К началу опричнины фонд дворцовых и государственных оброчных земель для раздачи в поместья был почти полностью исчерпан. Правительство не посягнуло на черносошные земли Поморья, поскольку экономически сильное крестьянство этого района было наиболее надежным плательщиком налогов и северные крестьяне обладали широкими правами владения землей вплоть до ее отчуждения. Со второй половины 60-х годов начинается массовое перераспределение поместных земель. Размер поместья сокращается, мелкие поместья дополняются урезками у «нетчиков», т. е. не явившихся на службу. При том, что преобладали небольшие поместья, поместные раздачи второй половины XVI в. и периода Смуты привели к возникновению и ряда крупных поместий.
Войны второй половины XVI в. потребовали крайнего напряжения финансовых сил страны. С середины XVI в. резко повышаются размеры налогов, устойчивость крестьянского хозяйства нарушается, что неблагоприятно отражается и на экономическом положении класса феодалов, в особенности светских землевладельцев. Число помещиков и вотчинников сокращается (значительная часть их погибла во время Ливонской войны и опричнины, часть была разорена). Экономическая эффективность поместной системы во второй половине XVI в. все же не вполне утратилась. Помещичьи «усадища» (барская запашка), обрабатываемые трудом холопов, были менее подвержены разорению, чем крестьянские хозяйства.
Законодательное установление крестьянской крепости в 90-х годах XVI в. способствовало сближению всех категорий феодального землевладения, ибо оно усилило и юридически оформило неполную собственность землевладельца на личность непосредственного производителя, а следовательно, увеличило его права собственности и на крестьянские земли. Постепенно условный характер земельной собственности помещиков проявил себя как источник их незаинтересованности в расширении своей хозяйственной деятельности. Время польско-шведской интервенции и крестьянской войны начала XVII в. оказалось чрезвычайно тяжелым для поместной системы. Усилилась хозяйственная нестабильность. Часть поместного фонда была перераспределена в вотчину по указам 1610 и 1618 гг. В пожалованных вотчинах барская запашка обслуживалась не столько холопами, как это было в поместьях, сколько крестьянами. Новое вотчинное хозяйство уже в 20—30-х годах XVII в. показало себя более жизнеспособным по сравнению с поместным. Для этого времени характерна тенденция разрушения крупного поместного землевладения. В 30-х годах XVII в. поместье и вотчина представляли собой еще разные типы хозяйства и поместная система была доминирующей, но будущее было за вотчинами нового типа — пожалованными. Фонд родовых вотчин мало изменился вследствие правительственных постановлений, всячески ограничивавших возможности их отчуждения в пользу частных лиц или духовных корпораций. Образование значительных площадей вотчинного землевладения в первой трети XVII в. шло за счет пожалования выслужными вотчинами. Перевод поместья в вотчину способствовал восстановлению хозяйственной стабильности. Соборное уложение 1649 г. разрешило обмен поместий на вотчины при условии регистрации сделок в Поместном приказе.
Феодальная собственность на землю сочеталась с крестьянским владением землей. Первая половина XVI в. характеризуется в Новгородской земле повсеместным ростом средней запашки на крестьянскую семью. Однако в результате хозяйственного кризиса в 70-х — первой половине 80-х годов XVI в. запашка крестьянского двора в новгородских пятинах сократилась в 2–3 раза и даже сильнее. В Поморье, где было крепкое черносошное землевладение, подобного сокращения не наблюдалось. В поморской деревне свободная мобилизация земельных участков влекла за собой концентрацию земли в руках наиболее обеспеченной части деревни, деревенских богатеев, и вела к обезземелению социальных низов деревни.
На протяжении XVI в. крестьяне все больше привлекались к обработке барской пашни, хотя в ряде владений еще в конце XVI — начале XVII в. основными исполнителями барщины были не крестьяне, а холопы. В дворцовых, церковно-монастырских и частновладельческих землях центра в XVI в. крестьянские дворы и участки подразделялись на оброчные и барщинные. В XVII в. это деление исчезает: все дворы одного имения несут одинаковые повинности — как оброчные, так и барщинные.
Распространение барщины находилось в прямой связи с расширением барской запашки, которое происходило неравномерно в разных районах. В первой половине XVI в. размеры барской запашки в центре не превышали 14–17 % всей обрабатываемой земли, а во второй половине столетия они достигли 40–50 %. Следствием этого было сокращение крестьянской запашки. Дальнейший рост барской запашки наблюдается в 90-х годах XVI и в первой половине XVII в. В монастырской деревне первой половины XVII в. полевая барщина стала преобладающей формой ренты.
Кредитование крестьян феодалами-землевладельцами в XVI в. имело определенное значение для развития крестьянского хозяйства, но одновременно усиливало его экономическую зависимость от земельного собственника. Крупные монастыри чаще всего давали своим крестьянам бескабальную (обычно без процентов) сумму займа и подмогу на семена и уплату повинностей. Светские вотчинники центра предоставляли крестьянам ссуды на семена. Несмотря на льготные условия кредитования, задолженность крестьян феодалам в XVI в. росла и явилась одной из причин упадка крестьянского хозяйства. В конце XVI в. бывали случаи принудительного кредитования крестьян для увеличения доходов собственника.
