Долгое время папству, наученному опытом XV в. опасаться притязаний собора на верховную власть в церкви, удавалось затягивать его созыв, на котором настаивали не только протестанты, но и католики. Император надеялся использовать собор в своих интересах как средство борьбы с Реформацией, давления на папство, утверждения своего преобладания в Европе. Подготовка собора продолжалась почти десять лет. После всевозможных проволочек собор начал свои заседания в декабре 1545 г. в североитальянском городе Тренто (лат. Tridentum), входившем в состав Империи. Тридентский собор, заседания которого продолжались 18 лет, призван был консолидировать все силы, остававшиеся верными Святому престолу. Его постановлениями католическая церковь определила свое отношение к протестантизму, осудив основные догматы новых учений.
В Тренто взяло верх консервативное, строго папистское направление. Этому способствовали значительное влияние иезуитов на выработку и принятие соборных постановлений, беззастенчивая и ловкая деятельность папских легатов, председательствовавших на соборе и присвоивших безраздельное право вносить предложения на его рассмотрение, послушность указаниям из Рима большинства участников с решающим голосом. Папство сумело отстоять собственную власть от покушений собора на верховенство и от притязаний епископов, требовавших независимости, и воспротивиться сколько-нибудь серьезным нововведениям и преобразованиям в церкви.
Уже в первые месяцы работы собора было постановлено, что апостольское предание должно почитаться наравне со Священным писанием: этим утверждалась преемственность установлений средневековой церкви и отвергался протестантский тезис об исключительном авторитете Писания в делах веры. Было подтверждено декретом, что латинский перевод Библии должен считаться аутентичным, или годным для догматических доказательств; за церковью сохранялось исключительное право толковать Священное писание.
Постановления собора о первородном грехе, об оправдании, о таинствах дополняли предшествующие. Путь для компромиссного решения вероисповедных разногласий был закрыт. Протестанты, пославшие представителей на вторую сессию собора (май 1551— апрель 1552 г.), обусловили свое участие в заседаниях требованием провозгласить собор выше папы, а уже принятые без них соборные постановления признать недействительными. Это было неприемлемо как для курии, так и для отцов собора.
На третьем этапе работы собора (январь 1562 — декабрь 1563 г.) папство столкнулось с широкой оппозицией епископов, преобразовательными устремлениями могущественнейших светских владык и некоторых национальных церквей католической части Европы. Речь шла о реформе иерархии, богослужения, церковных порядков и нравов. Отсутствие единства дало возможность строгим ревнителям католической ортодоксии сохранить в неприкосновенности устои церкви. Декретом о мессе подтверждалось все, что было усвоено обычаем, отвергались лишь некоторые суеверия; были сохранены немые и заупокойные обедни, а также латинский язык при богослужении и свершении обрядов. Брак священников не допускался. Причастие под обоими видами, т. е. хлебом и вином, собор провозгласил небожественным установлением, признав церковь вправе его регулировать по своему усмотрению, что давало удобный повод воспротивиться популярному требованию о предоставлении мирянам чаши. Вопрос о епископской резиденции, который обсуждался в канонах, касавшихся таинства священства, вызвал на заключительном этапе ожесточенные дискуссии. Еще в 1547 г. был принят декрет против епископов, пренебрегавших своими пастырскими обязанностями. В 1562–1563 гг. большая группа прелатов высказалась за то, чтобы провозгласить божественными установление и права епископского сана. Это требование затрагивало самые важные принципы иерархии, подрывая верховную власть папы, авторитарный строй католической церкви. Дело кончилось компромиссом, выгодным папству. Иерархия была признана необходимой, епископская власть — законной, особым каноном — законность епископов, утвержденных папой. Таким образом, сам «собор монархическую власть папы поставил на место аристократической власти собравшихся на синод епископов».
Общая реформа нравов и управления духовенством, декретированная собором, предусматривала правила назначения и определяла круг обязанностей кардиналов и епископов, предписывала ежегодное проведение епархиальных и раз в три года провинциальных синодов, усиление епископского надзора за подопечным духовенством, реорганизацию соборных капитулов, монашеских орденов. Из постановлений, касавшихся низшего клира, важнейшее повелевало в каждой епархии учредить семинарии для пестования молодых священников. Вводились также меры против злоупотреблений, сеявших в церкви смуту и подрывавших ее авторитет: упорядочивалось управление церковными имуществами, воспрещались торговля духовными должностями, всякого рода вымогательства, сосредоточение в одних руках нескольких бенефициев.
