Особую роль в ответном наступлении на Реформацию, в воздействии на широкие слои верующих, в придании нового облика воинствующей церкви сыграло Общество Иисуса, официально утвержденное папской буллой в 1540 г. Основателем и первым генералом ордена иезуитов был испанский дворянин Игнасио Лойола (1491–1556), сложный путь духовного развития которого привел к идее безоглядного служения церкви. Краеугольным камнем всего Общества Иисуса была железная дисциплина, беспрекословное подчинение приказам. Помимо обычных монашеских обетов целомудрия, нестяжания и послушания, члены «Иисусова воинства» связывали себя особой клятвой верности римскому первосвященнику. Требуя полного самоотречения, иезуитская мораль совершенно уничтожала личное начало в жизни человека, его собственное «я». Адепты ордена, обязанные совершенным послушанием, уподоблялись посоху в руках начальников. Устав Общества, принятый в 1558 г., требовал от иезуитов по предписанию начальника совершения греха, вплоть до смертного.
Во главе Общества Иисуса, основанного на началах строгой централизации, стоял пожизненно генерал, полновластно руководивший всеми действиями ордена. При нем имелся совет с функциями совещательной и контролирующей инстанции. И генерала, и совет избирало общее собрание, или генеральная конгрегация, которой формально принадлежала высшая власть. Общество строилось по иерархическому принципу, члены его подразделялись на несколько классов. Оно имело прочную организацию на местах, нижнюю ступень которой составляли поселения, резиденции и миссии, затем коллегии, новициаты и дома профессов. Иезуиты разделили мир на провинции во главе с провинциалами; несколько провинций входили в ассистенции; возглавлявшие их ассистенты были членами центрального руководства. Независимость ордена от светских и духовных властей превращала его в автономное религиозно-политическое сообщество в любой державе.
Орден иезуитов не был монашеским в традиционном понимании. Его члены были освобождены от неукоснительного соблюдения правил монастырской жизни, от некоторых монашеских обетов и обязанностей; целая серия папских привилегий и пожалований дала Обществу Иисуса возможность развиться в организацию со своеобразным устройством и правами, приемами и целями деятельности. Даже внешне иезуиты напоминали скорее светских ученых, нежели монахов Они оставили другим религиозным братствам «героику» аскетизма и благочестия. Не молитвы и не отправление религиозного культа, но активная светская деятельность, не умерщвление плоти, лишения, покаяние, но наилучшее положение в миру характеризовало устремление иезуитов. Они должны были находиться в центре политических и общественных интересов, имея все возможности оказывать на них решающее влияние, как того требовали интересы католической церкви, сформулированные в указаниях руководителей ордена.
Главными средствами иезуитов были воспитание и дипломатия. Их система обучения была рассчитана преимущественно на молодежь из верхов общества, но ради популярности ордена они давали бесплатное образование выходцам из самых разных слоев, организовывали сиротские приюты; социальная практика иезуитов предусматривала привлечение и выдвижение безродных, но одаренных юношей. Иезуиты были умелыми организаторами школьного дела и преподавателями университетов. Они устанавливали в своих учебных заведениях образцовый порядок, разработали формальные методы обучения, приспособили к своим целям идеалы классического образования.
Применяясь к сложным обстоятельствам, иезуиты выказали себя ловкими политиками, умеющими использовать самые различные средства «к вящей славе Божьей». Людей ученых они поражали эрудицией, на толпу воздействовали особой пышностью богослужения, культивированием излюбленных мотивов народной религиозности, поощрением самых архаичных форм поклонения святым, иконам, реликвиям; натуры восторженные увлекала их страстная проповедь, таинственные выси медитаций, предписанных «Духовными упражнениями» Лойолы (1548 г.), вождей религиозно-политических партий — трезвый и расчетливый совет; при дворах государей, у высокопоставленных особ они были духовниками и наставниками, в моменты стихийных бедствий, эпидемий, социальных потрясений они не гнушались никакой, даже самой черной, работой.
Ранее всего орден обосновался в итальянских государствах, Португалии и Испании, хотя ему пришлось преодолеть недоверие Карла V и Филиппа II, а также открытое сопротивление высших чинов церкви, инквизиции, доминиканцев и университетов. Довольно скоро иезуиты утвердились в католических землях Германии, особенно в Баварии, и в наследственных владениях Габсбургов — Австрии, Богемии, Венгрии. Для подготовки иезуитов к деятельности на немецкой земле в Риме по образцу главной резиденции ордена — римской коллегии была основана германская коллегия (1552 г.). Соответствующие учреждения появились в городах Империи: Вене, Праге, Кёльне, Трире, Диллингене, Майнце, Браунсберге, Мюнхене. Одним из главных оплотов католицизма в Германии стал университет Ингольштадта, захваченный иезуитами в начале 50-х годов. Долгую борьбу пришлось вести ордену, прежде чем он окончательно утвердился во Франции при Генрихе IV. Не сразу иезуиты обосновались в Речи Посполитой; здесь им покровительствовал кардинал Гозий и короли Стефан Баторий и Сигизмунд III. После долгой борьбы иезуиты получили доступ в Нидерланды, основав коллегии в Лувене и Антверпене. Иезуитские миссии засылались в католическую Ирландию, в протестантские Данию и Швецию; в Дуэ, Реймсе, Сент-Омере, Льеже находились иезуитские школы для молодых англичан, а в самой Англии действовали тайные иезуиты; аналогичные заведения для шотландцев были в Риме, Дуэ, Мадриде, для ирландцев — в Риме, Пуатье, Севилье, Лиссабоне. В начале XVII в. орден ненадолго обосновался даже в Османской империи. Миссионерская деятельность иезуитов охватывала Ост-Индию, Японию, Китай, Абиссинию, испанскую и португальскую Америку. В начале XVII в. на территории Парагвая они создали как бы самостоятельное государство.
