан эстонский католический «Катехизис», в 1622 г. в Браниево издан справочник для священников, включавший тексты на эстонском языке. Влиянию иезуитов среди эстонцев в Тарту противостояла эстонская лютеранская приходская школа, в Таллинне — лютеранская городская школа, реорганизованная на рубеже XVI–XVII вв.
С 80-х годов XVI в. важнейшими центрами украинской и белорусской культуры становятся братства. Крупнейшие из них (Львовское, Успенское, Виленское, позже Могилевское и ряд других) были общественно-политическими организациями православных горожан, боровшихся и против экспансии католицизма, и против засилья в культурной жизни верхушки православного духовенства. Около 1585 г. при Львовском братстве возникла школа, которой руководили ремесленник-седельщик Юрий Рогатинец, торговец Иван Красовский, мастер-портной Дмитрий Красовский и другие горожане. В школу принимали детей разных сословий. Младшие ученики изучали грамоту и основы пения по нотам, старшие — грамматику древнеславянского и греческого языков, риторику, поэтику, элементы философии. В уставе братской школы («Порядке школьном») чувствуется влияние передовой гуманистической педагогики. От учителя требовали, чтобы он являлся образцом высоконравственного поведения; почетные первые скамьи в школе предназначались лучшим ученикам, «даже если они были бы очень бедными». Ограничивалось применение телесных наказаний. Под влиянием нескольких крупных братских школ возникают многочисленные школы грамоты при братствах и церковных приходах в большинстве городов, а позже и во многих селах Украины и Белоруссии. Типичным явлением стали странствующие (мандрованные) учите л я-дьяки, которые нередко устраивали представления вертепа, вместе с учениками распевали рождественские колядки, подрабатывали перепиской книг.
С деятельностью братств и братских школ связано и дальнейшее распространение книгопечатания. Более 200 лет — с 1585 по 1788 г. — действовала типография Львовского братства, выкупившего у ростовщика оборудование умершего первопечатника Ивана Федорова. Кроме богослужебных книг, типография напечатала греческо-славянскую грамматику, буквари, стихи и драматические произведения украинских писателей.
До середины XVII в. на Украине работало 25 типографий: 17 принадлежали украинцам и издавали книги на украинском и древнеславянском языках, 6 были собственностью поляков-католиков, одной владели протестанты и одной — армяне. Крупнейшим издательским центром стала основанная в 1616 г. типография Киево-Печерской лавры — ее издания были особо авторитетны во всех восточнославянских странах. Успешно работали и частные типографии купца из Белоруссии Михаила Слезки (Львов), запорожского казака Тимофея Вербицкого (Киев). Книгопечатание Литвы и Белоруссии развивалось иначе, отражая большую пестроту конфессионального состава населения. Крупнейшим центром книгопечатания стал Вильнюс. Книги кирилловского шрифта на древнеславянском и белорусском языках издавали здесь типографии купеческого дома Ма-моничей, Виленского братства. На польском и латинском языках выпускали книги протестантские типографии; в одном Вильнюсе их было несколько. Одна из них — типография Моркунаса напечатала «Катехизис» М. Даукши на литовском языке. Крупнейшая латинско-польская типография была основана при Вильнюсской академии. Белорусский книгопечатник Спиридон Соболь, начавший свою издательскую деятельность в Киеве, а позже издал несколько книг в Восточной Белоруссии — в Кутеине, Буй-ничах, Могилеве.
Первая типография на территории Латвии возникла в 1588 г. в Риге; до 1625 г. ее мастер Николаус Моллин выпустил 160 изданий — 117 на латинском языке, 40 на немецком, 3 на латышском. В начале XVII в. Рижская типография сыграла важную роль и в издании церковной литературы для Эстонии, где позже возникли типографии при гимназиях в Тарту (1631 г.) и Таллинне (1633 г.). Книги здесь печатались на латинском, немецком, шведском языках, в Таллинне — также и на эстонском. Среди латинских и немецких изданий преобладали малотиражные научные издания небольшого объема. Книги на эстонском языке выходили большими тиражами, лучше оформлялись, но тематика их оставалась исключительно религиозной — в основном предназначенные пасторам пособия для проповеди среди местного населения.
Во второй четверти XVII в. возросло число школ во всех странах региона. В Эстонии и Латвии они были лютеранскими и обслуживали потребности немецких феодалов, бюргеров, пасторов. После перехода всей Эстонии к Швеции были открыты гимназии в Таллинне (1631 г.) и Тарту (1630 г.), последняя в 1632 г. стала академией, т. е. университетом. В Литве, Белоруссии и на Украине продолжалась борьба за умы между протестантскими, католическими и православными школами. На Украине и в Белоруссии религиозные конфликты являлись формой борьбы против национального угнетения, поэтому православные школы стали важнейшими очагами украинской и белорусской культуры.
Крупнейшим учебным заведением Украины был Киево-Могилянский коллегиум, возникший в 1632 г. в результате слияния Киевской братской школы, основанной в 1615 г., и школы при Киево-Печерской лавре, основанной в 1631 г. В 1701 г. новое учебное заведение получило права академии, хотя неофициально его именовали так сразу же после основания. Кроме четырех низших курсов, коллегиум имел курсы поэтики, риторики, философии. Лекции читались на латинском языке, как и в западноевропейских университетах и коллегиумах того времени.