В процессе расширения государственных границ феодальное землевладение распространялось на осваиваемые территории (сначала в Поволжье, затем в центральном черноземном районе, бывшем «Диком поле», к югу от Оки). Это сопровождалось усилением феодальной эксплуатации, вызывающей волнения и бегство крестьян. Законодательные решения правительства и изменения в структуре государственного аппарата были направлены на То, чтобы в еще большей мере удовлетворить интересы крепостников. Усиливается и роль судебно-сыскных органов в государственном аппарате. В то же время на огромную, вновь осваиваемую территорию (прежде всего Урал и Сибирь, пограничные юго-восточные районы, тогда еще свободные от крепостного права) устремлялись те, кто рассчитывал освободиться от крепостной неволи или угрозы закрепощения.
Существенным моментом, предопределявшим направленность правительственной политики и преобразований государственного аппарата в России во второй половине XVI в. и особенно в XVII–XVIII вв., был невиданный в других регионах Европы той поры размах классовой борьбы, и прежде всего участия в ней крестьян. Причины ее — преимущественное особенностях экономического и социально-политического развития России того времени. Имели место не только городские восстания (в середине XVI и особенно в середине XVII в.), в определенной мере сближающиеся с антиналоговыми движениями и выступлениями против ненавистных правительственных деятелей в Западной Европе, или отдельные более или менее значительные крестьянские волнения, но и грандиозные антифеодальные и антикрепостнические войны. Если в первой из них (в начале XVII в.) состав участников был еще сравнительно пестрым и включал даже дворян, затем изменивших восстанию, то в войне под руководством Степана Разина (конец 1660-х — начало 1670-х годов) все лица, принадлежавшие к господствовавшим классам, с самого начала противостояли восставшим.
Первичными очагами таких массовых восстаний обычно становились казацкие поселения на южных и юго-восточных окраинах государства, где объединялись многие беглые крестьяне, холопы, ремесленники. Казаки несли необходимую государству сторожевую пограничную службу, но в то же время старались противопоставить себя централизованному государству, лелея мечту о мужицком «царстве» с «хорошим» царем. Зародившиеся в их среде волнения перерастали в крестьянские войны, в которых участвовали и горожане. Наивная вера в «доброго царя» обусловила поддержку идеи самозванства, особенно популярную в России XVII–XVIII вв.
Существенные предпосылки государственно-политического строя, утвердившегося в середине XVI в., обнаруживаются еще в годы преобразований при Иване III. Складывается постоянно действующий при государе совет — Боярская дума. Дворцовое управление все в большей мере отделяется от общегосударственного, хотя еще и во второй половине XVI в. в представлении самих монархов государственное и собственно «государево» нередко смешивались и Иван Грозный склонен был, подобно своим предкам, рассматривать государство как свою вотчину. Постепенно начинают оформляться отдельные отрасли центрального управления с ответственными «судьями» и делопроизводителями — дьяками и подьячими. В системе местного управления упрочивается положение посылавшихся в ранее самостоятельные земли великокняжеских наместников и подведомственного им аппарата. Однако единого для всей территории государства принципа административного устройства еще не знали, а присланные на определенный срок администраторы получали от местного населения «корм», как принято было и в древнерусских княжествах. Это давало возможность для произвола кормленщиков-бояр и становилось поводом для недовольства населения. Единообразию системы суда и управления, особенно в центре, во многом содействовал первый крупный общерусский закон (по существу даже свод законов) — Судебник 1497 г., который «уложил» Иван III «с детьми своими и с бояры о суде, как судити бояром и околничим». Судебником были установлены единые для всей территории государства процедуры следствия и суда, нормы наказаний.
С конца XV в. особенно ощутимым становится наступление великокняжеской власти на привилегии бывших удельных князей, хотя княжеские корпорации на территориях бывших самостоятельных княжеств кое-где сохраняются еще в середине XVI в.
В первой половине XVI в. идет процесс слияния разных групп феодалов — исконных московских и из различных дворов (рязанского, тверского, удельных) — в единый Государев двор. Именно оттуда с середины XVI в. вербовались особо приближенные к государю лица.