В скором времени после основания ордена иезуиты превращаются в самую мощную и влиятельную духовно-политическую корпорацию католического мира, «становятся нервом католической церкви». Наибольший рост их могущества приходится на время высшего подъема Контрреформации, ее крупнейших успехов. Активнее всего оно росло в районах, пораженных протестантской «ересью» и, как правило, сопредельных с теми странами, где победила Реформация, — в Южных Нидерландах, землях по Рейну, Южной Германии, Австрии, Богемии, Венгрии и Речи Посполитой.
Если в иезуитах католицизм обрел свое главное наступательное оружие для борьбы с Реформацией, то инквизиция и книжная цензура использовались прежде всего как охранительные меры. Введенные для борьбы с религиозным инакомыслием, они нанесли сильнейший удар по гуманизму, по всей ренессансной культуре, прежде всего в Италии. В 1542 г. была реорганизована инквизиция и в Риме создан верховный инквизиционный трибунал с неограниченной властью в делах веры и юрисдикцией, распространяющейся на все католические государства. Инициатором учреждения римской инквизиции и первым ее руководителем был кардинал Караффа. В различные страны посылались комиссары «Святой службы». В новом своем статусе инквизиция была допущена далеко не всюду и не без ограничений: во Франции, в Венеции и Флоренции она действовала под контролем светских властей; Карл V в Неаполитанском королевстве, а Филипп II в Миланском герцогстве принуждены были отказаться от попыток ввести инквизицию по испанскому образцу.
В самой Испании инквизиция жестоко расправлялась с обращенными в христианство магометанами и иудеями, а затем с «алумбрадос» — течением христианской мистики, и с сочувствовавшими протестантским учениям. Действия ее в Нидерландах встретили упорное сопротивление населения и сыграли значительную роль в развертывании антииспанской борьбы. В Италии возобновление инквизиции совпало с началом широкого исхода сторонников новых религиозных учений в протестантские земли. С 40-х годов начались аутодафе с отречениями или казнями еретиков, сперва в папском, а затем и в других итальянских государствах, не исключая и Венеции.
«Святая служба» приобрела невиданную власть. Великие инквизиторы Караффа и Микеле Гисльери, став папами Павлом IV (1555–1559) и Пием V (1566–1572), даровали ей исключительные права, отменили все изданные до этого ограничительные постановления и фактически лишили Святой престол верховной власти в делах веры в пользу инквизиционного трибунала. Инквизиция развила издревле присущий католической церкви дух авторитарности и нетерпимости, почти маниакальной подозрительности ко всему новому и беспощадной жестокости к противникам. Казни протестантов приобрели невиданный размах, инквизиторы вдохновляли резню вальденсов в Южной Италии, походы против них в Пьемонте, массовое избиение мятежных морисков в Испании. Контрреформационный католицизм не желает отныне мириться ни с какой формой свободомыслия. Он вступает в непримиримое противоречие с критически-рационалистическими тенденциями в гуманизме, с развивающимися в науке принципами независимого исследования, которые подвергаются с его стороны систематическому преследованию. На эшафоте погибают бывший апостолический протонотарий, сторонник религиозного обновления Пьетро Карнесекки (1567 г.), гуманист и реформатор Аонио Палеарио (1570 г.), утопист Франческо Пуччи (1597 г.), философы Джордано Бруно (1600 г.) и Джулио Чезаре Ванини (1619 г.), Томмазо Кампанелла 33 года томится в тюрьмах, Галилео Галилея в результате затеянного против него процесса вынуждают к отречению от своих научных воззрений.
Террор инквизиции дополнялся строжайшей книжной цензурой. В 1543 г. Караффа запретил печатать любые сочинения без дозволения инквизиторов, которые надзирали также за торговлей книгами и их пересылкой. Первые каталоги запрещенных книг были составлены по инициативе местных церковных властей в Лувене, Париже, Венеции, Флоренции и Милане, в 1559 г. в Риме появился пресловутый Индекс запрещенных книг, обязательный уже для всей церкви. В него вошли сочинения реформаторов и книги, не соответствовавшие контрреформационному пониманию католического благочестия, даже одобренные прежними папами, например Эразмовы «Примечания к Новому завету» или «Проект исправления церкви», одним из составителей которого был сам Караффа. Законы о книжной цензуре имели в виду не только издателей и торговцев, но и частных лиц, которым угрожало инквизиционное преследование за чтение, хранение, распространение запрещенных книг или недонесение о них. Католическая реакция прибегала к самым крайним средствам в борьбе против любых проявлений независимого духа и завещанных Возрождением, а затем подхваченных передовыми протестантскими мыслителями принципов свободы совести.