В последней трети XVI в. в сфере частнофеодального землевладения широко практиковался вывоз крестьян из одних владений в другие. Распространилось бегство крестьян. Часто крестьяне забрасывали тяглую пашню, обремененную налогами, и арендовали порожние или запустевшие земли внутри своей волости. Последнее было наиболее характерно для дворцовых и государственных оброчных крестьян.
В XVI–XVII вв. распространилась новая категория экономически маломощного крестьянства — бобыли, которые не несли государева тягла, а выплачивали своему владельцу более легкий оброк — бобылыцину. Бобыли занимались земледелием, ремеслом, мелкой торговлей или работали по найму. Развитие бобыльства, возможно, было связано с измельчанием крестьянских дворов. В первой половине XVI в. среди бобылей преобладали лица, занимавшиеся ремеслом и торговлей, в конце XVI в. основную часть бобыльской массы составляли обедневшие крестьяне. После разорения Российского государства в результате польско-шведской интервенции число бобылей резко увеличилось. По своему юридическому положению они постепенно сближались с крестьянами. По указам 1631–1632 гг. бобыли стали привлекаться к несению тягла, правда, в половинном размере по сравнению с крестьянами. Рост имущественной дифференциации среди крестьян привел также к появлению не имевших самостоятельного хозяйства захребетников и подсуседников, живших во дворах более зажиточных крестьян.
Кроме крестьян и бобылей, в состав сельского населения входили холопы — несвободные люди, в отношении которых владелец имел вещное право. Холопы использовались в сельском хозяйстве, домашней работе, управлении, торговле, военном деле. Источники «похолопления» были разнообразны: рождение от холопов; вступление в брак с холопом или «робой»; плен (полоняники); передача по духовной или данной грамоте; продажа за долги или преступления; самопродажа, оформлявшаяся письменным актом (полные и докладные холопы); устное соглашение (добровольные холопы); служба в счет погашения процентов или основной суммы долга (служилые холопы). Полное холопство известно с середины XIV до конца XVI в.; в XVI в. оно постепенно вытесняется служилым.
Монастыри, не имевшие холопов, использовали труд так называемых «детенышей», в состав которых входили закабаленные дети крестьян и наймиты, поставленные в сходные условия. Они получали от монастыря определенное содержание.
Значительную часть холопства составляли холопы-«страдники», обрабатывавшие господскую пашню, а иногда, особенно с конца XVI в., имевшие и свою собственную. Холопы, не посаженные на пашню, жили обычно в том же селе, где находился господский двор, хотя при этом каждая холопья семья помещалась, как правило, в своем отдельном дворе. В хозяйстве феодалов холопы исполняли также обязанности огородников, садовников, мельников, скотников, занимались бортничеством, рыболовством, бобровым промыслом. Процесс слияния крепостных крестьян и земледельческих холопов в XVI в. еще только начинался, но к середине XVII в. он уже значительно продвинулся.
Распределение продуктов сельскохозяйственного труда производилось с помощью внеэкономического принуждения, осуществляемого частными или корпоративными земельными собственниками и государством. В эксплуатации каждой категории крестьянства имелись свои особенности. Черносошные крестьяне облагались только государственными налогами и повинностями, дворцовые — к тому же еще и особыми дворцовыми, а поместно-вотчинные и церковно-монастырские — также платежами и повинностями в пользу своих владельцев.
В конце XV — начале XVI в. на господской пашне преобладал не крестьянский, а холопий труд. Рента с крестьян представляла собой в большинстве случаев сочетание натурального и денежного оброка. Натуральный и денежный оброки преобладали и в первой половине XVI в., причем общая тенденция развития заключалась в увеличении процента денежных поборов. Однако рост хлебных цен в середине XVI в. нередко побуждал помещиков взимать оброк с крестьян не деньгами, а натурой.
В 60-х годах XVI в. и позже происходит увеличение размеров натуральных и денежных платежей. Размер денежных платежей с крестьян сильно увеличивался за счет государственных налогов. В частности, к 1561–1562 гг. налоги с новгородских земель выросли на 25 %, а к 1574 г. — на 40 %. Новое большое повышение налогов произошло в 80-х годах XVI в. Усилился произвол в обложении крестьян помещиком. Несмотря на параллельный рост хлебных цен, сокращавшиеся крестьянские наделы уже не могли обеспечить содержание крестьянской семьи. Во второй половине XVI в. в обложении крестьян все более возрастал удельный вес государственных налогов, а удельный вес помещичьих оброков уменьшался. Доля государственных налогов в общей сумме платежей поднялась в Новгородской земле с 10 % в 1540 г. до 66 % в 1576 г.