Политический строй Республики складывался постепенно. Верховный суверенитет с середины 80-х годов XVI в. принадлежал Генеральным штатам. Каждая правомочная провинция располагала в них одним голосом, но на заседания приезжали делегации. С 1593 г. Генеральные штаты стали повседневно работающим органом, заседали в них уже не все депутаты, а лишь особая коллегия «командированных советников», обладавшая реальной властью. В полном составе Генеральные штаты собирались лишь 1–2 раза в год. Депутаты голосовали на основании императивного мандата, усложнявшего всю процедуру принятия решений. Статхаудер мог участвовать в их заседаниях, но права голоса не имел. Генеральные штаты издавали общие законы, управляли зависимыми от Республики землями; контролировали деятельность высших отраслевых административных и судебных учреждений, утверждали в высших должностях. Первое место в аппарате Генеральных штатов занимал великий пенсионарий Голландии. Он готовил и вносил предложения, направляя работу Генеральных штатов, ведал иностранными делами. Второе место принадлежало секретарю, отвечавшему за все делопроизводство. Деятельность Генеральных штатов постепенно строго регламентировалась, устанавливался точный церемониал заседаний, приема иноземных послов.
После низложения Филиппа II объем компетенции Генеральных штатов и статхаудеров возрос: государственные дела вершили уже не Габсбурги, а правящая патрицианско-купеческая олигархия и принцы дома Оранских-Нассау.
Отраслевые советы были сметены восстанием 1576 г. Постановлением Генеральных штатов от 26 сентября 1576 г. был учрежден Военный совет, состоявший из представителей феодальной аристократии юга и осуществлявший высшее военное руководство и некоторые функции прежнего Государственного совета; позднее Генеральные штаты сформировали Государственный и Военный советы, а также две палаты — Посланий и Налоговую.
Государственный совет по инструкции 1584 г. обладал меньшими правами, чем до революции: ведал внешней политикой и армией, затем Генеральные штаты отстранили его от внешнеполитических дел, ограничивали его финансовые полномочия. В него в зависимости от размеров квот по «генералитетскому сбору», вносившихся провинциями, входили: от Голландии — 3, Хелдера, Зеландии и Фрисландии — по 2, от остальных — по 1 члену. Несколько лет в нем оставались два представителя от Англии. Решения принимались большинством голосов. Первенствовали в нем представители регентско-купеческого патрициата.
После революции кодификация права, начавшаяся еще в XV в., осталась незавершенной. На местах ее формы определялись властями провинций. Судебно-правовая система децентрализовалась и «провинциали-зировалась». Единого центрального судебного органа не было. Особо важные дела по государственным и должностным преступлениям рассматривали Государственный Совет, Генеральные штаты. Внешнеторговые дела разбирались в Адмиралтействах, по доменам — в Счетной палате, военные — в трибуналах. В провинциях система местных и отраслевых судебных инстанций обладала высшей и низшей юрисдикцией и административной властью. Города имели свои традиционные суды и правовые нормы, основанные на привилегиях. Всей этой мозаичной системе были присущи сословность, конфликты, длительное сутяжничество, коррупция.
Государственными финансами ведали Генеральные штаты и Государственный совет. В 1602 г. появилась Счетная палата, постепенно изъявшая вопросы финансирования из ведения Государственного совета. Крупнейшими должностными лицами в этой сфере были главный казначей, надзиравший за ведением денежных дел, и главный сборщик, управлявший ими.
Налоговая система складывалась постепенно. Еще в начале 70-х годов Голландия и Зеландия ввели конвойные и лицензионные сборы с вывозимых и ввозимых товаров. В Республике они стали дополнением к традиционным налогам — поземельному, поочажному, акцизам, а доходы от них шли на содержание военного флота. Утрехтская уния ввела сбор «общих средств» для покрытия общегосударственных расходов, однако эта форма не прижилась, с 1590 г. ее заменили взносами провинций по установленным квотам — генералитетским сбором. Особому обложению подлежали предметы роскоши. В меньшей степени облагалась торговля.
Унифицированной процедуры сбора налогов не существовало — различные налоги взимались либо правительственными чиновниками, либо властями провинций и городов, откупщиками. В XVII в. Республика была страной с самыми высокими налогами; главная их тяжесть ложилась на крестьян и мелкий городской люд. Злоупотребления в этой сфере были особенно велики. Эмиссией денег ведала Монетная палата, в 1582 г. переместившаяся на север. Она обеспечивала чеканку единой монеты, надзор за ее курсом и циркулированием, пресекала злоупотребления. Финансовые преступления относились к компетенции Государственного совета.