Постепенно получает все возрастающее распространение поместная система — система раздачи государством земель под условием несения службы (военной или административной). Помещики зависели, как правило, непосредственно от великого князя и уже тем самым противостояли вассалам крупных феодалов. Организация поместной системы обеспечила и возможность укрепления постоянной армии, необходимой московским государям в период частых столкновений и даже длительных войн с соседними государствами. Разница между размерами вотчин и поместий постепенно делается все менее заметной. Многие становятся обладателями и вотчин и поместий, притом в разных уездах. Во второй половине XVI в. было не менее 25 000 годных военнообязанных служилых людей. Большинство их называли тогда «детьми боярскими»; затем распространено стало общее название — «дворянство». Первоначально дворянами называли лишь тех, кто входил в состав «государева двора».
Термин «служилые люди» получает новое значение. По существу, все феодалы-землевладельцы — и вотчинники и помещики — превращаются прежде всего в слуг государя всея Руси, обязанных ему службой за землю и должность. Затем стали различать служилых людей «по отечеству» (т. е. потомственных слуг), имевших право владения землей и крепостными, и «по прибору». Служилые люди «по отечеству» делились на чины боярские, московские (придворные и высший штат приказов) и городовые, составлявшие провинциальные корпорации; из верхних слоев их пополнялись московские чины. Служилые люди «по прибору» оформились как особая категория с середины XVI в., с расширением правительственной колонизации южных и других окраинных районов государства (стрельцы, пушкари, позднее казаки и др.); они несли главным образом военную службу и не имели права владеть крепостными.
Служебные отношения между членами служилых фамилий на военной и административной службе и при дворе государя официально регулировались с рубежа XV–XVI вв. системой феодальной иерархии — местничеством (название произошло от обычая считаться «местами» за столом и на службе). Место зависело от «отечества», «отеческой чести», которая слагалась из двух элементов — родословной (т. е. происхождения) и служебной карьеры самого служилого человека и его предков. Местнические споры разбирали царь и Боярская дума. Местничество утверждалось в условиях сохранения в государстве значительных остатков феодальной раздробленности и борьбы центральной власти с привилегиями знати. Этим объясняется двойственная политическая природа местничества, бывшего своеобразным компромиссом центральной власти с верхушечными группировками феодалов и этих группировок между собой. Его использовала в своих интересах и знать, и все в большей мере центральная власть, по существу подчинившая фамильную «честь» служебной. Первоначально местничество регулировало взаимоотношения лишь высших служилых людей — прежних удельных князей и их потомков и исконных московских бояр. С середины XVI в. его нормы распространяются и на взаимоотношения московских чинов, а в XVII в. — городовых чинов и даже дьяков, гостей (богатейших купцов) и промышленников. С середины XVI в. правительство начало ограничивать местничество. В XVII в. с консолидацией класса феодалов и ростом бюрократии оно становится серьезной помехой к утверждению в России абсолютизма. Постепенно и в обществе утрачивается уважение к нему; с распространением боярских привилегий на все больший круг лиц необходимость его устранения понимает и боярство; в 1682 г. местничество было отменено.
Иван III возвысил лишь одного из своих наследников-сыновей в ущерб другим. Именно к старшему сыну переходила большая часть земель государства; его владения более чем в два раза превышали владения всех его братьев, вместе взятые; впервые полностью переходила в его владение и столица государства Москва (раньше она была в «третном» владении братьев-князей); выморочные владения братьев решено было впредь передавать наследнику престола; братьям наследника запрещали чеканить монету.
Сын Ивана III Василий еще до вокклжения женился на дочери московского боярина, показывая тем самым намерение опираться на нетитулованное старомосковское боярство, т. е. исконных служилых людей московских великих князей. С середины XVI в. государи всея Руси женятся на московских боярышнях, роль их родственников в правительственной деятельности заметно возрастает, что сказалось затем и в выборе новых царских династий: после смерти последнего царя из династии Рюриковичей Федора Ивановича в 1598 г. царем стал его шурин Борис Годунов, еще при жизни Федора бывший правителем государства, а воцарению династии Романовых в 1613 г. помогло то, что их ближайшая родственница (сестра деда первого из царей династии Михаила Федоровича) была первой женой царя Ивана IV и матерью его детей.
Высшим законодательным органом и высшим органом управления страной была Боярская дума — почти ежедневно заседавший высший совет при государе, схожий с королевскими куриями в европейских странах и восходящий по своему происхождению к советам при князьях Древней Руси. Сначала состав Думы был невелик — около 20 человек. С начала XVI в. она заметно расширяется: помимо высших думных чинов (бояре и окольничие), в ее деятельности все более значительной становится роль думных дворян и особенно думных дьяков, возглавлявших обычно главные учреждения государственного управления или государева двора. Численность Думы возрастает на протяжении более чем полутора столетий, а состав ее делается менее знатным.