Принятием наспех составленных декретов о чистилище, индульгенциях, почитании святых, мощей и церковных образов собор завершил работу в декабре 1563 г. В январе 1564 г. Пий IV утвердил его постановления, оставив за Святым престолом исключительное право их толкования. Все дело собора было поставлено в полную зависимость от папы, власть которого признавалась высшей и непререкаемой. Победа римской курии — итог предшествовавшего развития церкви — отражала ситуацию, сложившуюся в ней по мере развертывания Контрреформации, когда верх взяли наиболее реакционные круги, приверженные идеалу папского главенства в церкви и господства церкви над государством. Из-за покушений Рима на прерогативы светской власти Франция не признала собор, а Филипп II, швейцарские католические кантоны, князья католической части Империи опубликовали его декреты не сразу и с оговорками.
Папство вышло из соборных битв со всеми своими прежними притязаниями. Добившись осуждения Реформации и всех новшеств, несших угрозу католицизму, оно использовало постановления собора, чтобы превратить церковь под своим главенством в строго централизованную организацию, способную расширить свое влияние в массах верующих, сосредоточить силы для активной наступательной борьбы с религиозными противниками.
Важнейшим моментом церковной реорганизации явилась реформа центрального управления. Пий V ввел жесткую экономию, вдвое сократил римский двор, установил санкции против злоупотреблений и распущенности духовенства, запретил пожалование церковных имений в лен, стремясь положить конец образованию из них независимых владений. Значительно увеличивалась роль собственной папской канцелярии в управлении церковными делами. Коллегия кардиналов при Сиксте V (1585–1590) была ограничена 70 членами; из них по образцу уже имевшихся создавались комитеты, или конгрегации, общее число которых составило 15. Эти конгрегации занимались общими делами церкви и вопросами управления Папской областью. Еженедельные консистории всех кардиналов, находившихся в Риме, продолжались, но их функции становились все более формальными. Коллегия кардиналов в результате реорганизации окончательно потеряла прежнее значение и превратилась в административный орган папской политики, полностью подчиненный папе. Абсолютистские тенденции в церковном строе восторжествовали.
В понтификат Григория XIII (1572–1585) были учреждены постоянные нунциатуры при дворах светских и духовных государей, прежде всего в Германии. Представители Рима стали проводниками контрреформационной политики во всех уголках Европы, координируя усилия католической реакции для борьбы с протестантизмом.
Рядом реформ вводилось единообразие в католическую литургию, исправлялись богослужебные книги и обряды, предусматривались меры для надлежащей подготовки священников. При Сиксте V в 1588 г. была создана специальная конгрегация по церковным обрядам. Во второй половине XVI — начале XVII в. в ряде изданий были уточнены католические ритуалы и церемонии. По решению Тридентского собора вышло новое исправленное издание Вульгаты (1592 г.). Все эти меры должны были служить упрочению католической церкви изнутри как общины верующих, внеся ясность, порядок и единообразие в отправление религиозного культа.
Политическая мысль Контрреформации строилась на признании верховенства папы в делах духовных и светских. Правда, иезуит Роберто Бёллармино (ум. 1621 г.) учил, что у Святого престола нет прямой власти в мирских делах, а есть только власть косвенная. Однако его собрат по ордену Франсиско де Суарес (ум. 1617 г.), последовательнее развивая теократический идеал, признавал за папой безоговорочное право низлагать монархов и освобождать их подданных от присяги. В стремлении принизить светскую власть перед духовной, якобы только и обладающей прямым божественным происхождением, иезуиты провозглашали народ носителем верховной власти, которой он может по своему выбору наделять то или иное лицо. Испанский иезуит Хуан де Мариана (ум. 1623 г.) делал крайние выводы из этого учения и доказывал истинность особенно популярной в кругах фанатичных ревнителей католицизма идеи о праве подданных восстать и свергнуть государя, даже убить его, если он оскорбляет религию или злоупотребляет властью. Разумеется, это право не распространялось на такие абсолютистские монархии, как испанская.
Против иезуитов выступили во Франции и других странах поборники независимости национальных церквей и светской государственности. Паоло Сарпи, монах и советник венецианского правительства в борьбе с с папой Павлом V, возражая Беллармино и Адаму Таннеру, развивал положение, нашедшее широкий отклик по всей Европе, о том, что в мирских делах только государство обладает властью, полученной непосредственно от Бога.
Контрреформационный католицизм поначалу враждебно отнесся к мистике. Хуан де Вальдес (ум. 1540 г.) и его последователи в Неаполе были заподозрены в ереси, а течение «алумбрадос» в Испании подверглось в середине XVI в. беспощадному преследованию инквизиции. В мистике церковь настораживала проповедь внутренней религиозности и самоуглубления, выдвижение на первый