Утрехтская уния ввела всеобщую воинскую повинность, но в армии преобладали иноземные наемники. В управлении армией коллегиальный принцип смешивался с личностным, а централизм с провинциализмом. Политико-стратегические задачи ставились Генеральными штатами при активном участии великого пенсионария. При действующей армии обычно находилась группа депутатов. Статхаудер был главным капитаном армии в мирное время и становился ее главнокомандующим в военное. Финансовые расчеты по содержанию армейских частей и соединений Государственный совет вел непосредственно с их командирами. Военный совет, помимо прямых функций, выполнял и обязанности высшей военно-судебной инстанции. Часть войск содержали провинции, что создавало их особые взаимоотношения с местными властями. Присягу солдаты и офицеры приносили и центральным и местным органам. Такая практика имела главной целью ограничить влияние статхаудеров, но она же порождала срывы и помехи при проведении боевых операций, утечку секретной информации.
Помимо регулярных, существовали гражданские войска. Основу их составляли городские милиции. Они охраняли общественный порядок и помогали войскам при осаде городов. С 1581 г. вмешательство милиции в политические дела было запрещено, хотя в критических случаях этот запрет нарушался. В сельских районах в годы освободительной войны сходную роль играли отряды самообороны, участвовавшие в крупных крестьянских выступлениях.
Военно-морской флот обеспечивал торговое преобладание Республики на морях и океанах. Верховное командование принадлежало статхаудеру Голландии как главному адмиралу. Ниже по иерархии шли его заместитель, адмиралы и вице-адмиралы, командовавшие флотами, штурманы, капитаны, офицеры. На эти должности Генеральные штаты назначали, за редкими исключениями, только нидерландцев.
Адмиралтейства после революции были реорганизованы по «плакату» 1597 г. в пять коллегий: три — в Голландии, по одной — в Зеландии и Фрисландии. Коллегии контролировались Генеральными и местными штатами.
Кальвинистская церковь стала официальной и подчинялась властям. Конфискованная недвижимость католической церкви лишь частично использовалась на нужды реформатов, другая ее часть управлялась специальной администрацией, затем это имущество постепенно распродали, а остатки его перешли в разряд земель Генеральных штатов. «Кальвинизация» Республики шла замедленно. К 1672 г. лишь ⅓ населения состояла из кальвинистов. Правящая регентская олигархия опасалась «теократических» претензий кальвинистской церкви, поддерживаемой народными массами, особенно в городах, и жестко ее контролировала. Территориальные объединения церкви (классис), консистории и приходские церковные советы находились в тесном контакте с местными властями, видевшими в них только помощников и духовных наставников. Церковной юрисдикции подлежали мелкие гражданские дела, аморальные поступки, чисто церковные вопросы. Мерами воздействия были внушение, публичное порицание, временный запрет посещать церковь и крайняя — исключение из общины. Многие дела рассматривались и в светских и в церковных судах, в частности банкротства, считавшиеся у кальвинистов тяжким проступком. Благотворительность осуществлялась церквами, муниципальными и местными властями. Назначение пасторов (с большим или меньшим участием светских властей) вызывало острое соперничество.
Государственный строй Республики представлял «эластичную федерацию». Провинции обладали широкой автономией: через своих депутатов они могли оказывать более или менее существенное влияние на принятие решений в Генеральных штатах. Практика была сложнее и гибче.
Среди полномочных провинций привилегированное место принадлежало вносившему всего 5,5 % «генералитетского» сбора феодально-аграрному Хелдеру, как имевшему юридический статус герцогства. Фактически же доминирующее место занимала вторая по табелю о рангах («графство») Голландия, самая мощная экономически провинция, где проживало до половины населения Республики, вносившая 58 % сбора. Политический строй ее также был наиболее развитым; его нормативы оказывали унифицирующее воздействие на государственно-правовое развитие всех остальных провинций («голландизация»).
Штаты в Голландии сложились еще в бургундский период, после революции они выглядели как «городские». Принц Вильгельм I Оранский контролировал «первый член» штатов — дворянство, имевшее один голос. Остальные шесть голосов принадлежали большим городам. Чтобы создать им противовес, принц предоставил право участия в работе штатов «малым» городам, а также приглашал представителей крестьян. С 1575,г. штаты Голландии превратились в более узкую коллегию «командированных советников», где принц пользовался значительным авторитетом, формально не будучи депутатом. С 1584 г. штаты разделились на южную (основную) часть, где заседал очень влиятельный во всей Республике великий пенсионарий, и северную часть с региональным статусом. Решения по основным вопросам принимались только единогласно.
Зеландия до революции являлась «территориальной сеньорией», тесно связанной с Голландией. До восстания 1576 г. она оставалась частично в руках испанцев. Штаты возродились в ней в 1576 г. В «первом члене» их — дворянстве — решающее место принадлежало Вильгельму I Оранскому, который как маркиз Феера и сеньор Флиссингена контролировал и голоса одноименных городов. Остальные четыре места принадлежали крупным городам. Зеландия вносила 11,5 %-ную квоту.